BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114D04
Chromosome16 (Build37)
Map Location 35,433,253 - 35,523,716
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdia5
Upstream geneKalrn, Ropn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5, Sec22a
Downstream geneSema5b, EG546663, Dirc2, Hspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1, Wdr5b, 2310056P07Rik, Ccdc58, Csta, Stfa2l1, EG433016, EG627962, EG408196, 2010005H15Rik, Stfa1, EG209324, LOC100038854, BC100530, LOC639105, Stfa2, Stfa3, Casr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114D04.bB6Ng01-114D04.g
ACCDH919780DH919781
length1,098517
definitionDH919780|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114D04, 5' end.DH919781|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,433,253 - 35,434,343)(35,523,194 - 35,523,716)
sequence
gaattccactggagttagaaaaaaacaccaggacacagaaatcttgggat
tctcagctcctctatgaaagggagtagcatttacatatacctatagagac
tctttcataagctccaaattatctgccaaacagaagacaatgcagacgct
aaataggtgtgatagtatatggcttaagggataaagaaaaaaaaggtctg
tacatattcaatacaaaaacatttccccaagaaagtatcttagaccctcg
actggctgaacccacagatgcagagccccagaatacacaggatgaatgag
cgggacagggctggttgtcagggaagaactgtaggtcagagggatctaca
aggggatgtcagtagccttcaacaaacaccgaggtggccaggcagagccc
gatccaggatggtggatgtagacaagataacgaatgtgagaagtatgttt
gccgaggtgcaggtcacactactgaggagccaggcagctcagaaagggaa
ctgagggagagctactcacagaccatcaggcagagagaagctgagtttga
ttttaaacactgcattcagaaagagagggggaatcagactgcaaggctgt
gtaagctatcggacatgtggtactggagcttaggagaggagcttgggcgg
aagcgagggagggcacagaggaggtcatgggggcactaaagcaagacaag
gggagcacaggcaccgtctgtgccctgcagagagaacacaggccttggag
gctcctcctcctagaggacctgaagaatggatgcagggcagtcacaaccc
agtgggctagcatcctcttcatccccattgcagagctagatcaatggagg
atcccaaggctcagaagctcacccaagatctcccagctaggcaacaagtg
agcgccagctctaagcctgacctatgtacatctcttaccagggctggtcc
actttgggtttaacatccactctgggcccaccgtggccaaggctaacaag
aaactggaagatgctcaaaggcccagttgggttggtgggtaagggcaaga
gggcagcacatttatgtagctgaacctgggagcatctccagctgctga
caagacagtcagggctactcggaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaa
aaagaatgtgtatattattcagacaccagtctatattttaggggtcgaat
gccctgaactagtcaacaatcttagttattcaaaatactacttattttgt
cagtaattagtttagggaaagacacctgactaaatttttgttcaatgggg
cattgaacatctatgggttattctgagggatgtgtgtcacttactttcct
tagtgttgtgacaaaacattgaagagaaacaacttcaagaagataggttt
gctatggctcgaagttcacagggacagctcagtacagtggaaagctgtca
tgtggctagaaccccatctgtgaaggcagcttgctgaagagcttgcaaat
tctcacagcccaggaagcctggagagctaagtcagaagctataggtgagc
tataatcctcaggatctaagatcgagcccacaataacctacttccttcat
ctctaaaggtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_35433253_35434343
seq2: B6Ng01-114D04.b_51_1148

seq1  GAATTCCACTGGAGTTAGAAAAAAACACCAGGACACAGAAATCTTGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGGAGTTAGAAAAAAACACCAGGACACAGAAATCTTGGGAT  50

seq1  TCTCAGCTCCTCTATGAAAGGGAGTAGCATTTACATATACCTATAGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCTCCTCTATGAAAGGGAGTAGCATTTACATATACCTATAGAGAC  100

seq1  TCTTTCATAAGCTCCAAATTATCTGCCAAACAGAAGACAATGCAGACGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCATAAGCTCCAAATTATCTGCCAAACAGAAGACAATGCAGACGCT  150

seq1  AAATAGGTGTGATAGTATATGGCTTAAGGGATAAAGAAAAAAAAGGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGTGTGATAGTATATGGCTTAAGGGATAAAGAAAAAAAAGGTCTG  200

seq1  TACATATTCAATACAAAAACATTTCCCCAAGAAAGTATCTTAGACCCTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATTCAATACAAAAACATTTCCCCAAGAAAGTATCTTAGACCCTCG  250

seq1  ACTGGCTGAACCCACAGATGCAGAGCCCCAGAATACACAGGATGAATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTGAACCCACAGATGCAGAGCCCCAGAATACACAGGATGAATGAG  300

seq1  CGGGACAGGGCTGGTTGTCAGGGAAGAACTGTAGGTCAGAGGGATCTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACAGGGCTGGTTGTCAGGGAAGAACTGTAGGTCAGAGGGATCTACA  350

seq1  AGGGGATGTCAGTAGCCTTCAACAAACACCGAGGTGGCCAGGCAGAGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATGTCAGTAGCCTTCAACAAACACCGAGGTGGCCAGGCAGAGCCC  400

seq1  GATCCAGGATGGTGGATGTAGACAAGATAACGAATGTGAGAAGTATGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGGATGGTGGATGTAGACAAGATAACGAATGTGAGAAGTATGTTT  450

seq1  GCCGAGGTGCAGGTCACACTACTGAGGAGCCAGGCAGCTCAGAAAGGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGGTGCAGGTCACACTACTGAGGAGCCAGGCAGCTCAGAAAGGGAA  500

seq1  CTGAGGGAGAGCTACTCACAGACCATCAGGCAGAGAGAAGCTGAGTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGAGAGCTACTCACAGACCATCAGGCAGAGAGAAGCTGAGTTTGA  550

seq1  TTTTAAACACTGCATTCAGAAAGAGAGGGGGAATCAGACTGCAAGGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACACTGCATTCAGAAAGAGAGGGGGAATCAGACTGCAAGGCTGT  600

seq1  GTAAGCTATCGGACATGTGGTACTGGAGCTTAGGAGAGGAGCTTGGGCGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTATCGGACATGTGGTACTGGAGCTTAGGAGAGGAGCTTGGGCGG  650

seq1  AAGCGAGGGAGGGCACAGAGGAGGTCATGGGGGCACTAAAGCAAGACAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGAGGGAGGGCACAGAGGAGGTCATGGGGGCACTAAAGCAAGACAAG  700

seq1  GGGAGCACAGGCACCGTCTGTGCCCTGCAGAGAGAACACAGGCCTTGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCACAGGCACCGTCTGTGCCCTGCAGAGAGAACACAGGCCTTGGAG  750

seq1  GCTCCTCCTCCTAGAGGACCTGAAGAATGGATGCAGGGCAGTCACAACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCTCCTAGAGGACCTGAAGAATGGATGCAGGGCAGTCACAACCC  800

seq1  AGTGGGCTAGCATCCTCTTCATCCCCATTGCAGAGCTAGATCAATGGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCTAGCATCCTCTTCATCCCCATTGCAGAGCTAGATCAATGGAGG  850

seq1  AT-CCAAGGCTCAGAAGCTCACCCAAGATCTCCCAGCTAGGCAACAAGTG  899
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGGCTCAGAAGCTCACCCAAGATCTCCCAGCTAGGCAACAAGTG  900

seq1  AGCGCCAGCTCTAAGCCTGACCTATGTACATCTCTTACCAGGCCTGGTCC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCGCCAGCTCTAAGCCTGACCTATGTACATCTCTTACCAGGGCTGGTCC  950

seq1  ACTTT-GGTTTCACATCCACTCT-GGCCCACCGTGG-CAAGGCTAACAAG  996
      ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTTTGGGTTTAACATCCACTCTGGGCCCACCGTGGCCAAGGCTAACAAG  1000

seq1  AAACTGG-AGATGCTCAAAGGCCCAGTGGGGTT-GTGGGTAAGGGCAAGA  1044
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  AAACTGGAAGATGCTCAAAGGCCCAGTTGGGTTGGTGGGTAAGGGCAAGA  1050

seq1  GGGCAGCACATTTATGTAGCTGAACCTGGAAGCATCT-CAGCTGCTGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  GGGCAGCACATTTATGTAGCTGAACCTGGGAGCATCTCCAGCTGCTGA  1098

seq1: chr16_35523194_35523716
seq2: B6Ng01-114D04.g_68_590 (reverse)

seq1  CACACACACCTTTAGAGATGAAGGAAGTAGGTTATTGTGGGCTCGATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACCTTTAGAGATGAAGGAAGTAGGTTATTGTGGGCTCGATCTT  50

seq1  AGATCCTGAGGATTATAGCTCACCTATAGCTTCTGACTTAGCTCTCCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTGAGGATTATAGCTCACCTATAGCTTCTGACTTAGCTCTCCAGG  100

seq1  CTTCCTGGGCTGTGAGAATTTGCAAGCTCTTCAGCAAGCTGCCTTCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGGCTGTGAGAATTTGCAAGCTCTTCAGCAAGCTGCCTTCACAG  150

seq1  ATGGGGTTCTAGCCACATGACAGCTTTCCACTGTACTGAGCTGTCCCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTTCTAGCCACATGACAGCTTTCCACTGTACTGAGCTGTCCCTGT  200

seq1  GAACTTCGAGCCATAGCAAACCTATCTTCTTGAAGTTGTTTCTCTTCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCGAGCCATAGCAAACCTATCTTCTTGAAGTTGTTTCTCTTCAAT  250

seq1  GTTTTGTCACAACACTAAGGAAAGTAAGTGACACACATCCCTCAGAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTCACAACACTAAGGAAAGTAAGTGACACACATCCCTCAGAATAA  300

seq1  CCCATAGATGTTCAATGCCCCATTGAACAAAAATTTAGTCAGGTGTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGATGTTCAATGCCCCATTGAACAAAAATTTAGTCAGGTGTCTTT  350

seq1  CCCTAAACTAATTACTGACAAAATAAGTAGTATTTTGAATAACTAAGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAACTAATTACTGACAAAATAAGTAGTATTTTGAATAACTAAGATT  400

seq1  GTTGACTAGTTCAGGGCATTCGACCCCTAAAATATAGACTGGTGTCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACTAGTTCAGGGCATTCGACCCCTAAAATATAGACTGGTGTCTGAA  450

seq1  TAATATACACATTCTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCCGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATACACATTCTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTCCGAG  500

seq1  TAGCCCTGACTGTCTTGGAATTC  523
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGACTGTCTTGGAATTC  523