BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134D08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 13,606,799 - 13,809,616
singlet/doubletdoublet
Overlap geneParn, LOC100043196, 3110001I22Rik, Pla2g10, A930007A09Rik, LOC622757, Rrn3
Upstream geneEG622509, LOC622553, Ercc4, Gt4-1, Mkl2
Downstream geneNtan1, Pdxdc1, Mpv17l, Ifitm7, 2900011O08Rik, 4921513D23Rik, Nde1, Myh11, 0610037P05Rik, Abcc1, Gm1758, Snai2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134D08.bB6Ng01-134D08.g
ACCDH934564DH934565
length1,1701,153
definitionDH934564|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134D08, 5' end.DH934565|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134D08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,808,442 - 13,809,616)(13,606,799 - 13,607,981)
sequence
gaattcattgctgcattcagaatctttaccatcgtcaacgtgcttcctga
gagccatactcactcacttatcccaaccctgacctatcacggtctcccca
gtttgctctgtcactaatacctgtctccctagaataaggatctgcggctt
agttagacctggcagcacacgagtttgcctgtttagtattagtttgtcca
ttaagatttcgagtgccgaggctgcgctgggtacaagcagaactccagtg
tcactaaagaatacaatacgtggctggctatggtactcttgcaataacag
cattgctggtttcttcatatgcactgctcctgagaatgtactggaattta
ctcagtgccaaagcgaaagaacggcatccagcaccaagctccaccccctt
gacttttagatgtccataaaggaaacaactcactttgtgatagcagcaaa
gaaattaaccacttgcggcaggcagatcttcagtgggttcagctggctca
acacaatgcgctcaaaatttagactctgaagatactgtagacctttgatt
aaaaaaaaaagaggggttaagatacctttaaaagcacaaattattacata
tgcaaaaacccaatttaagggctctgtggcagggcggatgcttagggtgg
gcttgagctctagcacaccacgtcccagaataaagacattataaacaagt
tactggcagcaacgcacgagtaaagctcaaggcctgctgccatacagtac
aaccttctgaaaagagaagccagttcctcttgggtaacagattacacagc
aacctgcaatcagtatctgcgggctcagagagggctgagggcacacagga
gagagaccacaggagctcgcctcctaacgggcaccaaggacagtccaggt
cacgtgtgcttcttagcagcgcagccctgcaacactctaaggatgccagt
tactgactgtacttctccctctcctcagtcaccctagtgaattccttcct
acaaggagccctagcccaggctgagtagacgggatgaatggaagcctacc
tgggctccataagtgaactacctcaaaaatattttttaaataatgtaaga
tcctaggtatctattttgatccaagcagaccaatttcacgtccggttttc
taaattacaattagttggta
gaattcttactactatgtagacatggctgatgaaagggcacagaaatccc
acctctgttcccatgtgcttggaatccaggtgtgcactgccacacccagg
cagtagcaggctgctcttatgttaggtaatccacaacaatttgattgata
gcaatttaaaaaaaaagcaacttgctgaattgaaatatatacgtaagtaa
ctagaaaacagaatttaacaaattactaacatagatagcatattttaaaa
tatatgtattggaatatgtattggaaattattcaacttcagggggaatga
atatatactgtgaatatgtatataaagagatatagatatatagatatatc
atagcccggaaaaaataaatcatgattaacaaaggcccaaggtctcatga
acttttaattatgcaatctctaccaaccaaaaataactgctcatttttaa
gtaaaaaatgtcttgtcagcactctttttctgttatccctttcagaccat
actctgacaacaatagatacaatgaggaaatcaaaatatacttacagtct
ggcccttccaagtttaaatagggaatatccatgaccctcataagaaataa
cctaccaaaagaaaacaaatagttcacaaactaatttaaaaaaaaagcat
ctattaaaatgttagtagaagctacttgctactgtggttgtttgaatgag
tagactcatatgtttgaataccttatgaacgctaaccctctgaaactatt
agcccaattaaataaattctttcttctctaagtctcccaggtcataacat
tttgtcacagcaatagcagagtaacaaatatgttcacattatttctattt
cttaaaaaaaaaaaaaaagaattcttaaaattcactttggagatttcttt
tcctttttagctaaatatgtagtataaagataaaaatataaattgtgata
tctcaacacctacacagtttctggcactcagtagcttctcagtaactcga
ctagattattaaatcactatgagtgtgaataagtctgtcctactgttagt
caagaacacaagaagcagactacttcaccactacgaaagtcctgtacagt
tatacttgtgagggagaatgacatcatttatttatcctatactttaaact
aca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_13808442_13809616
seq2: B6Ng01-134D08.b_46_1215 (reverse)

seq1  TACCAACTTAATTGGTAATTAAGAAAA-CAGACGTG-AATTGGTCTGCTT  48
      ||||||| ||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||||||||
seq2  TACCAAC-TAATT-GTAATTTAGAAAACCGGACGTGAAATTGGTCTGCTT  48

seq1  GGATCAAAATAG-TAACTA-GATC-TACATTTTATTTAAAAAAATATTTT  95
      |||||||||||| || ||| |||| ||||  |||||| |||||||| |||
seq2  GGATCAAAATAGATACCTAGGATCTTACA--TTATTT-AAAAAATA-TTT  94

seq1  TTGAGGTAGTTTCAC-TATGGAGCCCAGGTTGGCTTCCATTCATCCCGTC  144
      ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTAG-TTCACTTATGGAGCCCAGGTAGGCTTCCATTCATCCCGTC  143

seq1  TACCTCAGCCTGGGCTAGGGCTCCCTTGTAGGAAGGAATTCACTAGGGTG  194
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TA-CTCAGCCTGGGCTAGGGCT-CCTTGTAGGAAGGAATTCACTAGGGTG  191

seq1  ACTGAGGGAGAGGGAGGAAGTACAGTCAGTAACTGGCATCCTTAGAGTGT  244
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGA-GGAGAGGGA-GAAGTACAGTCAGTAACTGGCATCCTTAGAGTGT  239

seq1  TGCAGGGCTGCGCTGCTAAGAAGCACACGTGACCTGGACTGTCCTTGGTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGCTGCGCTGCTAAGAAGCACACGTGACCTGGACTGTCCTTGGTG  289

seq1  CCCGTTAGGAGGCGAGCTCCTGTGGTCTCTCTCCTGTGTGCCCTCAGCCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTAGGAGGCGAGCTCCTGTGGTCTCTCTCCTGTGTGCCCTCAGCCC  339

seq1  TCTCTGAGCCCGCAGATACTGATTGCAGGTTGCTGTGTAATCTGTTACCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGCCCGCAGATACTGATTGCAGGTTGCTGTGTAATCTGTTACCC  389

seq1  AAGAGGAACTGGCTTCTCTTTTCAGAAGGTTGTACTGTATGGCAGCAGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAACTGGCTTCTCTTTTCAGAAGGTTGTACTGTATGGCAGCAGGC  439

seq1  CTTGAGCTTTACTCGTGCGTTGCTGCCAGTAACTTGTTTATAATGTCTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCTTTACTCGTGCGTTGCTGCCAGTAACTTGTTTATAATGTCTTT  489

seq1  ATTCTGGGACGTGGTGTGCTAGAGCTCAAGCCCACCCTAAGCATCCGCCC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGACGTGGTGTGCTAGAGCTCAAGCCCACCCTAAGCATCCGCCC  539

seq1  TGCCACAGAGCCCTTAAATTGGGTTTTTGCATATGTAATAATTTGTGCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGAGCCCTTAAATTGGGTTTTTGCATATGTAATAATTTGTGCTT  589

seq1  TTAAAGGTATCTTAACCCCTCTTTTTTTTTTAATCAAAGGTCTACAGTAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTATCTTAACCCCTCTTTTTTTTTTAATCAAAGGTCTACAGTAT  639

seq1  CTTCAGAGTCTAAATTTTGAGCGCATTGTGTTGAGCCAGCTGAACCCACT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGTCTAAATTTTGAGCGCATTGTGTTGAGCCAGCTGAACCCACT  689

seq1  GAAGATCTGCCTGCCGCAAGTGGTTAATTTCTTTGCTGCTATCACAAAGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCTGCCTGCCGCAAGTGGTTAATTTCTTTGCTGCTATCACAAAGT  739

seq1  GAGTTGTTTCCTTTATGGACATCTAAAAGTCAAGGGGGTGGAGCTTGGTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTTTCCTTTATGGACATCTAAAAGTCAAGGGGGTGGAGCTTGGTG  789

seq1  CTGGATGCCGTTCTTTCGCTTTGGCACTGAGTAAATTCCAGTACATTCTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCCGTTCTTTCGCTTTGGCACTGAGTAAATTCCAGTACATTCTC  839

seq1  AGGAGCAGTGCATATGAAGAAACCAGCAATGCTGTTATTGCAAGAGTACC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGTGCATATGAAGAAACCAGCAATGCTGTTATTGCAAGAGTACC  889

seq1  ATAGCCAGCCACGTATTGTATTCTTTAGTGACACTGGAGTTCTGCTTGTA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCAGCCACGTATTGTATTCTTTAGTGACACTGGAGTTCTGCTTGTA  939

seq1  CCCAGCGCAGCCTCGGCACTCGAAATCTTAATGGACAAACTAATACTAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCGCAGCCTCGGCACTCGAAATCTTAATGGACAAACTAATACTAAA  989

seq1  CAGGCAAACTCGTGTGCTGCCAGGTCTAACTAAGCCGCAGATCCTTATTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAACTCGTGTGCTGCCAGGTCTAACTAAGCCGCAGATCCTTATTC  1039

seq1  TAGGGAGACAGGTATTAGTGACAGAGCAAACTGGGGAGACCGTGATAGGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGACAGGTATTAGTGACAGAGCAAACTGGGGAGACCGTGATAGGT  1089

seq1  CAGGGTTGGGATAAGTGAGTGAGTATGGCTCTCAGGAAGCACGTTGACGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTGGGATAAGTGAGTGAGTATGGCTCTCAGGAAGCACGTTGACGA  1139

seq1  TGGTAAAGATTCTGAATGCAGCAATGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAGATTCTGAATGCAGCAATGAATTC  1170

seq1: chr16_13606799_13607981
seq2: B6Ng01-134D08.g_68_1220

seq1  GAATTCTTACTACTATGTAGACATGGCTGATGAAAGGGCACAGAAATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACTACTATGTAGACATGGCTGATGAAAGGGCACAGAAATCCC  50

seq1  ACCTCTGTTCCCATGTGCTTGGAATCCAGGTGTGCACTGCCACACCCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGTTCCCATGTGCTTGGAATCCAGGTGTGCACTGCCACACCCAGG  100

seq1  CAGTAGCAGGCTGCTCTTATGTTAGGTAATCCACAACAATTTGATTGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCAGGCTGCTCTTATGTTAGGTAATCCACAACAATTTGATTGATA  150

seq1  GCAATTTAAAAAAAAAGCAACTTGCTGAATTGAAATATATACGTAAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTAAAAAAAAAGCAACTTGCTGAATTGAAATATATACGTAAGTAA  200

seq1  CTAGAAAACAGAATTTAACAAATTACTAACATAGATAGCATATTTTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAACAGAATTTAACAAATTACTAACATAGATAGCATATTTTAAAA  250

seq1  TATATGTATTGGAATATGTATTGGAAATTATTCAACTTCAGGGGGAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTATTGGAATATGTATTGGAAATTATTCAACTTCAGGGGGAATGA  300

seq1  ATATATACTGTGAATATGTATATAAAGAGATATAGATATATAGATATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACTGTGAATATGTATATAAAGAGATATAGATATATAGATATATC  350

