BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214I08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 86,907,887 - 87,040,058
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040025, LOC100039780
Downstream geneN6amt1, Zfp294, ORF5, LOC100040088, Usp16, Cct8, B130034C11Rik, LOC435486, ORF63, Bach1, LOC100039901, Grik1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214I08.bB6Ng01-214I08.g
ACCGA031747GA031748
length1,1991,150
definitionB6Ng01-214I08.b B6Ng01-214I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,038,839 - 87,040,058)(86,907,887 - 86,909,039)
sequence
gaattctctgaagactctgccatgagagtaatattagagattgtcataaa
tcagttttaatagttacagaatgtatctcaagaaacaacacccacatacc
cagttctcactgcactagtccctttgctagggaaaacttgatttttttca
atttaagttatgataactatgtatttacatctatttatttagtatttaat
tttttgacagtccaggactatctctttctcattgctctcctacttcttgc
aaataatttagatcccaagggtgagtttctattccttcttgatttttaag
atatgtatttgtttctgtaagagatttaatctgtctcaagtaactcaaag
ttactgaatgactggggaatgtgataaatccaaatccttaatggtaagag
gttaaatacaagtcacctcaatgtgaaggcagcttattctctctatgagg
ctttggagccaaggggaagcctgacattgagaggccccagtggtttaatc
cctaaaatgggccttgcttgcatgagtgcttataggagagttcgcagaaa
gagaatctttactcaatcccttctctctagggattgaataatggatatgg
accagggtgacagaggacatggagatagtaagactgtcacaggcatcaac
ctgagtatacatgtcccgagagaggtagcaggagggttgagaaggtgcgc
tatagattcctcctgagtagtagccgtagatgctgctacatctaccacac
aaaggacagcttcctgaccaaaaaattatatgacccaaaatgtcagtagt
gtgaggggaagaaacagtgagcccacagcatgttatttgtggcagtggac
gttatataaatagaactaaagtcatgggagtgatttgaactatagaataa
aatttgtgagtatattcaaaacaaagtcaaacaaactgtcattcagactt
tgtttactcaattattttgtttagttaaaacataattatatcagtttccc
tctccttctcctcatctatcatcccatgttctgtccctcactctcaccca
gattcattctcttctttaattattgttgtacatagcacagtattaattat
atggtgcagaattgttatgtgtcaacttgaccaagcttgaattatcacag
agaagagcctccttgagaatgctctggaaatcactgtaagcattttctc

gaattcttgtggcccagacctatagatgaaggcctacaggtaacaaagga
atattaagagagtgtgagttagtttttctcaggaacaacactccttattg
ataatacaatacaaagtggtcatctctgaaatcatatacatacaggcaac
actaaacagaatcatcaggtagtatttatataattatgcacacatatgtg
aaataacaaataaagagtccatgcatgtgaaagggaattgggagtgacaa
gagagaggctgaaaaaaaaactatatagatataggtttgaataaggggga
gagcaagtgacacccaccatgtaaaatgtagattgacgattgacttttga
atttgcaaacatgaaggtttggcagagcaactggacataaggaacaatga
gaaaaattcaactgaagtagatccccaagaaaagaaagaaaaaaaaacag
aattgtagaggctatgtaacagccattaaaagtgagagagagtaatttgg
gaagctttgaatggaggaaaggggaagtggaatttatgtcattatattat
aatatcaaaaaaatgcaaagaaactggtacaaccactctggaaagcaatc
tagaggttcctcagaaaaatgaaaatagatctgcctgaaaaccagctata
ccatcctttgtcatatatccaaatgatgccccaccatgctacagggccac
atgctccactatgctcatagtgcccttatatgtgatagacagaagttgga
aacaacccaggtatctgacaaaggatgaatggatatagaaaccaaagctc
ccagaaaccccctgccctggggtataaagtctctacaggataaggttcat
cctctcccactgaggccagataaggcagtcctctgctacatatgtgccgg
ggtcagcccatgtatgctctttgggttggtggcttagtctctgggacctc
tgtgggatctgggttagttgatactgttttaataagaaggatttttttta
aagatagttttctctgcataattcctcagtgttgatggagatgcttctgc
tagagagatacggtgatggatctacaaagagtttgtagagagttaaggag
agaatactcaggatggcatcttcgttccctgacatgtatatgatggacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_87038839_87040058
seq2: B6Ng01-214I08.b_42_1240 (reverse)

seq1  GAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGAAGGCATTTCCTCAAGGGAGG  50
      ||||||||| ||||||||  ||| ||  ||  |||||  ||||| |||||
seq2  GAGAAAATG-CTTACAGT--GATTTCCAGA--GCATT--CTCAA-GGAGG  42

seq1  CTCTTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTTGTGTCAAGTTGACACATAAAACC  100
      |||  ||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |  
seq2  CTC--TTCTCTGTGATAATTCAAGCTTG-GTCAAGTTGACACATAACA-A  88

seq1  ATCTGGCACATATATTTATTTACTTGTGCTTATTTGTACCAACAATAATT  150
       ||||   |||||| |||  ||| |||||   | |||| |||||||||||
seq2  TTCTGCACCATATAATTA-ATAC-TGTGC---TATGTA-CAACAATAATT  132

seq1  AAAGAAGAGAATGAATCTGGGTGAGAGTGAGGGACAG-ACATGGGATGGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  AAAGAAGAGAATGAATCTGGGTGAGAGTGAGGGACAGAACATGGGAT-GA  181

seq1  TAGGAATGAGGAGAAGGAGAGGGAAACTGATATAATTATGTTTTAACTAA  249
      |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAG--ATGAGGAGAAGGAGAGGGAAACTGATATAATTATGTTTTAACTAA  229

seq1  ACAAAATAATTGAGTAAACAAAGTCTGAATTGACAGTTTGTTTGACTTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATAATTGAGTAAACAAAGTCTGAA-TGACAGTTTGTTTGACTTTG  278

seq1  TTTTGAATATACTCACAAATTTTATTCTATAGTTCAAATCACTCCCATGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAATATACTCACAAATTTTATTCTATAGTTCAAATCACTCCCATGA  328

seq1  CTTTAGTTCTATTTATATAACGTCCACTGCCACAAATAACATGCTGTGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTCTATTTATATAACGTCCACTGCCACAAATAACATGCTGTGGG  378

seq1  CTCACTGTTTCTTCCCCTCACACTACTGACATTTTGGGTCATATAATTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTTTCTTCCCCTCACACTACTGACATTTTGGGTCATATAATTTT  428

seq1  TTGGTCAGGAAGCTGTCCTTTGTGTGGTAGATGTAGCAGCATCTACGGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCAGGAAGCTGTCCTTTGTGTGGTAGATGTAGCAGCATCTACGGCT  478

seq1  ACTACTCAGGAGGAATCTATAGCGCACCTTCTCAACCCTCCTGCTACCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCAGGAGGAATCTATAGCGCACCTTCTCAACCCTCCTGCTACCTC  528

seq1  TCTCGGGACATGTATACTCAGGTTGATGCCTGTGACAGTCTTACTATCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGGACATGTATACTCAGGTTGATGCCTGTGACAGTCTTACTATCTC  578

seq1  CATGTCCTCTGTCACCCTGGTCCATATCCATTATTCAATCCCTAGAGAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTCTGTCACCCTGGTCCATATCCATTATTCAATCCCTAGAGAGA  628

seq1  AGGGATTGAGTAAAGATTCTCTTTCTGCGAACTCTCCTATAAGCACTCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTGAGTAAAGATTCTCTTTCTGCGAACTCTCCTATAAGCACTCAT  678

