BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133E06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 74,308,272 - 74,401,995
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRobo2
Upstream genenone
Downstream geneLOC665042
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133E06.bB6Ng01-133E06.g
ACCDH933856DH933857
length1,1621,112
definitionDH933856|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133E06, 5' end.DH933857|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133E06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,400,833 - 74,401,995)(74,308,272 - 74,309,409)
sequence
gaattctacctgtaattttggtcttttatatgctctccaattaccctgtg
aagttttccatatttagtgaacacaagtgaacttgctacttagcagattt
aaagatatgaattatagattatagaaggatagagtcgaagagggagaaga
atcatttgaaaatatattacatgtcctctagtatttggacacgtggacac
ctaaatctaagaaaatgtaggtacttagttggaacccacactataatgta
ggaatcaaatcaaatcttagagaccaagatagttttgaccaggtgttttc
taaatataagagaattaacttggtaatgctgtggctgtcatctgattcca
cacatgctcattgggtgctgattcatagacaagcaaacttgcagggctct
ttgagaaacacaaggacgtactaaatcaatactagagtcttctcttttat
tctatctgttaatgttttacatttcatattcattaaatctcggcaagttc
atttcagttaactggatgatgaaaactttacttggtggttgaagaggaat
tctaagctgaaaatcacagaatttacaatccctgacttgtataaacaagg
gaacaagtagaaagtgattttgactatcaaacattagctttggctgtcat
tggggacacctattcgtgatacattttgtaagattttttcttaacatgag
tcttcaggtagctgataaaaaaaatgtttttgctttaacggactcatctg
tgaccacacctatgtaactgtcacaggcatgctatgacatgctttttcca
ctacattatacgctgatcacagaatgcttagcattcccaagtgaatagtg
ttgcttatgacagaaagggatacataagagggcttctgaaaacagccata
atttgttaaccaatgttatatgatgatataaatactgtatttttgcttca
tgtggggtttatatttttacagttatatttttatattttacccacagttt
ttgggttcttaaataggtatcaatggggaaaaccgttttgttaagacaaa
ccattgagtactaaataatacagcttttacctatattcagagtacatgag
ttctattattttacaattcacatttcttttctttacctatttaagattgt
taccaaacaaac
gaattcttactgtctctcacagtatcccaaattacatgtattaactaacc
tcatgtggtaaattcttttcatctacattcacctacactagaggctgaat
ggccagcttcctatgtcacagctatttagggctatgtaatttatttgaga
gaagaaatgaaggggctatcccaggaagtttgccgtaacccatggagcca
tttgaaaagctataactactttcaagtagcaacatgcttcctcaaaatag
actctgatgtaactgggcttaatattgtgaccagcacagtatcaatttaa
atctcttttaaagttttcaccttgctcttgtttacccccaaagtcagcct
gctggagaatacttgaatatagctttaataactatacttaaggactacgt
gacttgaacatagttaattttatacaagcatattgagtgctgattttact
atttttccacaagcccttttattcattttaaatcaaataactgattttgg
aagccccattataaaagcagagttatccagtattgggacgtagcacttgt
actatatagggtaatatcattgcctgcattccacaggtcctataagatgt
caataaacatgtatataataaaaactaatatataataaatagcaattcct
ttcattgagtgtcaaataaagatagtctctaatatggaaatattgtgtgg
gccaaaatctcccttactattggttttcaaatacacagtaaatttccttc
caaagaaaaatagtccattcaacatacaaggaagtgaagcaagggtggtc
aaatcaactcaataccaaagacccaaaatatggattttagatccccttca
tttccctggccccatggagtgtaactgctgtccctgttaacttatccatt
ccagagtggtacaaaggatgtgtgcagaactgctttgctctcatgcacaa
gtcaagcagttgtaagactgccttgatatgggtttctttcctgggaagtc
ccctggactagcactattgacgctaatacaacactaagaatcgattctac
cacatgttccttagccagtagagttaactaagaaaaaatcacatttttcg
attttctccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_74400833_74401995
seq2: B6Ng01-133E06.b_47_1208 (reverse)

seq1  GTTTGTTTTGTAACAATCTGTAAAATTAGTAATAGAAAAGATATGTGATT  50
      |||||||| |||||||||| ||||  |||  | |||||||| |||||| |
seq2  GTTTGTTTGGTAACAATCT-TAAA--TAGGTAAAGAAAAGAAATGTGAAT  47

seq1  TGTAAAAATAATAGAAACTCATTGTTACTCTTGAATATAGGTAAAAGCTG  100
      ||| |||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGT-AAAATAATAG-AACTCAT--GTACTC-TGAATATAGGTAAAAGCTG  92

seq1  TATTTATTTGGTACTCAATGGGTTTGTCTT-ACACAAACGTTTTCCCCA-  148
      || |||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||  |||||||||| 
seq2  TA-TTATTTAGTACTCAAT-GGTTTGTCTTAACAAAACGGTTTTCCCCAT  140

seq1  TGGTACTTATTTTAGAA-CCAAAAACTGTGGGTAAAATATTAAAAATATA  197
      || ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGATACCTATTTAAGAACCCAAAAACTGTGGGTAAAATA-TAAAAATATA  189

seq1  ACTGT-AAAATATAAA-CCCACATGAAGC-AAAATACAGTA-TTATATCA  243
      ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  ACTGTAAAAATATAAACCCCACATGAAGCAAAAATACAGTATTTATATCA  239

seq1  TCATATAACATTGGTTAACAAA-TATGGCTGTTTTCAGAAGGCCTCTTAT  292
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCATATAACATTGGTTAACAAATTATGGCTGTTTTCAGAAGCCCTCTTAT  289

seq1  GTATCCCTTTCTGTCATAAGCAACACTATTCACTTGGGAATGCTAAGCAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCTTTCTGTCATAAGCAACACTATTCACTTGGGAATGCTAAGCAT  339

seq1  TCTGTGATCAGCGTATAATGTAGTGG-AAAAGCATGTCATAGCATGCCTG  391
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATCAGCGTATAATGTAGTGGAAAAAGCATGTCATAGCATGCCTG  389

seq1  TGACAGTTACATAGGTGTGGTCACAGATGAGTCCGTTAAAGCAAAAACAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTTACATAGGTGTGGTCACAGATGAGTCCGTTAAAGCAAAAACAT  439

seq1  TTTTTTTATCAGCTACCTGAAGACTCATGTTAAG-AAAAATCTTACAAAA  490
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTTTTTATCAGCTACCTGAAGACTCATGTTAAGAAAAAATCTTACAAAA  489

seq1  TGTATCACGAATAGGTGTCCCCAATGACAGCCAAAGCTAATGTTTGATAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCACGAATAGGTGTCCCCAATGACAGCCAAAGCTAATGTTTGATAG  539

seq1  TCAAAATCACTTTCTACTTGTTCCCTTGTTTATACAAGTCAGGGATTGTA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATCACTTTCTACTTGTTCCCTTGTTTATACAAGTCAGGGATTGTA  589

seq1  AATTCTGTGATTTTCAGCTTAGAATTCCTCTTCAACCACCAAGTAAAGTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGTGATTTTCAGCTTAGAATTCCTCTTCAACCACCAAGTAAAGTT  639

seq1  TTCATCATCCAGTTAACTGAAATGAACTTGCCGAGATTTAATGAATATGA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCATCCAGTTAACTGAAATGAACTTGCCGAGATTTAATGAATATGA  689

seq1  AATGTAAAACATTAACAGATAGAATAAAAGAGAAGACTCTAGTATTGATT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAAACATTAACAGATAGAATAAAAGAGAAGACTCTAGTATTGATT  739

seq1  TAGTACGTCCTTGTGTTTCTCAAAGAGCCCTGCAAGTTTGCTTGTCTATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACGTCCTTGTGTTTCTCAAAGAGCCCTGCAAGTTTGCTTGTCTATG  789

seq1  AATCAGCACCCAATGAGCATGTGTGGAATCAGATGACAGCCACAGCATTA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCACCCAATGAGCATGTGTGGAATCAGATGACAGCCACAGCATTA  839

seq1  CCAAGTTAATTCTCTTATATTTAGAAAACACCTGGTCAAAACTATCTTGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTAATTCTCTTATATTTAGAAAACACCTGGTCAAAACTATCTTGG  889

seq1  TCTCTAAGATTTGATTTGATTCCTACATTATAGTGTGGGTTCCAACTAAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGATTTGATTTGATTCCTACATTATAGTGTGGGTTCCAACTAAG  939

seq1  TACCTACATTTTCTTAGATTTAGGTGTCCACGTGTCCAAATACTAGAGGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACATTTTCTTAGATTTAGGTGTCCACGTGTCCAAATACTAGAGGA  989

seq1  CATGTAATATATTTTCAAATGATTCTTCTCCCTCTTCGACTCTATCCTTC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAATATATTTTCAAATGATTCTTCTCCCTCTTCGACTCTATCCTTC  1039

seq1  TATAATCTATAATTCATATCTTTAAATCTGCTAAGTAGCAAGTTCACTTG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCTATAATTCATATCTTTAAATCTGCTAAGTAGCAAGTTCACTTG  1089

seq1  TGTTCACTAAATATGGAAAACTTCACAGGGTAATTGGAGAGCATATAAAA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACTAAATATGGAAAACTTCACAGGGTAATTGGAGAGCATATAAAA  1139

seq1  GACCAAAATTACAGGTAGAATTC  1163
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAAATTACAGGTAGAATTC  1162

seq1: chr16_74308272_74309409
seq2: B6Ng01-133E06.g_66_1177

seq1  GAATTCTTACTGTCTCTCACAGTATCCCAAATTACATGTATTAACTAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACTGTCTCTCACAGTATCCCAAATTACATGTATTAACTAACC  50