seq1  ATAGCCCGGAAAAAATAAATCATGATTAACAAAGGCCCAAGGTCTCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCGGAAAAAATAAATCATGATTAACAAAGGCCCAAGGTCTCATGA  400

seq1  ACTTTTAATTATGCAATCTCTACCAACCAAAAATAACTGCTCATTTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAATTATGCAATCTCTACCAACCAAAAATAACTGCTCATTTTTAA  450

seq1  GTAAAAAATGTCTTGTCAGCACTCTTTTTCTGTTATCCCTTTCAGACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAATGTCTTGTCAGCACTCTTTTTCTGTTATCCCTTTCAGACCAT  500

seq1  ACTCTGACAACAATAGATACAATGAGGAAATCAAAATATACTTACAGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGACAACAATAGATACAATGAGGAAATCAAAATATACTTACAGTCT  550

seq1  GGCCCTTCCAAGTTTAAATAGGGAATATCCATGACCCTCATAAGAAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTCCAAGTTTAAATAGGGAATATCCATGACCCTCATAAGAAATAA  600

seq1  CCTACCAAAAGAAAACAAATAGTTCACAAACTAATTTAAAAAAAAAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCAAAAGAAAACAAATAGTTCACAAACTAATTTAAAAAAAAAGCAT  650

seq1  CTATTAAAATGTTAGTAGAAGCTACTTGCTACTGTGGTTGTTTGAATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAAATGTTAGTAGAAGCTACTTGCTACTGTGGTTGTTTGAATGAG  700

seq1  TAGACTCATATGTTTGAATACCTTATGAACGCTAACCCTCTGAAACTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCATATGTTTGAATACCTTATGAACGCTAACCCTCTGAAACTATT  750

seq1  AGCCCAATTAAATAAATTCTTTCTTCTCTAAGTCTCCCAGGTCATAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAATTAAATAAATTCTTTCTTCTCTAAGTCTCCCAGGTCATAACAT  800

seq1  TTTGTCACAGCAATAGCAGAGTAACAAATATGTTCACATTA-TTCTATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTGTCACAGCAATAGCAGAGTAACAAATATGTTCACATTATTTCTATTT  850

seq1  CTTAAAAAAAAAAAAAAAGAATTCTTAAAATTCACTTTGGAGATTTCTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAAAAAAAAAAAAGAATTCTTAAAATTCACTTTGGAGATTTCTTT  900

seq1  TCCTTTTTAGCTAAATATGTAGTATAAAGATAAAAATATAAATTGTGATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTTAGCTAAATATGTAGTATAAAGATAAAAATATAAATTGTGATA  950

seq1  TCTCCAACACCTACAACAGTTTCTGGCACTCAGTAGCTTCTCAGTAACAC  999
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TCT-CAACACCTAC-ACAGTTTCTGGCACTCAGTAGCTTCTCAGTAAC-T  997

seq1  CAACTAGATTAATAAAATCACTAATGAAGTGTTGAAAGAAGTCTGTCCTA  1049
      | |||||||| || |||||||| ||| |||||   || ||||||||||||
seq2  CGACTAGATT-ATTAAATCACT-ATG-AGTGT--GAATAAGTCTGTCCTA  1042

seq1  CCTGTTAGTCCAAAGAAACAACAAGAAAGCAAGGACTAACTTCACCAACA  1099
       |||||||||  |||||   ||||| |||||  |||| |||||||||   
seq2  -CTGTTAGTC--AAGAA--CACAAG-AAGCA--GACT-ACTTCACCA--C  1081

seq1  TACGAAAAGGTTTCTGTACAGTTATACTTGTGAGGGGAGAATGACATTCA  1149
      |||||||    | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TACGAAA---GTCCTGTACAGTTATACTTGTGA-GGGAGAATGACA-TCA  1126

seq1  TTTATTTTTATTTCTTATACTTTAATAAACTACA  1183
      ||||||    | || |||||||   |||||||||
seq2  TTTATT----TATCCTATACTT---TAAACTACA  1153