BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243N20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 35,662,976 - 35,813,690
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema5b, Dirc2, Hspbap1
Upstream geneRopn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5, Sec22a, Pdia5, EG546663
Downstream geneParp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1, Wdr5b, 2310056P07Rik, Ccdc58, Csta, Stfa2l1, EG433016, EG627962, EG408196, 2010005H15Rik, Stfa1, EG209324, LOC100038854, BC100530, LOC639105, Stfa2, Stfa3, Casr, EG667232, Cd86, Ildr1, LOC667246, Slc15a2, LOC667023, Eaf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243N20.bB6Ng01-243N20.g
ACCGA053139GA053140
length1,160732
definitionB6Ng01-243N20.b B6Ng01-243N20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,812,532 - 35,813,690)(35,662,976 - 35,663,705)
sequence
gaattctgcagctacctggggtaaaagtacttactgcaggcagtgggagt
gtcacgggagctcattcagaaggctgccggcttttactgagagacagtat
ttgcagggcacaagcactttattagccttttgcacttcgatgaccacata
aaagaagccttttggaggagcccagtcatttgaaggtatcgatactagag
cctcagctcatacctataaacctgcagtctcaagtagatgagtcacagaa
tggctcttgaaacagtgattcataggtgactgactctgctctctgcccca
agccacgaatctgtaagtgtgataaggaaagcagactgctccagcccagt
gctctctgaggcaagggtctgaggcaggccctgcccattctcttaaggga
gaaaagaaaaccaactagcagctcaagcatgccaatgttgctgtgttttt
taatcattcatctttttttctttaatttaattttttagaggatgaaacaa
aaatatttttacgtgtagagtattcacataaataccaacaccccaaaaga
cctctcactatttgcaatctaaattctcctactcttgaggggaacattaa
cgctctgtcaaaagagaaacaattctaaaaagactcaatggatggttttg
aggaagactagaaaaacgaacactttaactaatgaaatggtaggttagtc
agggatgtccaagaaacattataagcgactgctgttgttcttggctgccc
gcccctccccagaagcagaaggtacaatccttattgctgaagacaccaga
tacttggaatccaggacccagaggaccagagctggctatgacctggaaac
ctcttccccaccgactagctttcatagtaccagttggtaccatacaaact
tgcaaacagtcaatagcctcacctggctacgacatgaccctcaggtgcag
tagtggcacgcataccttcagcagtaacggacaacaggatctaaccggac
tgaagtcctgctcagagacgggcatcacgcttggttacagaaaacttagt
caactgcccttgagctagtgaaagttcacaatctgtagggaacagacaac
ttacgctttaactaatggggagaatcctaacttacactctaaagtttgtc
tgttacagcc
gaattcaaggtgggtgcctctgtgtgaagcaaagggcaggctgatgggtc
atatggtcctggcgctatgctggacctcactgggtgggtggagggggaaa
ggcaggggtacatgatggagggtcatgtcaaaggtaggctttcccctgaa
tggctggctccaggactccttgccctgggctggccccttcatcattgatt
ttctctgattccttctccttcccttagacactgaacaagaacaacttaat
ccctgatgacagagccaacttctacccactgcagcagaccaatgtgtata
caaccacgtactaccccagcccactgaacaagcccagcttccggcctgag
gcctcacctggacagcgctgtttccccaacagctgatcccaccctcctgg
gacttgggctccttgccttcccgaggcagagaagagtggaatgggaccgt
agaaccactttggtttaccctctgcactgggccaagaacttgctgtctag
ccagtaagggtcccatctggcttcagaaagctctggctgtcattgaccat
gggagagagggctggcttcaggctggcacatggctgcagatccagctcag
ccccaggtctcatggtctcctctgacccaccatcactttcccctgccatg
tctgagctgtggacctattgggtatgtgaggaacttggatagtatagatg
gcagagaatgggttcttaggtcttgagctgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_35812532_35813690
seq2: B6Ng01-243N20.b_44_1203 (reverse)

seq1  GGCTGT-ACAGACAAAACTTTAGAGTGT-AGTTAGGGATTCTCCCAATTT  48
      |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| 
seq2  GGCTGTAACAGAC-AAACTTTAGAGTGTAAGTTA-GGATTCTCCCCATTA  48

seq1  AGTAAAGCGT-AGTTGTCTGTTCCCTACAAGATTTGTGA--CTTCACTAG  95
        |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||   ||||||||
seq2  GTTAAAGCGTAAGTTGTCTGTTCCCTAC-AGA-TTGTGAACTTTCACTAG  96

