BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228G07
Chromosome16 (Build37)
Map Location 38,076,295 - 38,181,968
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043713, Gsk3b
Upstream genePolq, Stxbp5l, Gtf2e1, Rabl3, Hgd, Ndufb4, LOC100043709, Fstl1, LOC100043264, Lrrc58, Gpr156, LOC100043271
Downstream geneNr1i2, 4932425I24Rik, Cox17, LOC100043715, Popdc2, Pla1a, Adprh, Cd80, LOC667353, Ck-ps3, 4930455C21Rik, 9630046K23Rik, Tmem39a, Cdgap, B4galt4, LOC100043289, Upk1b, 4930435E12Rik, Igsf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228G07.bB6Ng01-228G07.g
ACCGA041816GA041817
length1,1701,132
definitionB6Ng01-228G07.b B6Ng01-228G07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,180,787 - 38,181,968)(38,076,295 - 38,077,438)
sequence
gaattccaggattctctacttctggaatttgtaattttctaaaactctgg
tctgttatagtctcaaaccaatttcctgtgagttgccagaagattcagca
actgatataaattaaagctaatgacagaaatacacagaaggaattcagcc
ttaaatgcagctcacccgcacaagcctctgccgagactccaaaatctgcc
ttaagatttgctcctccggcgtctgcgagagcatcctctcctacagagtg
gatctcactgagaaactgcccagacttacacagtgtgtaattatggagcg
cttttccagaggttcaatcgtcccccacggaggccaggtttaacctatac
aactccagcacttaaatggcatggcttaacaccacctaacagtagcagca
gagacagtgacagagtgaagtgaagatgcttctatcaccccaccccaaat
gacttgtacaaacaaggaaataaaacagcttgaggccgaagctttaaaaa
gacacagtatcattctaaagtgttcctggagggaagcagtgactcagaga
ggttagtaatagtgagactgccaacctgcattctcagaatctgaagggct
ggggattaatggaaagcaaggtgctgtggtttgaaggagaatgtccccca
taggcttgtgtgtctgaacactggatccccagctggcggcacagttaaga
aagttatagaacctttaggaggtggagccctggagtctgtacaccaccgg
aggcagaggcagtctgaggtttgacagcccagtcccactttctgtctctc
tctggtccctgtgtgcatatgaaatgtaattaatcatttgcttgctaggt
gtcaccttccaggtcatcacgattgcttccctctctaaccataggacaaa
ataaactgtttctcccctggctgatttttgccaggacacccagcactcta
taacagcacagaaaagaggcacacatagaaggtaagcaaacacctaacag
aaatggaacaaacatctaaactaatttcaaatactaacacttttgtgtgt
aaaaaaaatgggctacaagtgaacttgagctggagcagctgtgggagaga
tataggacggggaaggatgggcctccctcagttcccagcaccaggaggca
aaggcctagctctgtgagtt
gaattcactatgtaacccacactggtctaaaatcacagtactcttactgc
ctcagcctcccatggacaggaattatatgtgcctgaccactactttcatc
ctcaagggctagatactactaacacagatacagcataaatcagaaagatc
atgaacaacacacgtagcaaaatactgttttatataattgagctgttatc
ctttctggtgtgatatctggcagagcttactaatgttgaatttggattca
cgaattccctctcattttctttcaaaattctattctatatggcaaaagaa
taaagagagagccatggccacaatctaaataagactggctctgtttaaat
cttcaaattcttacctatttaatatctacaggacaacattaaaaataaac
aaacataccaaaccttgttgtttgagacaagattcattatgtagtccagg
ctgtcctggaacttgatatatagctgaggctagccttgaattctattttg
tctcagcctcttgaagagctggtattatataggtgagttaccatatctac
gtaactcttttttatcttgtcattcaagatattaaataaatgggaagtat
tgtgaatttccttgacgcttttccatgaaccaaagactctgagagatggg
ggagctaggccaatgtgaagatttctggtttgctattgtgtatggaagta
ctgaagagtttgttttgagacagggtctttcttcatagtcctggctgctc
tggaacccactatgtagaccaactcacagagatctgcctgcctctgtcac
cccagtgctttggattaaaggcatgagcctccacttctggcttgaagtat
ttgttttgagaatgtctcaggcccacgtctgttactatatcatatataca
taaaatatatgatacataaaatgcataaaaacatataaaataaagcggaa
ttgcctagaattgtttttaaaactgtgcttctagtattcagtgaacactt
attgattttttttcaattcatgtaaatcatcaattcattcagcgaaatat
ctgcactctcattttaaaattatgatggaattaggttaaaccaatttcga
ttactccaaatatcttgcactaaataatattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_38180787_38181968
seq2: B6Ng01-228G07.b_43_1212 (reverse)

