BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221G01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,584,732 - 92,710,490
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRunx1
Upstream geneTmem50b, ORF28, Gart, Son, Donson, Cryzl1, LOC100040653, Itsn1, Atp5o, Mrps6, Slc5a3, Kcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6
Downstream geneEG666023, LOC100040747, Setd4, LOC670912, Cbr1, EG435489, Cbr3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221G01.bB6Ng01-221G01.g
ACCGA036688GA036689
length1,132884
definitionB6Ng01-221G01.b B6Ng01-221G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,584,732 - 92,585,852)(92,709,609 - 92,710,490)
sequence
gaattcagagagagtaaagacatacaagtcaaatgtcaagctgtggtcca
gacgtgagagactgccctgggaaggatgctcagagagcactcttggagaa
ggcagggctggtagtgagccttgaggatgtgtttctggaacaggcccaac
agcaaccagccggagacgcacagttcagcactgacagcacaccgcaggct
cacacagtgccagaggacagcttcctgctctgtgcagagatgtctgaatg
atgcggccaggaagcaggttcgatgagtgtgctctcccaagcgatctgtg
gctcacactggagaacaatcaatggaatctgtccacgaggagagaggctc
cgatcccacacgacgtacacatggatagcggttggctgagagttctggtg
tgactaggagaagactcacaagctcaaccaacagatacaggaggatgatc
aagggaaagtgaagctgcctggtgctgacctgtgaatcagagacacagag
aggaagaacgtgagtgacagttgaaccaggtctcccaggtcccatcacac
cctagctccacatgaccagcactccatgctctgtcttcttcttcatggac
tttggctttgttctctttctaggacttgatgaaggcaaaatccacctcag
ggtctcttaggctttatccacctgggcttcattttcagaggagttttttg
tttttgagatacagtctcatatagcccaagatgaccttgaacttctcatc
ctcctgcttggacatgcagagggctgggattatgggcctgtacccccacg
cctgattcacaaaacacttgaggttgaacacaggacttcagaatgccagg
caagcattctgccaaccttgctctactccagctctagcctaggagacata
tgactccaggtatatgggtatataaaatgagtatacaataaataattact
ggtaataaatcataaagaaatttactttaaccacagaagagagaggaatg
atgaagagccagaaggggccaagaacgcgacccacagaatcagctaagca
gcggctcataatgggctcacaagaatcagcctaagcagcgcctcaatggt
gggcctcacagaaattcagcctaaagcagcgc
gaattcctgctgtgtgctctcaggggaaggtagtaaataaaattctgctt
tgtgttttacaagggagattcagagggcagcacggttctaggcaaacctg
aaacaatctttattttattttattttattttattttattttattttattt
tattttattttatttttaaagcttaattctgacttaaccattgcttgata
gagagacggacgggttgagttttagaagaactgacctcagaaatgttcac
tagctttggggcaggatgtgtgatccaccgaagtgcgaccatttcctgaa
ccttaagtatacgttcctgatccgatatgaaagtatgtaaccgggtctgt
acagacttcagtgattttatggcattttaagtggaaacgcataggaatta
gacgtgagaattctcactaccaccatggctgacttcttcagctacggttt
tttgtttcatagacatgaagttaaagtctgtggagtatggcaagtctcta
gtcccacaagcaaacatgatagatatggctttcgaggctacttcagatgg
gagagatggcccagtgattagtgctgttggctgctcctgccagggactga
acgcactcatcccagcacccatgtccggcagctcaccaccacctgtgact
ccagttccaggggacctggtaacctctttctaacatctggaggtgctgca
ttccagatgtgtgtgcatgcccccacacagacgtacccacatacacataa
aataagaattaaattaaaaatcctcctgtcatgatacttccctctccttt
ctccctccccctccctatccccctttcctccttccttttccccttccccc
ttcccttctcttccttttccacttcccctttccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92584732_92585852
seq2: B6Ng01-221G01.b_39_1170

seq1  GAATTCAGAGAGAGTAAAGACATACAAGTCAAATGTCAAGCTGTGGTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAGAGTAAAGACATACAAGTCAAATGTCAAGCTGTGGTCCA  50

seq1  GACGTGAGAGACTGCCCTGGGAAGGATGCTCAGAGAGCACTCTTGGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGAGAGACTGCCCTGGGAAGGATGCTCAGAGAGCACTCTTGGAGAA  100

