BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236L20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 78,734,049 - 78,910,284
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC435483, LOC100039561, Cxadr, Btg3, D16Ertd472e, LOC100039605, 4930570E03Rik
Downstream geneChodl, Prss7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236L20.bB6Ng01-236L20.g
ACCGA047884GA047885
length1,152941
definitionB6Ng01-236L20.b B6Ng01-236L20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,734,049 - 78,735,202)(78,909,341 - 78,910,284)
sequence
gaattctgggtatcctaaactacaagctatgagaaagcaaaacaagtttt
tgtactcaatattaaaattttcatagtttattacacagaaatacaggacc
aatagaatgtccattcagaaaatctcttctctaatttagtaaagcatagt
agttttctgttgattgcaatcagcaacacatatactaaccaagtggaaat
aaaagaccttggatatgataggattaaaaagcaatgaaaatattcttaca
ttttaagaaaagacctggtaatagaaaagtcatttaaattttacacgtta
tcaacttataacaaaatgtccactaaggtgtttaggagatgatttaatta
ataaagttcttgccaaccatgcatgaagacctggattcggactgtgtaac
caatgcaaatagtcaggcatgaagtgcctgcttgcaattctaacaccaag
gagccacagacggtgtgaacccttgtccccgatgactagctagtctggtt
aaatatgggaaatatcctgtcttaaaaatacaaggtaaggagtaattaag
gaagacaatgttagcctctgactactgcacagatctgcacatatacagtc
acatgtacaaacatgtacatgaccatatacctaaacatgcaacacacaca
tacatcgttgaagacaaagctttcaaaaatatagtccactgttttagaaa
aggagaattgagcactcgtatgtagcgctggtgatcaggaaagggtggaa
tgaggagaaatgccaatggtgataaaggtgagcgagaatgaagtgaaatg
gtcttggggaagaaagctccacatagagaaaacagaaagtgcaatgatta
taaagaaagcattgacctacatttggcagtgagtgaaggggagataaagg
gagctgcaacagagagttggggggggcttcatttcagacagagttaggaa
gcaggcacatgagtttgtgaaggggtatggcgggccctgattcatatttt
aaaggatcaccatgggtgtcagatcgtgaacacaccacacaaacagcaga
gaacatatttgcggtgactagatgaggactgaggatgggaaggattagtt
agtaggactggatgtagttagaatcacctcactttggccaatatatttac
ag
gaattctaacagcatggagggtaggcagctgtccagctattgtgctgcct
aacgcatattaaaaatataaagcttgtgtgtgtctttcatctgggaacac
atatggtcaatggaggagaggaagccctgggcccagataataattagttt
tcactacaggagcaaataatagttcacaggttactctaatttagaaagag
ctctgtttatgattttattaaatacttagtacatggtactatcatttgaa
tttaaccaatgaaatatctgagacataatcaaataattagctcatctctc
cagtccttcacatggctcacaatgagaagccaattctgaattaagatttt
ctaaatccaaatggagctgaattttattgtataaagaattttattttcaa
ttaaagttataatttctacctttattatgtgccttaatattaagagaaca
aaagtaatattcaatgagtgttataaaagtttaaagaaaaatgtcagata
ttaaacaaaataccaaatagaattgtatatagtgacttcatctgctttca
tactatctaaaaaaaaaaaaatccctgtctataaaataacaaccacagga
gatgatcaattgctccgaatataagaataagcactttaaatacagactca
aaatgaacaaaagagctagtctttttttcaagaataattataaatttttc
taatatttcatttttaactcaaatgacatatatcatgtcttaatgataac
atacttagaatttgttcattatgataacagcattttatgttataccacaa
atcataaaggacaaaagaatgaatgcataaatgttcagtctaccagaaac
tcattattatcttgaaaaaatagactgcactctgtgaaagaacagactaa
aaagtttctctctctctctctctcctctctctctctctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_78734049_78735202
seq2: B6Ng01-236L20.b_52_1203

seq1  GAATTCTGGGTATCCTAAACTACAAGCTATGAGAAAGCAAAACAAGTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTATCCTAAACTACAAGCTATGAGAAAGCAAAACAAGTTTT  50

seq1  TGTACTCAATATTAAAATTTTCATAGTTTATTACACAGAAATACAGGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTCAATATTAAAATTTTCATAGTTTATTACACAGAAATACAGGACC  100

seq1  AATAGAATGTCCATTCAGAAAATCTCTTCTCTAATTTAGTAAAGCATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATGTCCATTCAGAAAATCTCTTCTCTAATTTAGTAAAGCATAGT  150

seq1  AGTTTTCTGTTGATTGCAATCAGCAACACATATACTAACCAAGTGGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTGTTGATTGCAATCAGCAACACATATACTAACCAAGTGGAAAT  200

seq1  AAAAGACCTTGGATATGATAGGATTAAAAAGCAATGAAAATATTCTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACCTTGGATATGATAGGATTAAAAAGCAATGAAAATATTCTTACA  250

seq1  TTTTAAGAAAAGACCTGGTAATAGAAAAGTCATTTAAATTTTACACGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGAAAAGACCTGGTAATAGAAAAGTCATTTAAATTTTACACGTTA  300

seq1  TCAACTTATAACAAAATGTCCACTAAGGTGTTTAGGAGATGATTTAATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTATAACAAAATGTCCACTAAGGTGTTTAGGAGATGATTTAATTA  350

seq1  ATAAAGTTCTTGCCAACCATGCATGAAGACCTGGATTCGGACTGTGTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTTCTTGCCAACCATGCATGAAGACCTGGATTCGGACTGTGTAAC  400

seq1  CAATGCAAATAGTCAGGCATGAAGTGCCTGCTTGCAATTCTAACACCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAAATAGTCAGGCATGAAGTGCCTGCTTGCAATTCTAACACCAAG  450

seq1  GAGCCACAGACGGTGTGAACCCTTGTCCCCGATGACTAGCTAGTCTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACAGACGGTGTGAACCCTTGTCCCCGATGACTAGCTAGTCTGGTT  500

seq1  AAATATGGGAAATATCCTGTCTTAAAAATACAAGGTAAGGAGTAATTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGGGAAATATCCTGTCTTAAAAATACAAGGTAAGGAGTAATTAAG  550

seq1  GAAGACAATGTTAGCCTCTGACTACTGCACAGATCTGCACATATACAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAATGTTAGCCTCTGACTACTGCACAGATCTGCACATATACAGTC  600

seq1  ACATGTACAAACATGTACATGACCATATACCTAAACATGCAACACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTACAAACATGTACATGACCATATACCTAAACATGCAACACACACA  650

seq1  TACATCGTTGAAGACAAAGCTTTCAAAAATATAGTCCACTGTTTTAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCGTTGAAGACAAAGCTTTCAAAAATATAGTCCACTGTTTTAGAAA  700

seq1  AGGAGAATTGAGCACTCGTATGTAGCGCTGGTGATCAGGAAAGGGTGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAATTGAGCACTCGTATGTAGCGCTGGTGATCAGGAAAGGGTGGAA  750

seq1  TGAGGAGAAATGCCAATGGTGATAAAGGTGAGCGAGAATGAAGTGAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGAAATGCCAATGGTGATAAAGGTGAGCGAGAATGAAGTGAAATG  800

seq1  GTCTTGGGGAAGAAAGCTCCACATAGAGAAAACAGAAAGTGCAATGATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGGGAAGAAAGCTCCACATAGAGAAAACAGAAAGTGCAATGATTA  850

seq1  TAAAGAAAGCATTGACCTACATTTGGCAGTGAGTGAAGGGGAGATAAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAAAGAAAGCATTGACCTACATTTGGCAGTGAGTGAAGGGGAGATAAAGG  900

seq1  GAGCTGCAACAGAGAGTTGGGGGGGGCTTCATTTCAGACAGAGTTAGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCAACAGAGAGTTGGGGGGGGCTTCATTTCAGACAGAGTTAGGAA  950

seq1  GCAGGCACATGAGTTTGTGAAGGGGTATGGCGGGCCCTGATTCATATTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCACATGAGTTTGTGAAGGGGTATGGCGGGCCCTGATTCATATTTT  1000

seq1  AAAAGGATCACCATGGGTGTCAGATCGTGAACACACCACACAAACAAGCA  1050
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -AAAGGATCACCATGGGTGTCAGATCGTGAACACACCACACAAAC-AGCA  1048

seq1  GAGAACATAATTGCGGTGACTAAGATGAGGACTGAGGATGGGAAGGAATA  1100
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGAACATATTTGCGGTGACT-AGATGAGGACTGAGGATGGGAAGGATTA  1097

seq1  GGTTAGTAGGACAGGATGTAGTAAGAACCA-CTCACTCT-GCATATATAT  1148
       ||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| | ||  ||||||
seq2  -GTTAGTAGGACTGGATGTAGTTAGAATCACCTCACTTTGGCCAATATAT  1146

seq1  TTACAG  1154
      ||||||
seq2  TTACAG  1152

seq1: chr16_78909341_78910284
seq2: B6Ng01-236L20.g_67_1007 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAAACTTTTTTAGTC  50
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAG-GAGAGAGAGAGAGA-GAGAAAC-TTTTTAGTC  47

seq1  TGTTCTTTCACAGAGTGCAGTCTATTTTTTCAAGATAATAATGAGTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTCACAGAGTGCAGTCTATTTTTTCAAGATAATAATGAGTTTCT  97

seq1  GGTAGACTGAACATTTATGCATTCATTCTTTTGTCCTTTATGATTTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACTGAACATTTATGCATTCATTCTTTTGTCCTTTATGATTTGTGG  147

seq1  TATAACATAAAATGCTGTTATCATAATGAACAAATTCTAAGTATGTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATAAAATGCTGTTATCATAATGAACAAATTCTAAGTATGTTATC  197

seq1  ATTAAGACATGATATATGTCATTTGAGTTAAAAATGAAATATTAGAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGACATGATATATGTCATTTGAGTTAAAAATGAAATATTAGAAAAA  247

seq1  TTTATAATTATTCTTGAAAAAAAGACTAGCTCTTTTGTTCATTTTGAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATTATTCTTGAAAAAAAGACTAGCTCTTTTGTTCATTTTGAGTC  297

seq1  TGTATTTAAAGTGCTTATTCTTATATTCGGAGCAATTGATCATCTCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTAAAGTGCTTATTCTTATATTCGGAGCAATTGATCATCTCCTGT  347

seq1  GGTTGTTATTTTATAGACAGGGATTTTTTTTTTTTTAGATAGTATGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTATTTTATAGACAGGGATTTTTTTTTTTTTAGATAGTATGAAAG  397

seq1  CAGATGAAGTCACTATATACAATTCTATTTGGTATTTTGTTTAATATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAAGTCACTATATACAATTCTATTTGGTATTTTGTTTAATATCTG  447

seq1  ACATTTTTCTTTAAACTTTTATAACACTCATTGAATATTACTTTTGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTCTTTAAACTTTTATAACACTCATTGAATATTACTTTTGTTCT  497

seq1  CTTAATATTAAGGCACATAATAAAGGTAGAAATTATAACTTTAATTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATATTAAGGCACATAATAAAGGTAGAAATTATAACTTTAATTGAAA  547

seq1  ATAAAATTCTTTATACAATAAAATTCAGCTCCATTTGGATTTAGAAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTCTTTATACAATAAAATTCAGCTCCATTTGGATTTAGAAAATC  597

seq1  TTAATTCAGAATTGGCTTCTCATTGTGAGCCATGTGAAGGACTGGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCAGAATTGGCTTCTCATTGTGAGCCATGTGAAGGACTGGAGAGA  647

seq1  TGAGCTAATTATTTGATTATGTCTCAGATATTTCATTGGTTAAATTCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTAATTATTTGATTATGTCTCAGATATTTCATTGGTTAAATTCAAA  697

seq1  TGATAGTACCATGTACTAAGTATTTAATAAAATCATAAACAGAGCTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTACCATGTACTAAGTATTTAATAAAATCATAAACAGAGCTCTTT  747

seq1  CTAAATTAGAGTAACCTGTGAACTATTATTTGCTCCTGTAGTGAAAACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTAGAGTAACCTGTGAACTATTATTTGCTCCTGTAGTGAAAACTA  797

seq1  ATTATTATCTGGGCCCAGGGCTTCCTCTCCTCCATTGACCATATGTGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATCTGGGCCCAGGGCTTCCTCTCCTCCATTGACCATATGTGTTC  847

seq1  CCAGATGAAAGACACACACAAGCTTTATATTTTTAATATGCGTTAGGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGAAAGACACACACAAGCTTTATATTTTTAATATGCGTTAGGCAG  897

seq1  CACAATAGCTGGACAGCTGCCTACCCTCCATGCTGTTAGAATTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATAGCTGGACAGCTGCCTACCCTCCATGCTGTTAGAATTC  941