seq1  AACTCACAGAGCCTAGTGCCTTTGGCTCCTGGGTGCTGGG-ACTGAAGTG  49
      ||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| || |
seq2  AACTCACAGAG-CTAG-GCCTTTGCCTCCT-GGTGCTGGGAACTG-AGGG  46

seq1  AGCCCTTTCTTTCCCCGTCTTA-ATATCTCTCACAGCTGCTCCAGCCTCC  98
      || ||  || ||||||||| || || |||| |||||||||||||| ||| 
seq2  AGGCCCATCCTTCCCCGTCCTATATCTCTCCCACAGCTGCTCCAG-CTC-  94

seq1  AAGGTTCACTTTGTAAGCCCATTTTTTTTACACACAAAAGTGTTAGTAAT  148
       | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  -AAGTTCAC-TTGT-AGCCCATTTTTTTTACACACAAAAGTGTTAGTA--  139

seq1  TTTGAAATTAGTTTTAGATGTTTGTTCCATTTTCTGTTAGGTGTTTGCTT  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATTAG-TTTAGATGTTTGTTCCA-TTTCTGTTAGGTGTTTGCTT  187

seq1  ACCTTCTATGTGTGCCTCTTTTCTGTTGCTGTTATAGAGTGCTGGGTGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTATGTGTGCCTCTTTTCTG-TGCTGTTATAGAGTGCTGGGTGTC  236

seq1  CTGGCAAAAATCAGCCAGGGGAGAAACAGTTTATTTTGTCCTATGGTTAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAAAATCAGCCAGGGGAGAAACAGTTTATTTTGTCCTATGGTTAG  286

seq1  AGAGGGAAGCAATCGTGATGACCTGGAAGGTGACACCTAGCAAGCAAATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAAGCAATCGTGATGACCTGGAAGGTGACACCTAGCAAGCAAATG  336

seq1  ATTAATTACATTTCATATGCACACAGGGACCAGAGAGAGACAGAAAGTGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTACATTTCATATGCACACAGGGACCAGAGAGAGACAGAAAGTGG  386

seq1  GACTGGGCTGTCAAACCTCAGACTGCCTCTGCCTCCGGTGGTGTACAGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGCTGTCAAACCTCAGACTGCCTCTGCCTCCGGTGGTGTACAGAC  436

seq1  TCCAGGGCTCCACCTCCTAAAGGTTCTATAACTTTCTTAACTGTGCCGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCTCCACCTCCTAAAGGTTCTATAACTTTCTTAACTGTGCCGCC  486

seq1  AGCTGGGGATCCAGTGTTCAGACACACAAGCCTATGGGGGACATTCTCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGATCCAGTGTTCAGACACACAAGCCTATGGGGGACATTCTCCT  536

seq1  TCAAACCACAGCACCTTGCTTTCCATTAATCCCCAGCCCTTCAGATTCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCACAGCACCTTGCTTTCCATTAATCCCCAGCCCTTCAGATTCTG  586

seq1  AGAATGCAGGTTGGCAGTCTCACTATTACTAACCTCTCTGAGTCACTGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCAGGTTGGCAGTCTCACTATTACTAACCTCTCTGAGTCACTGCT  636

seq1  TCCCTCCAGGAACACTTTAGAATGATACTGTGTCTTTTTAAAGCTTCGGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCAGGAACACTTTAGAATGATACTGTGTCTTTTTAAAGCTTCGGC  686

seq1  CTCAAGCTGTTTTATTTCCTTGTTTGTACAAGTCATTTGGGGTGGGGTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCTGTTTTATTTCCTTGTTTGTACAAGTCATTTGGGGTGGGGTGA  736

seq1  TAGAAGCATCTTCACTTCACTCTGTCACTGTCTCTGCTGCTACTGTTAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCATCTTCACTTCACTCTGTCACTGTCTCTGCTGCTACTGTTAGG  786

seq1  TGGTGTTAAGCCATGCCATTTAAGTGCTGGAGTTGTATAGGTTAAACCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTAAGCCATGCCATTTAAGTGCTGGAGTTGTATAGGTTAAACCTG  836

seq1  GCCTCCGTGGGGGACGATTGAACCTCTGGAAAAGCGCTCCATAATTACAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCGTGGGGGACGATTGAACCTCTGGAAAAGCGCTCCATAATTACAC  886

seq1  ACTGTGTAAGTCTGGGCAGTTTCTCAGTGAGATCCACTCTGTAGGAGAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTAAGTCTGGGCAGTTTCTCAGTGAGATCCACTCTGTAGGAGAGG  936

seq1  ATGCTCTCGCAGACGCCGGAGGAGCAAATCTTAAGGCAGATTTTGGAGTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTCGCAGACGCCGGAGGAGCAAATCTTAAGGCAGATTTTGGAGTC  986

seq1  TCGGCAGAGGCTTGTGCGGGTGAGCTGCATTTAAGGCTGAATTCCTTCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCAGAGGCTTGTGCGGGTGAGCTGCATTTAAGGCTGAATTCCTTCTG  1036

seq1  TGTATTTCTGTCATTAGCTTTAATTTATATCAGTTGCTGAATCTTCTGGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCTGTCATTAGCTTTAATTTATATCAGTTGCTGAATCTTCTGGC  1086

seq1  AACTCACAGGAAATTGGTTTGAGACTATAACAGACCAGAGTTTTAGAAAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACAGGAAATTGGTTTGAGACTATAACAGACCAGAGTTTTAGAAAA  1136

seq1  TTACAAATTCCAGAAGTAGAGAATCCTGGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAATTCCAGAAGTAGAGAATCCTGGAATTC  1170

seq1: chr16_38076295_38077438
seq2: B6Ng01-228G07.g_68_1199

seq1  GAATTCACTATGTAACCCACACTGGTCTAAAATCACAGTACTCTTACTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAACCCACACTGGTCTAAAATCACAGTACTCTTACTGC  50

seq1  CTCAGCCTCCCATGGACAGGAATTATATGTGCCTGACCACTACTTTCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTCCCATGGACAGGAATTATATGTGCCTGACCACTACTTTCATC  100

seq1  CTCAAGGGCTAGATACTACTAACACAGATACAGCATAAATCAGAAAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGGCTAGATACTACTAACACAGATACAGCATAAATCAGAAAGATC  150

seq1  ATGAACAACACACGTAGCAAAATACTGTTTTATATAATTGAGCTGTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAACACACGTAGCAAAATACTGTTTTATATAATTGAGCTGTTATC  200

seq1  CTTTCTGGTGTGATATCTGGCAGAGCTTACTAATGTTGAATTTGGATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGTGTGATATCTGGCAGAGCTTACTAATGTTGAATTTGGATTCA  250

seq1  CGAATTCCCTCTCATTTTCTTTCAAAATTCTATTCTATATGGCAAAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTCCCTCTCATTTTCTTTCAAAATTCTATTCTATATGGCAAAAGAA  300

seq1  TAAAGAGAGAGCCATGGCCACAATCTAAATAAGACTGGCTCTGTTTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGAGAGCCATGGCCACAATCTAAATAAGACTGGCTCTGTTTAAAT  350

seq1  CTTCAAATTCTTACCTATTTAATATCTACAGGACAACATTAAAAATAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATTCTTACCTATTTAATATCTACAGGACAACATTAAAAATAAAC  400

seq1  AAACATACCAAACCTTGTTGTTTGAGACAAGATTCATTATGTAGTCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATACCAAACCTTGTTGTTTGAGACAAGATTCATTATGTAGTCCAGG  450

seq1  CTGTCCTGGAACTTGATATATAGCTGAGGCTAGCCTTGAATTCTATTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGGAACTTGATATATAGCTGAGGCTAGCCTTGAATTCTATTTTG  500

seq1  TCTCAGCCTCTTGAAGAGCTGGTATTATATAGGTGAGTTACCATATCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTCTTGAAGAGCTGGTATTATATAGGTGAGTTACCATATCTAC  550

seq1  GTAACTCTTTTTTATCTTGTCATTCAAGATATTAAATAAATGGGAAGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCTTTTTTATCTTGTCATTCAAGATATTAAATAAATGGGAAGTAT  600

seq1  TGTGAATTTCCTTGACGCTTTTCCATGAACCAAAGACTCTGAGAGATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTTCCTTGACGCTTTTCCATGAACCAAAGACTCTGAGAGATGGG  650

seq1  GGAGCTAGGCCAATGTGAAGATTTCTGGTTTGCTATTGTGTATGGAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAGGCCAATGTGAAGATTTCTGGTTTGCTATTGTGTATGGAAGTA  700

seq1  CTGAAGAGTTTGTTTTGAGACAGGGTCTTTCTTCATAGTCCTGGCTGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGTTTGTTTTGAGACAGGGTCTTTCTTCATAGTCCTGGCTGCTC  750

seq1  TGGAACCCACTATGTAGACCAACTCACAGAGATCTGCCTGCCTCTGTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCCACTATGTAGACCAACTCACAGAGATCTGCCTGCCTCTGTCAC  800

seq1  CCCAGTGC-TTGGATTAAAGGCATGAGCCTCCACTTCTGGCTTGAAGTAT  849
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGCTTTGGATTAAAGGCATGAGCCTCCACTTCTGGCTTGAAGTAT  850

seq1  TTGTTTTGAGAATGTCTCAGGCCCACGTCTGTTACTATATCATATATACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGAGAATGTCTCAGGCCCACGTCTGTTACTATATCATATATACA  900

seq1  TAAAATATATGATACATAAAATGCATAAAAACATATAAAAATAAAGCGGA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAAAATATATGATACATAAAATGCATAAAAACATAT-AAAATAAAGCGGA  949

seq1  ATTGCCTAGAATTTGTTTTTAAAACTGTGCTTCTAGTATTCAGTGAACAC  999
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTAGAA-TTGTTTTTAAAACTGTGCTTCTAGTATTCAGTGAACAC  998

seq1  TTATTGATTTTTTTTCAATTCATGTAAATTCATCAATTCAATTCAAGGCG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||
seq2  TTATTGATTTTTTTTCAATTCATGTAAA-TCATCAATTC-ATTCA--GCG  1044

seq1  AAATTATCTGCACTCTCATTTTTAAAAATATGGATGGAAATAGGGTAAAA  1099
      ||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||| |||| 
seq2  AAA-TATCTGCACTCTCA-TTTTAAAATTAT-GATGGAATTAGGTTAAAC  1091

seq1  CAAATTCAAATTACTTCAAAATAATCTTGCCACTAAATAATATTG  1144
      ||| |||  |||||| ||||   |||||| |||||||||||||||
seq2  CAATTTC-GATTACTCCAAA--TATCTTG-CACTAAATAATATTG  1132