seq1  TCATGTGGTAAATTCTTTTCATCTACATTCACCTACACTAGAGGCTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGGTAAATTCTTTTCATCTACATTCACCTACACTAGAGGCTGAAT  100

seq1  GGCCAGCTTCCTATGTCACAGCTATTTAGGGCTATGTAATTTATTTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCTTCCTATGTCACAGCTATTTAGGGCTATGTAATTTATTTGAGA  150

seq1  GAAGAAATGAAGGGGCTATCCCAGGAAGTTTGCCGTAACCCATGGAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAATGAAGGGGCTATCCCAGGAAGTTTGCCGTAACCCATGGAGCCA  200

seq1  TTTGAAAAGCTATAACTACTTTCAAGTAGCAACATGCTTCCTCAAAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAGCTATAACTACTTTCAAGTAGCAACATGCTTCCTCAAAATAG  250

seq1  ACTCTGATGTAACTGGGCTTAATATTGTGACCAGCACAGTATCAATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGATGTAACTGGGCTTAATATTGTGACCAGCACAGTATCAATTTAA  300

seq1  ATCTCTTTTAAAGTTTTCACCTTGCTCTTGTTTACCCCCAAAGTCAGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTTAAAGTTTTCACCTTGCTCTTGTTTACCCCCAAAGTCAGCCT  350

seq1  GCTGGAGAATACTTGAATATAGCTTTAATAACTATACTTAAGGACTACGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAATACTTGAATATAGCTTTAATAACTATACTTAAGGACTACGT  400

seq1  GACTTGAACATAGTTAATTTTATACAAGCATATTGAGTGCTGATTTTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAACATAGTTAATTTTATACAAGCATATTGAGTGCTGATTTTACT  450

seq1  ATTTTTCCACAAGCCCTTTTATTCATTTTAAATCAAATAACTGATTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCACAAGCCCTTTTATTCATTTTAAATCAAATAACTGATTTTGG  500

seq1  AAGCCCCATTATAAAAGCAGAGTTATCCAGTATTGGGACGTAGCACTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCATTATAAAAGCAGAGTTATCCAGTATTGGGACGTAGCACTTGT  550

seq1  ACTATATAGGGTAATATCATTGCCTGCATTCCACAGGTCCTATAAGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATAGGGTAATATCATTGCCTGCATTCCACAGGTCCTATAAGATGT  600

seq1  CAATAAACATGTATATAATAAAAACTAATATATAATAAATAGCAATTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAACATGTATATAATAAAAACTAATATATAATAAATAGCAATTCCT  650

seq1  TTCATTGAGTGTCAAATAAAGATAGTCTCTAATATGGAAATATTGTGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGAGTGTCAAATAAAGATAGTCTCTAATATGGAAATATTGTGTGG  700

seq1  GCCAAAATCTCCCTTACTATTGGTTTTCAAATACACAGTAAATTTCCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATCTCCCTTACTATTGGTTTTCAAATACACAGTAAATTTCCTTC  750

seq1  CAAAGAAAAATAGTCCATTCAACATACAAGGAAGTGAAGCAAGGGTGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAAATAGTCCATTCAACATACAAGGAAGTGAAGCAAGGGTGGTC  800

seq1  AAATCAACTCAATACCAAAGACCCAAAATATGGATTTTAGATCCCCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACTCAATACCAAAGACCCAAAATATGGATTTTAGATCCCCTTCA  850

seq1  TTTCCCTGGCCCCATGGAGTGTAACTGCTGTCCCTGTTAACTTATCCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGGCCCCATGGAGTGTAACTGCTGTCCCTGTTAACTTATCCATT  900

seq1  CCAGAGTGGTACAAAGGATGTGTGCAGAACTGCTTTGCTCTCATGCACAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCAGAGTGGTACAAAGGATGTGTGCAGAACTGCTTTGCTCTCATGCAC-A  949

seq1  AGTCAAGCAGTTTGTAAGGACTGCCTTGATATGGGTTTCTTTCCTGGGAA  1000
      |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTCAAGCAG-TTGTAA-GACTGCCTTGATATGGGTTTCTTTCCTGGG-A  996

seq1  AGTCCCCTTGGACTTAAGGCAACTATTGAACGGCTAATACAACACTAAAG  1050
      ||||||| ||||||  ||   ||||||||   ||||||||||||||||  
seq2  AGTCCCC-TGGACT--AG--CACTATTGA--CGCTAATACAACACTAA--  1037

seq1  AAATCGAATTTCTACCACATGTCCTTTAAGCCAAGTAGAGTTTATACTAA  1100
       ||||||  ||||||||||||| | || |||| |||||||||   |||||
seq2  GAATCGA--TTCTACCACATGTTCCTT-AGCC-AGTAGAGTT--AACTAA  1081

seq1  GAAAAAAAAATCAACAATTTTTCAGATATTTCTCCTTT  1138
      |   |||||||||   ||||||| ||| ||||||||||
seq2  G---AAAAAATCA--CATTTTTC-GAT-TTTCTCCTTT  1112