BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134J17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 90,389,685 - 90,527,008
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHunk
Upstream geneLOC100040456, Krtap21-1, Krtap6-2, 5430433J05Rik, Tiam1, LOC100040496, LOC640694, LOC100040440, Sod1, Sfrs15, LOC545175
Downstream gene2610039C10Rik, Mrap, 4921511H13Rik, 4931408A02Rik, LOC665863, 1110004E09Rik, 4930534H18Rik, Synj1, 1810007M14Rik, 4932438H23Rik, H3f3a-ps2, Olig2, Olig1, Ifnar2, Il10rb, Ifnar1, LOC665939
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134J17.bB6Ng01-134J17.g
ACCDH934862DH934863
length1,1691,054
definitionDH934862|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134J17, 5' end.DH934863|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134J17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,389,685 - 90,390,874)(90,525,950 - 90,527,008)
sequence
gaattcccggctgagtccagaagacaagcacgttgctttacccgctttcc
ttttggactcagtcctgtctcacccagaggctcctgttgccaccgtgaag
ccgtttgcttggaagccatccaaatctcgatggcccccttactgctgaac
acaaagggatggcttagggctgagacctaagttttgcttccctttagctt
ttaagcaaaaactatctctgcccatctggctttataaaaataaatattca
ctcaatcatgtgaggttcttaattacgatgttctcagtcatggctggagt
gatgtttggaccaggagacatcattcggttagattctgaacatgtaattc
cccgtggctttgacatagagaacagttgctgggcaggagtatgggctagc
agcgtttacagactggagagcctctgttttttgtctcaaagtggttctcg
ttagggaagaaggacctgtgttaggcccatgagaagttaccatcacattt
taaaacttgagtgacatctaactgaaatggctcggtggttaaaggtgggt
gccggcctgatgacccaagtactttcatccctggtactcttggggtagaa
gaagaaaaccaccaactcctgcatgtcctcctgtaatcttgagacttcca
caagtgcacttccgcgtgtgccctccatcagtaagtgtaataatattaaa
aatatttatgaacacggtgaagaagcgcagtggggaaggtctaagaccac
ctcgggcacagtgggcttggaaggccaactggagcattcagtagagccat
gagcactggcaccttcacctgggatgcagaggccaaggtgggtacatgaa
agtcagtgaagggactccaggaactcagtctaacctttgacttttattta
aaagcccctttatacgtgtcagtagagctattttggggcgaaacaaggac
tgcctgcttagtaagttgcagtcatcactcacggagtgcagcggcaccag
atacctggagtgaagagttactaaattaccctttactacgtttttttgcg
agcaggaaattgactaaatttaggaggtggcttttgcgatctgtttttag
catgtatttctgaaacaacaggtgctaatctgattcttttaagaggagag
agagagagaatatttcagg
gaattcagggtcagctctctgtggtgagggaagagaagagaagactcagc
acgcaatgggagtaggaaaggatggtcccaaagcggaccagcagttcctg
cgtatcatgtggacacaggagaagatgagtgggaacactggtcttcggct
caccaatgttgccccttcatcttcttctgtgcccatggccttcctgaacc
ctaaccaagggtcttttgaatttcttcagaggccattccacacttggaag
tgaagcctacaaggcagcctgtgggcatcctggctccgtccatactgacc
aagtgcctccaagaatcaccccccttcccacatacatacccctctcttgc
ctcatgggatcatcagaattcacaactcttcctcccaggactgtggtgag
ggctgattgtaactgtacactgagtagtggctgttattgcacatggatgc
actgtagcagctatgaggtgagcaatggaacattaaccagatgacaatgg
ctgtcaccgtgtgaccagaccatggctgtcactggatggttctcctaatg
tgagtgccattgttgtttgtcacacacattttcagcctggtctggggtgt
atgctgttgtgttccacaaagtttcatgtgtcggaagcttgctccttgta
tgatgtggaatctccaagtgacagagcccagcccaaggtagttaggtcac
tgggggtgccaaccacagagggggttaatgcagatctcagtgaaccctag
tctgttcccttgagagtacattacaaacacagcaagcctgggccctggat
ctctccagcttcttgccttcccatgtgactgcttcttcttacatgggttt
ctactgtaatgccatctcccctgtgaccccagagccgggaggtcctcagc
agagctgagcagagtctggtgtctatgttcccaaactccaaagcatgagc
aaaaaaacctttttaaataaagtcctagctttgggcattttgtaatagca
acagataaatgaactaatattaaatggggggtgctgcatgtgtctctgat
ctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_90389685_90390874
seq2: B6Ng01-134J17.b_45_1213

seq1  GAATTCCCGGCTGAGTCCAGAAGACAAGCACGTTGCTTTACCCGCTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGGCTGAGTCCAGAAGACAAGCACGTTGCTTTACCCGCTTTCC  50

seq1  TTTTGGACTCAGTCCTGTCTCACCCAGAGGCTCCTGTTGCCACCGTGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGACTCAGTCCTGTCTCACCCAGAGGCTCCTGTTGCCACCGTGAAG  100

seq1  CCGTTTGCTTGGAAGCCATCCAAATCTCGATGGCCCCCTTACTGCTGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTTGCTTGGAAGCCATCCAAATCTCGATGGCCCCCTTACTGCTGAAC  150

seq1  ACAAAGGGATGGCTTAGGGCTGAGACCTAAGTTTTGCTTCCCTTTAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGGATGGCTTAGGGCTGAGACCTAAGTTTTGCTTCCCTTTAGCTT  200

seq1  TTAAGCAAAAACTATCTCTGCCCATCTGGCTTTATAAAAATAAATATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCAAAAACTATCTCTGCCCATCTGGCTTTATAAAAATAAATATTCA  250

seq1  CTCAATCATGTGAGGTTCTTAATTACGATGTTCTCAGTCATGGCTGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATCATGTGAGGTTCTTAATTACGATGTTCTCAGTCATGGCTGGAGT  300

seq1  GATGTTTGGACCAGGAGACATCATTCGGTTAGATTCTGAACATGTAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGGACCAGGAGACATCATTCGGTTAGATTCTGAACATGTAATTC  350

seq1  CCCGTGGCTTTGACATAGAGAACAGTTGCTGGGCAGGAGTATGGGCTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGGCTTTGACATAGAGAACAGTTGCTGGGCAGGAGTATGGGCTAGC  400

seq1  AGCGTTTACAGACTGGAGAGCCTCTGTTTTTTGTCTCAAAGTGGTTCTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTTTACAGACTGGAGAGCCTCTGTTTTTTGTCTCAAAGTGGTTCTCG  450

seq1  TTAGGGAAGAAGGACCTGTGTTAGGCCCATGAGAAGTTACCATCACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAAGAAGGACCTGTGTTAGGCCCATGAGAAGTTACCATCACATTT  500

seq1  TAAAACTTGAGTGACATCTAACTGAAATGGCTCGGTGGTTAAAGGTGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTGAGTGACATCTAACTGAAATGGCTCGGTGGTTAAAGGTGGGT  550

seq1  GCCGGCCTGATGACCCAAGTACTTTCATCCCTGGTACTCTTGGGGTAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGCCTGATGACCCAAGTACTTTCATCCCTGGTACTCTTGGGGTAGAA  600

seq1  GAAGAAAACCACCAACTCCTGCATGTCCTCCTGTAATCTTGAGACTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAACCACCAACTCCTGCATGTCCTCCTGTAATCTTGAGACTTCCA  650

seq1  CAAGTGCACTTCCGCGTGTGCCCTCCATCAGTAAGTGTAATAATATTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCACTTCCGCGTGTGCCCTCCATCAGTAAGTGTAATAATATTAAA  700

seq1  AATATTTATGAACACGGTGAAGAAGCGCAGTGGGGAAGGTCTAAGACCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTATGAACACGGTGAAGAAGCGCAGTGGGGAAGGTCTAAGACCAC  750

seq1  CTCGGGCACAGTGGGCTTGGAAGGCCAACTGGAGCATTCAGTAGAGCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGCACAGTGGGCTTGGAAGGCCAACTGGAGCATTCAGTAGAGCCAT  800

seq1  GAGCACTGGCACCTTCACCTGGGATGCAGAGGCCAAGGTGGGTACATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGGCACCTTCACCTGGGATGCAGAGGCCAAGGTGGGTACATGAA  850

seq1  AGTCAGTGAAGGGACTCCAGGAACTCAGTCTAACCTTTGACTTTTATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTCAGTGAAGGGACTCCAGGAACTCAGTCTAACCTTTGACTTTTATTT-  899

seq1  AAAAGCCCCTTTATACGTGTCAGTAGAGCTATTTTGGGGCGAAAACAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAAGCCCCTTTATACGTGTCAGTAGAGCTATTTTGGGGCG-AAACAAGG  948

seq1  ACTGCCTGCTTAGTAAGTTGCAAGTCATCACTCACGGAGTGCAGCGGCAC  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGCTTAGTAAGTTGC-AGTCATCACTCACGGAGTGCAGCGGCAC  997

seq1  CAGATACCTGGAGTGAAGAAGTTACTAAAATTACCCTTTACTACGTTTTT  1050
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGATACCTGGAGTGAAG-AGTTACT-AAATTACCCTTTACTACG-TTTT  1044

seq1  TTTGCGGAGCAGGAAATATGACTAATTTTA-GAGGTGGCCTTTTGGCAGA  1099
      ||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||   ||
seq2  TTTGC-GAGCAGGAAAT-TGACTAAATTTAGGAGGTGG-CTTTTG--CGA  1089

seq1  TCTGTTTTTAGCATGTATTTCTGAAACAAACAGGTGCTAAAATCCTGTAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     | |  
seq2  TCTGTTTTTAGCATGTATTTCTGAAAC-AACAGGTGCTAA-----TCTGA  1133

seq1  TTCTTTTTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATTTCAGG  1190
      ||| |||||||||   |||||||||||||| | ||||||||
seq2  TTC-TTTTAAGAG---GAGAGAGAGAGAGA-ATATTTCAGG  1169

seq1: chr16_90525950_90527008
seq2: B6Ng01-134J17.g_68_1121 (reverse)

seq1  ATAGAAACAGAGACACATGCAAGCACACACACAATTTTATATTAGTTCAT  50
      |||| | ||||||||||||||    ||| | | |||| ||||||||||||
seq2  ATAG-ATCAGAGACACATGCA---GCACCCCCCATTTAATATTAGTTCAT  46

seq1  TTATCTGTTGCTATAACAAAATGCCCAAAGCTAGGAACTTTATTTAAAAA  100
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTATCTGTTGCTATTACAAAATGCCCAAAGCTAGG-ACTTTATTTAAAAA  95

seq1  GGTTTTTTTGCTCATGCTTTGGAGTTTGGGAACATAGACACCAGACTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTTTGCTCATGCTTTGGAGTTTGGGAACATAGACACCAGACTCTG  145

seq1  CTCAGCTCTGCTGAGGACCTCCCGGCTCTGGGGTCACAGGGGAGATGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCTGCTGAGGACCTCCCGGCTCTGGGGTCACAGGGGAGATGGCA  195

seq1  TTACAGTAGAAACCCATGTAAGAAGAAGCAGTCACATGGGAAGGCAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTAGAAACCCATGTAAGAAGAAGCAGTCACATGGGAAGGCAAGAA  245

seq1  GCTGGAGAGATCCAGGGCCCAGGCTTGCTGTGTTTGTAATGTACTCTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAGATCCAGGGCCCAGGCTTGCTGTGTTTGTAATGTACTCTCAA  295

seq1  GGGAACAGACTAGGGTTCACTGAGATCTGCATTAACCCCCTCTGTGGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAGACTAGGGTTCACTGAGATCTGCATTAACCCCCTCTGTGGTTG  345

seq1  GCACCCCCAGTGACCTAACTACCTTGGGCTGGGCTCTGTCACTTGGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCCAGTGACCTAACTACCTTGGGCTGGGCTCTGTCACTTGGAGAT  395

seq1  TCCACATCATACAAGGAGCAAGCTTCCGACACATGAAACTTTGTGGAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCATACAAGGAGCAAGCTTCCGACACATGAAACTTTGTGGAACA  445

seq1  CAACAGCATACACCCCAGACCAGGCTGAAAATGTGTGTGACAAACAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCATACACCCCAGACCAGGCTGAAAATGTGTGTGACAAACAACAA  495

seq1  TGGCACTCACATTAGGAGAACCATCCAGTGACAGCCATGGTCTGGTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCACATTAGGAGAACCATCCAGTGACAGCCATGGTCTGGTCACA  545

seq1  CGGTGACAGCCATTGTCATCTGGTTAATGTTCCATTGCTCACCTCATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGACAGCCATTGTCATCTGGTTAATGTTCCATTGCTCACCTCATAGC  595

seq1  TGCTACAGTGCATCCATGTGCAATAACAGCCACTACTCAGTGTACAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAGTGCATCCATGTGCAATAACAGCCACTACTCAGTGTACAGTTA  645

seq1  CAATCAGCCCTCACCACAGTCCTGGGAGGAAGAGTTGTGAATTCTGATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGCCCTCACCACAGTCCTGGGAGGAAGAGTTGTGAATTCTGATGA  695

seq1  TCCCATGAGGCAAGAGAGGGGTATGTATGTGGGAAGGGGGGTGATTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGAGGCAAGAGAGGGGTATGTATGTGGGAAGGGGGGTGATTCTTG  745

seq1  GAGGCACTTGGTCAGTATGGACGGAGCCAGGATGCCCACAGGCTGCCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACTTGGTCAGTATGGACGGAGCCAGGATGCCCACAGGCTGCCTTG  795

seq1  TAGGCTTCACTTCCAAGTGTGGAATGGCCTCTGAAGAAATTCAAAAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTCACTTCCAAGTGTGGAATGGCCTCTGAAGAAATTCAAAAGACC  845

seq1  CTTGGTTAGGGTTCAGGAAGGCCATGGGCACAGAAGAAGATGAAGGGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTAGGGTTCAGGAAGGCCATGGGCACAGAAGAAGATGAAGGGGCA  895

seq1  ACATTGGTGAGCCGAAGACCAGTGTTCCCACTCATCTTCTCCTGTGTCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGTGAGCCGAAGACCAGTGTTCCCACTCATCTTCTCCTGTGTCCA  945

seq1  CATGATACGCAGGAACTGCTGGTCCGCTTTGGGACCATCCTTTCCTACTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATACGCAGGAACTGCTGGTCCGCTTTGGGACCATCCTTTCCTACTC  995

seq1  CCATTGCGTGCTGAGTCTTCTCTTCTCTTCCCTCACCACAGAGAGCTGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCGTGCTGAGTCTTCTCTTCTCTTCCCTCACCACAGAGAGCTGAC  1045

seq1  CCTGAATTC  1059
      |||||||||
seq2  CCTGAATTC  1054