BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205D19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 36,183,849 - 36,309,166
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG433016, EG627962, EG408196, 2010005H15Rik, Stfa1, EG209324
Upstream geneAdcy5, Sec22a, Pdia5, Sema5b, EG546663, Dirc2, Hspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1, Wdr5b, 2310056P07Rik, Ccdc58, Csta, Stfa2l1
Downstream geneLOC100038854, BC100530, LOC639105, Stfa2, Stfa3, Casr, EG667232, Cd86, Ildr1, LOC667246, Slc15a2, LOC667023, Eaf2, Iqcb1, LOC628101, Golgb1, Hcls1, Fbxo40, LOC100043252, Polq, Stxbp5l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205D19.bB6Ng01-205D19.g
ACCGA024972GA024973
length1,1461,200
definitionB6Ng01-205D19.b B6Ng01-205D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,308,016 - 36,309,166)(36,183,849 - 36,185,040)
sequence
gaattctaatgaagatttaaaagatttaattttcctcgaaagtaaaatgc
tccaagatatttattgaaataaacctatgagtgagaactgtttagcctta
aatacgcagtcattgaattttaggactgcgaccccctctagaatgttcag
tgccttaagtatgaaggttcccatctgttctattcacataaaatctgatg
gtgcctagcatggtggcacatgaccttaatccaagcacttgagaagttga
gtcagcaggtatgccttgagtttgaggctagcctgagttacctgcatgct
agaccatctagcaagaccaagtctcaaacaaacacacaaacaaacaaaca
aaaagacaaaacagatcttgttctccaggatgatttgctttcaaggttaa
aagcaatgtgctgtaagaaaagaagctgacagattgcaaacctccctcca
aaatttgcatgcatttctcctttgtaaaacaggcaacatgatacatcttt
ttatatagatgatagttaagcagcatgtattaacttgctagaaactttta
gttgtattttgaatgtgatggattgatggatgtagaatcatggaatcagc
tcagagttccttaacgaccttaggagcctccatatatcagcttcaactag
agtgattggaaaattccatcagtcattagagctcctgggatcagacatgt
gaggtgtagagatgatccagcacgaattcaccttcagctactggggaaac
tgaggctgcagtaaagagtgtggcttggtcgattttactcttggggtctt
aaaatttctctaaaaggctcaatgttccacttttatctgtataaatgtct
gaacaaaatcatgtattcatggtttctgtcatttcccatactcttaacac
agggccaacttgtaaatccaatgttggaagtttggtttgggatcacatct
tttcctgaagtacatcgactcactttgtcagcaatctcctggattctaat
atggcaagtttggcctctgaagtacctccagcatcatcatgatgagttgc
ttctttgctaggcagaatgctagaagaaatgatcctgcaagcactaagac
tcaggttttaagtatcctgtaacctccctcctctaatgcttatctc
gaattccaggatagcttggtggtgtttcacagagcaactgagagtcaaaa
aacaaacaaatacaacaaaaacaaaacaaaaacataaaaaaagaaaaaga
acagcagcagaagaaataaaggtctttgccatgttattattcatatttgg
cgataaatattttcaaagctgcaagtaagatccattatagtcttcaagat
ttaacatatttagaaactttggttctacgtgtccttcctcagatgacaca
acaggatgacattatgacacatggttgctcatgtcccccaccacatttcc
cccaactccactcagcttttcttctaagaaatgcaataagacctgcctga
gtccacactcatttctcagttcctctgatactgtggaaatactacattag
aggaggagtttacagatacctttaaaaccctgactcttagtgcttgcttg
atcatttcttctaagtgtcctatcgagcaaagaagcaactcatcagaatg
atgcctggaggcttgtcacgggccagatctgccacaccagaaatccagga
gattgctgataaggtgagtcaatgtgcttgaggaaaaagcttgatcccaa
accaaatttcctacatttaattcataatttggccccacattaacagtgtg
ggaaatggcagaaaccaggaatatatgggttttgttcagacatttatata
gttgaaagtggaacattaagcctttcagagaaattttaacaccccaatag
taaaattggccaagccacagtcttcgcagcagcctcagtttccccagtag
atgatggtgaaaacatgctggatggtctccacatctcaacatgtctgatc
cctggagctctaattactgatggatttttccagtcccactagttaaagat
gatatatcctaaagctcctaaagatcttaaagatttctgagctgatttcg
tggatgcaatgcccatcaaaacatcgcagtcaaaatacaacctaatgttt
ctagcaagtttatacatcttggtaactatcactacataaaatgttattgt
gtttacatgttttttaaggaagaaatgtatgcaagtataaagaataggtt
tcaattcttcaccttggtcttatgcaaagttaggtaactttaggctaaac
tctaactctcaaggcactcactgcctcacttctcaagggagaaaattata

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_36308016_36309166
seq2: B6Ng01-205D19.b_48_1193 (reverse)

seq1  GAGATAAGACATTAGAGGA-GGAGTTTACA-GATACCTTTAAAACCCTGA  48
      |||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||  |||||| |||||
seq2  GAGATAAG-CATTAGAGGAGGGAGGTTACAGGATAC--TTAAAA-CCTGA  46

seq1  GTCTTAGTGCTTGCAGGATCATTTCTTCTAAGCATCCTGCCTAGCAAAGA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GTCTTAGTGCTTGCAGGATCATTTCTTCT-AGCATTCTGCCTAGCAAAGA  95

seq1  AGCAACTCATCATGATGATGCTTGGAGGTACTTCAGAGGCCAAACCTGCC  148
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGCAACTCATCATGATGATGC-TGGAGGTACTTCAGAGGCCAAACTTGCC  144

seq1  ATATTAGAAATCCAGGAGATTGCTGACAAAGTGAGTCGATGTACTTCAGG  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAG-AATCCAGGAGATTGCTGACAAAGTGAGTCGATGTACTTCAGG  193

seq1  AAAAGATGTGATCCCAAACCAAACTTCCAACATTGGATTTACAAGTTGGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATGTGATCCCAAACCAAACTTCCAACATTGGATTTACAAGTTGGC  243

seq1  CCTGTGTTAAGAGTATGGGAAATGACAGAAACCATGAATACATGATTTTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTTAAGAGTATGGGAAATGACAGAAACCATGAATACATGATTTTG  293

seq1  TTCAGACATTTATACAGATAAAAGTGGAACATTGAGCCTTTTAGAGAAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACATTTATACAGATAAAAGTGGAACATTGAGCCTTTTAGAGAAAT  343

seq1  TTTAAGACCCCAAGAGTAAAATCGACCAAGCCACACTCTTTACTGCAGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGACCCCAAGAGTAAAATCGACCAAGCCACACTCTTTACTGCAGCC  393

seq1  TCAGTTTCCCCAGTAGCTGAAGGTGAATTCGTGCTGGATCATCTCTACAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTCCCCAGTAGCTGAAGGTGAATTCGTGCTGGATCATCTCTACAC  443

seq1  CTCACATGTCTGATCCCAGGAGCTCTAATGACTGATGGAATTTTCCAATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATGTCTGATCCCAGGAGCTCTAATGACTGATGGAATTTTCCAATC  493

seq1  ACTCTAGTTGAAGCTGATATATGGAGGCTCCTAAGGTCGTTAAGGAACTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGTTGAAGCTGATATATGGAGGCTCCTAAGGTCGTTAAGGAACTC  543

seq1  TGAGCTGATTCCATGATTCTACATCCATCAATCCATCACATTCAAAATAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGATTCCATGATTCTACATCCATCAATCCATCACATTCAAAATAC  593

seq1  AACTAAAAGTTTCTAGCAAGTTAATACATGCTGCTTAACTATCATCTATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAAAGTTTCTAGCAAGTTAATACATGCTGCTTAACTATCATCTATA  643

seq1  TAAAAAGATGTATCATGTTGCCTGTTTTACAAAGGAGAAATGCATGCAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGATGTATCATGTTGCCTGTTTTACAAAGGAGAAATGCATGCAAA  693

seq1  TTTTGGAGGGAGGTTTGCAATCTGTCAGCTTCTTTTCTTACAGCACATTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGGGAGGTTTGCAATCTGTCAGCTTCTTTTCTTACAGCACATTG  743

seq1  CTTTTAACCTTGAAAGCAAATCATCCTGGAGAACAAGATCTGTTTTGTCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAACCTTGAAAGCAAATCATCCTGGAGAACAAGATCTGTTTTGTCT  793

seq1  TTTTGTTTGTTTGTTTGTGTGTTTGTTTGAGACTTGGTCTTGCTAGATGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTGTTTGTGTGTTTGTTTGAGACTTGGTCTTGCTAGATGG  843

seq1  TCTAGCATGCAGGTAACTCAGGCTAGCCTCAAACTCAAGGCATACCTGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATGCAGGTAACTCAGGCTAGCCTCAAACTCAAGGCATACCTGCT  893

seq1  GACTCAACTTCTCAAGTGCTTGGATTAAGGTCATGTGCCACCATGCTAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAACTTCTCAAGTGCTTGGATTAAGGTCATGTGCCACCATGCTAGG  943

seq1  CACCATCAGATTTTATGTGAATAGAACAGATGGGAACCTTCATACTTAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCAGATTTTATGTGAATAGAACAGATGGGAACCTTCATACTTAAG  993

seq1  GCACTGAACATTCTAGAGGGGGTCGCAGTCCTAAAATTCAATGACTGCGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAACATTCTAGAGGGGGTCGCAGTCCTAAAATTCAATGACTGCGT  1043

seq1  ATTTAAGGCTAAACAGTTCTCACTCATAGGTTTATTTCAATAAATATCTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGGCTAAACAGTTCTCACTCATAGGTTTATTTCAATAAATATCTT  1093

seq1  GGAGCATTTTACTTTCGAGGAAAATTAAATCTTTTAAATCTTCATTAGAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCATTTTACTTTCGAGGAAAATTAAATCTTTTAAATCTTCATTAGAA  1143

seq1  TTC  1151
      |||
seq2  TTC  1146

seq1: chr16_36183849_36185040
seq2: B6Ng01-205D19.g_65_1264

seq1  GAATTCCAGGATAGCTTGGTGGTGTTTCACAGAGCAACTGAGAGTCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATAGCTTGGTGGTGTTTCACAGAGCAACTGAGAGTCAAAA  50

seq1  AACAAACAAATACAACAAAAACAAAACAAAAACATAAAAAAAGAAAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAATACAACAAAAACAAAACAAAAACATAAAAAAAGAAAAAGA  100

seq1  ACAGCAGCAGAAGAAATAAAGGTCTTTGCCATGTTATTATTCATATTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGCAGAAGAAATAAAGGTCTTTGCCATGTTATTATTCATATTTGG  150

seq1  CGATAAATATTTTCAAAGCTGCAAGTAAGATCCATTATAGTCTTCAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAAATATTTTCAAAGCTGCAAGTAAGATCCATTATAGTCTTCAAGAT  200

seq1  TTAACATATTTAGAAACTTTGGTTCTACGTGTCCTTCCTCAGATGACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATATTTAGAAACTTTGGTTCTACGTGTCCTTCCTCAGATGACACA  250

seq1  ACAGGATGACATTATGACACATGGTTGCTCATGTCCCCCACCACATTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGACATTATGACACATGGTTGCTCATGTCCCCCACCACATTTCC  300

seq1  CCCAACTCCACTCAGCTTTTCTTCTAAGAAATGCAATAAGACCTGCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTCCACTCAGCTTTTCTTCTAAGAAATGCAATAAGACCTGCCTGA  350

seq1  GTCCACACTCATTTCTCAGTTCCTCTGATACTGTGGAAATACTACATTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACACTCATTTCTCAGTTCCTCTGATACTGTGGAAATACTACATTAG  400

seq1  AGGAGGAGTTTACAGATACCTTTAAAACCCTGACTCTTAGTGCTTGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGTTTACAGATACCTTTAAAACCCTGACTCTTAGTGCTTGCTTG  450

seq1  ATCATTTCTTCTAAGTGTCCTATCGAGCAAAGAAGCAACTCATCAGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCTTCTAAGTGTCCTATCGAGCAAAGAAGCAACTCATCAGAATG  500

seq1  ATGCCTGGAGGCTTGTCACGGGCCAGATCTGCCACACCAGAAATCCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGGAGGCTTGTCACGGGCCAGATCTGCCACACCAGAAATCCAGGA  550

seq1  GATTGCTGATAAGGTGAGTCAATGTGCTTGAGGAAAAAGCTTGATCCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTGATAAGGTGAGTCAATGTGCTTGAGGAAAAAGCTTGATCCCAA  600

seq1  ACCAAATTTCCTACATTTAATTCATAATTTGGCCCCACATTAACAGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATTTCCTACATTTAATTCATAATTTGGCCCCACATTAACAGTGTG  650

seq1  GGAAATGGCAGAAACCAGGAATATATGGGTTTTGTTCAGACATTTATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGGCAGAAACCAGGAATATATGGGTTTTGTTCAGACATTTATATA  700

seq1  GTTGAAAGTGGAACATTAAGCCTTTCAGAGAAATTTTAACACCCCAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAGTGGAACATTAAGCCTTTCAGAGAAATTTTAACACCCCAATAG  750

seq1  TAAAATTGGCCAAGCCACAGTCTTCGCAGCAGCCTCAGTTTCCCCAGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGGCCAAGCCACAGTCTTCGCAGCAGCCTCAGTTTCCCCAGTAG  800

seq1  ATGATGGTGAAAACATGCTGGATGGTCTCCACATCTCAACATGTCTGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGTGAAAACATGCTGGATGGTCTCCACATCTCAACATGTCTGATC  850

seq1  CCTGGAGCTCTAATTACTGATGGATTTTTCCAGTCCCACTAGTTAAAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGCTCTAATTACTGATGGATTTTTCCAGTCCCACTAGTTAAAGAT  900

seq1  GATATATCCTAAAGCTCCTAAAGATCTTAAGGATCTCTGAGCTGA-TTCG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||
seq2  GATATATCCTAAAGCTCCTAAAGATCTTAAAGATTTCTGAGCTGATTTCG  950

seq1  TGGATGCAATGCCCATCAAAACATCGCAGTCAAAATACAACCTAATGTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCAATGCCCATCAAAACATCGCAGTCAAAATACAACCTAATGTTT  1000

seq1  CTAGCAAGTTAATACATCTTGGTAACTATCAGCTACATAAAATG-TATTG  1048
      |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  CTAGCAAGTTTATACATCTTGGTAACTATCA-CTACATAAAATGTTATTG  1049

seq1  TG-TTACATG-TTTTTAAAGAAGAAATGTATGCAAAGTATAAAG-ATAGG  1095
      || ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  TGTTTACATGTTTTTTAAGGAAGAAATGTATGC-AAGTATAAAGAATAGG  1098

seq1  TTCCAA-TCTTCCACCTGGTCT--AGCAA--GTAGGTAAC-TTAGGCTAG  1139
      || ||| |||||  | ||||||   ||||   |||||||| |||||||| 
seq2  TTTCAATTCTTCACCTTGGTCTTATGCAAAGTTAGGTAACTTTAGGCTAA  1148

seq1  CCTCAAA--CTCAAGGCACTCACCCTGCCTCAACTTCTCAAGGGAGGAAA  1187
       ||| ||  |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||
seq2  ACTCTAACTCTCAAGGCACTCA--CTGCCTC-ACTTCTCAAGGGAGAAAA  1195

seq1  TTATA  1192
      |||||
seq2  TTATA  1200