BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233L13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 42,455,169 - 42,535,710
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLsamp, Gap43
Downstream geneBC002163, LOC667484, Zbtb20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233L13.bB6Ng01-233L13.g
ACCGA045696GA045697
length1,1381,133
definitionB6Ng01-233L13.b B6Ng01-233L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,455,169 - 42,456,305)(42,534,562 - 42,535,710)
sequence
gaattcagcacttgtgttaatcccttatttattccatcatccccacctta
gattgaaagttcaaaactgcttaaattgcccattattttagttaaatcca
agtgttttcaagatcaaaaatgaagactgcctgaacttggacatggaaat
ttaataaaaactacatgtatgcatcattgtggggggaagtattataatga
ctaaacaccttgttcattatgtttcttcaattctcttaccttttcccaaa
acaaaaaagagtgtctctgttgacccctcagccatttaaatgccattact
attctagccacaagaacatttttgacattctgaatgattagattgtttgc
atgccccaaatgggaggggtaatgacaggaagatgctccaagaatgatgg
gggggggcattggagaacatggtaagcgggatcatctgagccatagttgt
gaaaggttctgaagcagggatatagatcgctgctataacaggtaaactcc
aaaatctcagtggcttcatagaaagatataaaacccaaatggctattagg
ggtagttataggacaccatatgaatatttcatataggactgagacattgt
ctcggggcaccttcctgctatagaattagatccttctccactcagtctgt
gcacagagagaaacaccactgaatcctaaagaacctatcagtcttgtatg
cctaccatcaaagtcatcacaccctccacccaagaacaggagcagctgtg
actttaaccaaatggtgagaaagaacaacacagaaattgaatgaataata
taattcctataattggttagtcctcaaatttaaaactgtaattttagggg
ctgagatgatagctcaaagagtcagtgtgcttgctaggcaatcacaagga
cctgtgattgaatctgcaacactcagagtaaaagctgggtatgagagagt
atgaccacacattgggaggatggagaccttctgagctcctgggcctttca
gctgggtcttttcttgggggagttcacaggttcagttgagagacctggaa
aacataaggatgggatgcatactaccacaactgctacacacacacacaca
cactataccaccactcaccgaacacatacacaccacgc

gaattcagaatacccatcagacctgaaaggcatttgtgtataagttgttt
tatctcaacccaaaacttcagtcggtccctttataatacttgtttgtcat
tacgataaatgaatgacagttgctcatagttggccaaaatatctgtcttg
tagaataaaatcatccataaatgtttcctttgcccatttgacatcccaga
agcacaaactagcacagtgatttccaacctgtggattgtgacccttttcg
caggggttgtctaaaaacatcagataacgtagatatttacattacgattc
ccatcagtagaaaaattacagctatgaagtagcaataaaaataattttat
ggttggggatcaccacaatatgaggaactttattaaagggccaccatgtt
aggaaggttgagaaccagtgtacctgatactcagtaagtacctgggtagc
taaaaagagaatctttcctgagaatactgatacagataccataatagtta
caacaccaaatggaaaaggtaagagaaggaagatgggtatcaagagggga
acttatagggccagtgctatggctcagcagataaagatgcttgccactag
gtctgatgacctgagtttgatccctgggttccacatgacatcaggagaaa
aacaattttcgcaaattgtcctctgaccttacatatgtttacaagtgcat
acaaacacacactaaaaaatataatacattttaaagcagtgaaattagta
gtctgtatgggaggatttatacatgaaaataacatgaaaaatctacttcc
tatactatttattagatgcctttcttaatcatgaaggtattttacccatt
aaaccctttcaaatgtctccttaatgttcaagacagctttgaaaacaata
cgaaaaagaactctaggcacagagtccttaagttctcttagtgctaagta
catatttccatagaccttttggccatatatatcaaataattgtttattat
gtcatcaactgtctaggactagtagctgttttttaaaagtaaaatatata
aatgcaaaataaatacatagttatgtgatatgtgctaacttccaatgatt
gtatgtgtaaccatgtgcgtaccttggctcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_42455169_42456305
seq2: B6Ng01-233L13.b_46_1183

seq1  GAATTCAGCACTTGTGTTAATCCCTTATTTATTCCATCATCCCCACCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCACTTGTGTTAATCCCTTATTTATTCCATCATCCCCACCTTA  50

seq1  GATTGAAAGTTCAAAACTGCTTAAATTGCCCATTATTTTAGTTAAATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAAAGTTCAAAACTGCTTAAATTGCCCATTATTTTAGTTAAATCCA  100

seq1  AGTGTTTTCAAGATCAAAAATGAAGACTGCCTGAACTTGGACATGGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTCAAGATCAAAAATGAAGACTGCCTGAACTTGGACATGGAAAT  150

seq1  TTAATAAAAACTACATGTATGCATCATTGTGGGGGGAAGTATTATAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAAACTACATGTATGCATCATTGTGGGGGGAAGTATTATAATGA  200

seq1  CTAAACACCTTGTTCATTATGTTTCTTCAATTCTCTTACCTTTTCCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACCTTGTTCATTATGTTTCTTCAATTCTCTTACCTTTTCCCAAA  250

seq1  ACAAAAAAGAGTGTCTCTGTTGACCCCTCAGCCATTTAAATGCCATTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAGAGTGTCTCTGTTGACCCCTCAGCCATTTAAATGCCATTACT  300

seq1  ATTCTAGCCACAAGAACATTTTTGACATTCTGAATGATTAGATTGTTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGCCACAAGAACATTTTTGACATTCTGAATGATTAGATTGTTTGC  350

seq1  ATGCCCCAAATGGGAGGGGTAATGACAGGAAGATGCTCCAAGAATGATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCAAATGGGAGGGGTAATGACAGGAAGATGCTCCAAGAATGATGG  400

seq1  GGGGGGGCATTGGAGAACATGGTAAGCGGGATCATCTGAGCCATAGTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGCATTGGAGAACATGGTAAGCGGGATCATCTGAGCCATAGTTGT  450

seq1  GAAAGGTTCTGAAGCAGGGATATAGATCGCTGCTATAACAGGTAAACTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTTCTGAAGCAGGGATATAGATCGCTGCTATAACAGGTAAACTCC  500

seq1  AAAATCTCAGTGGCTTCATAGAAAGATATAAAACCCAAATGGCTATTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTCAGTGGCTTCATAGAAAGATATAAAACCCAAATGGCTATTAGG  550

seq1  GGTAGTTATAGGACACCATATGAATATTTCATATAGGACTGAGACATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTTATAGGACACCATATGAATATTTCATATAGGACTGAGACATTGT  600

seq1  CTCGGGGCACCTTCCTGCTATAGAATTAGATCCTTCTCCACTCAGTCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGGCACCTTCCTGCTATAGAATTAGATCCTTCTCCACTCAGTCTGT  650

seq1  GCACAGAGAGAAACACCACTGAATCCTAAAGAACCTATCAGTCTTGTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAGAGAAACACCACTGAATCCTAAAGAACCTATCAGTCTTGTATG  700

seq1  CCTACCATCAAAGTCATCACACCCTCCACCCAAGAACAGGAGCAGCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCATCAAAGTCATCACACCCTCCACCCAAGAACAGGAGCAGCTGTG  750

seq1  ACTTTAACCAAATGGTGAGAAAGAACAACACAGAAATTGAATGAATAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAACCAAATGGTGAGAAAGAACAACACAGAAATTGAATGAATAATA  800

seq1  TAATTCCTATAATTGGTTAGTCCTCAAA-TTAAAACTGTAATTTTAGGGG  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCTATAATTGGTTAGTCCTCAAATTTAAAACTGTAATTTTAGGGG  850

seq1  CTGAGATGATAGCTCAAAGAGTCAGTGTGCTTGCTAGGCAATCACAAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGATAGCTCAAAGAGTCAGTGTGCTTGCTAGGCAATCACAAGGA  900

seq1  CCTGTGATTGAATCTGCAACACTCAGAGTAAAAGCTGGGTATGAGAGAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATTGAATCTGCAACACTCAGAGTAAAAGCTGGGTATGAGAGAGT  950

seq1  ATGACCACAACATT-GGAGGATGGAGACCTTCTGAGCTCCCTGGCCTTCC  998
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |
seq2  ATGACCAC-ACATTGGGAGGATGGAGACCTTCTGAGCTCCTGGGCCTTTC  999

seq1  AGCCTGGGTC-TTTCT--GGGGAGTTCACAGG-TCAG-TGAGAGACCCTG  1043
      || ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| |||||||||   
seq2  AG-CTGGGTCTTTTCTTGGGGGAGTTCACAGGTTCAGTTGAGAGACC---  1045

seq1  GGGAAAACAATAAGAT-GGATGCAATACCTACAACAAACTGCAACACACA  1092
       ||||||||  | ||| |||||| ||| |||| || |||||| |||||||
seq2  TGGAAAACATAAGGATGGGATGC-ATA-CTACCAC-AACTGCTACACACA  1092

seq1  CACACACACAC-ATACACACACACACACAAACACATACACA-CACGC  1137
      ||||||||||| ||||   ||| ||| | |||||||||||| |||||
seq2  CACACACACACTATACCACCACTCAC-CGAACACATACACACCACGC  1138


seq1: chr16_42534562_42535710
seq2: B6Ng01-233L13.g_65_1197 (reverse)

seq1  CAGGAGCACAAGGTCACCACATGG-TACACATACATACA-TAGAAGTAAA  48
      ||||||| ||||||   ||||||| ||||||||||  || | |||||  |
seq2  CAGGAGC-CAAGGTACGCACATGGTTACACATACAATCATTGGAAGT-TA  48