seq1  GCAAGCAAGGCCCATTTTAGGGATTAAACCACTGGGGCCTCTCAATGTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAGGCCCATTTTAGGGATTAAACCACTGGGGCCTCTCAATGTCA  728

seq1  GGCTTCCCCTTGGCTCCAAAGCCTCATAGAGAGAATAAGCTGCCTTCACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCCCTTGGCTCCAAAGCCTCATAGAGAGAATAAGCTGCCTTCACA  778

seq1  TTGAGGTGACTTGTATTTAACCTCTTACCATTAAGGATTTGGATTTATCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTGACTTGTATTTAACCTCTTACCATTAAGGATTTGGATTTATCA  828

seq1  CATTCCCCAGTCATTCAGTAACTTTGAGTTACTTGAGACAGATTAAATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCCAGTCATTCAGTAACTTTGAGTTACTTGAGACAGATTAAATCT  878

seq1  CTTACAGAAACAAATACATATCTTAAAAATCAAGAAGGAATAGAAACTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGAAACAAATACATATCTTAAAAATCAAGAAGGAATAGAAACTCA  928

seq1  CCCTTGGGATCTAAATTATTTGCAAGAAGTAGGAGAGCAATGAGAAAGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGGATCTAAATTATTTGCAAGAAGTAGGAGAGCAATGAGAAAGAG  978

seq1  ATAGTCCTGGACTGTCAAAAAATTAAATACTAAATAAATAGATGTAAATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCCTGGACTGTCAAAAAATTAAATACTAAATAAATAGATGTAAATA  1028

seq1  CATAGTTATCATAACTTAAATTGAAAAAAATCAAGTTTTCCCTAGCAAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTATCATAACTTAAATTGAAAAAAATCAAGTTTTCCCTAGCAAAG  1078

seq1  GGACTAGTGCAGTGAGAACTGGGTATGTGGGTGTTGTTTCTTGAGATACA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTAGTGCAGTGAGAACTGGGTATGTGGGTGTTGTTTCTTGAGATACA  1128

seq1  TTCTGTAACTATTAAAACTGATTTATGACAATCTCTAATATTACTCTCAT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAACTATTAAAACTGATTTATGACAATCTCTAATATTACTCTCAT  1178

seq1  GGCAGAGTCTTCAGAGAATTC  1220
      |||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGTCTTCAGAGAATTC  1199


seq1: chr16_86907887_86909039
seq2: B6Ng01-214I08.g_63_1212

seq1  GAATTCTTGTGGCCCAGACCTATAGATGAAGGCCTACAGGTAACAAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGGCCCAGACCTATAGATGAAGGCCTACAGGTAACAAAGGA  50

seq1  ATATTAAGAGAGTGTGAGTTAGTTTTTCTCAGGAACAACACTCCTTATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAGAGAGTGTGAGTTAGTTTTTCTCAGGAACAACACTCCTTATTG  100

seq1  ATAATACAATACAAAGTGGTCATCTCTGAAATCATATACATACAGGCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACAATACAAAGTGGTCATCTCTGAAATCATATACATACAGGCAAC  150

seq1  ACTAAACAGAATCATCAGGTAGTATTTATATAATTATGCACACATATGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACAGAATCATCAGGTAGTATTTATATAATTATGCACACATATGTG  200

seq1  AAATAACAAATAAAGAGTCCATGCATGTGAAAGGGAATTGGGAGTGACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAAATAAAGAGTCCATGCATGTGAAAGGGAATTGGGAGTGACAA  250

seq1  GAGAGAGGCTGAAAAAAAAACTATATAGATATAGGTTTGAATAAGGGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGGCTGAAAAAAAAACTATATAGATATAGGTTTGAATAAGGGGGA  300

seq1  GAGCAAGTGACACCCACCATGTAAAATGTAGATTGACGATTGACTTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGTGACACCCACCATGTAAAATGTAGATTGACGATTGACTTTTGA  350

seq1  ATTTGCAAACATGAAGGTTTGGCAGAGCAACTGGACATAAGGAACAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAAACATGAAGGTTTGGCAGAGCAACTGGACATAAGGAACAATGA  400

seq1  GAAAAATTCAACTGAAGTAGATCCCCAAGAAAAGAAAGAAAAAAAAACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTCAACTGAAGTAGATCCCCAAGAAAAGAAAGAAAAAAAAACAG  450

seq1  AATTGTAGAGGCTATGTAACAGCCATTAAAAGTGAGAGAGAGTAATTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTAGAGGCTATGTAACAGCCATTAAAAGTGAGAGAGAGTAATTTGG  500

seq1  GAAGCTTTGAATGGAGGAAAGGGGAAGTGGAATTTATGTCATTATATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTTGAATGGAGGAAAGGGGAAGTGGAATTTATGTCATTATATTAT  550

seq1  AATATCAAAAAAATGCAAAGAAACTGGTACAACCACTCTGGAAAGCAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAAAAAAATGCAAAGAAACTGGTACAACCACTCTGGAAAGCAATC  600

seq1  TAGAGGTTCCTCAGAAAAATGAAAATAGATCTGCCTGAAAACCAGCTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTTCCTCAGAAAAATGAAAATAGATCTGCCTGAAAACCAGCTATA  650

seq1  CCATCCTTTGTCATATATCCAAATGATGCCCCACCATGCTACAGGGCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTTTGTCATATATCCAAATGATGCCCCACCATGCTACAGGGCCAC  700

seq1  ATGCTCCACTATGCTCATAGTGCCCTTATATGTGATAGACAGAAGTTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCACTATGCTCATAGTGCCCTTATATGTGATAGACAGAAGTTGGA  750

seq1  AACAACCCAGGTATCTGACAAAGGATGAATGGATATAGAAACCAAAGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCCAGGTATCTGACAAAGGATGAATGGATATAGAAACCAAAGCTC  800

seq1  CCAGAAACCCCCTGCCCTGGGGTATAAAGTCTCTACAGGATAAGGTTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACCCCCTGCCCTGGGGTATAAAGTCTCTACAGGATAAGGTTCAT  850

seq1  CCTCTCCCACTGAGGCCAGATAAGGCAGTCCTCTGCTACATATGTGCCGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCACTGAGGCCAGATAAGGCAGTCCTCTGCTACATATGTGCCGG  900

seq1  GGTCAGCCCATGTATGCTCTTT-GGTTGGTGGCTTAGTCTCTGGGACCTC  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCCCATGTATGCTCTTTGGGTTGGTGGCTTAGTCTCTGGGACCTC  950

seq1  TGTGGGATCTGGGTTAGTTGATACTGTTTTAATAAAGAAGGATTTTTTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TGTGGGATCTGGGTTAGTTGATACTGTTTTAAT-AAGAAGGATTTTTTTT  999

seq1  AAAGATAGTTTTCTCTGCATAATT-CTCAGTGTTGAT-GAGATGC-TCTG  1046
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AAAGATAGTTTTCTCTGCATAATTCCTCAGTGTTGATGGAGATGCTTCTG  1049

seq1  CTAGAGAGGATACGGTGATGATTTTACAAAGAGTTTTGTAGAAGAGTAAA  1096
      ||||||| ||||||||||||  | ||||||||| ||||||| ||||| ||
seq2  CTAGAGA-GATACGGTGATGGATCTACAAAGAG-TTTGTAG-AGAGTTAA  1096

seq1  GGAAGAAGATACTCAGGATGGCATCTTCGTT-TCTGGCATGTATAATGAA  1145
      || |||  |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||  
seq2  GG-AGAGAATACTCAGGATGGCATCTTCGTTCCCTGACATGTAT-ATG--  1142

seq1  ATGGACAG  1153
      ||||||||
seq2  ATGGACAG  1150


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |