BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209K13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 48,165,123 - 48,279,294
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG637273
Upstream geneLOC628776, EG667741, EG639644
Downstream geneDppa4, Dppa2, EG433023, Morc1, Trat1, EG667501, Retnlb, Retnla, Retnlg, 2310047C04Rik, C330027C09Rik, Myh15, 1700026J12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209K13.bB6Ng01-209K13.g
ACCGA028219GA028220
length4701,209
definitionB6Ng01-209K13.b B6Ng01-209K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,278,819 - 48,279,294)(48,165,123 - 48,166,320)
sequence
ctactctgttttcctttgttgctcgatgttgctgttttgtttgcatcagg
tctccttatcagcctggaacttgatatgtagaccagggtggtctttaatt
tgtagcaagtcaacttttttctcccaagtgctgagattacagatgtgttt
ttctatgtccagcttggctttgtgtttatctgttttgagacagggtttct
tatagcctaaactgctaattttgtttgtttgtttgtttgcttgtttgaga
cagggtttctctgtgtagccctggctgtcctgaaactcactttgtagact
aggctggccttgaactcacaaattcgcctgactctgcctcccgagtgctg
ggattaaaggtgtgcgccaccactcccggctaagctgctaatttttaact
tgctgtgtagctgaggttggccctcaacttcttgtattcatgcctacatc
ccctaagtttgaatgaacta
gaattcaacactttattgaaatacaaaagaggacatgacattgaaagtgg
tctggaaaaagttagggagagtgtggggctagatataatcaaaatacact
gaatgtgttctgaactctcaaggagctaatgaaagatgtcagtagaaaac
taaaacacaaaactaaagtacatttcttggtaggaaaatatagtaagaac
acttgtgtcccacgtgtgcagacatgcttatgtgagaattggacttaatt
ctcaattttgaaacatgtaaaatgtttcatacatacacccaaaaatattt
cttgctaaatctgcaagctgcctttgattatagtagctgtgcatttgata
acagtgaaagataatatagcatagtatttttagcacaaacgcttggctca
gctgtatcaagttcaaccctccattcaaacactgagtaccttcgtgattt
aatgcaagatacttaaccttttgtgcttcattggcacacaattccccaga
aagaagatgaaaggaatttctgatgttgtcctctaaggaactaatccttg
aaagcagcatcaaggactttagtgggccggtggaaagcctaagatagaga
tctctgccctttcttagctctgttccatcagcacaatgcctgagggccag
tctgcactggagcaccatgcaagagaaggagcaagtctaaagatactaac
tagcactataagctaaacttgctcattccggttactcaattaaaggcctt
gagggtcataggaaccaaaagatcctcctatgctttggatgggttctcta
aaagatcatgggctgaagtgtgatcagcaaattaactttgtgataaccta
atgttgattgtcaccttgacaagatcttggaagcatcttaggaaacaata
ctcaagatgtgagtgtgaatgattatcctgatcaagttaatctcagaaag
cccgttgttgagaagataatctacatcaggttaattgaaggtggagggaa
gatccccttgtaattggtggtgcagcacttatttccataggctgaagacc
ttggcccaaattatagggaggaaattgggtctgaccatccattccctgtt
cagagtatgcttcagttagtggtccaattttacacattctggaaagagtc
aaacatccttgaggactgccccctttagattagccatttttgaaccatat
actctgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_48278819_48279294
seq2: B6Ng01-209K13.b_45_520 (reverse)

seq1  TAGTGCATTCAAGCTTAGGTGATGTAGGCATGAATACAAGAAGTTTAAGG  50
      |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||
seq2  TAGTTCATTCAAACTTAGGGGATGTAGGCATGAATACAAGAAGTTGAGGG  50

seq1  CCAACCTCAGCTACACAGCAAGTTAAAAATTAGCAGCTTAGCCGGGCGTG  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCAACCTCAGCTACACAGCAAGTTAAAAATTAGCAGCTTAGCCGGGAGTG  100

seq1  GTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGTCAGGCGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGTCAGGCGAATT  150

seq1  TCTGAGTTCAAGGCCAGCCTAGTCTACAAAGTGAGTTTCAGGACAGCCAG  200
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTCAAGGCCAGCCTAGTCTACAAAGTGAGTTTCAGGACAGCCAG  200

seq1  GGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAACAAGCAAACAAACAAACAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAACAAGCAAACAAACAAACAAACAA  250

seq1  AATTAGCAGTTTAGGCTATAAGAAACCCTGTCTCAAAACAGATAAACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCAGTTTAGGCTATAAGAAACCCTGTCTCAAAACAGATAAACACA  300

seq1  AAGCCAAGCTGGACATAGAAAAACACATCTGTAATCTCAGCACTTGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAGCTGGACATAGAAAAACACATCTGTAATCTCAGCACTTGGGAG  350

seq1  AAAAAAGTTGACTTGCTACAAATTAAAGACCACCCTGGTCTACATATCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTTGACTTGCTACAAATTAAAGACCACCCTGGTCTACATATCAA  400

seq1  GTTCCAGGCTGATAAGGAGACCTGATGCAAACAAAACAGCAACATCGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGCTGATAAGGAGACCTGATGCAAACAAAACAGCAACATCGAGC  450

seq1  AACAAAGGAAAACAGAGTAGGAATTC  476
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGGAAAACAGAGTAGGAATTC  476

seq1: chr16_48165123_48166320
seq2: B6Ng01-209K13.g_69_1277

seq1  GAATTCAACACTTTATTGAAATACAAAAGAGGACATGACATTGAAAGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACTTTATTGAAATACAAAAGAGGACATGACATTGAAAGTGG  50

seq1  TCTGGAAAAAGTTAGGGAGAGTGTGGGGCTAGATATAATCAAAATACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAAAAGTTAGGGAGAGTGTGGGGCTAGATATAATCAAAATACACT  100

seq1  GAATGTGTTCTGAACTCTCAAGGAGCTAATGAAAGATGTCAGTAGAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTTCTGAACTCTCAAGGAGCTAATGAAAGATGTCAGTAGAAAAC  150

seq1  TAAAACACAAAACTAAAGTACATTTCTTGGTAGGAAAATATAGTAAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACACAAAACTAAAGTACATTTCTTGGTAGGAAAATATAGTAAGAAC  200

seq1  ACTTGTGTCCCACGTGTGCAGACATGCTTATGTGAGAATTGGACTTAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGTCCCACGTGTGCAGACATGCTTATGTGAGAATTGGACTTAATT  250

seq1  CTCAATTTTGAAACATGTAAAATGTTTCATACATACACCCAAAAATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTTTGAAACATGTAAAATGTTTCATACATACACCCAAAAATATTT  300

seq1  CTTGCTAAATCTGCAAGCTGCCTTTGATTATAGTAGCTGTGCATTTGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTAAATCTGCAAGCTGCCTTTGATTATAGTAGCTGTGCATTTGATA  350

seq1  ACAGTGAAAGATAATATAGCATAGTATTTTTAGCACAAACGCTTGGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAAAGATAATATAGCATAGTATTTTTAGCACAAACGCTTGGCTCA  400

seq1  GCTGTATCAAGTTCAACCCTCCATTCAAACACTGAGTACCTTCGTGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATCAAGTTCAACCCTCCATTCAAACACTGAGTACCTTCGTGATTT  450

seq1  AATGCAAGATACTTAACCTTTTGTGCTTCATTGGCACACAATTCCCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAGATACTTAACCTTTTGTGCTTCATTGGCACACAATTCCCCAGA  500

seq1  AAGAAGATGAAAGGAATTTCTGATGTTGTCCTCTAAGGAACTAATCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATGAAAGGAATTTCTGATGTTGTCCTCTAAGGAACTAATCCTTG  550

seq1  AAAGCAGCATCAAGGACTTTAGTGGGCCGGTGGAAAGCCTAAGATAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCATCAAGGACTTTAGTGGGCCGGTGGAAAGCCTAAGATAGAGA  600

seq1  TCTCTGCCCTTTCTTAGCTCTGTTCCATCAGCACAATGCCTGAGGGCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCCTTTCTTAGCTCTGTTCCATCAGCACAATGCCTGAGGGCCAG  650

seq1  TCTGCACTGGAGCACCATGCAAGAGAAGGAGCAAGTCTAAAGATACTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACTGGAGCACCATGCAAGAGAAGGAGCAAGTCTAAAGATACTAAC  700

seq1  TAGCACTATAAGCTAAACTTGCTCATTCCGGTTACTCAATTAAAGGCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTATAAGCTAAACTTGCTCATTCCGGTTACTCAATTAAAGGCCTT  750

seq1  GAGGGTCATAGGAACCAAAAGATCCTCCTATGCTTTGGATGGGTTCTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCATAGGAACCAAAAGATCCTCCTATGCTTTGGATGGGTTCTCTA  800

seq1  AAAGATCATGGGCTGAAAGTGTGATCAGCAAATTAAC-TTGTGATAACCT  849
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAGATCATGGGCTG-AAGTGTGATCAGCAAATTAACTTTGTGATAACCT  849

seq1  AATGTTGATTGTCAACTTGACAAGATC-TGGAAGCATC-TAGGAAACAAT  897
      |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  AATGTTGATTGTCACCTTGACAAGATCTTGGAAGCATCTTAGGAAACAAT  899

seq1  ACTCAAGATGTGAGTGTGAATGATTATCCTGATCAAGTTAATCTCAG-AA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTCAAGATGTGAGTGTGAATGATTATCCTGATCAAGTTAATCTCAGAAA  949

seq1  GCCCGTTGTTGAG-AGATAATCTACATCAGGTTAATTG-AGGT-GAGG--  991
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||  
seq2  GCCCGTTGTTGAGAAGATAATCTACATCAGGTTAATTGAAGGTGGAGGGA  999

seq1  AGATTCCC-TGTAATTG--TGTGCAGCACT--ATTCCATAGGCTG-AGAC  1035
      |||| ||| ||||||||   ||||||||||   |||||||||||| ||||
seq2  AGATCCCCTTGTAATTGGTGGTGCAGCACTTATTTCCATAGGCTGAAGAC  1049

seq1  CCTGGCCCAAA-TATAGGGA-GAAATT-GGTCTGACCATTCATT-CCTG-  1080
      | ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||| 
seq2  CTTGGCCCAAATTATAGGGAGGAAATTGGGTCTGACCATCCATTCCCTGT  1099

seq1  TCAGAGTTAGCTTCAGTTAGTTGT-CAATTTAACACA-TCTGGGAAGAGG  1128
      |||||||  |||||||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||| 
seq2  TCAGAGTATGCTTCAGTTAGTGGTCCAATTTTACACATTCTGGAAAGAGT  1149

seq1  CAAACATACTTGAGGACCTGCCCCCTTTAGATTAGCATTTGACCATATCT  1178
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||          || |
seq2  CAAACATCCTTGAGGA-CTGCCCCCTTTAGATTAGC---------CATTT  1189

seq1  GTGAGTCATTTTCTCTGTTG  1198
       |||  ||| | ||||||||
seq2  TTGAACCATATACTCTGTTG  1209