BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116D23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 4,565,122 - 4,614,628
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlis2
Upstream geneOlfr161, Olfr162-ps1, Olfr163-ps1, LOC100042949, Mefv, EG620395, Zfp263, Olfr15, Zfp174, Zfp597, 1200013P24Rik, 1700037C18Rik, Cluap1, LOC664851, Nlrc3, Btbd12, Dnase1, Trap1, Crebbp, EG436332, Adcy9, EG620313, Srl, Tcfap4
Downstream geneMagmas, Coro7, Vasn, Dnaja3, Nmral1, Hmox2, 5730403B10Rik, 4930562C15Rik, 1500031H01Rik, Mgrn1, Nudt16l1, Anks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik, Ubn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa, AU021092, Alg1, 5730409G15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116D23.bB6Ng01-116D23.g
ACCDH921293DH921294
length1,1411,024
definitionDH921293|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D23, 5' end.DH921294|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,565,122 - 4,566,265)(4,613,605 - 4,614,628)
sequence
gaattcttgcttttggctagatagctaaggttaccccctatctcaatgac
tcctgtagggaccactcccacctcttcaagtccttatggcatggccccct
ccctgcaagccacaatccctcagtgtggcctctccttctctgtatcctcg
tgtctctgtcttctctctttaaagctggcattaagttccccaggcattgt
tctttctggactcacatggcccttctgcctctctcccaagtggctaaacc
tacaggcgcacacccctgtgcccaactcaagccttctcctgctttgtctt
gattgcttcctcttctccaaacacctggaggaaccctgcttatgcaggac
ccaccaaatgacctctccaaggtcaccagtcacagaagtcagaatcacag
tctacctacattggcctaaggaattaaaatgagaggagaagctagacata
atagcacacacctgaggtccccgtacctgagaggctaagacaggtggttt
ggatcttgaattctgggacagcctagacatactgagatcctgtttcacaa
aagcagcagcagccgtgagggaaacatagatactacatgttacatgttac
acagagtggggacataaaaacaaaacaacaaattaagagatattctaagg
acacacagcaagctggagatggatctgtaatgtttaattttaattgttat
cttgacacaatctagaattacctgggaagggagtcttagtgaggcattgt
ctagtatgttggccagcacgcatgtccttgtggcattgtcttgattccag
taattgatatgggaagaccccagtcccacagatagtgtcatctgtcaact
tgatgctgtctgagttgtctattggggagatcatcttaatcattgcctgt
agacatgtttgtgtgtcattttcttgattgatgcagaaaggacattgtcc
actgggcagtatgttcctttggcaggtatagaaaaactacctggtctggg
ggagatggctcagcagttaagagcactggctgctctcagaggactgggtt
ctattccagccacctacggtgaaactcagacctgttcggtaacctcagtc
aatagcccgggcaatgaaaaacacaacctaatgaatatgat
gaattcccaagtgtgggcctatctatgatcactgggggctcctagctgac
aagtaggtaaggcagggaggactggaaccctgcccagccagggtggccat
agagaggaacgcaccagagcaagaggcaggactgagcgtcctgggaggac
aggcaaaggcctcacccagactacagactagggaaatggaagtgattgag
gccttagcacccaagagaatggctcttcttggacagcaggtccaagccaa
gtcctcactttggagccaggaggccagcacagaccttctagcaccatcct
tgccaccttgccacccagcttgtctggggctgcagcttggccctggggca
gtaggatattattgctatttcgcagaagagtttctgttcgtcgggggatg
agcccacggtaggtggctgggctgtcacagctggtagatgggttgcccag
tttcagtttaccacagctggtttgagcagcacagaccctggtggaatgac
cacccagccaggagttaacacctctggactgctggctgctgagttgcctg
tggacaggtccagtacagtgcctgggagcaaagggagtccatcagggctt
ggccgggagcggctgcgctccgtcctttccaggggcgtcttgtgatcttc
caggcccaggaccctggcaggtactgacccacgacccttctccccctcgg
ccttgctaccggcagagccacccaggagagaaaccacaggcaggcctagt
ccaccagccccaaagggtgagggcaacagcgggttcttggccagattgag
gggcagaacagagcctggcagcccagggccaatacccccacccccacctt
caccatttgccacaggccagagcactgaggtcaaggggccaggaggtaga
ggtaatggcaggccaggcagactggggcctcaaaagggcagcaggtttcg
ggatgatgatctgagcctctgctgacatagagccacttgtcaggagtggc
agtggtggttttaggggggtgggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_4565122_4566265
seq2: B6Ng01-116D23.b_49_1189

seq1  GAATTCTTGCTTTTGGCTAGATAGCTAAGGTTACCCCCTATCTCAATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTTTTGGCTAGATAGCTAAGGTTACCCCCTATCTCAATGAC  50

seq1  TCCTGTAGGGACCACTCCCACCTCTTCAAGTCCTTATGGCATGGCCCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAGGGACCACTCCCACCTCTTCAAGTCCTTATGGCATGGCCCCCT  100

seq1  CCCTGCAAGCCACAATCCCTCAGTGTGGCCTCTCCTTCTCTGTATCCTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCAAGCCACAATCCCTCAGTGTGGCCTCTCCTTCTCTGTATCCTCG  150

seq1  TGTCTCTGTCTTCTCTCTTTAAAGCTGGCATTAAGTTCCCCAGGCATTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGTCTTCTCTCTTTAAAGCTGGCATTAAGTTCCCCAGGCATTGT  200

seq1  TCTTTCTGGACTCACATGGCCCTTCTGCCTCTCTCCCAAGTGGCTAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGGACTCACATGGCCCTTCTGCCTCTCTCCCAAGTGGCTAAACC  250

seq1  TACAGGCGCACACCCCTGTGCCCAACTCAAGCCTTCTCCTGCTTTGTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCGCACACCCCTGTGCCCAACTCAAGCCTTCTCCTGCTTTGTCTT  300

seq1  GATTGCTTCCTCTTCTCCAAACACCTGGAGGAACCCTGCTTATGCAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTTCCTCTTCTCCAAACACCTGGAGGAACCCTGCTTATGCAGGAC  350

seq1  CCACCAAATGACCTCTCCAAGGTCACCAGTCACAGAAGTCAGAATCACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAATGACCTCTCCAAGGTCACCAGTCACAGAAGTCAGAATCACAG  400

seq1  TCTACCTACATTGGCCTAAGGAATTAAAATGAGAGGAGAAGCTAGACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTACATTGGCCTAAGGAATTAAAATGAGAGGAGAAGCTAGACATA  450

seq1  ATAGCACACACCTGAGGTCCCCGTACCTGAGAGGCTAAGACAGGTGGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACACACCTGAGGTCCCCGTACCTGAGAGGCTAAGACAGGTGGTTT  500

seq1  GGATCTTGAATTCTGGGACAGCCTAGACATACTGAGATCCTGTTTCACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTGAATTCTGGGACAGCCTAGACATACTGAGATCCTGTTTCACAA  550

seq1  AAGCAGCAGCAGCCGTGAGGGAAACATAGATACTACATGTTACATGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCAGCAGCCGTGAGGGAAACATAGATACTACATGTTACATGTTAC  600

seq1  ACAGAGTGGGGACATAAAAACAAAACAACAAATTAAGAGATATTCTAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTGGGGACATAAAAACAAAACAACAAATTAAGAGATATTCTAAGG  650

seq1  ACACACAGCAAGCTGGAGATGGATCTGTAATGTTTAATTTTAATTGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGCAAGCTGGAGATGGATCTGTAATGTTTAATTTTAATTGTTAT  700

seq1  CTTGACACAATCTAGAATTACCTGGGAAGGGAGTCTTAGTGAGGCATTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACACAATCTAGAATTACCTGGGAAGGGAGTCTTAGTGAGGCATTGT  750

seq1  CTAGTAGGTTGGCCAGCACGCATGTCCTTGTGGCATTGTCTTGATTCCAG  800
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATGTTGGCCAGCACGCATGTCCTTGTGGCATTGTCTTGATTCCAG  800

seq1  TAATTGATATGGGAAGACCCCAGTCCCACAGATAGTGTCATCTGTCAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGATATGGGAAGACCCCAGTCCCACAGATAGTGTCATCTGTCAACT  850

seq1  TGATGCTGTCTGAGTTGTCTATT-GGGAGATCATCTTAATCATTGCCTGT  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTGTCTGAGTTGTCTATTGGGGAGATCATCTTAATCATTGCCTGT  900

seq1  AGACATGTTTGTGTGTCATTTTCTTGATTGATGCAG-AAGGACATTGTCC  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGACATGTTTGTGTGTCATTTTCTTGATTGATGCAGAAAGGACATTGTCC  950

seq1  ACTGGGCAGTATGTTCCTTTGGCAGGTATAGAAAAACTACCTGGTCT-GG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTGGGCAGTATGTTCCTTTGGCAGGTATAGAAAAACTACCTGGTCTGGG  1000

seq1  GGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||
seq2  GGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCT--CAGAGGA-CTGG  1047

seq1  GTTCTATTCCCAGCACCCAC-GTGACACTCAGACCTGTTCGGTAAACCTC  1096
      ||||||||||   |||| || |||| ||||||||||||||||| ||||| 
seq2  GTTCTATTCCAGCCACCTACGGTGAAACTCAGACCTGTTCGGT-AACCT-  1095

seq1  CAGTCCAAATATGCCCCGGCAATG-AAAACACAACTCAATGAATATGAT  1144
      |||||  |||| |||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||
seq2  CAGTC--AATA-GCCCGGGCAATGAAAAACACAACCTAATGAATATGAT  1141

seq1: chr16_4613605_4614628
seq2: B6Ng01-116D23.g_68_1091 (reverse)

seq1  GCCCACCCCC--TAAACCACCACTGCCCACTCCTGAC-AGTGGCTCCTAT  47
      ||||||||||   |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||
seq2  GCCCACCCCCCTAAAACCACCACTG-CCACTCCTGACAAGTGGCT-CTAT  48

seq1  GTCAGC-GGGGCTCAGATCATCATCCCGAACCCTGCTGCCCTTTTTGGAG  96
      |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||
seq2  GTCAGCAGAGGCTCAGATCATCATCCCGAAACCTGCTGCCCTTTT--GAG  96

seq1  GCCCCAGTCTGCCTGGCCTGCCATTACCTCTACCTCCTGGCCCCCTTGAC  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCCCCAGTCTGCCTGGCCTGCCATTACCTCTACCTCCTGG-CCCCTTGAC  145

seq1  CTCAGTGCTCTGGCCTGTGGC-AATGGTGGAGGTGGGGGTGGGGGTATTG  195
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGCTCTGGCCTGTGGCAAATGGTGAAGGTGGGGGTGGGGGTATTG  195

seq1  GCCCTGGGCTGCCAGGCTCTGTTCTGCCCCTCAATCTGGCCAAGAACCCG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGGCTGCCAGGCTCTGTTCTGCCCCTCAATCTGGCCAAGAACCCG  245

seq1  CTGTTGCCCTCACCCTTTGGGGCTGGTGGACTAGGCCTGCCTGTGGTTTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCCCTCACCCTTTGGGGCTGGTGGACTAGGCCTGCCTGTGGTTTC  295

seq1  TCTCCTGGGTGGCTCTGCCGGTAGCAAGGCCGAGGGGGAGAAGGGTCGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGGTGGCTCTGCCGGTAGCAAGGCCGAGGGGGAGAAGGGTCGTG  345

seq1  GGTCAGTACCTGCCAGGGTCCTGGGCCTGGAAGATCACAAGACGCCCCTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGTACCTGCCAGGGTCCTGGGCCTGGAAGATCACAAGACGCCCCTG  395

seq1  GAAAGGACGGAGCGCAGCCGCTCCCGGCCAAGCCCTGATGGACTCCCTTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGACGGAGCGCAGCCGCTCCCGGCCAAGCCCTGATGGACTCCCTTT  445

seq1  GCTCCCAGGCACTGTACTGGACCTGTCCACAGGCAACTCAGCAGCCAGCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCAGGCACTGTACTGGACCTGTCCACAGGCAACTCAGCAGCCAGCA  495

seq1  GTCCAGAGGTGTTAACTCCTGGCTGGGTGGTCATTCCACCAGGGTCTGTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAGGTGTTAACTCCTGGCTGGGTGGTCATTCCACCAGGGTCTGTG  545

seq1  CTGCTCAAACCAGCTGTGGTAAACTGAAACTGGGCAACCCATCTACCAGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAAACCAGCTGTGGTAAACTGAAACTGGGCAACCCATCTACCAGC  595

seq1  TGTGACAGCCCAGCCACCTACCGTGGGCTCATCCCCCGACGAACAGAAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGCCCAGCCACCTACCGTGGGCTCATCCCCCGACGAACAGAAAC  645

seq1  TCTTCTGCGAAATAGCAATAATATCCTACTGCCCCAGGGCCAAGCTGCAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGCGAAATAGCAATAATATCCTACTGCCCCAGGGCCAAGCTGCAG  695

seq1  CCCCAGACAAGCTGGGTGGCAAGGTGGCAAGGATGGTGCTAGAAGGTCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACAAGCTGGGTGGCAAGGTGGCAAGGATGGTGCTAGAAGGTCTG  745

seq1  TGCTGGCCTCCTGGCTCCAAAGTGAGGACTTGGCTTGGACCTGCTGTCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCCTCCTGGCTCCAAAGTGAGGACTTGGCTTGGACCTGCTGTCCA  795

seq1  AGAAGAGCCATTCTCTTGGGTGCTAAGGCCTCAATCACTTCCATTTCCCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGCCATTCTCTTGGGTGCTAAGGCCTCAATCACTTCCATTTCCCT  845

seq1  AGTCTGTAGTCTGGGTGAGGCCTTTGCCTGTCCTCCCAGGACGCTCAGTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTAGTCTGGGTGAGGCCTTTGCCTGTCCTCCCAGGACGCTCAGTC  895

seq1  CTGCCTCTTGCTCTGGTGCGTTCCTCTCTATGGCCACCCTGGCTGGGCAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTTGCTCTGGTGCGTTCCTCTCTATGGCCACCCTGGCTGGGCAG  945

seq1  GGTTCCAGTCCTCCCTGCCTTACCTACTTGTCAGCTAGGAGCCCCCAGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCAGTCCTCCCTGCCTTACCTACTTGTCAGCTAGGAGCCCCCAGTG  995

seq1  ATCATAGATAGGCCCACACTTGGGAATTC  1024
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGATAGGCCCACACTTGGGAATTC  1024