BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239C24
Chromosome16 (Build37)
Map Location 30,835,277 - 30,948,182
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm1968, LOC100043102, 9030404E10Rik, Hes1, EG547263, 1700025H01Rik, LOC100043110, Cpn2, Lrrc15, Gp5, Atp13a3, Tmem44, Lsg1, BC022623, LOC100043122
Downstream geneAI480653, Centb2, Ppp1r2, Apod, 1700007E05Rik, Bdh1, Gm536, Dlg1, Mfi2, LOC677155, Pigz, 0610012G03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239C24.bB6Ng01-239C24.g
ACCGA049680GA049681
length1,1571,129
definitionB6Ng01-239C24.b B6Ng01-239C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,835,277 - 30,836,449)(30,947,046 - 30,948,182)
sequence
gaattctctctattctcagctggtgagaagcttcaatcagctctgaggta
atggctactctcccttaccacgtccctgtaattttccctttctagcctgt
ctcagtgggagctggggttctctgcagcacaggttaggagcagactggga
aatgagatccagggtaccaagttggaagctgggattatgaccttgggatg
ctcctgcaggtctgcaaaaggctggcgctagaaggggcttagagatagca
gctccactcgggaactaaggagccacaggctacagaaaaaccaaagcaga
aggagatcaaacagcaccagcccacccatcagccagagtgggaggaaggt
tgagatcaggggtccaactcacgagtctcccctcaagcagctgtgtggcc
tctggggcatttggattgggtagcaggagtcatgctcctctgatgtgctg
ggactgtgaggtctctctcccagtcagctgccatgatctctctcctccct
catctggtctctgtgacccaggtccccaacaggagggtgcttatgataca
aggtgttccagacatttcctgcttggcattcatggccattctccagcctt
ctccacccttccctgtgccttgagaggagagccactgggctgtcagccta
gctgactcacctttgggttccactgggtccatctgtatgacataataaaa
agcccaagttgctggcaccttggaatttcccgtgtgataagaaatgcttt
gttatgcataatgacttttttaacctcaccagagctcatgctaatgagat
gactcaatattggacgccttgtttaacttcccaaacagattgaatgaatc
cttaaaaggtcagagacagccctaccctaagagacaaggttgtagaggag
gtttgaggaaatggtgtgtccatagaaagtgtgaaagctgtggaaagttc
tgtaccacctgcaaggaacacacacacacacaccacctgcttaagcaagc
ccattctgggttgcttgatagtttcctgctacaagaccacatttcccagc
tcatcctgtgtcagctagatgctctgaaagaggtgtgtgattatggtgtg
cagtattcttccgtataacaagtgatccatctcttctgcaggcatttgca
ttcatac
gaattcccttgtagtctccatgtcacatacagtcacccagtcacctgtgt
cagcctccctgtccttgttccctgtgggccaggtgaacagttctttgggt
tgtagacccagggaccaaaccaggaaggaccaagaggtagacagatgttt
ccatttcttaaaatgtattcacttaggagtgctggggagatggctcggtg
gtgaagaacacatgcttccagaggacctgagtttgattcccagcacccac
atcaggcagagccaatacgtcagacctctatggtcttgcaattaaaaaaa
gaaaaagaaaatgtatttgtgtgtgtgtgcatgcatgcatgcgcacacgc
aggtattggtgattccaatagagttacaggtggttgagagctgtccaatg
tgggtgctaggaacggatctccagtcctctgaaaaagcaactcatgctct
taactgccgagacattgcctcaacaccaacacttccatttttgatccagt
ggccatggttgccttccagtccccttccaccctctccagcaggaacccca
ctttctctacatgcctctgcttgtttacatgtgtctctgcgtatagacac
atgtgggtcatcgtcatatcagagtcttccaaaagatggtgactactccc
cagccatcccagtcaaggacggttttatgggaccagaggcataaagctaa
agactgagtccctacatggcaactagaatgtccgtgctttcagaacatgt
gtgctgttgggaggcagttagtcgtcttttgttcaggcaacagacagtgg
cagcagggttgatcatctcccgatgctaagtgaacacaggcttagaaaaa
tgaaagggcttgctcgtggtcacaggcagacagctttgtggcaaacttgg
atccatctcatcctttctaaccttttaggaaaatcctccttaactctaag
ctggggaagccacaacaactgtcaccttagtcgtccctctttctgggttt
ctatagctctcctacttttcttccctgcccatctccctcagggacgcagc
ctcttctgttcaccccatgctttgaatgtccagtagtgattcttcacagt
ctctgacccatgtgtccagcttcatcgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_30835277_30836449
seq2: B6Ng01-239C24.b_42_1198

seq1  GAATTCTCTCTATTCTCAGCTGGTGAGAAGCTTCAATCAGCTCTGAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTATTCTCAGCTGGTGAGAAGCTTCAATCAGCTCTGAGGTA  50

seq1  ATGGCTACTCTCCCTTACCACGTCCCTGTAATTTTCCCTTTCTAGCCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTACTCTCCCTTACCACGTCCCTGTAATTTTCCCTTTCTAGCCTGT  100

seq1  CTCAGTGGGAGCTGGGGTTCTCTGCAGCACAGGTTAGGAGCAGACTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGGAGCTGGGGTTCTCTGCAGCACAGGTTAGGAGCAGACTGGGA  150

seq1  AATGAGATCCAGGGTACCAAGTTGGAAGCTGGGATTATGACCTTGGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGATCCAGGGTACCAAGTTGGAAGCTGGGATTATGACCTTGGGATG  200

seq1  CTCCTGCAGGTCTGCAAAAGGCTGGCGCTAGAAGGGGCTTAGAGATAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCAGGTCTGCAAAAGGCTGGCGCTAGAAGGGGCTTAGAGATAGCA  250

seq1  GCTCCACTCGGGAACTAAGGAGCCACAGGCTACAGAAAAACCAAAGCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACTCGGGAACTAAGGAGCCACAGGCTACAGAAAAACCAAAGCAGA  300

seq1  AGGAGATCAAACAGCACCAGCCCACCCATCAGCCAGAGTGGGAGGAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATCAAACAGCACCAGCCCACCCATCAGCCAGAGTGGGAGGAAGGT  350

seq1  TGAGATCAGGGGTCCAACTCACGAGTCTCCCCTCAAGCAGCTGTGTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCAGGGGTCCAACTCACGAGTCTCCCCTCAAGCAGCTGTGTGGCC  400

seq1  TCTGGGGCATTTGGATTGGGTAGCAGGAGTCATGCTCCTCTGATGTGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCATTTGGATTGGGTAGCAGGAGTCATGCTCCTCTGATGTGCTG  450

seq1  GGACTGTGAGGTCTCTCTCCCAGTCAGCTGCCATGATCTCTCTCCTCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTGAGGTCTCTCTCCCAGTCAGCTGCCATGATCTCTCTCCTCCCT  500

seq1  CATCTGGTCTCTGTGACCCAGGTCCCCAACAGGAGGGTGCTTATGATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGTCTCTGTGACCCAGGTCCCCAACAGGAGGGTGCTTATGATACA  550

seq1  AGGTGTTCCAGACATTTCCTGCTTGGCATTCATGGCCATTCTCCAGCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTCCAGACATTTCCTGCTTGGCATTCATGGCCATTCTCCAGCCTT  600

seq1  CTCCACCCTTCCCTGTGCCTTGAGAGGAGAGCCACTGGGCTGTCAGCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCCTTCCCTGTGCCTTGAGAGGAGAGCCACTGGGCTGTCAGCCTA  650

seq1  GCTGACTCACCTTTGGGTTCCACTGGGTCCATCTGTATGACATAATAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTCACCTTTGGGTTCCACTGGGTCCATCTGTATGACATAATAAAA  700

seq1  AGCCCAAGTTGCTGGCACCTTGGAATTTCCCGTGTGATAAGAAATGCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAGTTGCTGGCACCTTGGAATTTCCCGTGTGATAAGAAATGCTTT  750

seq1  GTTATGCATAATGACTTTTTTAACCTCACCAGAGCTCATGCTAATGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGCATAATGACTTTTTTAACCTCACCAGAGCTCATGCTAATGAGAT  800

seq1  GACTCAATATTGGACGCCTTGTTTAACTTCCCAAACAGATTGAATGAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAATATTGGACGCCTTGTTTAACTTCCCAAACAGATTGAATGAATC  850

seq1  CTTAAAAGGTCAGAGACAGCCCTACCCTAAGAGACAAGGTTGTAGAGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAGGTCAGAGACAGCCCTACCCTAAGAGACAAGGTTGTAGAGGAG  900

seq1  GTTTGAGGAAATGGTGTGTCCATAGAAAGTGTGAAAGCTGTGG-AAGTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTTGAGGAAATGGTGTGTCCATAGAAAGTGTGAAAGCTGTGGAAAGTTC  950

seq1  TGTACCACCCTGC-AGGAACACACACACACACACCACCTGC-TAAGCAAG  997
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTACCA-CCTGCAAGGAACACACACACACACACCACCTGCTTAAGCAAG  999

seq1  CCCATTCTGGG-TGCTTGATAGTTTCCTGCTACAAGACCACATTTCCCAG  1046
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCTGGGTTGCTTGATAGTTTCCTGCTACAAGACCACATTTCCCAG  1049

seq1  CTCATCTTGTGGCCAGGCCAAGATGCTCTGGAAAGGAGGTGGTGTGGATA  1096
      |||||| ||| | |||  | ||||||||||  || ||||| |||||  ||
seq2  CTCATCCTGT-GTCAG--CTAGATGCTCTG--AAAGAGGT-GTGTGATTA  1093

seq1  TGGTGTGGCAGTAATTTCCTCCCCTATAACAAAGGGGTGGTATCCCATCT  1146
      |||||| ||||||   | || || ||||||||    ||| |   ||||| 
seq2  TGGTGT-GCAGTA---TTCTTCCGTATAACAA----GTGAT---CCATC-  1131

seq1  TCTTCTGCAGGCATTTTGCATTCATAC  1173
      ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTCTGCAGGCA-TTTGCATTCATAC  1157

seq1: chr16_30947046_30948182
seq2: B6Ng01-239C24.g_64_1192 (reverse)

seq1  AGCGATGGGAGGCTGTGACACATGGTGCCAGGAGACTGTGA--GATCACT  48
      ||||||  || |||| ||||||||| | || ||||||||||   ||||||
seq2  AGCGAT--GAAGCTG-GACACATGG-GTCA-GAGACTGTGAAGAATCACT  45

seq1  ACCTGGGACATTTCAAAGCATGGGGTG-ACAGAAGGAGGCTGGCGTCCCT  97
      ||   ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||
seq2  AC--TGGACA-TTCAAAGCATGGGGTGAACAGAA-GAGGCT-GCGTCCCT  90

seq1  GAGGGAGATTGGGCAGGGAAGAAAGGTAGGAGAGCTATAGAAACCCAGAA  147
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGA-TGGGCAGGGAAGAAAAGTAGGAGAGCTATAGAAACCCAGAA  139

seq1  AGAGGGACGACTAAGGTGACAAGTTGTTGTGGCTT-CCCAGCTTAGAGTT  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAGGGACGACTAAGGTGAC-AGTTGTTGTGGCTTCCCCAGCTTAGAGTT  188

seq1  AAGGAGGATTTTCCTAAAAGGTTAGAAAGGATGAGATGGATCCAAGTTTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGATTTTCCTAAAAGGTTAGAAAGGATGAGATGGATCCAAGTTTG  238

seq1  CCACAAAGCTGTCTGCCTGTGACCACGAGCAAGCCCTTTCATTTTTCTAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAGCTGTCTGCCTGTGACCACGAGCAAGCCCTTTCATTTTTCTAA  288

seq1  GCCTGTGTTCACTTAGCATCGGGAGATGATCAACCCTGCTGCCACTGTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTTCACTTAGCATCGGGAGATGATCAACCCTGCTGCCACTGTCT  338

seq1  GTTGCCTGAACAAAAGACGACTAACTGCCTCCCAACAGCACACATGTTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTGAACAAAAGACGACTAACTGCCTCCCAACAGCACACATGTTCT  388

seq1  GAAAGCACGGACATTCTAGTTGCCATGTAGGGACTCAGTCTTTAGCTTTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCACGGACATTCTAGTTGCCATGTAGGGACTCAGTCTTTAGCTTTA  438

seq1  TGCCTCTGGTCCCATAAAACCGTCCTTGACTGGGATGGCTGGGGAGTAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTGGTCCCATAAAACCGTCCTTGACTGGGATGGCTGGGGAGTAGT  488

seq1  CACCATCTTTTGGAAGACTCTGATATGACGATGACCCACATGTGTCTATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTTTTGGAAGACTCTGATATGACGATGACCCACATGTGTCTATA  538

seq1  CGCAGAGACACATGTAAACAAGCAGAGGCATGTAGAGAAAGTGGGGTTCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGAGACACATGTAAACAAGCAGAGGCATGTAGAGAAAGTGGGGTTCC  588

seq1  TGCTGGAGAGGGTGGAAGGGGACTGGAAGGCAACCATGGCCACTGGATCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAGAGGGTGGAAGGGGACTGGAAGGCAACCATGGCCACTGGATCA  638

seq1  AAAATGGAAGTGTTGGTGTTGAGGCAATGTCTCGGCAGTTAAGAGCATGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAAGTGTTGGTGTTGAGGCAATGTCTCGGCAGTTAAGAGCATGA  688

seq1  GTTGCTTTTTCAGAGGACTGGAGATCCGTTCCTAGCACCCACATTGGACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTTTTCAGAGGACTGGAGATCCGTTCCTAGCACCCACATTGGACA  738

seq1  GCTCTCAACCACCTGTAACTCTATTGGAATCACCAATACCTGCGTGTGCG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCAACCACCTGTAACTCTATTGGAATCACCAATACCTGCGTGTGCG  788

seq1  CATGCATGCATGCACACACACACAAATACATTTTCTTTTTCTTTTTTTAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGCATGCACACACACACAAATACATTTTCTTTTTCTTTTTTTAA  838

seq1  TTGCAAGACCATAGAGGTCTGACGTATTGGCTCTGCCTGATGTGGGTGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGACCATAGAGGTCTGACGTATTGGCTCTGCCTGATGTGGGTGCT  888

seq1  GGGAATCAAACTCAGGTCCTCTGGAAGCATGTGTTCTTCACCACCGAGCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATCAAACTCAGGTCCTCTGGAAGCATGTGTTCTTCACCACCGAGCC  938

seq1  ATCTCCCCAGCACTCCTAAGTGAATACATTTTAAGAAATGGAAACATCTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCAGCACTCCTAAGTGAATACATTTTAAGAAATGGAAACATCTG  988

seq1  TCTACCTCTTGGTCCTTCCTGGTTTGGTCCCTGGGTCTACAACCCAAAGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTCTTGGTCCTTCCTGGTTTGGTCCCTGGGTCTACAACCCAAAGA  1038

seq1  ACTGTTCACCTGGCCCACAGGGAACAAGGACAGGGAGGCTGACACAGGTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCACCTGGCCCACAGGGAACAAGGACAGGGAGGCTGACACAGGTG  1088

seq1  ACTGGGTGACTGTATGTGACATGGAGACTACAAGGGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTGACTGTATGTGACATGGAGACTACAAGGGAATTC  1129