seq1  GGCAGGGCTGGTAGTGAGCCTTGAGGATGTGTTTCTGGAACAGGCCCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGCTGGTAGTGAGCCTTGAGGATGTGTTTCTGGAACAGGCCCAAC  150

seq1  AGCAACCAGCCGGAGACGCACAGTTCAGCACTGACAGCACACCGCAGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCAGCCGGAGACGCACAGTTCAGCACTGACAGCACACCGCAGGCT  200

seq1  CACACAGTGCCAGAGGACAGCTTCCTGCTCTGTGCAGAGATGTCTGAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTGCCAGAGGACAGCTTCCTGCTCTGTGCAGAGATGTCTGAATG  250

seq1  ATGCGGCCAGGAAGCAGGTTCGATGAGTGTGCTCTCCCAAGCGATCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGCCAGGAAGCAGGTTCGATGAGTGTGCTCTCCCAAGCGATCTGTG  300

seq1  GCTCACACTGGAGAACAATCAATGGAATCTGTCCACGAGGAGAGAGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACTGGAGAACAATCAATGGAATCTGTCCACGAGGAGAGAGGCTC  350

seq1  CGATCCCACACGACGTACACATGGATAGCGGTTGGCTGAGAGTTCTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCCACACGACGTACACATGGATAGCGGTTGGCTGAGAGTTCTGGTG  400

seq1  TGACTAGGAGAAGACTCACAAGCTCAACCAACAGATACAGGAGGATGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGGAGAAGACTCACAAGCTCAACCAACAGATACAGGAGGATGATC  450

seq1  AAGGGAAAGTGAAGCTGCCTGGTGCTGACCTGTGAATCAGAGACACAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAAGTGAAGCTGCCTGGTGCTGACCTGTGAATCAGAGACACAGAG  500

seq1  AGGAAGAACGTGAGTGACAGTTGAACCAGGTCTCCCAGGTCCCATCACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAACGTGAGTGACAGTTGAACCAGGTCTCCCAGGTCCCATCACAC  550

seq1  CCTAGCTCCACATGACCAGCACTCCATGCTCTGTCTTCTTCTTCATGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTCCACATGACCAGCACTCCATGCTCTGTCTTCTTCTTCATGGAC  600

seq1  TTTGGCTTTGTTCTCTTTCTAGGACTTGATGAAGGCAAAATCCACCTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTTGTTCTCTTTCTAGGACTTGATGAAGGCAAAATCCACCTCAG  650

seq1  GGTCTCTTAGGCTTTATCCACCTGGGCTTCATTTTCAGAGGAGTTTTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTTAGGCTTTATCCACCTGGGCTTCATTTTCAGAGGAGTTTTTTG  700

seq1  TTTTTGAGATACAGTCTCATATAGCCCAAGATGACCTTGAACTTCTCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGATACAGTCTCATATAGCCCAAGATGACCTTGAACTTCTCATC  750

seq1  CTCCTGCTTGGACATGCAGAGGGCTGGGATTATGGGCCTGTACCCCCACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTGGACATGCAGAGGGCTGGGATTATGGGCCTGTACCCCCACG  800

seq1  CCTGATTCACAAAACACTTGAGGTTGAACACAGGACTTCAGAATGCCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTCACAAAACACTTGAGGTTGAACACAGGACTTCAGAATGCCAGG  850

seq1  CAAGCATTCTGCCAACCTTGCTCTACTCCAGCTCTAGCCTAGGAGACATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATTCTGCCAACCTTGCTCTACTCCAGCTCTAGCCTAGGAGACATA  900

seq1  TGACTCCAGGTATATGGGTATATAAAATGAGTATACAAATAAAATAATTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TGACTCCAGGTATATGGGTATATAAAATGAGTATACAA--TAAATAATTA  948

seq1  CTGGTAATAAATCATAAAGAAATTTACTTTAACCACAGAAGAGAGAGGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAATAAATCATAAAGAAATTTACTTTAACCACAGAAGAGAGAGGAA  998

seq1  GGATGAAGAGCCAG-AGGGGCCAAGAACGCGACCCACAGAATCAGCTAAG  1049
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAGAGCCAGAAGGGGCCAAGAACGCGACCCACAGAATCAGCTAAG  1048

seq1  CAGC-GCTCAT-ATGGGCTCAC-AGAATCAG-CTAAGCAGCG-CTCA--T  1092
      |||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||   
seq2  CAGCGGCTCATAATGGGCTCACAAGAATCAGCCTAAGCAGCGCCTCAATG  1098

seq1  GTGGG-CTCACAGAA--TCAGC--TAAGCAGCGC  1121
      ||||| |||||||||  |||||   |||||||||
seq2  GTGGGCCTCACAGAAATTCAGCCTAAAGCAGCGC  1132

seq1: chr16_92709609_92710490
seq2: B6Ng01-221G01.g_63_946 (reverse)

seq1  GGGAAGGGGGAAGGGGAAAAGGAAGGAGGAGGGGAAGGGGGAAGGGGAAA  50
      ||||| ||||||| |||||||||||   || |||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGGGAAGTGGAAAAGGAAG--AGAAGGGAAGGGGGAAGGGGAAA  48

seq1  AGGAAGGAGG-AAGGGGGATAGGGAGGGGGAGGGAG-AAGGAGAGGGAAG  98
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGAAGGAGGAAAGGGGGATAGGGAGGGGGAGGGAGAAAGGAGAGGGAAG  98

seq1  TATCATGACAGGAGGA-TTTTAATTTAATTCTTATTTTATGTGTATGTGG  147
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGACAGGAGGATTTTTAATTTAATTCTTATTTTATGTGTATGTGG  148

seq1  GTACGTCTGTGTGGGGGCATGCACACACATCTGGAATGCAGCACCTCCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGTCTGTGTGGGGGCATGCACACACATCTGGAATGCAGCACCTCCAG  198

seq1  ATGTTAG-AAGAGGTTACCAGGTCCCCTGGAACTGGAGTCACAGGTGGTG  246
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGAAAGAGGTTACCAGGTCCCCTGGAACTGGAGTCACAGGTGGTG  248

seq1  GTGAGCTGCCGGACATGGGTGCTGGGATGAGTGCGTTCAGTCCCTGGCAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTGCCGGACATGGGTGCTGGGATGAGTGCGTTCAGTCCCTGGCAG  298

seq1  GAGCAGCCAACAGCACTAATCACTGGGCCATCTCTCCCATCTGAAGTAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCCAACAGCACTAATCACTGGGCCATCTCTCCCATCTGAAGTAGC  348

seq1  CTCGAAAGCCATATCTATCATGTTTGCTTGTGGGACTAGAGACTTGCCAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAAAGCCATATCTATCATGTTTGCTTGTGGGACTAGAGACTTGCCAT  398

seq1  ACTCCACAGACTTTAACTTCATGTCTATGAAACAAAAAACCGTAGCTGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACAGACTTTAACTTCATGTCTATGAAACAAAAAACCGTAGCTGAA  448

seq1  GAAGTCAGCCATGGTGGTAGTGAGAATTCTCACGTCTAATTCCTATGCGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGCCATGGTGGTAGTGAGAATTCTCACGTCTAATTCCTATGCGT  498

seq1  TTCCACTTAAAATGCCATAAAATCACTGAAGTCTGTACAGACCCGGTTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTAAAATGCCATAAAATCACTGAAGTCTGTACAGACCCGGTTAC  548

seq1  ATACTTTCATATCGGATCAGGAACGTATACTTAAGGTTCAGGAAATGGTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCATATCGGATCAGGAACGTATACTTAAGGTTCAGGAAATGGTC  598

seq1  GCACTTCGGTGGATCACACATCCTGCCCCAAAGCTAGTGAACATTTCTGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCGGTGGATCACACATCCTGCCCCAAAGCTAGTGAACATTTCTGA  648

seq1  GGTCAGTTCTTCTAAAACTCAACCCGTCCGTCTCTCTATCAAGCAATGGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGTTCTTCTAAAACTCAACCCGTCCGTCTCTCTATCAAGCAATGGT  698

seq1  TAAGTCAGAATTAAGCTTTAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAGAATTAAGCTTTAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT  748

seq1  AAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAGATTGTTTCAGGTTTGCCTAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAGATTGTTTCAGGTTTGCCTAGA  798

seq1  ACCGTGCTGCCCTCTGAATCTCCCTTGTAAAACACAAAGCAGAATTTTAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGCTGCCCTCTGAATCTCCCTTGTAAAACACAAAGCAGAATTTTAT  848

seq1  TTACTACCTTCCCCTGAGAGCACACAGCAGGAATTC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACCTTCCCCTGAGAGCACACAGCAGGAATTC  884