seq1  CTC-AGGGCAGGTTGACT-AGGTTTCTGGTACCAAGCGTGATGCCCGTCC  143
      ||| |||||| ||||||| || ||||||  |||||||||||||||||| |
seq2  CTCAAGGGCA-GTTGACTAAGTTTTCTGTAACCAAGCGTGATGCCCGT-C  144

seq1  TCTTGAGCAGGACTTCAGTCCGGTTAGATCCTGTTGTCCGTTACTGCTG-  192
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TC-TGAGCAGGACTTCAGTCCGGTTAGATCCTGTTGTCCGTTACTGCTGA  193

seq1  AGGTATGCGTGCCACTACTGCACCCTGAGGGTCATGTCGTAGCCAGGTGA  242
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGCGTGCCACTACTGCA-CCTGAGGGTCATGTCGTAGCCAGGTGA  242

seq1  GGCTATTGACTGTTTGCAAGTTTGTATGGTACCAACTGGTACTATGAAAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTGACTGTTTGCAAGTTTGTATGGTACCAACTGGTACTATGAAAG  292

seq1  CTAGTCGGTGGGGAAGAGGTTTCCAGGTCATAGCCAGCTCTGGTCCTCTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCGGTGGGGAAGAGGTTTCCAGGTCATAGCCAGCTCTGGTCCTCTG  342

seq1  GGTCCTGGATTCCAAGTATCTGGTGTCTTCAGCAATAAGGATT-TACCTT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGTCCTGGATTCCAAGTATCTGGTGTCTTCAGCAATAAGGATTGTACCTT  392

seq1  CTGCTTCTGGGGAGGGGCGGGCAGCCAAGAACAACAGCAGTCGCTTATAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTGGGGAGGGGCGGGCAGCCAAGAACAACAGCAGTCGCTTATAA  442

seq1  TGTTTCTTGGACATCCCTGACTAACCTACCATTTCATTAGTTAAAGTGTT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTGGACATCCCTGACTAACCTACCATTTCATTAGTTAAAGTGTT  492

seq1  CGTTTTTCTAGTCTTCCTCAAAACCATCCATTGAGTCTTTTTAGAATTGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTTCTAGTCTTCCTCAAAACCATCCATTGAGTCTTTTTAGAATTGT  542

seq1  TTCTCTTTTGACAGAGCGTTAATGTTCCCCTCAAGAGTAGGAGAATTTAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTTGACAGAGCGTTAATGTTCCCCTCAAGAGTAGGAGAATTTAG  592

seq1  ATTGCAAATAGTGAGAGGTCTTTTGGGGTGTTGGTATTTATGTGAATACT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAAATAGTGAGAGGTCTTTTGGGGTGTTGGTATTTATGTGAATACT  642

seq1  CTACACGTAAAAATATTTTTGTTTCATCCTCTAAAAAATTAAATTAAAGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACGTAAAAATATTTTTGTTTCATCCTCTAAAAAATTAAATTAAAGA  692

seq1  AAAAAAGATGAATGATTAAAAAACACAGCAACATTGGCATGCTTGAGCTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGATGAATGATTAAAAAACACAGCAACATTGGCATGCTTGAGCTG  742

seq1  CTAGTTGGTTTTCTTTTCTCCCTTAAGAGAATGGGCAGGGCCTGCCTCAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGGTTTTCTTTTCTCCCTTAAGAGAATGGGCAGGGCCTGCCTCAG  792

seq1  ACCCTTGCCTCAGAGAGCACTGGGCTGGAGCAGTCTGCTTTCCTTATCAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGCCTCAGAGAGCACTGGGCTGGAGCAGTCTGCTTTCCTTATCAC  842

seq1  ACTTACAGATTCGTGGCTTGGGGCAGAGAGCAGAGTCAGTCACCTATGAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAGATTCGTGGCTTGGGGCAGAGAGCAGAGTCAGTCACCTATGAA  892

seq1  TCACTGTTTCAAGAGCCATTCTGTGACTCATCTACTTGAGACTGCAGGTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTTTCAAGAGCCATTCTGTGACTCATCTACTTGAGACTGCAGGTT  942

seq1  TATAGGTATGAGCTGAGGCTCTAGTATCGATACCTTCAAATGACTGGGCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTATGAGCTGAGGCTCTAGTATCGATACCTTCAAATGACTGGGCT  992

seq1  CCTCCAAAAGGCTTCTTTTATGTGGTCATCGAAGTGCAAAAGGCTAATAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAAAAGGCTTCTTTTATGTGGTCATCGAAGTGCAAAAGGCTAATAA  1042

seq1  AGTGCTTGTGCCCTGCAAATACTGTCTCTCAGTAAAAGCCGGCAGCCTTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTGTGCCCTGCAAATACTGTCTCTCAGTAAAAGCCGGCAGCCTTC  1092

seq1  TGAATGAGCTCCCGTGACACTCCCACTGCCTGCAGTAAGTACTTTTACCC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAGCTCCCGTGACACTCCCACTGCCTGCAGTAAGTACTTTTACCC  1142

seq1  CAGGTAGCTGCAGAATTC  1159
      ||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGCTGCAGAATTC  1160

seq1: chr16_35662976_35663705
seq2: B6Ng01-243N20.g_67_798

seq1  GAATTCAAGGTGGGTGCCTCTGTGTGAAGCAAAGGGCAGGCTGATGGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTGGGTGCCTCTGTGTGAAGCAAAGGGCAGGCTGATGGGTC  50

seq1  ATATGGTCCTGGCGCTATGCTGGACCTCACTGGGTGGGTGGAGGGGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTCCTGGCGCTATGCTGGACCTCACTGGGTGGGTGGAGGGGGAAA  100

seq1  GGCAGGGGTACATGATGGAGGGTCATGTCAAAGGTAGGCTTTCCCCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGGTACATGATGGAGGGTCATGTCAAAGGTAGGCTTTCCCCTGAA  150

seq1  TGGCTGGCTCCAGGACTCCTTGCCCTGGGCTGGCCCCTTCATCATTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGCTCCAGGACTCCTTGCCCTGGGCTGGCCCCTTCATCATTGATT  200

seq1  TTCTCTGATTCCTTCTCCTTCCCTTAGACACTGAACAAGAACAACTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGATTCCTTCTCCTTCCCTTAGACACTGAACAAGAACAACTTAAT  250

seq1  CCCTGATGACAGAGCCAACTTCTACCCACTGCAGCAGACCAATGTGTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGATGACAGAGCCAACTTCTACCCACTGCAGCAGACCAATGTGTATA  300

seq1  CAACCACGTACTACCCCAGCCCACTGAACAAGCCCAGCTTCCGGCCTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACGTACTACCCCAGCCCACTGAACAAGCCCAGCTTCCGGCCTGAG  350

seq1  GCCTCACCTGGACAGCGCTGTTTCCCCAACAGCTGATCCCACCCTCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCTGGACAGCGCTGTTTCCCCAACAGCTGATCCCACCCTCCTGG  400

seq1  GACTTGGGCTCCTTGCCTTCCCGAGGCAGAGAAGAGTGGAATGGGACCGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGGCTCCTTGCCTTCCCGAGGCAGAGAAGAGTGGAATGGGACCGT  450

seq1  AGAACCACTTTGGTTTACCCTCTGCACTGGGCCAAGAACTTGCTGCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAACCACTTTGGTTTACCCTCTGCACTGGGCCAAGAACTTGCTGTCTAG  500

seq1  CCAGTAAGGGTCCCATCTGGCTTCAGAAAGCTCTGGCTGTCATTGACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGGGTCCCATCTGGCTTCAGAAAGCTCTGGCTGTCATTGACCAT  550

seq1  GGGAGAGAGGGCTGGCTTCAGGCTGGCACATGGCTGCAGATCCAGCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGAGGGCTGGCTTCAGGCTGGCACATGGCTGCAGATCCAGCTCAG  600

seq1  -CCCAGGTCTCATGGTCTCCTCTGACCCACCATCACTTTCCCCTGCCATG  649
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGTCTCATGGTCTCCTCTGACCCACCATCACTTTCCCCTGCCATG  650

seq1  TCTGAGCTGTGGACCTATTGGGTATGTGAGGAACTTGGAGAGTAGAGATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  TCTGAGCTGTGGACCTATTGGGTATGTGAGGAACTTGGATAGTATAGATG  700

seq1  GCAGAGAATGGGTTCTTAGGT-TTGAGCTGGA  730
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCAGAGAATGGGTTCTTAGGTCTTGAGCTGGA  732