BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139J13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 73,326,366 - 73,492,667
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRobo1, LOC100039310, LOC100039318, LOC100039326
Downstream geneRobo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139J13.bB6Ng01-139J13.g
ACCDH938540DH938541
length633620
definitionDH938540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139J13, 5' end.DH938541|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,326,366 - 73,326,998)(73,492,049 - 73,492,667)
sequence
gaattcatgattcttctgccgcagtctccccagtgccagggttacaggta
taaactatgtatctagatttaaatgttaatgatttaaccataggaatgat
aaaattatctcatttttgagtggtaattgtaagattggccaggagaaagc
acaagagagaaagggagagtgttggtgggcccacaactggagcagccacc
acgaaactcacaaaatggcagagagataaatgctctagggcctatgtctg
aacactctatatacccattcttcaatcgattctctattcatggcagcaag
gaaatgggcacagtctacaagtcatcaactttgaaatacataataaaaat
atgttacttttataccataatactcagatgtcaaaaacaaaaacaacaac
aacaacaacaaaaaaccatgaaattcacagttggacaaatgagaactgaa
aagaataatttgactgggacaacctagaaagacaaacatcaagagatttg
ttgttgttgttgttgttatttgggaatcttagctttgattctttatatgt
gtatgtttcatttgaaatactcacaggtgccaggcaattagctagggtca
aggcagggaatagagggagtaggtggggggagg
gaattcatagaagcctttatgtaacaggcacacttcatctcagcaaggtg
actaggaagtggacactctgatggataacgcaaaagcaagttgtagagag
tgaacaaatttatcaaaccctgtgggaaattttgatagaggcaatgtacg
aaggacatcattgacctagatgcttcactggagttctagggagggaagat
aggtgtgaaggatgtggaaataaattatacatgaagtgggtcaataagag
gaaaattgccatgtaaagaattatgtcaccttagattgtgaaatagcagc
agtctcaaccaggtatggattaaagaagtcatttgagtgagtgagagatc
aaaatacaattataacgaacatgagaaatctctcctaatatctctttagt
gtaggaaataagacataacagaggtcatgtaaactcagctaggaagtttg
ctgggaaaagaatatggacacttccaattgcagccatagacagttctgaa
aactagaaggggttactgtgatgctgtgaatctctgtacagtccaactgc
actttcctaactttctattagaagctcaacactcctcttgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_73326366_73326998
seq2: B6Ng01-139J13.b_48_680

seq1  GAATTCATGATTCTTCTGCCGCAGTCTCCCCAGTGCCAGGGTTACAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATTCTTCTGCCGCAGTCTCCCCAGTGCCAGGGTTACAGGTA  50

seq1  TAAACTATGTATCTAGATTTAAATGTTAATGATTTAACCATAGGAATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATGTATCTAGATTTAAATGTTAATGATTTAACCATAGGAATGAT  100

seq1  AAAATTATCTCATTTTTGAGTGGTAATTGTAAGATTGGCCAGGAGAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCTCATTTTTGAGTGGTAATTGTAAGATTGGCCAGGAGAAAGC  150

seq1  ACAAGAGAGAAAGGGAGAGTGTTGGTGGGCCCACAACTGGAGCAGCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAGAAAGGGAGAGTGTTGGTGGGCCCACAACTGGAGCAGCCACC  200

seq1  ACGAAACTCACAAAATGGCAGAGAGATAAATGCTCTAGGGCCTATGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAACTCACAAAATGGCAGAGAGATAAATGCTCTAGGGCCTATGTCTG  250

seq1  AACACTCTATATACCCATTCTTCAATCGATTCTCTATTCATGGCAGCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTATATACCCATTCTTCAATCGATTCTCTATTCATGGCAGCAAG  300

seq1  GAAATGGGCACAGTCTACAAGTCATCAACTTTGAAATACATAATAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGGCACAGTCTACAAGTCATCAACTTTGAAATACATAATAAAAAT  350

seq1  ATGTTACTTTTATACCATAATACTCAGATGTCAAAAACAAAAACAACAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACTTTTATACCATAATACTCAGATGTCAAAAACAAAAACAACAAC  400

seq1  AACAACAACAAAAAACCATGAAATTCACAGTTGGACAAATGAGAACTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACAAAAAACCATGAAATTCACAGTTGGACAAATGAGAACTGAA  450

seq1  AAGAATAATTTGACTGGGACAACCTAGAAAGACAAACATCAAGAGATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAATTTGACTGGGACAACCTAGAAAGACAAACATCAAGAGATTTG  500

seq1  TTGTTGTTGTTGTTGTTATTTGGGAATCTTAGCTTTGATTCTTTATATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGTTGTTGTTATTTGGGAATCTTAGCTTTGATTCTTTATATGT  550

seq1  GTATGTTTCATTTGAAATACTCACAGGTGCCAGGCAATTAGCTAGGGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTTCATTTGAAATACTCACAGGTGCCAGGCAATTAGCTAGGGTCA  600

seq1  AGGCAGGGAATAGAGGGAGTAGGTGGGGGGAGG  633
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGAATAGAGGGAGTAGGTGGGGGGAGG  633

seq1: chr16_73492049_73492667
seq2: B6Ng01-139J13.g_67_686 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACAAGAGGAGTGTTGAGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACAAGAGGAGTGTTGAGCTTC  50

seq1  TAATAGAAAGTTAGG-AAGTGCAGTTGGACTGTACAGAGATTCACAGCAT  99
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAAAGTTAGGAAAGTGCAGTTGGACTGTACAGAGATTCACAGCAT  100

seq1  CACAGTAACCCCTTCTAGTTTTCAGAACTGTCTATGGCTGCAATTGGAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAACCCCTTCTAGTTTTCAGAACTGTCTATGGCTGCAATTGGAAG  150

seq1  TGTCCATATTCTTTTCCCAGCAAACTTCCTAGCTGAGTTTACATGACCTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATATTCTTTTCCCAGCAAACTTCCTAGCTGAGTTTACATGACCTC  200

seq1  TGTTATGTCTTATTTCCTACACTAAAGAGATATTAGGAGAGATTTCTCAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGTCTTATTTCCTACACTAAAGAGATATTAGGAGAGATTTCTCAT  250

seq1  GTTCGTTATAATTGTATTTTGATCTCTCACTCACTCAAATGACTTCTTTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGTTATAATTGTATTTTGATCTCTCACTCACTCAAATGACTTCTTTA  300

seq1  ATCCATACCTGGTTGAGACTGCTGCTATTTCACAATCTAAGGTGACATAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATACCTGGTTGAGACTGCTGCTATTTCACAATCTAAGGTGACATAA  350

seq1  TTCTTTACATGGCAATTTTCCTCTTATTGACCCACTTCATGTATAATTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACATGGCAATTTTCCTCTTATTGACCCACTTCATGTATAATTTA  400

seq1  TTTCCACATCCTTCACACCTATCTTCCCTCCCTAGAACTCCAGTGAAGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACATCCTTCACACCTATCTTCCCTCCCTAGAACTCCAGTGAAGCA  450

seq1  TCTAGGTCAATGATGTCCTTCGTACATTGCCTCTATCAAAATTTCCCACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGTCAATGATGTCCTTCGTACATTGCCTCTATCAAAATTTCCCACA  500

seq1  GGGTTTGATAAATTTGTTCACTCTCTACAACTTGCTTTTGCGTTATCCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGATAAATTTGTTCACTCTCTACAACTTGCTTTTGCGTTATCCAT  550

seq1  CAGAGTGTCCACTTCCTAGTCACCTTGCTGAGATGAAGTGTGCCTGTTAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGTCCACTTCCTAGTCACCTTGCTGAGATGAAGTGTGCCTGTTAC  600

seq1  ATAAAGGCTTCTATGAATTC  619
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGCTTCTATGAATTC  620