BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250A11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 25,472,964 - 25,580,003
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLpp, A730098P11Rik, 5430420C16Rik
Downstream geneTrp63, LOC100043571, Leprel1, Cldn1, Cldn16, LOC100043057
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250A11.bB6Ng01-250A11.g
ACCGA057689GA057690
length1,1041,133
definitionB6Ng01-250A11.b B6Ng01-250A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,472,964 - 25,474,076)(25,578,859 - 25,580,003)
sequence
gaattctttccgtctccagttctcatgattctgcaataactacttcctga
acataaaaataggtggccgatgggccagtggaatggtggctgccttccac
tcagagagaaatgttctcttcagggtgagcagtccacggagctgggtata
catccaattctcaaggaggtctcttctccctcaagggagctacctcttag
cttccttatgagttgctttccctccgagggattgatacgaccaagaacgc
tgaggtactcgtgtattctcagaagggaaaggtcctctaaaaatatggat
tgccttgacctggcctcaacaggctggtactttatcctcttctccctacc
ccacccctgaatctatcttcagtaagagtggtatccaaatataaagtaga
tgggtcgaatcccattccacgggatcttgacatttctgtacttagaagag
gataaagcagcagtgtgctttaagtggcctaaacaagggctgcagaacag
ctgctcttacttccagcaggatccctcaggccttagggaaaccggcagac
gagggtcaccttgacaagtcctcttttcccaagcatttggagatcagatg
tacataatgcttaaggtgaaactctgacagagggaaccaaaacaaaaaca
aggactcaaaacaataacaaaagtctttcttaccccctccaccttaaaag
aaatgattcgtttaaaaacctagcaccacaaggttcaatgggttctattc
atcaccatacattttctaactttttttataacttatttaagtcaactgtc
tctgagcttatcacgtttttcgatgttcagaattgacacagttattaaaa
gtggttcatgcagattctggtgacagtattaaaaattaagatatgagcat
agaagcttggtttgccatattaggcttaaattatagtggtggacttagca
gtttaaagcaaagcaacacaaaacaacaaccccccccccccaagttaagc
aaatcccatgtcattttcttattttaatacctagtactaggatttcatct
gtatcaatgactattcctcaaaatgcttgtttttttccccctagctttct
ccac
gaattctatggggtctagaaaactgtcagaatctagatacccttgttatt
tacaagtatttctgtacttacactatttctgatagttgtttttaagccca
tataagcttactcggagctctatggaaatgagagacagttggtcgtcggt
cacaactagaaagttgtagtagttactcgttcttcccagttcttctcctc
aagcagacctaatcacattaataatgcaaggttgaagtataagttcacat
ttgaaacacctgacagtctttgaaacatcctacctttttgtcgaatggac
aactgttcctttgtgtaaattagatggacatttggaagaaggtaagtgtc
ctgcgatgggagggaggcctgtctgaatggctttttctcacatatctgct
tctcctgcctcgagttactgtagagcgcatactcagttttcctcagagat
cagggtatgaaggtaacttggatccagctcagcgtaccagggtaacaact
caggtgatatttgccactctaatcttgacattgtggccccatgttaacaa
cttcacttccgatctttgacacccagtcacctgttcggccagtctctgac
agaattcctgtgtctgctgtatcttagttgcagcttgcttcgcattccag
cctcctttagacagcccccatttgctgtctcttcagttcacaccttctcc
attacattgagtgtctgggatgggaaaatgaattgagagcaagctagaat
gactcttgccatgagttctaaattcttgtgtatgtgtttttactctgccc
cgatgacatctggtttttcattggctattaatcaattcaaacttaggcag
aatgtcgactcttgagactaatgttctttctccctttgatttctccaccc
tttccttgcatggtcatgcctgagtcctagaggccttaccctactcgact
tttaatccaacctctctgactcagcataagagtgaatgtgtaaaaatagc
tatgctgcaatgacactgtcctaaagtcgcctgaaagagttccaatcatc
tgtcttgtggattaacatttataacatcatttattgtcattcaaggtgct
agaactatgcatgtaacaaacactgtaccaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_25472964_25474076
seq2: B6Ng01-250A11.b_47_1150

seq1  GAATTCTTTCCGTCTCCAGTTCTCATGATTCTGCAATAACTACTTCCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCGTCTCCAGTTCTCATGATTCTGCAATAACTACTTCCTGA  50

seq1  ACATAAAAATAGGTGGCCGATGGGCCAGTGGAATGGTGGCTGCCTTCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAATAGGTGGCCGATGGGCCAGTGGAATGGTGGCTGCCTTCCAC  100

seq1  TCAGAGAGAAATGTTCTCTTCAGGGTGAGCAGTCCACGGAGCTGGGTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGAAATGTTCTCTTCAGGGTGAGCAGTCCACGGAGCTGGGTATA  150

seq1  CATCCAATTCTCAAGGAGGTCTCTTCTCCCTCAAGGGAGCTACCTCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAATTCTCAAGGAGGTCTCTTCTCCCTCAAGGGAGCTACCTCTTAG  200

seq1  CTTCCTTATGAGTTGCTTTCCCTCCGAGGGATTGATACGACCAAGAACGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTATGAGTTGCTTTCCCTCCGAGGGATTGATACGACCAAGAACGC  250

seq1  TGAGGTACTCGTGTATTCTCAGAAGGGAAAGGTCCTCTAAAAATATGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTACTCGTGTATTCTCAGAAGGGAAAGGTCCTCTAAAAATATGGAT  300

seq1  TGCCTTGACCTGGCCTCAACAGGCTGGTACTTTATCCTCTTCTCCCTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGACCTGGCCTCAACAGGCTGGTACTTTATCCTCTTCTCCCTACC  350

seq1  CCACCCCTGAATCTATCTTCAGTAAGAGTGGTATCCAAATATAAAGTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCTGAATCTATCTTCAGTAAGAGTGGTATCCAAATATAAAGTAGA  400

seq1  TGGGTCGAATCCCATTCCACGGGATCTTGACATTTCTGTACTTAGAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCGAATCCCATTCCACGGGATCTTGACATTTCTGTACTTAGAAGAG  450

seq1  GATAAAGCAGCAGTGTGCTTTAAGTGGCCTAAACAAGGGCTGCAGAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGCAGCAGTGTGCTTTAAGTGGCCTAAACAAGGGCTGCAGAACAG  500

seq1  CTGCTCTTACTTCCAGCAGGATCCCTCAGGCCTTAGGGAAACCGGCAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTACTTCCAGCAGGATCCCTCAGGCCTTAGGGAAACCGGCAGAC  550

seq1  GAGGGTCACCTTGACAAGTCCTCTTTTCCCAAGCATTTGGAGATCAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCACCTTGACAAGTCCTCTTTTCCCAAGCATTTGGAGATCAGATG  600

seq1  TACATAATGCTTAAGGTGAAACTCTGACAGAGGGAACCAAAACAAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATGCTTAAGGTGAAACTCTGACAGAGGGAACCAAAACAAAAACA  650

seq1  AGGACTCAAAACAATAACAAAAGTCTTTCTTACCCCCTCCACCTTAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCAAAACAATAACAAAAGTCTTTCTTACCCCCTCCACCTTAAAAG  700

seq1  AAATGATTCGTTTAAAAACCTAGCACCACAAGGTTCAATGGGTTCTATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATTCGTTTAAAAACCTAGCACCACAAGGTTCAATGGGTTCTATTC  750

seq1  ATCACCATACATTTTCTAACTTTTTTTATAACTTATTTAAGTCAACTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCATACATTTTCTAACTTTTTTTATAACTTATTTAAGTCAACTGTC  800

seq1  TCTGAGCTTATCAGGTTTTTCGATGTTCAGAATTGACACAGTTATTAAAA  850
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTTATCACGTTTTTCGATGTTCAGAATTGACACAGTTATTAAAA  850

seq1  GTGGTTCATGCAGATTCTGGTGACAGTATTAAAAATTAAGATATGAGCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCATGCAGATTCTGGTGACAGTATTAAAAATTAAGATATGAGCAT  900

seq1  AGAAGCTTGGTTTGCCATATTAGGCTTAAAATTATAGTGGTGGACTTAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTGGTTTGCCATATTAGGCTT-AAATTATAGTGGTGGACTTAGC  949

seq1  AGTTTAAAGCAAAAGCAACAACAAAAACAACAA-CCCCCCCCCCCAAGTT  999
      |||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAAGC-AAAGCAACA--CAAAACAACAACCCCCCCCCCCCAAGTT  996

seq1  AAGCAAAATCCCATGTCATTTTCTTATTTT-ATACCTAGTTACTAGGATT  1048
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AAGC-AAATCCCATGTCATTTTCTTATTTTAATACCTAG-TACTAGGATT  1044

seq1  TCATCTTGTATCAATGACTATTCTCAAAAATGCTTGTTTTTTTCCCCCCT  1098
      ||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCATC-TGTATCAATGACTATTCCTCAAAATGCTTGTTTTTTT-CCCCCT  1092

seq1  AAGGCCTTTCTCCAC  1113
      |    ||||||||||
seq2  A---GCTTTCTCCAC  1104

seq1: chr16_25578859_25580003
seq2: B6Ng01-250A11.g_68_1200 (reverse)

seq1  GGGTGGTACAGTGTTTGTTTACCATGCATAAGGTTCTAAGCACCCTGAAA  50
      |||||||||||||||||||   ||||||||  ||||| |||||| || ||
seq2  GGGTGGTACAGTGTTTGTT--ACATGCATA--GTTCT-AGCACCTTG-AA  44

seq1  TGACAATAAAATGATGTTATAAATGTTAAATCCACCAAAGAACAGATGAA  100
      ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| |
seq2  TGACAAT-AAATGATGTTATAAATGTT-AATCCAC--AAG-ACAGATG-A  88

seq1  TTGGAACTCTGTCAGGCGACTTTAGGACAGTGTTCATTGCAGCATAGCTA  150
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTCTTTCAGGCGACTTTAGGACAGTG-TCATTGCAGCATAGCTA  137

seq1  -TTTTACACATTCACTCTTATGCTGAGTCAGAGAGGTTGGATTAAAAGTC  199
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACACATTCACTCTTATGCTGAGTCAGAGAGGTTGGATTAAAAGTC  187

seq1  GAGTAGGGTAAGGCCTCTAGGACTCAGGCATGACCATGCAAGGAAAGGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGGTAAGGCCTCTAGGACTCAGGCATGACCATGCAAGGAAAGGGT  237

seq1  GGAGAAATCAAAGGGAGAAAGAACATTAGTCTCAAGAGTCGACATTCTGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAATCAAAGGGAGAAAGAACATTAGTCTCAAGAGTCGACATTCTGC  287

seq1  CTAAGTTTGAATTGATTAATAGCCAATGAAAAACCAGATGTCATCGGGGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTTGAATTGATTAATAGCCAATGAAAAACCAGATGTCATCGGGGC  337

seq1  AGAGTAAAAACACATACACAAGAATTTAGAACTCATGGCAAGAGTCATTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAAAACACATACACAAGAATTTAGAACTCATGGCAAGAGTCATTC  387

seq1  TAGCTTGCTCTCAATTCATTTTCCCATCCCAGACACTCAATGTAATGGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGCTCTCAATTCATTTTCCCATCCCAGACACTCAATGTAATGGAG  437

seq1  AAGGTGTGAACTGAAGAGACAGCAAATGGGGGCTGTCTAAAGGAGGCTGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTGAACTGAAGAGACAGCAAATGGGGGCTGTCTAAAGGAGGCTGG  487

seq1  AATGCGAAGCAAGCTGCAACTAAGATACAGCAGACACAGGAATTCTGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCGAAGCAAGCTGCAACTAAGATACAGCAGACACAGGAATTCTGTCA  537

seq1  GAGACTGGCCGAACAGGTGACTGGGTGTCAAAGATCGGAAGTGAAGTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGCCGAACAGGTGACTGGGTGTCAAAGATCGGAAGTGAAGTTGT  587

seq1  TAACATGGGGCCACAATGTCAAGATTAGAGTGGCAAATATCACCTGAGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGGGGCCACAATGTCAAGATTAGAGTGGCAAATATCACCTGAGTT  637

seq1  GTTACCCTGGTACGCTGAGCTGGATCCAAGTTACCTTCATACCCTGATCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCCTGGTACGCTGAGCTGGATCCAAGTTACCTTCATACCCTGATCT  687

seq1  CTGAGGAAAACTGAGTATGCGCTCTACAGTAACTCGAGGCAGGAGAAGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAAAACTGAGTATGCGCTCTACAGTAACTCGAGGCAGGAGAAGCA  737

seq1  GATATGTGAGAAAAAGCCATTCAGACAGGCCTCCCTCCCATCGCAGGACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTGAGAAAAAGCCATTCAGACAGGCCTCCCTCCCATCGCAGGACA  787

seq1  CTTACCTTCTTCCAAATGTCCATCTAATTTACACAAAGGAACAGTTGTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTCTTCCAAATGTCCATCTAATTTACACAAAGGAACAGTTGTCC  837

seq1  ATTCGACAAAAAGGTAGGATGTTTCAAAGACTGTCAGGTGTTTCAAATGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGACAAAAAGGTAGGATGTTTCAAAGACTGTCAGGTGTTTCAAATGT  887

seq1  GAACTTATACTTCAACCTTGCATTATTAATGTGATTAGGTCTGCTTGAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTATACTTCAACCTTGCATTATTAATGTGATTAGGTCTGCTTGAGG  937

seq1  AGAAGAACTGGGAAGAACGAGTAACTACTACAACTTTCTAGTTGTGACCG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAACTGGGAAGAACGAGTAACTACTACAACTTTCTAGTTGTGACCG  987

seq1  ACGACCAACTGTCTCTCATTTCCATAGAGCTCCGAGTAAGCTTATATGGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACCAACTGTCTCTCATTTCCATAGAGCTCCGAGTAAGCTTATATGGG  1037

seq1  CTTAAAAACAACTATCAGAAATAGTGTAAGTACAGAAATACTTGTAAATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAACAACTATCAGAAATAGTGTAAGTACAGAAATACTTGTAAATA  1087

seq1  ACAAGGGTATCTAGATTCTGACAGTTTTCTAGACCCCATAGAATTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGTATCTAGATTCTGACAGTTTTCTAGACCCCATAGAATTC  1133