BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198A02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 90,176,923 - 90,310,200
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040440, Sod1, Sfrs15
Upstream geneLOC100040288, EG622935, EG622981, EG622998, EG623011, EG623026, LOC100040346, EG623049, LOC100040415, EG640636, LOC640652, LOC640654, LOC100040425, LOC100040374, LOC640656, LOC100040445, LOC100040456, Krtap21-1, Krtap6-2, 5430433J05Rik, Tiam1, LOC100040496, LOC640694
Downstream geneLOC545175, Hunk, 2610039C10Rik, Mrap, 4921511H13Rik, 4931408A02Rik, LOC665863, 1110004E09Rik, 4930534H18Rik, Synj1, 1810007M14Rik, 4932438H23Rik, H3f3a-ps2, Olig2, Olig1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198A02.bB6Ng01-198A02.g
ACCGA019718GA019719
length1,0151,122
definitionB6Ng01-198A02.b B6Ng01-198A02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,309,188 - 90,310,200)(90,176,923 - 90,178,032)
sequence
gaattcactcctcttgaggcaactagaccttggaatacagaatttagcat
tacaatacatagcaacagaccagacctcagcaaaaagagaaggaatatac
tttctaagaaaacagccatctatagacacagttagtaggttaaaccgctt
agaaagactacatttttggttctcagttaccagtgaaactggctcttcgt
cttctctacatgatgttaatacaagacagctcaccagtgcacagggttga
aatatttaatgtaacaagataaatatggtcatctccaagtaaatttggaa
ttcctttgttgttatttaagaaattactctttggggctggagagatggct
cagcagttaagagcactggctgctctaccagaagacctgggttcaattcc
cagccccccatggcagctctcaactgtctttaactcctgttctaggggag
ccgacccctcacagacatacatgtagtcaaattaccaatgtacataagat
aaaaataaataattttttttaaaaaaagaaattactcttcaaatactttt
tttaaaaaaagtagatgcagatttcaaaaataaagttctgggtccgagtc
tacactccatttggtttttataatctgtgaggtcttgcctacaacctgtg
actcagaaaatggcagcaagaaaggaccctgatatagctgtctcttgtga
gactatgccggggcctagcaaacatagaagtggatgctcacagtcagcta
ttggatagatcacagggcccccaatggaggagctagagaaagtacccaag
gagctaaagggatctgcaaccctataggtggaacaacattatgaactaac
cagtatcctggagctctttgactctagctgcatatgtatcaaaattgggc
ctagtcagccatcactggaaagagaggcccattggacatgcaagtttata
tgccccagtacaggggaatgccagggcccaaaagtggcagtcggttgggt
aggaggagttggggg
gaattcaaaagagggatggaacaaaacagcctgccgatatccgccctcaa
gtgggaagctaaatgaagtgctgcaacaccttagaaaacaggagacacct
ggcaagggatggggcggtacgactcagcatgcggcgtcagcctccatgtg
ctaacagctgctaaaaatattctctctgtataatgtgcacaagtgctggc
aaatacccagagaaagggaaatggatgtttgaaactttagcctgcactat
ccaatataccagctatggccatgggtagccatttgatagtcgcatgggtt
agtatttgaacctgtgcaaagttgaaattaagacacggaactgaggatat
agttcagtgtccctgagttcaattcctggttccacatatgaacaaaaatg
tcatttaatagccagatgagggggctggagatggctcagtggttaagagt
acttgctattcttgcaaagaactgaagtttgatttcccgtacccacacca
ggacctcacaaccccctgagactctacttatccctggctatcttggaact
cactatgtagaccaggctggtcttgaactcacagagacggtactgcctct
gcctccaaagtactggtattagaggcatgcaccactatttcccaataccc
ctgaggacttcttacatattaagagcctgctgagggggctttgagcctgg
ggagattaaaattcttcagtacaggaagctacagagacctcaagtggtat
ttctaggagagggcgcgatgccggtctgaaatgagtgaaaaggaaagacg
ttagagcttacgtaagagagccttggtttctaaggaggagaatgcgagcc
aggcaaacaacagagctattaacggggatgattttagtaggagtgaacag
aggagaacttccctattgacttagtgggtctaccacacccaagttgttta
agcggcagattccaaaccacaggtttgttccacaggggcagagcttgttg
aactcatggtgggtctagaatatagataacaagcctttgatcatatccac
tcttccctccatctccccactcctctaacacaggttcacgatctcctttt
ctcattcctttatgcatatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_90309188_90310200
seq2: B6Ng01-198A02.b_48_1062 (reverse)

seq1  CCCCCCACTCCT-CTACCC-ACCGACTGCCACTTTTGGGCCCTGGCATTC  48
      ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAACTCCTCCTACCCAACCGACTGCCACTTTTGGGCCCTGGCATTC  50

seq1  CCCTGTACTGGGGCATATAAACTTTGCATGTCCAATGGGCCTCTCTTTCC  98
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTACTGGGGCATATAAAC-TTGCATGTCCAATGGGCCTCTCTTTCC  99

seq1  AGTGATGGCTGACTAGGCCAACTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTC-AA  147
      ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGTGATGGCTGACTAGGCCCAATTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAA  149

seq1  GAGCTCCAGGATACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCAGGATACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTG  199

seq1  CAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGC  249

seq1  CCTGTGATCTATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTATGTTTGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATCTATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTATGTTTGCT  299

seq1  AGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCTTG  349

seq1  CTGCCATTTTCTGAGTCACAGGTTGTAGGCAAGACCTCACAGATTATAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTTTCTGAGTCACAGGTTGTAGGCAAGACCTCACAGATTATAAA  399

seq1  AACCAAATGGAGTGTAGACTCGGACCCAGAACTTTATTTTTGAAATCTGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAATGGAGTGTAGACTCGGACCCAGAACTTTATTTTTGAAATCTGC  449

seq1  ATCTACTTTTTTTAAAAAAAGTATTTGAAGAGTAATTTCTTTTTTTAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTTTTTTAAAAAAAGTATTTGAAGAGTAATTTCTTTTTTTAAAA  499

seq1  AAAATTATTTATTTTTATCTTATGTACATTGGTAATTTGACTACATGTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATTTATTTTTATCTTATGTACATTGGTAATTTGACTACATGTAT  549

seq1  GTCTGTGAGGGGTCGGCTCCCCTAGAACAGGAGTTAAAGACAGTTGAGAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGAGGGGTCGGCTCCCCTAGAACAGGAGTTAAAGACAGTTGAGAG  599

seq1  CTGCCATGGGGGGCTGGGAATTGAACCCAGGTCTTCTGGTAGAGCAGCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATGGGGGGCTGGGAATTGAACCCAGGTCTTCTGGTAGAGCAGCCA  649

seq1  GTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAAGAGTAATTTCTTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAAGAGTAATTTCTTA  699

seq1  AATAACAACAAAGGAATTCCAAATTTACTTGGAGATGACCATATTTATCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAACAAAGGAATTCCAAATTTACTTGGAGATGACCATATTTATCT  749

seq1  TGTTACATTAAATATTTCAACCCTGTGCACTGGTGAGCTGTCTTGTATTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATTAAATATTTCAACCCTGTGCACTGGTGAGCTGTCTTGTATTA  799

seq1  ACATCATGTAGAGAAGACGAAGAGCCAGTTTCACTGGTAACTGAGAACCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGTAGAGAAGACGAAGAGCCAGTTTCACTGGTAACTGAGAACCA  849

seq1  AAAATGTAGTCTTTCTAAGCGGTTTAACCTACTAACTGTGTCTATAGATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTAGTCTTTCTAAGCGGTTTAACCTACTAACTGTGTCTATAGATG  899

seq1  GCTGTTTTCTTAGAAAGTATATTCCTTCTCTTTTTGCTGAGGTCTGGTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTCTTAGAAAGTATATTCCTTCTCTTTTTGCTGAGGTCTGGTCT  949

seq1  GTTGCTATGTATTGTAATGCTAAATTCTGTATTCCAAGGTCTAGTTGCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTATGTATTGTAATGCTAAATTCTGTATTCCAAGGTCTAGTTGCCT  999

seq1  CAAGAGGAGTGAATTC  1013
      ||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGAGTGAATTC  1015

seq1: chr16_90176923_90178032
seq2: B6Ng01-198A02.g_65_1186

seq1  GAATTCAAAAGAGGGATGGAACAAAACAGCCTGCCGATATCCGCCCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGAGGGATGGAACAAAACAGCCTGCCGATATCCGCCCTCAA  50

seq1  GTGGGAAGCTAAATGAAGTGCTGCAACACCTTAGAAAACAGGAGACACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAGCTAAATGAAGTGCTGCAACACCTTAGAAAACAGGAGACACCT  100

seq1  GGCAAGGGATGGGGCGGTACGACTCAGCATGCGGCGTCAGCCTCCATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGGATGGGGCGGTACGACTCAGCATGCGGCGTCAGCCTCCATGTG  150

seq1  CTAACAGCTGCTAAAAATATTCTCTCTGTATAATGTGCACAAGTGCTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGCTGCTAAAAATATTCTCTCTGTATAATGTGCACAAGTGCTGGC  200

seq1  AAATACCCAGAGAAAGGGAAATGGATGTTTGAAACTTTAGCCTGCACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCCAGAGAAAGGGAAATGGATGTTTGAAACTTTAGCCTGCACTAT  250

seq1  CCAATATACCAGCTATGGCCATGGGTAGCCATTTGATAGTCGCATGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATACCAGCTATGGCCATGGGTAGCCATTTGATAGTCGCATGGGTT  300

seq1  AGTATTTGAACCTGTGCAAAGTTGAAATTAAGACACGGAACTGAGGATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTGAACCTGTGCAAAGTTGAAATTAAGACACGGAACTGAGGATAT  350

seq1  AGTTCAGTGTCCCTGAGTTCAATTCCTGGTTCCACATATGAACAAAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGTGTCCCTGAGTTCAATTCCTGGTTCCACATATGAACAAAAATG  400

seq1  TCATTTAATAGCCAGATGAGGGGGCTGGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAATAGCCAGATGAGGGGGCTGGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGT  450

seq1  ACTTGCTATTCTTGCAAAGAACTGAAGTTTGATTTCCCGTACCCACACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTATTCTTGCAAAGAACTGAAGTTTGATTTCCCGTACCCACACCA  500

seq1  GGACCTCACAACCCCCTGAGACTCTACTTATCCCTGGCTATCTTGGAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCACAACCCCCTGAGACTCTACTTATCCCTGGCTATCTTGGAACT  550

seq1  CACTATGTAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCACAGAGACGGTACTGCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCACAGAGACGGTACTGCCTCT  600

seq1  GCCTCCAAAGTACTGGTATTAGAGGCATGCACCACTATTTCCCAATACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCAAAGTACTGGTATTAGAGGCATGCACCACTATTTCCCAATACCC  650

seq1  CTGAGGACTTCTTACATATTAAGAGCCTGCTGAGGGGGCTTTGAGCCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACTTCTTACATATTAAGAGCCTGCTGAGGGGGCTTTGAGCCTGG  700

seq1  GGAGATTAAAATTCTTCAGTACAGGAAGCTACAGAGACCTCAAGTGGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTAAAATTCTTCAGTACAGGAAGCTACAGAGACCTCAAGTGGTAT  750

seq1  TTCTAGGAGAGGGCGCGATGCCGGTCTGAAATGAGTGAAAAGG-AAGACG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCTAGGAGAGGGCGCGATGCCGGTCTGAAATGAGTGAAAAGGAAAGACG  800

seq1  TTAGAGCTTACGTAAGAGAGCCTTGGTTTCTAAGGAGGAGAATGCGAGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCTTACGTAAGAGAGCCTTGGTTTCTAAGGAGGAGAATGCGAGCC  850

seq1  AGGCAAACAACAGAGCTATTAAC-GGGATGATTTTAAGTAGGAGTGAACA  898
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGCAAACAACAGAGCTATTAACGGGGATGATTTT-AGTAGGAGTGAACA  899

seq1  GAGGAGAACTTCCCTATTGACTTAGTGGGTCTACCACACCCAAGTGTTTT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  GAGGAGAACTTCCCTATTGACTTAGTGGGTCTACCACACCCAAGTTGTTT  949

seq1  AAGCGGCAGA-TCCAAACCACA-GTTTG-TCCACAGGGGCAGAGC-TGTT  994
      |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AAGCGGCAGATTCCAAACCACAGGTTTGTTCCACAGGGGCAGAGCTTGTT  999

seq1  G-ACTCATGGT-GGTCAGGAAAATAGAT-ACCAGCCCTTGATCATATCCA  1041
      | ||||||||| ||||  ||| |||||| || |||| |||||||||||||
seq2  GAACTCATGGTGGGTCTAGAATATAGATAACAAGCCTTTGATCATATCCA  1049

seq1  CTC-TCCCTCCCACTCCCCCACTCC-CCAACACAGTTTCAC-ATCCTCTT  1088
      ||| |||||||  || ||||||||| | ||||||| ||||| |||  |||
seq2  CTCTTCCCTCCATCT-CCCCACTCCTCTAACACAGGTTCACGATCTCCTT  1098

seq1  TTCTCTTTC--TTATGCATATGGG  1110
      ||||| |||  |||||||||||||
seq2  TTCTCATTCCTTTATGCATATGGG  1122