BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113H11
Chromosome16 (Build37)13 (Build37)
Map Location 13,869,783 - 13,870,70040,673,404 - 40,674,219
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genePdxdc1
Upstream geneLOC622553, Ercc4, Gt4-1, Mkl2, Parn, LOC100043196, 3110001I22Rik, Pla2g10, A930007A09Rik, LOC622757, Rrn3, Ntan1
Downstream geneMpv17l, Ifitm7, 2900011O08Rik, 4921513D23Rik, Nde1, Myh11, 0610037P05Rik, Abcc1, Gm1758, Snai2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113H11.bB6Ng01-113H11.g
ACCDH919254DH919255
length920819
definitionDH919254|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113H11, 5' end.DH919255|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113H11, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,869,783 - 13,870,700)(40,673,404 - 40,674,219)
sequence
gaattccaggccagccttggctatagaactgagaccccatcttgacaaca
caagatcctatctcgtaggccaagtactcagtggccttgtacatactaga
ttatgatacctaccagcatttgcaacaagcagcaagggcagtcttcctct
ttctacgtcatctttgatcagtttctcgagaaaggcaacgtcctaggacc
agcaaacaaaccacaaaaatataagacaaccagtataaaaagtgtacact
gataagctatgactgtgtgtatgtatacacacaaatgcatgtacatatgg
ttactagaacacatatgtatgtgcataggggtcaaaggtccagctcaggg
ttgctcctcaagagccaattagcttattttttgagacagtgtctcactga
cctggagcttgctgatagactgtgctggctatacagcaaggcctatggat
taacctgacctcatctcccaagcatgagccactatgtctgaccctaaggt
ttttttttaaaagatttatttatttattatatgtaagtacactagttgtc
ttcagacactccagaagaggacgtcagattttgttacagatggttgtgag
ccaccatgtggttgctgggatttgaactctggaccttcggaagagcagtc
aggtgctcttacccactgagccatctcaccagcccccctaaggtttttta
gtttagtttttttttttttttgttgttgttgttgttatttgagacagtat
ctcaccatgtaactctgactggctgaaacttgctatgtagaccaggctgg
ctttgaatttatggagattcacctttctctactcctcaagtgctgggatt
aagaaataagttgccaccacaccagtgattttttaaaaggtgagttccca
gggattgaactctgtcctca
gaattcaaagcatagagctatgaccatccaatccttctttacgattgaga
ggtaaacaagatagaaccttttttatttatttatggaagacttgtcttgc
caaaggcttttcttctctctgaaaagacatacatttctgggggaagtaga
aaaatcagatgtgatggaataagtacttgtcatctcaacacttgggaggt
cgaggcagaaagatggcaaatttgtggctagtctgggacacatagtgtat
tgtgacttgaaggctattatggtctaagtcatgagaccttatttgaggtt
ggggaggtaggaccaggaggagaaggaagaggaagagaaagaaggagaag
agaagaaagaaattgaatacactggggagatggctcatcaggtaatagta
cttgccacacaagcacagtagcttgagtttaatctgtgaaactctcataa
atatgaagagaaggagagaattgactctgcaaagttgtcccctgatagac
acatgtatgccacggtatgtgcccacatacatacatcatacacacacaca
caagaaatagtaatcattaaattaaaagaacaacaaaatgaaaagataaa
caaaccaaactcagaccctagagaaagacagaggatggaaggacagaaga
aaaagggagaagggactgctatacagaagggcttcagagcactctggagc
ctcccagggagaactgaactgcgaggggccgagtgactgcaaggttggag
aagatgagttgcttcagtagacgctatcaagtatagtatttttctcagca
acaattaggactcaacaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_13869783_13870700
seq2: B6Ng01-113H11.b_47_966

seq1  GAATTCCAGGCCAGCCTTGGCTATAGAACTGAGACCCCATCTTGACAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCCTTGGCTATAGAACTGAGACCCCATCTTGACAACA  50

seq1  CAAGATCCTATCTCGTAGGCCAAGTACTCAGTGGCCTTGTACATACTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCCTATCTCGTAGGCCAAGTACTCAGTGGCCTTGTACATACTAGA  100

seq1  TTATGATACCTACCAGCATTTGCAACAAGCAGCAAGGGCAGTCTTCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATACCTACCAGCATTTGCAACAAGCAGCAAGGGCAGTCTTCCTCT  150

seq1  TTCTACGTCATCTTTGATCAGTTTCTCGAGAAAGGCAACGTCCTAGGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACGTCATCTTTGATCAGTTTCTCGAGAAAGGCAACGTCCTAGGACC  200

seq1  AGCAAACAAACCACAAAAATATAAGACAACCAGTATAAAAAGTGTACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACAAACCACAAAAATATAAGACAACCAGTATAAAAAGTGTACACT  250

seq1  GATAAGCTATGACTGTGTGTATGTATACACACAAATGCATGTACATATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGCTATGACTGTGTGTATGTATACACACAAATGCATGTACATATGG  300

seq1  TTACTAGAACACATATGTATGTGCATAGGGGTCAAAGGTCCAGCTCAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAGAACACATATGTATGTGCATAGGGGTCAAAGGTCCAGCTCAGGG  350

seq1  TTGCTCCTCAAGAGCCAATTAGCTTATTTTTTGAGACAGTGTCTCACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCTCAAGAGCCAATTAGCTTATTTTTTGAGACAGTGTCTCACTGA  400

seq1  CCTGGAGCTTGCTGATAGACTGTGCTGGCTATACAGCAAGGCCTATGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGCTTGCTGATAGACTGTGCTGGCTATACAGCAAGGCCTATGGAT  450

seq1  TAACCTGACCTCATCTCCCAAGCATGAGCCACTATGTCTGACCCTAAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGACCTCATCTCCCAAGCATGAGCCACTATGTCTGACCCTAAGGT  500

seq1  TTTTTTTTAAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTAGTTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTAAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTAGTTGTC  550

seq1  TTCAGACACTCCAGAAGAGGACGTCAGATTTTGTTACAGATGGTTGTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACACTCCAGAAGAGGACGTCAGATTTTGTTACAGATGGTTGTGAG  600

seq1  CCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCGGAAGAGCAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCGGAAGAGCAGTC  650

seq1  AGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCCCTAAGGTTTTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCCCTAAGGTTTTTTA  700

seq1  GTTTAGTTTTTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTATTTTGAGACAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTTAGTTTTTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTA-TTTGAGACAGTA  749

seq1  TCTCACCATGTAACTCTGACTGGCCTGAAACTTGCTATGTAGACCAGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCATGTAACTCTGACTGG-CTGAAACTTGCTATGTAGACCAGGCT  798

seq1  GGCTTTGAATTTATGGAGATTCACC-TTCTCTACTCCTCAAGTGCTGGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGAATTTATGGAGATTCACCTTTCTCTACTCCTCAAGTGCTGGGA  848

seq1  TTAAG-AATAAG-TGCCACCACACCAGTGA-TTTTTAAAAGGTGAGTT-C  895
      ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  TTAAGAAATAAGTTGCCACCACACCAGTGATTTTTTAAAAGGTGAGTTCC  898

seq1  CAGGGATTGAACTCTGGTCCTCA  918
      ||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGGGATTGAACTCT-GTCCTCA  920

seq1: chr13_40673404_40674219
seq2: B6Ng01-113H11.g_69_887 (reverse)

seq1  CTTGTTTGAGTCCT-ATTGTTGCTGAG-AAAATACTATACTTGATAGCGT  48
      |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTG-TTGAGTCCTAATTGTTGCTGAGAAAAATACTATACTTGATAGCGT  49

seq1  CTTACTGAAGCAACTCATCTTCTCC-ACCTTGCAGTCACTCGGCCCCTCG  97
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TACTGAAGCAACTCATCTTCTCCAACCTTGCAGTCACTCGGCCCCTCG  98

seq1  CAGTTCAGTTCTCCCTGGGAGGCTCCAGAGTGCTCTGAAGCCCTTCTGTA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAGTTCTCCCTGGGAGGCTCCAGAGTGCTCTGAAGCCCTTCTGTA  148

seq1  TAGCAGTCCCTTCTCC--TTTTCTTCTGTCCTTCCATCCTCTGTCTTTCT  195
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTCCCTTCTCCCTTTTTCTTCTGTCCTTCCATCCTCTGTCTTTCT  198

seq1  CTAGGGTCTGAGTTTGGTTTGTTTATCTTTTCATTTTGTTGTTCTTTTAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGTCTGAGTTTGGTTTGTTTATCTTTTCATTTTGTTGTTCTTTTAA  248

seq1  TTTAATGATTACTATTTCTTGTGTGTGTGTGTATGATGTATGTATGTGGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGATTACTATTTCTTGTGTGTGTGTGTATGATGTATGTATGTGGG  298

seq1  CACATACCGTGGCATACATGTGTCTATCAGGGGACAACTTTGCAGAGTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACCGTGGCATACATGTGTCTATCAGGGGACAACTTTGCAGAGTCA  348

seq1  ATTCTCTCCTTCTCTTCATATTTATGAGAGTTTCACAGATTAAACTCAAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTCCTTCTCTTCATATTTATGAGAGTTTCACAGATTAAACTCAAG  398

seq1  CTACTGTGCTTGTGTGGCAAGTACTATTACCTGATGAGCCATCTCCCCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGCTTGTGTGGCAAGTACTATTACCTGATGAGCCATCTCCCCAG  448

seq1  TGTATTCAATTTCTTTCTTCTCTTCTCCTTCTTTCTCTTCCTCTTCCTTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCAATTTCTTTCTTCTCTTCTCCTTCTTTCTCTTCCTCTTCCTTC  498

seq1  TCCTCCTGGTCCTACCTCCCCAACCTCAAATAAGGTCTCATGACTTAGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGGTCCTACCTCCCCAACCTCAAATAAGGTCTCATGACTTAGAC  548

seq1  CATAATAGCCTTCAAGTCACAATACACTATGTGTCCCAGACTAGCCACAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAGCCTTCAAGTCACAATACACTATGTGTCCCAGACTAGCCACAA  598

seq1  ATTTGCCATCTTTCTGCCTCGACCTCCCAAGTGTTGAGATGACAAGTACT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCATCTTTCTGCCTCGACCTCCCAAGTGTTGAGATGACAAGTACT  648

seq1  TATTCCATCACATCTGATTTTTCTACTTCCCCCAGAAATGTATGTCTTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCATCACATCTGATTTTTCTACTTCCCCCAGAAATGTATGTCTTTT  698

seq1  CAGAGAGAAGAAAAGCCTTTGGCAAGACAAGTCTTCCATAAATAAATAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGAAGAAAAGCCTTTGGCAAGACAAGTCTTCCATAAATAAATAAA  748

seq1  AAAGGTTCTATCTTGTTTACCTCTCAATCGTAAAGAAGGATTGGATGGTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTCTATCTTGTTTACCTCTCAATCGTAAAGAAGGATTGGATGGTC  798

seq1  ATAGCTCTATGCTTTGAATTC  816
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCTATGCTTTGAATTC  819