BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134F05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,402,996 - 6,553,753
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneLOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134F05.bB6Ng01-134F05.g
ACCDH934651DH934652
length1,1741,116
definitionDH934651|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134F05, 5' end.DH934652|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,402,996 - 6,404,180)(6,552,616 - 6,553,753)
sequence
gaattctgttgagctgaccagcagcgatggcacatgttgagctgaccagc
agcgatggcacatgtctgcttcagtagtcattagttaagagcttctactc
gcagaggatggtgggaaggggtgattaagcacacttattccctttaaact
aatgaatttttttaacagcctgtccatctgttagagaagtgactgtaggc
attccaataggactgagctgaattaaattaggagataaaagtcataatag
tggcttccctccaaatgagatagcagtatctgtctgtgttcccctggctc
cactattgacactttattctgagatgctcacatatgggtcagtatcctcc
tatgtggtctctaatctaccatcacctctaaaaccaatccttgtataatg
gactgagagatgcttttaatattcaaattatggacctgacaaaatgtctc
agggagtaaaggctcttgcctcagagcctgagggcctgagttccatccca
ggaattacatggtagagaggaagaataaacccattctcatattgtctcac
actcacacatatgcatacacaatatacaaacacacatgacatatgcacac
acaatacacacatgcacacacacaacacacacaacgcatgctcatacata
tacatgcacacacacatgtgcacatacacacatgcacactcacacccaca
cacaacacacacccatgtgtatacacatgcacacacagcacacacacaca
catataacacaaacaacacacacaacacacacccatacacacaacacaca
cacttatacccacacaaacacctacatgcacatacaacacacactcatac
acacatgcaaacacacacatgtacacacaacacacacgcgtgcacacaca
cactcagagatttttaaatgaattgactttttcattatatctattcctca
tttccagaattgagtaaaaactcacaaacacaataaagatggacatctgc
tactatattcttataactgtgtctattatttctctcccctgactgtaccc
tatcctaaatcttacatctgggtcctacttgctaggtttcccaccaattc
tactctagcatgaaaatgtgttttttcctctgctacagaaaaaatcagcc
tcagtacctttaaggtcacctagt

ttacaccagaaggaggaattcagtttgttaaaagacaaagcatattcctg
gaatagggaatctagaacattgctcaggatctgggttagaagatatgtcc
tttcttgatttgtagcattaatgattctacttaaccaagggtttgtcaga
catcaattttagatcatcataaaatggctgtggggtttgtaaatacagat
atatccagattccaagcttgataacactgagatgcaatatatggtggagc
ctgatcatcattactgaagtccaagtgtcactcttcttcagcaagtatta
gtaactggatagatggtaattaagctagcttccaactcagtagcctataa
ctctcacaataatgtttgatactgtatttaatagtgaccattatcatggc
tttgaggtacagaacaatggaattgaatataagatttctcattgtgactt
tttgacagctttctataaatggccaggatcttcattaaccaatgatacca
ctgccacccatgaattcaaccacatcatgactacagatatatattttatg
tatcaactactatgacataatatattttatgtcataaagtgaataccaac
ttggtccaagtaggtttgtcatccaccagtcctacaatgattccacaatt
aactggctcctcagagcttctcggggcaggaagaatgcactatgtcctta
cataaaccattcatgtatttcttcatgatttattatcatgtcccttcatc
ctctccagatggataaaggagttacaataattttagactccttttaagga
agcaaatgcttaagtcaaagaaatctggaactgcagagttggagaattct
tttcctaacagacagcctagggacatctaaagagcatcagattagctgcc
tggttacatccaagctccaaattatttcctggagggaaatgtgagaaata
gagtgtatagcacagcagatctgatgcatgatcagcttctctttctgcta
gagcaggtgttctgcatgcagtagagtcttcactgtaacactttctttta
acagcttcctctggacatgtacctgagtacttttttataacatgagaagc
tcggtacagggctggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6402996_6404180
seq2: B6Ng01-134F05.b_47_1220

seq1  GAATTCTGTTGAGCTGACCAGCAGCGATGGCACATGTTGAGCTGACCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTGAGCTGACCAGCAGCGATGGCACATGTTGAGCTGACCAGC  50

seq1  AGCGATGGCACATGTCTGCTTCAGTAGTCATTAGTTAAGAGCTTCTACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATGGCACATGTCTGCTTCAGTAGTCATTAGTTAAGAGCTTCTACTC  100

seq1  GCAGAGGATGGTGGGAAGGGGTGATTAAGCACACTTATTCCCTTTAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGATGGTGGGAAGGGGTGATTAAGCACACTTATTCCCTTTAAACT  150

seq1  AATGAATTTTTTTAACAGCCTGTCCATCTGTTAGAGAAGTGACTGTAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATTTTTTTAACAGCCTGTCCATCTGTTAGAGAAGTGACTGTAGGC  200

seq1  ATTCCAATAGGACTGAGCTGAATTAAATTAGGAGATAAAAGTCATAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAATAGGACTGAGCTGAATTAAATTAGGAGATAAAAGTCATAATAG  250

seq1  TGGCTTCCCTCCAAATGAGATAGCAGTATCTGTCTGTGTTCCCCTGGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCCTCCAAATGAGATAGCAGTATCTGTCTGTGTTCCCCTGGCTC  300

seq1  CACTATTGACACTTTATTCTGAGATGCTCACATATGGGTCAGTATCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTGACACTTTATTCTGAGATGCTCACATATGGGTCAGTATCCTCC  350

seq1  TATGTGGTCTCTAATCTACCATCACCTCTAAAACCAATCCTTGTATAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTCTCTAATCTACCATCACCTCTAAAACCAATCCTTGTATAATG  400

seq1  GACTGAGAGATGCTTTTAATATTCAAATTATGGACCTGACAAAATGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGAGATGCTTTTAATATTCAAATTATGGACCTGACAAAATGTCTC  450

seq1  AGGGAGTAAAGGCTCTTGCCTCAGAGCCTGAGGGCCTGAGTTCCATCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTAAAGGCTCTTGCCTCAGAGCCTGAGGGCCTGAGTTCCATCCCA  500

seq1  GGAATTACATGGTAGAGAGGAAGAATAAACCCATTCTCATATTGTCTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTACATGGTAGAGAGGAAGAATAAACCCATTCTCATATTGTCTCAC  550

seq1  ACTCACACATATGCATACACAATATACAAACACACATGACATATGCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACATATGCATACACAATATACAAACACACATGACATATGCACAC  600

seq1  ACAATACACACATGCACACACACAACACACACAACGCATGCTCATACATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACACACATGCACACACACAACACACACAACGCATGCTCATACATA  650

seq1  TACATGCACACACACATGTGCACATACACACATGCACACTCACACCCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCACACACACATGTGCACATACACACATGCACACTCACACCCACA  700

seq1  CACAACACACACCCATGTGTATACACATGCACACACAGCACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACACACACCCATGTGTATACACATGCACACACAGCACACACACACA  750

seq1  CATATAACACAAACAACACACACAACACACACCCATACACACAACACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAACACAAACAACACACACAACACACACCCATACACACAACACACA  800

seq1  CACTTATACCCACACAAACACCTACATGCACATACAACACACACTCATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATACCCACACAAACACCTACATGCACATACAACACACACTCATAC  850

seq1  ACACATGCAAACACACACATGTACACACAACACACACGCGTGCACACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCAAACACACACATGTACACACAACACACACGCGTGCACACACA  900

seq1  CACTCAGAGATTTTTAAATGAATTGACTTTTTCATTATTATCTATTCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACTCAGAGATTTTTAAATGAATTGACTTTTTCATTA-TATCTATTCCTC  949

seq1  ATTTCCAGAATTGAGTAAAAACTCACAAACACAATAAAGATGGACATCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGAATTGAGTAAAAACTCACAAACACAATAAAGATGGACATCTG  999

seq1  CTACTATAATTTCTTATAACTGTGTCTATTATTTCTCT-CTCTGACTGTA  1049
      ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
seq2  CTACTATA--TTCTTATAACTGTGTCTATTATTTCTCTCCCCTGACTGTA  1047

seq1  CCCTATCCTAAATCCTTTACATTCTGGGTTCCTACTTGTCTAGTTTCCAC  1099
      ||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||| |||| || | |
seq2  CCCTATCCTAAATC--TTACA-TCTGGG-TCCTACTTG-CTAGGTTTCCC  1092

seq1  ACCATTTCTACTCTAGCATTGAAAATGTGTTCTTTCTTCTGCTACAG-AT  1148
      |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| | 
seq2  ACCAATTCTACTCTAGCA-TGAAAATGTGTTTTTTCCTCTGCTACAGAAA  1141

seq1  AAATCAGCTTCAGTTACCTGGTAAGGTCCACCCTAGT  1185
      |||||||| |||| |||||  |||||||   ||||||
seq2  AAATCAGCCTCAG-TACCT-TTAAGGTC--ACCTAGT  1174


seq1: chr16_6552616_6553753
seq2: B6Ng01-134F05.g_80_1195 (reverse)

seq1  CCCAGCCCTGTACAGAGGCTTCTCATGTTAATATAAAAAGTACTTCAGGG  50
      ||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||
seq2  CCCAGCCCTGTACCGA-GCTTCTCATGTT-ATA-AAAAAGTAC-TCA-GG  45

seq1  TACATGGTTCTGAGAGGAAGCTGTTTAGAAAAGAAAGTGGTTTACAGTG-  99
      ||||||  ||  |||||||||||||   |||||||||||  |||||||| 
seq2  TACATG--TC-CAGAGGAAGCTGTT---AAAAGAAAGTG--TTACAGTGA  87

seq1  AGACTCTAACTTGCATGCAGAACACCCTGCTCTAAGCAGAAAGAGAAGCT  149
      ||||||||   ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGACTCTA--CTGCATGCAGAACA-CCTGCTCT-AGCAGAAAGAGAAGCT  133

seq1  GATCATGCATTCAGATCTTGCTGTTGCTATACACTCTATTTTCTCAACAT  199
      ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GATCATGCA-TCAGATC-TGCTG-TGCTATACACTCTA-TTTCTC-ACAT  178

seq1  TTTCCCCTCCAGGAAATAATTTGGAGCTTGGATGTAACCAGGCAGCTAAT  249
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT--CCCTCCAGGAAATAATTTGGAGCTTGGATGTAACCAGGCAGCTAAT  226

seq1  CTGATGCTCTTTAGATGTCCCTAGGCTGTCTGTTAGGAAAAGAATTCTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTCTTTAGATGTCCCTAGGCTGTCTGTTAGGAAAAGAATTCTCC  276

seq1  AACTCTGCAGTTCCAGATTTCTTTGACTTAAGCATTTGCTTCCTTAAAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGCAGTTCCAGATTTCTTTGACTTAAGCATTTGCTTCCTTAAAAG  326

seq1  GAGTCTAAAATTATTGTAACTCC-TTATCCATCTGGAGAGGATGAAGGGA  398
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTAAAATTATTGTAACTCCTTTATCCATCTGGAGAGGATGAAGGGA  376

seq1  CATGATAATAAATCATGAAGAAATACATGAATGGTTTATGTAAGGACATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAATAAATCATGAAGAAATACATGAATGGTTTATGTAAGGACATA  426

seq1  GTGCATTCTTCCTGCCCCGAGAAGCTCTGAGGAGCCAGTTAATTGTGGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTCTTCCTGCCCCGAGAAGCTCTGAGGAGCCAGTTAATTGTGGAA  476

seq1  TCATTGTAGGACTGGTGGATGACAAACCTACTTGGACCAAGTTGGTATTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTAGGACTGGTGGATGACAAACCTACTTGGACCAAGTTGGTATTC  526

seq1  ACTTTATGACATAAAATATATTATGTCATAGTAGTTGATACATAAAATAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATGACATAAAATATATTATGTCATAGTAGTTGATACATAAAATAT  576

seq1  ATATCTGTAGTCATGATGTGGTTGAATTCATGGGTGGCAGTGGTATCATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGTAGTCATGATGTGGTTGAATTCATGGGTGGCAGTGGTATCATT  626

seq1  GGTTAATGAAGATCCTGGCCATTTATAGAAAGCTGTCAAAAAGTCACAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATGAAGATCCTGGCCATTTATAGAAAGCTGTCAAAAAGTCACAAT  676

seq1  GAGAAATCTTATATTCAATTCCATTGTTCTGTACCTCAAAGCCATGATAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATCTTATATTCAATTCCATTGTTCTGTACCTCAAAGCCATGATAA  726

seq1  TGGTCACTATTAAATACAGTATCAAACATTATTGTGAGAGTTATAGGCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACTATTAAATACAGTATCAAACATTATTGTGAGAGTTATAGGCTA  776

seq1  CTGAGTTGGAAGCTAGCTTAATTACCATCTATCCAGTTACTAATACTTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTGGAAGCTAGCTTAATTACCATCTATCCAGTTACTAATACTTGC  826

seq1  TGAAGAAGAGTGACACTTGGACTTCAGTAATGATGATCAGGCTCCACCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAGAGTGACACTTGGACTTCAGTAATGATGATCAGGCTCCACCAT  876

seq1  ATATTGCATCTCAGTGTTATCAAGCTTGGAATCTGGATATATCTGTATTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCATCTCAGTGTTATCAAGCTTGGAATCTGGATATATCTGTATTT  926

seq1  ACAAACCCCACAGCCATTTTATGATGATCTAAAATTGATGTCTGACAAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCCCACAGCCATTTTATGATGATCTAAAATTGATGTCTGACAAAC  976

seq1  CCTTGGTTAAGTAGAATCATTAATGCTACAAATCAAGAAAGGACATATCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTTAAGTAGAATCATTAATGCTACAAATCAAGAAAGGACATATCT  1026

seq1  TCTAACCCAGATCCTGAGCAATGTTCTAGATTCCCTATTCCAGGAATATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCCAGATCCTGAGCAATGTTCTAGATTCCCTATTCCAGGAATATG  1076

seq1  CTTTGTCTTTTAACAAACTGAATTCCTCCTTCTGGTGTAA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTTTTAACAAACTGAATTCCTCCTTCTGGTGTAA  1116


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |