BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146M16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 9,439,172 - 9,587,009
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrin2a
Upstream geneBC024814, Abat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
Downstream geneLOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110, Ciita, LOC669998, Dexi, 4932416N17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146M16.bB6Ng01-146M16.g
ACCDH943841DH943842
length1,174159
definitionDH943841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146M16, 5' end.DH943842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,585,839 - 9,587,009)(9,439,172 - 9,439,330)
sequence
gaattctcagaagcgatttgggagatctatactttatagatcacgataca
agcaagtgacagcgagcagaccattgactgaacaacagcagttcacatca
gaagaaaacagacctttatcaaaggaaatatcactaccaacctgcattta
aaaacgagaataaaccaagagtcataacacattgatcctgcaaaacttaa
agcaagacctacttaaaaacgacaatggtgactgcctgcttcaaaggcaa
gtcaacacaactgtttaaaactgcttcttcatttcccttcagatgcctcc
tacgcagatcagagatcacacacacactcatacacacacacactcacaca
cacacacacactcacacacactcacacatacacatatacacacatacaca
cacacacacactcacacatacacatatacacacacacacactcacacata
cacatatacacacacacacatacacatatacacacatacacacacacaca
cacactcacacactcacacacacacacactcacacatacacacacaccct
cacacacacactcacacatacacacacacacactcacacacacacactca
cacacacacactcacacatacacacacacacactcacacacacacacaca
ctcatatacacacacacatatacacacatacacacatacacacacacact
cacacatacacgagtcatgatttgcacttagcatatatgtcttctttgat
gatcagtgcctttgagatagaattctttaagacttattcattaagtaaat
gccagagcttagttaactgtagatcccacctggagtaattactagacagt
gagatcatgggaattttatactaaatgggcactggataaaatccagagaa
gaaatggtgctaggcccgcctcctttttatttcagtgaaaagttgcacct
gtatctttagttgcctgttgaagtgaggaagaatgttcactttgcagcga
ccattcaggagccaagaataaacttttccacagtgtttaagcatctaagg
ccaattaatttgtggcgtgatttttggagttgttgggggtgtctaaaccc
gaggaaagaagtagctattgtacctgagacccaccatctggccgacactt
gctccaagcattcccaggatgatc
ttcactcacaccgatgcatacatgatggagagggaaagtgaatgaatcta
acaaaacacaataaatgtgtgtgtgaattccctaaatagtaaaaagaaaa
tagaaatataactttgagatcaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_9585839_9587009
seq2: B6Ng01-146M16.b_49_1222 (reverse)

seq1  GATCATCCTGAGGAAAATGCCTGGAGC-AGTGTCTGGCAGATGGTGGTCC  49
      |||||||||| |   ||||| |||||| |||||| | ||||||||||  |
seq2  GATCATCCTGGG---AATGCTTGGAGCAAGTGTCGGCCAGATGGTGGGTC  47

seq1  TCAGGTACATTAGCTTCTTCTTT-CTCGTGTTTAGAACACCCCAAACAAC  98
      ||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  TCAGGTACAATAGCTACTTCTTTCCTCGGGTTTAG-ACACCCCCAACAAC  96

seq1  TCCAAAAATTCAC-CCACAAA-TAATGGACCTAAGATGC-TAAACACTTG  145
      |||||||| |||| ||||||| |||| | ||| |||||| ||||||||  
seq2  TCCAAAAA-TCACGCCACAAATTAATTGGCCTTAGATGCTTAAACACT--  143

seq1  TTGGAAAAGTT--ATCTTGGCT-CTGAATGGTCGCTTGCAAAGTGAACA-  191
       ||||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  GTGGAAAAGTTTATTCTTGGCTCCTGAATGGTCGC-TGCAAAGTGAACAT  192

seq1  TCTTCCTCACTTCAACAGGCAACTAAAGATACAGGTGC-ACTTTTCACTG  240
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TCTTCCTCACTTCAACAGGCAACTAAAGATACAGGTGCAACTTTTCACT-  241

seq1  GAAATAAAAAGGAGGCGGGCCTAGCACCATTTCTTCTCTGGATTTTATCC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAAAAGGAGGCGGGCCTAGCACCATTTCTTCTCTGGATTTTATCC  291

seq1  AGTGCCCATTTAGTATAAAATT-CCATGATCTCAATGTCTAGTAATTACT  339
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTGCCCATTTAGTATAAAATTCCCATGATCTCACTGTCTAGTAATTACT  341

seq1  CCAGGTGGGATCTACAGTTCACTAAGCTCTGGCATTTACTTAATGAATAA  389
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGGGATCTACAGTTAACTAAGCTCTGGCATTTACTTAATGAATAA  391

seq1  GTCTT-AAGAATTCTATCTCAAAGGCACTGATCATCAAAGAAGACATATA  438
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAAGAATTCTATCTCAAAGGCACTGATCATCAAAGAAGACATATA  441

seq1  TGCTAAGTGCAAATCATGACTCGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTATGT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGTGCAAATCATGACTCGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTATGT  491

seq1  GTGTATGTGTGTATATGTGTGTGTGTATATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTGTGTATATGTGTGTGTGTATATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGA  541

seq1  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGA  591

seq1  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGAGGGTGTGTGTGTATGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGAGGGTGTGTGTGTATGT  641

seq1  GTGAGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGT  691

seq1  GTGTATATGTGTATGTGTGTGTGTGTATATGTGTATGTGTGAGTGTGTGT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATGTGTATGTGTGTGTGTGTATATGTGTATGTGTGAGTGTGTGT  741

seq1  GTGTGTATATGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATAT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATATGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATAT  791

seq1  GTGTATGTGTGAGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTGTGAGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGT  841

seq1  GTATGAGTGTGTGTGTGATCTCTGATCTGCGTAGGAGGCATCTGAAGGGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGTGTGTGTGTGATCTCTGATCTGCGTAGGAGGCATCTGAAGGGA  891

seq1  AATGAAGAAGCAGTTTTAAACAGTTGTGTTGACTTGCCTTTGAAGCAGGC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGAAGCAGTTTTAAACAGTTGTGTTGACTTGCCTTTGAAGCAGGC  941

seq1  AGTCACCATTGTCGTTTTTAAGTAGGTCTTGCTTTAAGTTTTGCAGGATC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCATTGTCGTTTTTAAGTAGGTCTTGCTTTAAGTTTTGCAGGATC  991

seq1  AATGTGTTATGACTCTTGGTTTATTCTCGTTTTTAAATGCAGGTTGGTAG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTTATGACTCTTGGTTTATTCTCGTTTTTAAATGCAGGTTGGTAG  1041

seq1  TGATATTTCCTTTGATAAAGGTCTGTTTTCTTCTGATGTGAACTGCTGTT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTCCTTTGATAAAGGTCTGTTTTCTTCTGATGTGAACTGCTGTT  1091

seq1  GTTCAGTCAATGGTCTGCTCGCTGTCACTTGCTTGTATCGTGATCTATAA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCAATGGTCTGCTCGCTGTCACTTGCTTGTATCGTGATCTATAA  1141

seq1  AGTATAGATCTCCCAAATCGCTTCTGAGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGATCTCCCAAATCGCTTCTGAGAATTC  1174

seq1: chr16_9439172_9439330
seq2: B6Ng01-146M16.g_71_229

seq1  TTCACTCACACCGATGCATACATGATGGAGAGGGAAAGTGAATGAATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCACACCGATGCATACATGATGGAGAGGGAAAGTGAATGAATCTA  50

seq1  ACAAAACACAATAAATGTGTGTGTGAATTCCCTAAATAGTAAAAAGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACACAATAAATGTGTGTGTGAATTCCCTAAATAGTAAAAAGAAAA  100

seq1  TAGAAATATAACTTTGAGATCAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATATAACTTTGAGATCAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150

seq1  GTGTGTGTA  159
      |||||||||
seq2  GTGTGTGTA  159