seq1  GCACATATACACATAAAAATTAATGTAATTTTTATTTTGCAATTTATATA  98
      |||||||| |||||||      |||||   |||||||||| |||||||||
seq2  GCACATAT-CACATAA----CTATGTA---TTTATTTTGC-ATTTATATA  89

seq1  TTTTACTTTTTAAAAACAGCTACTAAGTTCTTAGGACAGTTGATTGACAT  148
      |||||||||| ||||||||||||| ||| ||   ||||||||| ||||||
seq2  TTTTACTTTTAAAAAACAGCTACT-AGTCCT--AGACAGTTGA-TGACAT  135

seq1  AATAAACAATTATTTGATATTATATTGGCCAAAAGGTCTATGGAAATATG  198
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACAATTATTTGATA-TATA-TGGCCAAAAGGTCTATGGAAATATG  183

seq1  TACTTAGGCACTAAGAGAACTTAAGGACTCTGTGCCTAGAGTTCTTTTTC  248
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTA-GCACTAAGAGAACTTAAGGACTCTGTGCCTAGAGTTCTTTTTC  232

seq1  GTATTGTTTTCAAAGCTGTCTTGAACATTAAGGAGACATTTGAAAGGGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTTTTCAAAGCTGTCTTGAACATTAAGGAGACATTTGAAAGGGTT  282

seq1  TAATGGGTAAAATACCTTCATGATTAAGAAAGGCATCTAATAAATAGTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGGTAAAATACCTTCATGATTAAGAAAGGCATCTAATAAATAGTAT  332

seq1  AGGAAGTAGATTTTTCATGTTATTTTCATGTATAAATCCTCCCATACAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTAGATTTTTCATGTTATTTTCATGTATAAATCCTCCCATACAGA  382

seq1  CTACTAATTTCACTGCTTTAAAATGTATTATATTTTTTAGTGTGTGTTTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAATTTCACTGCTTTAAAATGTATTATATTTTTTAGTGTGTGTTTG  432

seq1  TATGCACTTGTAAACATATGTAAGGTCAGAGGACAATTTGCGAAAATTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACTTGTAAACATATGTAAGGTCAGAGGACAATTTGCGAAAATTGT  482

seq1  TTTTCTCCTGATGTCATGTGGAACCCAGGGATCAAACTCAGGTCATCAGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCTGATGTCATGTGGAACCCAGGGATCAAACTCAGGTCATCAGA  532

seq1  CCTAGTGGCAAGCATCTTTATCTGCTGAGCCATAGCACTGGCCCTATAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGGCAAGCATCTTTATCTGCTGAGCCATAGCACTGGCCCTATAAG  582

seq1  TTCCCCTCTTGATACCCATCTTCCTTCTCTTACCTTTTCCATTTGGTGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTCTTGATACCCATCTTCCTTCTCTTACCTTTTCCATTTGGTGTT  632

seq1  GTAACTATTATGGTATCTGTATCAGTATTCTCAGGAAAGATTCTCTTTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTATTATGGTATCTGTATCAGTATTCTCAGGAAAGATTCTCTTTTT  682

seq1  AGCTACCCAGGTACTTACTGAGTATCAGGTACACTGGTTCTCAACCTTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCCAGGTACTTACTGAGTATCAGGTACACTGGTTCTCAACCTTCC  732

seq1  TAACATGGTGGCCCTTTAATAAAGTTCCTCATATTGTGGTGATCCCCAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGGTGGCCCTTTAATAAAGTTCCTCATATTGTGGTGATCCCCAAC  782

seq1  CATAAAATTATTTTTATTGCTACTTCATAGCTGTAATTTTTCTACTGATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATTATTTTTATTGCTACTTCATAGCTGTAATTTTTCTACTGATG  832

seq1  GGAATCGTAATGTAAATATCTACGTTATCTGATGTTTTTAGACAACCCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCGTAATGTAAATATCTACGTTATCTGATGTTTTTAGACAACCCCT  882

seq1  GCGAAAAGGGTCACAATCCACAGGTTGGAAATCACTGTGCTAGTTTGTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAAAAGGGTCACAATCCACAGGTTGGAAATCACTGTGCTAGTTTGTGC  932

seq1  TTCTGGGATGTCAAATGGGCAAAGGAAACATTTATGGATGATTTTATTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGATGTCAAATGGGCAAAGGAAACATTTATGGATGATTTTATTCT  982

seq1  ACAAGACAGATATTTTGGCCAACTATGAGCAACTGTCATTCATTTATCGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACAGATATTTTGGCCAACTATGAGCAACTGTCATTCATTTATCGT  1032

seq1  AATGACAAACAAGTATTATAAAGGGACCGACTGAAGTTTTGGGTTGAGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAAACAAGTATTATAAAGGGACCGACTGAAGTTTTGGGTTGAGAT  1082

seq1  AAAACAACTTATACACAAATGCCTTTCAGGTCTGATGGGTATTCTGAATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACTTATACACAAATGCCTTTCAGGTCTGATGGGTATTCTGAATT  1132

seq1  C  1149
      |
seq2  C  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |