BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216M01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 66,654,988 - 66,711,913
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCadm2
Upstream geneEG383186, Vgll3, LOC664846, LOC100039035
Downstream gene9330155M09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216M01.bB6Ng01-216M01.g
ACCGA033359GA033360
length1,2211,146
definitionB6Ng01-216M01.b B6Ng01-216M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,710,696 - 66,711,913)(66,654,988 - 66,656,146)
sequence
gaattcagggcaagcctgagccataacaacaataacaacaacaaaactaa
aattaaaaacctacataacccaaaccatccacattaacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactctaca
cactctaaactttactttttactcttctggctcagagaatcattaattta
aatctacttctttgtcatttatgagttattgttctcaatatgaccagaat
tttaaaatcatagcaatgttttcttctacaaagatgttattcatagtgtc
ttagtatattacatcttcaagcacaaataatgtatttcatgtctgtggtt
tgcacaaactaggacactatgaataatttggggcaattatattttgcatt
gcctttaatgtattaacttcacagttattcatgatataaactagtaaatc
tctaacaacaataaaaatggtttaatggcttaaattagataccaaaaaat
cttattaattttgatgccttcatgaaaactgtttgccacaaagcatatta
aagacgcttagaagcatgaagtactttgataaaacagaaatagaagaaac
tctgtttatttcagctttcttaatactggcctataatagaatcttccact
aagaacttacatatgcatccttccattttaggtaaaatggtgactagaat
caaaatacatgttttctatggattttaaaaaatatatattttctagggat
gttaagaagatttccttacagtctcataggcacctgaacttgaagatctt
tttttgtttacatatgctgtatctaatatcttctttttagataacgttat
ttttagatgtctaatatcttctttttagaaaatgttattttagtaacctt
ttccacattgcagagacagatgctctattatggtactataatgatctatt
tgcatataagcaacaagcagacctcatatttgttacacctattaagtagt
tgatcatctaagtcaacacctatgggttacggtacatgatttatatgtaa
ttaatattgagtcttctcaaatttacttttcattctttgaaataaccatg
ggagcttaacaccatagaaagcacagaaatgaatgactattttccaggtg
aggacatagggattcatgacagaattggagaaattatccggattgtacta
tatatttctcacaccatggct
gaattctcttcctactttctcttcttcaagttttcaaaaatctagaagca
tataaatatctaaacattttcaaaacattatggttgaatattattttcca
gattttaaacatttcccagactctgttagttttaaagcacatcttgatat
atatactaaaattatatttgaatttttaaacagaaaaggctgctttcatg
taccaaaaacactatggaattaaagacataggaatcaagaaatagtcatt
gtgaattgtattagaaattatttgtttgaaacgttgaatttataatgcca
taaaattatcagaagttatctgccattatcacaagtttatccattcctat
agcatgattgttttgtgctttctcggtttggagcttacatggataggcac
gctgagcatcacaagaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaac
aaaaaacaggaacaacaacaacaacaaaaaccacaacaacaacaaaaaaa
accttttgtgaatatttccctgaaaatgttctcatttccttttaatatgt
gaaatctgatctttaagaaagcttcaaattaccaaacatcacatgccttc
tttcactggaaaaaatgtaaatggaaaataatataacatgttatttaata
aaaaataaaccagatacaaaatcttgccttgtatttacagacaaatttta
atggaatatttcatggtccaacacaaatatcagacccaatggcactaatt
cttgtacagcctttggcttaccctgtataacaaaatctgttacttaaagt
acactacaaaataccttatggtaagtgaacttccaaagacacaaagaaaa
tcttccataaatttaaaagcttatctcaaattcttattgttataagctcg
ggatgtatatatggttaatcgcattatcttaggtagttgaaatatatcgg
gttagaagtgtagaaataaaaagttgttttagaatattttttgcttcttg
ttctaggtcaacattagtaaaccacaaatagtgatgtaaaagtactttta
caggaattttggatgtgcattctcagcaattctttatgtcagcgacctat
tttttacctagcatgccagttcatacttcaagagtaatgaattaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_66710696_66711913
seq2: B6Ng01-216M01.b_42_1262 (reverse)

seq1  AGCCATGGTGTGAGA---TTATAGTACCAAATCGGGATAA-TTCTCCAAT  46
      |||||||||||||||    ||||||||  |||| |||||| |||||||||
seq2  AGCCATGGTGTGAGAAATATATAGTAC--AATCCGGATAATTTCTCCAAT  48

seq1  TCTGTCATGAATCCTTATGTTCCTCACTTGG-AAATAGTCATTCATTTCT  95
      |||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATGAATCCCTATG-TCCTCACCTGGAAAATAGTCATTCATTTCT  97

seq1  GTGCTTTCCTATGGTGTTAAGCT-CCATGGTTATTTCAAAG-ATGAAAAG  143
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGCTTT-CTATGGTGTTAAGCTCCCATGGTTATTTCAAAGAATGAAAAG  146

seq1  TAAATTTGAGAAGACTCAATATTATTTACATATAAATCATGTACCGTAAC  193
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTGAGAAGACTCAATATTAATTACATATAAATCATGTACCGTAAC  196

seq1  CCATAGGTGTTGACTTAGATGATCAACTACTTAATAGGTGTAACAAATAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGTGTTGACTTAGATGATCAACTACTTAATAGGTGTAACAAATAT  246

seq1  GAGGTCTGCTTGTTGCTTATATGCAAATAGATCATTATAGTACCATAATA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTGCTTGTTGCTTATATGCAAATAGATCATTATAGTACCATAATA  296

seq1  GAGCATCTGTCTCTGCAATGTGGAAAAGGTTACTAAAATAACATTTTCTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCTGTCTCTGCAATGTGGAAAAGGTTACTAAAATAACATTTTCTA  346

seq1  AAAAGAAGATATTAGACATCTAAAAATAACGTTATCTAAAAAGAAGATAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGATATTAGACATCTAAAAATAACGTTATCTAAAAAGAAGATAT  396

seq1  TAGATACAGCATATGTAAACAAAAAAAGATCTTCAAGTTCAGGTGCCTAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACAGCATATGTAAACAAAAAAAGATCTTCAAGTTCAGGTGCCTAT  446

seq1  GAGACTGTAAGGAAATCTTCTTAACATCCCTAGAAAATATATATTTTTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGTAAGGAAATCTTCTTAACATCCCTAGAAAATATATATTTTTTA  496

seq1  AAATCCATAGAAAACATGTATTTTGATTCTAGTCACCATTTTACCTAAAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCATAGAAAACATGTATTTTGATTCTAGTCACCATTTTACCTAAAA  546

seq1  TGGAAGGATGCATATGTAAGTTCTTAGTGGAAGATTCTATTATAGGCCAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGATGCATATGTAAGTTCTTAGTGGAAGATTCTATTATAGGCCAG  596

seq1  TATTAAGAAAGCTGAAATAAACAGAGTTTCTTCTATTTCTGTTTTATCAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAAAGCTGAAATAAACAGAGTTTCTTCTATTTCTGTTTTATCAA  646

seq1  AGTACTTCATGCTTCTAAGCGTCTTTAATATGCTTTGTGGCAAACAGTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTCATGCTTCTAAGCGTCTTTAATATGCTTTGTGGCAAACAGTTT  696

seq1  TCATGAAGGCATCAAAATTAATAAGATTTTTTGGTATCTAATTTAAGCCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAGGCATCAAAATTAATAAGATTTTTTGGTATCTAATTTAAGCCA  746

seq1  TTAAACCATTTTTATTGTTGTTAGAGATTTACTAGTTTATATCATGAATA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCATTTTTATTGTTGTTAGAGATTTACTAGTTTATATCATGAATA  796

seq1  ACTGTGAAGTTAATACATTAAAGGCAATGCAAAATATAATTGCCCCAAAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAAGTTAATACATTAAAGGCAATGCAAAATATAATTGCCCCAAAT  846

seq1  TATTCATAGTGTCCTAGTTTGTGCAAACCACAGACATGAAATACATTATT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATAGTGTCCTAGTTTGTGCAAACCACAGACATGAAATACATTATT  896

seq1  TGTGCTTGAAGATGTAATATACTAAGACACTATGAATAACATCTTTGTAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGAAGATGTAATATACTAAGACACTATGAATAACATCTTTGTAG  946

seq1  AAGAAAACATTGCTATGATTTTAAAATTCTGGTCATATTGAGAACAATAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAACATTGCTATGATTTTAAAATTCTGGTCATATTGAGAACAATAA  996

seq1  CTCATAAATGACAAAGAAGTAGATTTAAATTAATGATTCTCTGAGCCAGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAAATGACAAAGAAGTAGATTTAAATTAATGATTCTCTGAGCCAGA  1046

seq1  AGAGTAAAAAGTAAAGTTTAGAGTGTGTAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAAAAGTAAAGTTTAGAGTGTGTAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1096

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAATGTGGATG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAATGTGGATG  1146

seq1  GTTTGGGTTATGTAGGTTTTTAATTTTAGTTTTGTTGTTGTTATTGTTGT  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGTTATGTAGGTTTTTAATTTTAGTTTTGTTGTTGTTATTGTTGT  1196

seq1  TATGGCTCAGGCTTGCCCTGAATTC  1218
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTCAGGCTTGCCCTGAATTC  1221

seq1: chr16_66654988_66656146
seq2: B6Ng01-216M01.g_66_1211

seq1  GAATTCTCTTCCTACTTTCTCTTCTTCAAGTTTTCAAAAATCTAGAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCCTACTTTCTCTTCTTCAAGTTTTCAAAAATCTAGAAGCA  50

seq1  TATAAATATCTAAACATTTTCAAAACATTATGGTTGAATATTATTTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATATCTAAACATTTTCAAAACATTATGGTTGAATATTATTTTCCA  100

seq1  GATTTTAAACATTTCCCAGACTCTGTTAGTTTTAAAGCACATCTTGATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAAACATTTCCCAGACTCTGTTAGTTTTAAAGCACATCTTGATAT  150

seq1  ATATACTAAAATTATATTTGAATTTTTAAACAGAAAAGGCTGCTTTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTAAAATTATATTTGAATTTTTAAACAGAAAAGGCTGCTTTCATG  200

seq1  TACCAAAAACACTATGGAATTAAAGACATAGGAATCAAGAAATAGTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAAACACTATGGAATTAAAGACATAGGAATCAAGAAATAGTCATT  250

seq1  GTGAATTGTATTAGAAATTATTTGTTTGAAACGTTGAATTTATAATGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTGTATTAGAAATTATTTGTTTGAAACGTTGAATTTATAATGCCA  300

seq1  TAAAATTATCAGAAGTTATCTGCCATTATCACAAGTTTATCCATTCCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATCAGAAGTTATCTGCCATTATCACAAGTTTATCCATTCCTAT  350

seq1  AGCATGATTGTTTTGTGCTTTCTCGGTTTGGAGCTTACATGGATAGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATTGTTTTGTGCTTTCTCGGTTTGGAGCTTACATGGATAGGCAC  400

seq1  GCTGAGCATCACAAGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCATCACAAGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAC  450

seq1  AAAAAACAGGAACAACAACAACAACAAAAACCACAACAACAACAAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAGGAACAACAACAACAACAAAAACCACAACAACAACAAAAAAA  500

seq1  ACCTTTTGTGAATATTTCCCTGAAAATGTTCTCATTTCCTTTTAATATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTGTGAATATTTCCCTGAAAATGTTCTCATTTCCTTTTAATATGT  550

seq1  GAAATCTGATCTTTAAGAAAGCTTCAAATTACCAAACATCACATGCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGATCTTTAAGAAAGCTTCAAATTACCAAACATCACATGCCTTC  600

seq1  TTTCACTGGAAAAAATGTAAATGGAAAATAATATAACATGTTATTTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGGAAAAAATGTAAATGGAAAATAATATAACATGTTATTTAATA  650

seq1  AAAAATAAACCAGATACAAAATCTTGCCTTGTATTTACAGACAAATTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAACCAGATACAAAATCTTGCCTTGTATTTACAGACAAATTTTA  700

seq1  ATGGAATATTTCATGGTCCAACACAAATATCAGACCCAATGGCACTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATATTTCATGGTCCAACACAAATATCAGACCCAATGGCACTAATT  750

seq1  CTTGTACAGCCTTTGGCTTACCCTGTATAACAAAATCTGTTACTTAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACAGCCTTTGGCTTACCCTGTATAACAAAATCTGTTACTTAAAGT  800

seq1  ACACTACAAAATACCTTATGGTAAGTGAACTTCCAAAGACACAAAGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACAAAATACCTTATGGTAAGTGAACTTCCAAAGACACAAAGAAAA  850

seq1  TCTTCCATAAATTTAAAAGCTTATCTCAAATTCTTATTGTTATAAGCTCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATAAATTTAAAAGCTTATCTCAAATTCTTATTGTTATAAGCTCG  900

seq1  GGATGTATATATGGTTAATCGCATTATCTTAGGTAGTTGAAATATATC-G  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGATGTATATATGGTTAATCGCATTATCTTAGGTAGTTGAAATATATCGG  950

seq1  GTTAG-AGTGTAGAAATAAAAAAGTTTGTTTTAG-ATA-TTTTTGCTTC-  995
      ||||| ||||||||||||||||   ||||||||| ||| |||||||||| 
seq2  GTTAGAAGTGTAGAAATAAAAA--GTTGTTTTAGAATATTTTTTGCTTCT  998

seq1  TGTTCCTAGTCAACATTAGTAAA-CACAAATAAGTGGATGTAAAAGTACT  1044
      |||||   ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  TGTTCTAGGTCAACATTAGTAAACCACAAAT-AGT-GATGTAAAAGTACT  1046

seq1  TTTACA-GAATTTTGAATGTTGGCAATCTCAAGCAAAATTCTTTATGTCA  1093
      |||||| |||||||| ||||  ||| |||| |||  ||||||||||||||
seq2  TTTACAGGAATTTTGGATGT--GCATTCTC-AGC--AATTCTTTATGTCA  1091

seq1  GCGACACTTATTTTTTAACCCTTAGCATATCACAAGGTTCATACATTTCA  1143
      |||  || |||||||||   | ||||||  ||    ||||||||  ||||
seq2  GCG--ACCTATTTTTTA---CCTAGCATGCCA----GTTCATAC--TTCA  1130

seq1  AGGAGTAATG-ATTAAA  1159
      | |||||||| ||||||
seq2  A-GAGTAATGAATTAAA  1146