BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202M08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 43,252,667 - 43,450,973
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667484
Upstream geneGap43, BC002163
Downstream geneZbtb20, LOC100043314, Drd3, Qtrtd1, 2610015P09Rik, Zdhhc23, Gramd1c, Atp6v1a, Nat13, Gm608, Sidt1, Ccdc52, Wdr52
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202M08.bB6Ng01-202M08.g
ACCGA023178GA023179
length1,1661,043
definitionB6Ng01-202M08.b B6Ng01-202M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,449,821 - 43,450,973)(43,252,667 - 43,253,712)
sequence
gaattcaacatgtagtttacttgtttattttttgaatgttaatgaagtaa
aaccaaattattgcttaagttattccaggcttacatcatccattaacact
gtccatgccaatccagggcagggagttggtggaccccgtagcaataaggt
ccaagtcccctgagtcaatgaacaaggggcttggtagcctgggtaatatg
tcaagatgctggcctggagatttccatgtgtgaagcaggtagaaagagtt
tgctagcagtgagaaaaagttatttgagggcattaggtgaaaaggctaac
aacgtcaaacccggaagtggtctgaagagactaaggaagtggacagctac
aacaccttccatcttctcactggtccccttcttctgagcactctcgctgt
tactgtcttctactacttcacaccttttgtccctctgttcctcacatttt
tttctcctacctatttataacaagtaatgggaataatttaagaggaagtg
aaggaaaaagaaaagaactgagaggcttaggataatatactgcacacata
cacacatatataacctatatttgattgatgaagaagcagaaactgggact
tttgagatttaaaaaattcatggtatgtctggtcatattaatctctagac
cagctgggttttaggattgctagagaagctataagaggatcaggagtagg
gaaaaaagggaaaaaattggaattctataagaattcatatttggagtgaa
aggaggacctctttagaaatacctattcaaattccccccaaagatatatt
tttttaaacttatatatagataacaccaagagaaaaggcttagaaattct
ctcctaggcttttaggaaactactcaaccctacacagtatgctcatttcc
atccactcaagaaagaaggataactggggcatggtatctcacagtgaata
acatggtttggttactttgctagggatgacatatggagacaggtccatag
ggacagagctgttccttaaaaatacaggcaggtttatcctgatgtacagg
gttagacaggattactgtacagtgtcaccttaacaatgctaatataaaag
catttctttaccaaagcactaaactttcttttgggcagatgctggccaag
aaaaatttatatatga
gaattctcactcactgtccatattcagaagtgctgtatcatgaaaattaa
agtgcttatcaagcacagtgatgttcttccctgcaaatggaaacacacat
tttcttgactgtttaaagtacgcatgcattcatttgtttgtgtcctacct
atagggagcatgttgtgaataccctgaccaggtaaagctctattaaaagt
cttatcatctcaagaccattgtgctcattactgtagtttctattttcttt
catatgctgaacatgttataaaagctatactaaagatatgacttcctatt
cttgttttatttaattggtgaaatacagataccaagtagtagtcatggcg
ttgtctacacgtggatacacagctcttcttttcttctatctagagtagca
tgttgctttgaaaggatttgtacaatcccacaataataaattaaaaacaa
acaagcaacctctaaccagatcataaagactgcttctgatgactggccaa
tagcatcgctcttcccattcttagctgaaccacaccagttgtttaatctt
agatttttcacattgcacagttagcttttttcacagtacagttttgaaag
atgagcactgtatacataaccatgataaaatgcctcctggatacagagcc
tttaaagtgagtgtgtgcccagaggcagggagggggaggtctgctcgagg
ttgaaaagcacagtgatgtgtcagaatgcttgtgtttctgactcatactg
acaccgagtgacttgtcactcagggatttcaccagttcccacatctgact
cagtgacagtttacaacagtctgaatttcaataattatccaagtaattaa
agtcagaaacattttggaaatgttcaatattgtattacaattttaaactg
taaataataggttctcatgagatagagggccattttgttatgttaagttc
tcttctccaagtgctggccatctaaattaaccagagtctggtctagggcc
cagtaatagttcatgatagttaaactattaaggaaatgggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_43449821_43450973
seq2: B6Ng01-202M08.b_50_1215 (reverse)

seq1  TCATAT-TAAA-TTTTCTT-GCCAGCATCCTGCAC-AAAGAAAG-TTAGT  45
      |||||| |||| ||||||| |||||||| |||| | |||||||| |||||
seq2  TCATATATAAATTTTTCTTGGCCAGCAT-CTGCCCAAAAGAAAGTTTAGT  49

seq1  GC-TTGGTAAAG-AATGCTTTTATAT--GCTTTGT--AGGTGACACTGTA  89
      || ||||||||| |||||||||||||  || ||||  |||||||||||||
seq2  GCTTTGGTAAAGAAATGCTTTTATATTAGCATTGTTAAGGTGACACTGTA  99

seq1  CAGTTAATCCTGTCT-ACCCTGTACATTCAGATAAACCTGCCTTGTATTT  138
      ||| ||||||||||| |||||||||||   |||||||||||| |||||||
seq2  CAG-TAATCCTGTCTAACCCTGTACATCAGGATAAACCTGCC-TGTATTT  147

seq1  TTAAGG-ACAGCTCTGTCCCTATGGGCCCTGTCTCCATATGTCAT-CCTA  186
      |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||
seq2  TTAAGGAACAGCTCTGTCCCTAT-GGACCTGTCTCCATATGTCATCCCTA  196

seq1  GCAAAGTAACC-AACCATGTTATTCACTGTGAGATACCATGCCCCAGTTA  235
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTAACCAAACCATGTTATTCACTGTGAGATACCATGCCCCAGTTA  246

seq1  TCCTTCTTTCTTGAGTGGATGGAAATGAGCATACTGTGTAGGGTTGAGTA  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTTTCTTGAGTGGATGGAAATGAGCATACTGTGTAGGGTTGAGTA  296

seq1  GTTTCCT-AAAGCCTAGGAGAGAATTTCTAAGCCTTTTCTCTTGGTGTTA  334
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTAAAAGCCTAGGAGAGAATTTCTAAGCCTTTTCTCTTGGTGTTA  346

seq1  TCTATATATAAGTTT-AAAAAATATATCTTTGGGGGGAATTTGAATAGGT  383
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATATAAGTTTAAAAAAATATATCTTTGGGGGGAATTTGAATAGGT  396

seq1  ATTTCTAAAGAGGTCCTCCTTTCACTCCAAATATGAATTCTTATAGAATT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAAAGAGGTCCTCCTTTCACTCCAAATATGAATTCTTATAGAATT  446

seq1  CCAATTTTTTCCCTTTTTTCCCTACTCCTGATCCTCTTATAGCTTCTCTA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTTTTCCCTTTTTTCCCTACTCCTGATCCTCTTATAGCTTCTCTA  496

seq1  GCAATCCTAAAACCCAGCTGGTCTAGAGATTAATATGACCAGACATACCA  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCTAAAACCCAGCTGGTCTAGAGATTAATATGACCAGACATACCA  546

seq1  TGAATTTTTTAAATCTCAAAAGTCCCAGTTTCTGCTTCTTCATCAATCAA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTTTAAATCTCAAAAGTCCCAGTTTCTGCTTCTTCATCAATCAA  596

seq1  ATATAGGTTATATATGTGTGTATGTGTGCAGTATATTATCCTAAGCCTCT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGTTATATATGTGTGTATGTGTGCAGTATATTATCCTAAGCCTCT  646

seq1  CAGTTCTTTTCTTTTTCCTTCACTTCCTCTTAAATTATTCCCATTACTTG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTTTCTTTTTCCTTCACTTCCTCTTAAATTATTCCCATTACTTG  696

seq1  TTATAAATAGGTAGGAGAAAAAAATGTGAGGAACAGAGGGACAAAAGGTG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATAGGTAGGAGAAAAAAATGTGAGGAACAGAGGGACAAAAGGTG  746

seq1  TGAAGTAGTAGAAGACAGTAACAGCGAGAGTGCTCAGAAGAAGGGGACCA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTAGTAGAAGACAGTAACAGCGAGAGTGCTCAGAAGAAGGGGACCA  796

seq1  GTGAGAAGATGGAAGGTGTTGTAGCTGTCCACTTCCTTAGTCTCTTCAGA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAGATGGAAGGTGTTGTAGCTGTCCACTTCCTTAGTCTCTTCAGA  846

seq1  CCACTTCCGGGTTTGACGTTGTTAGCCTTTTCACCTAATGCCCTCAAATA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCCGGGTTTGACGTTGTTAGCCTTTTCACCTAATGCCCTCAAATA  896

seq1  ACTTTTTCTCACTGCTAGCAAACTCTTTCTACCTGCTTCACACATGGAAA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTCTCACTGCTAGCAAACTCTTTCTACCTGCTTCACACATGGAAA  946

seq1  TCTCCAGGCCAGCATCTTGACATATTACCCAGGCTACCAAGCCCCTTGTT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGGCCAGCATCTTGACATATTACCCAGGCTACCAAGCCCCTTGTT  996

seq1  CATTGACTCAGGGGACTTGGACCTTATTGCTACGGGGTCCACCAACTCCC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACTCAGGGGACTTGGACCTTATTGCTACGGGGTCCACCAACTCCC  1046

seq1  TGCCCTGGATTGGCATGGACAGTGTTAATGGATGATGTAAGCCTGGAATA  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGATTGGCATGGACAGTGTTAATGGATGATGTAAGCCTGGAATA  1096

seq1  ACTTAAGCAATAATTTGGTTTTACTTCATTAACATTCAAAAAATAAACAA  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGCAATAATTTGGTTTTACTTCATTAACATTCAAAAAATAAACAA  1146

seq1  GTAAACTACATGTTGAATTC  1153
      ||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACTACATGTTGAATTC  1166

seq1: chr16_43252667_43253712
seq2: B6Ng01-202M08.g_64_1106

seq1  GAATTCTCACTCACTGTCCATATTCAGAAGTGCTGTATCATGAAAATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTCACTGTCCATATTCAGAAGTGCTGTATCATGAAAATTAA  50

seq1  AGTGCTTATCAAGCACAGTGATGTTCTTCCCTGCAAATGGAAACACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTATCAAGCACAGTGATGTTCTTCCCTGCAAATGGAAACACACAT  100

seq1  TTTCTTGACTGTTTAAAGTACGCATGCATTCATTTGTTTGTGTCCTACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGACTGTTTAAAGTACGCATGCATTCATTTGTTTGTGTCCTACCT  150

seq1  ATAGGGAGCATGTTGTGAATACCCTGACCAGGTAAAGCTCTATTAAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAGCATGTTGTGAATACCCTGACCAGGTAAAGCTCTATTAAAAGT  200

seq1  CTTATCATCTCAAGACCATTGTGCTCATTACTGTAGTTTCTATTTTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCATCTCAAGACCATTGTGCTCATTACTGTAGTTTCTATTTTCTTT  250

seq1  CATATGCTGAACATGTTATAAAAGCTATACTAAAGATATGACTTCCTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCTGAACATGTTATAAAAGCTATACTAAAGATATGACTTCCTATT  300

seq1  CTTGTTTTATTTAATTGGTGAAATACAGATACCAAGTAGTAGTCATGGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTATTTAATTGGTGAAATACAGATACCAAGTAGTAGTCATGGCG  350

seq1  TTGTCTACACGTGGATACACAGCTCTTCTTTTCTTCTATCTAGAGTAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTACACGTGGATACACAGCTCTTCTTTTCTTCTATCTAGAGTAGCA  400

seq1  TGTTGCTTTGAAAGGATTTGTACAATCCCACAATAATAAATTAAAAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTTTGAAAGGATTTGTACAATCCCACAATAATAAATTAAAAACAA  450

seq1  ACAAGCAACCTCTAACCAGATCATAAAGACTGCTTCTGATGACTGGCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAACCTCTAACCAGATCATAAAGACTGCTTCTGATGACTGGCCAA  500

seq1  TAGCATCGCTCTTCCCATTCTTAGCTGAACCACACCAGTTGTTTAATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCGCTCTTCCCATTCTTAGCTGAACCACACCAGTTGTTTAATCTT  550

seq1  AGATTTTTCACATTGCACAGTTAGCTTTTTTCACAGTACAGTTTTGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTCACATTGCACAGTTAGCTTTTTTCACAGTACAGTTTTGAAAG  600

seq1  ATGAGCACTGTATACATAACCATGATAAAATGCCTCCTGGATACAGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCACTGTATACATAACCATGATAAAATGCCTCCTGGATACAGAGCC  650

seq1  TTTAAAGTGAGTGTGTGCCCAGAGGCAGGGAGGGGGAGGTCTGCTCGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTGAGTGTGTGCCCAGAGGCAGGGAGGGGGAGGTCTGCTCGAGG  700

seq1  TTGAAAAGCACAGTGATGTGTCAGAATGCTTGTG-TTCTGACTCATACTG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGCACAGTGATGTGTCAGAATGCTTGTGTTTCTGACTCATACTG  750

seq1  ACACCGAGTGACTTGTCACTCAGGGATTTCACCAGTTCCCACATCTGACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGAGTGACTTGTCACTCAGGGATTTCACCAGTTCCCACATCTGACT  800

seq1  CAGTGACAGTTTACAACAGTCTGAATTTCAATAATTATCCAAGTAATTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACAGTTTACAACAGTCTGAATTTCAATAATTATCCAAGTAATTAA  850

seq1  AGTCAGAAACATTTTGGAAATGTTCAATATTGTATTACAATTTTAAACTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGAAACATTTTGGAAATGTTCAATATTGTATTACAATTTTAAACTG  900

seq1  TAAATAATAGGTTTCTCATGAGATAGAGGGCCATTTTTGTTATGTTAAGT  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAAATAATAGG-TTCTCATGAGATAGAGGGCCA-TTTTGTTATGTTAAGT  948

seq1  TCTCTTCTTCCAAGTGCTGG-CATCTAAATTAACCAGAGTCTGGTCTAAG  998
      ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTCTTC-TCCAAGTGCTGGCCATCTAAATTAACCAGAGTCTGGTCT-AG  996

seq1  GGCCCAGTAATAGTTCATGATAGTTAAACTAATAAAAGAAATGGGAGA  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||
seq2  GGCCCAGTAATAGTTCATGATAGTTAAACT-ATTAAGGAAATGGGAGA  1043