BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254L19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 17,463,912 - 17,625,689
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrkl, Aifm3, Lztr1, Thap7, 4930451C15Rik, P2rxl1, Slc7a4, Smpd4
Upstream geneFgd4, Olfr19, 4933404G15Rik, Spag6, EG665562, EG436405, Vpreb1, Top3b, Ppm1f, LOC100042783, EG623519, Mapk1, Ypel1, Ppil2, 2610318N02Rik, Sdf2l1, LOC623568, Ccdc116, 1810015A11Rik, Ube2l3, Gm603, Hic2, D16Bwg1494e, Pik4ca, Serpind1, Snap29
Downstream genePcqap, EG433050, Map1lc3-ps8, EG665892, LOC100042830, Klhl22, Scarf2, Car15, Dgcr2, Tssk1, Tssk2, Es2el, Gscl, Slc25a1, Vpreb2, Dgcr6, Prodh, Rtn4r, EG665975, Zdhhc8, Ranbp1, Htf9c, Dgcr8, D16H22S680E, LOC100042884, Arvcf, Comt, Txnrd2, Gnb1l, Tbx1, Gp1bb, Sept5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254L19.bB6Ng01-254L19.g
ACCGA061127GA061128
length9331,089
definitionB6Ng01-254L19.b B6Ng01-254L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,624,806 - 17,625,689)(17,463,912 - 17,464,980)
sequence
gaattctcccactaggacataacacaccaaccttatatttgtgctaagtt
gccctttgactaaaatatttttaaagaaatgtttatttttatcacttcaa
aaattatgtgtatatgcatgagtgtgtgcacatgagtacaagtgtctatg
gaggtcagagcagatgtcagatctcctggagctggagttacacatggcta
tgagctgcctgacatgggtactggaaactaaacttgggcttctctggaag
agtagccactgctcttaagcactgagccatctcttcagtttccctcgctc
cctccactaatgtttttgttttgtttcgctttgcttttttgagacaagag
tcttcctatgtaataagatggccttcaactcacagaaatcctcttgcctt
agcctctcaattgctgagcctactgttagcatgcaccatcatactcagcc
aagtataacattttgatgcctggtaacgtacttcagtgacagagcacttg
cacaccatgtacgagatcagcattcagtccccatattacaaaacactaac
aaccacaaacaaatgaactcacagtggggtaaagacatagcttaggcagt
gagtgtttgttgtacaagcatgaaaacctgagtttgatcagaaactcatc
acccataccaaaatagaggcgttatgatctcagtgctaaggcagagacag
gagaatccctggggtttgcgggccacccagtctggcctagacagcaaggc
ccaggtcccagtgagatctcaaaacaaaaaggtagacagctgctaagcaa
caaacctttggcatggcacacacacgtgcgtgcacgtataccttcacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatatata
tatatatatacacacaaacacatgtgtaccttg
gaattcaatatgtagatcagactggccttcagctcacagagacctgcctg
cctctacctcccatgcatgcccagctgtttaaccgtctaaaaccatacaa
atgctaaaataaacatccttgggtaagagttgaaatagagtttactgtgc
tgtctagttagctctgtctatgtgatacacaccaaacttggaataggaac
agggatatgcttttaaggtgtatgtgaacaacacacaaaagagtttacct
aacaggaatccttgtgaatgtctcaaatgcattggcataaactctttacc
taaaagatacagtttgtccttgaggctaattaacttaacatgttctggtt
gtgcatctacctaccctatgtatttgcttttcttgtctgtaaaatggaga
tatcagaatctgtgcctctggattatttagtgattaaatagcatcaccaa
gagaccccaaaccacaagcttggtggtatatccctgtagttccagcattt
agaaaatggaagcagaagaattgtaagctaaaggccaacctaggctatac
atagtgaaatcattttcaaaacgatttggggttggagagatgtcgcagct
ttttagagtactttgttgcttgtcaccttttgggtttttctatgtatgcc
ctagttcctgaataatgacacaaaggcttttatattttattaataaaggc
ctaggtcttaagctaagcttgttcttcaactagctcttaacttatattaa
cccatttatactattctgtgtctgccacatggctgttgccgctcctcagt
ttcaatgcacctacttcttctgtgtgacaaagctccaacacctgactctt
tcccagaccatccacttttctggctttgctgtaggccatttagctcttca
attaaccaatcagaaggcaccctttaagcaaggcaaggaaggacagaata
cacaatcttcataacagtgtacaaaatcatttccctccagcagtttgctc
ttgcagaaggatctgttcaggtcttcagcacctaccaccagcggcctcac
agtcaatccacactcaaatgcttaagggatccgtacgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_17624806_17625689
seq2: B6Ng01-254L19.b_49_932 (reverse)

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGGTATACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGGTATACG  50

seq1  TGCACGCACGTGTGTGTGCCATGCCAAAGGTTTGTTGCTTAGCAGCTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGCACGTGTGTGTGCCATGCCAAAGGTTTGTTGCTTAGCAGCTGTC  100

seq1  TACCTTTTTGTTTTGAGATCTCACTGGGACCTGGGCCTTGCTGTCTAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTTTGTTTTGAGATCTCACTGGGACCTGGGCCTTGCTGTCTAGGC  150

seq1  CAGACTGGGTGGCCCGCAAACCCCAGGGATTCTCCTGTCTCTGCCTTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGGTGGCCCGCAAACCCCAGGGATTCTCCTGTCTCTGCCTTAGC  200

seq1  ACTGAGATCATAACGCCTCTATTTTGGTATGGGTGATGAGTTTCTGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGATCATAACGCCTCTATTTTGGTATGGGTGATGAGTTTCTGATCA  250

seq1  AACTCAGGTTTTCATGCTTGTACAACAAACACTCACTGCCTAAGCTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGTTTTCATGCTTGTACAACAAACACTCACTGCCTAAGCTATGT  300

seq1  CTTTACCCCACTGTGAGTTCATTTGTTTGTGGTTGTTAGTGTTTTGTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCCCACTGTGAGTTCATTTGTTTGTGGTTGTTAGTGTTTTGTAAT  350

seq1  ATGGGGACTGAATGCTGATCTCGTACATGGTGTGCAAGTGCTCTGTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGACTGAATGCTGATCTCGTACATGGTGTGCAAGTGCTCTGTCACT  400

seq1  GAAGTACGTTACCAGGCATCAAAATGTTATACTTGGCTGAGTATGATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACGTTACCAGGCATCAAAATGTTATACTTGGCTGAGTATGATGGT  450

seq1  GCATGCTAACAGTAGGCTCAGCAATTGAGAGGCTAAGGCAAGAGGATTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTAACAGTAGGCTCAGCAATTGAGAGGCTAAGGCAAGAGGATTTC  500

seq1  TGTGAGTTGAAGGCCATCTTATTACATAGGAAGACTCTTGTCTCAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTGAAGGCCATCTTATTACATAGGAAGACTCTTGTCTCAAAAAA  550

seq1  GCAAAGCGAAACAAAACAAAAACATTAGTGGAGGGAGCGAGGGAAACTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCGAAACAAAACAAAAACATTAGTGGAGGGAGCGAGGGAAACTGA  600

seq1  AGAGATGGCTCAGTGCTTAAGAGCAGTGGCTACTCTTCCAGAGAAGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCTCAGTGCTTAAGAGCAGTGGCTACTCTTCCAGAGAAGCCCA  650

seq1  AGTTTAGTTTCCAGTACCCATGTCAGGCAGCTCATAGCCATGTGTAACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTTTCCAGTACCCATGTCAGGCAGCTCATAGCCATGTGTAACTC  700

seq1  CAGCTCCAGGAGATCTGACATCTGCTCTGACCTCCATAGACACTTGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCAGGAGATCTGACATCTGCTCTGACCTCCATAGACACTTGTACT  750

seq1  CATGTGCACACACTCATGCATATACACATAATTTTTGAAGTGATAAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCACACACTCATGCATATACACATAATTTTTGAAGTGATAAAAAT  800

seq1  AAACATTTCTTTAAAAATATTTTAGTCAAAGGGCAACTTAGCACAAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTCTTTAAAAATATTTTAGTCAAAGGGCAACTTAGCACAAATAT  850

seq1  AAGGTTGGTGTGTTATGTCCTAGTGGGAGAATTC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGGTGTGTTATGTCCTAGTGGGAGAATTC  884

seq1: chr16_17463912_17464980
seq2: B6Ng01-254L19.g_68_1156

seq1  GAATTCAATATGTAGATCAGACTGGCCTTCAGCTCACAGAGACCTGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATGTAGATCAGACTGGCCTTCAGCTCACAGAGACCTGCCTG  50

seq1  CCTCTACCTCCCATGCATGCCCAGCTGTTTAACCGTCTAAAACCATACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACCTCCCATGCATGCCCAGCTGTTTAACCGTCTAAAACCATACAA  100

seq1  ATGCTAAAATAAACATCCTTGGGTAAGAGTTGAAATAGAGTTTACTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAAATAAACATCCTTGGGTAAGAGTTGAAATAGAGTTTACTGTGC  150

seq1  TGTCTAGTTAGCTCTGTCTATGTGATACACACCAAACTTGGAATAGGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGTTAGCTCTGTCTATGTGATACACACCAAACTTGGAATAGGAAC  200

seq1  AGGGATATGCTTTTAAGGTGTATGTGAACAACACACAAAAGAGTTTACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATATGCTTTTAAGGTGTATGTGAACAACACACAAAAGAGTTTACCT  250

seq1  AACAGGAATCCTTGTGAATGTCTCAAATGCATTGGCATAAACTCTTTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAATCCTTGTGAATGTCTCAAATGCATTGGCATAAACTCTTTACC  300

seq1  TAAAAGATACAGTTTGTCCTTGAGGCTAATTAACTTAACATGTTCTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGATACAGTTTGTCCTTGAGGCTAATTAACTTAACATGTTCTGGTT  350

seq1  GTGCATCTACCTACCCTATGTATTTGCTTTTCTTGTCTGTAAAATGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCTACCTACCCTATGTATTTGCTTTTCTTGTCTGTAAAATGGAGA  400

seq1  TATCAGAATCTGTGCCTCTGGATTATTTAGTGATTAAATAGCATCACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAATCTGTGCCTCTGGATTATTTAGTGATTAAATAGCATCACCAA  450

seq1  GAGACCCCAAACCACAAGCTTGGTGGTATATCCCTGTAGTTCCAGCATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCCAAACCACAAGCTTGGTGGTATATCCCTGTAGTTCCAGCATTT  500

seq1  AGAAAATGGAAGCAGAAGAATTGTAAGCTAAAGGCCAACCTAGGCTATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGGAAGCAGAAGAATTGTAAGCTAAAGGCCAACCTAGGCTATAC  550

seq1  ATAGTGAAATCATTTTCAAAACGATTTGGGGTTGGAGAGATGTCGCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAAATCATTTTCAAAACGATTTGGGGTTGGAGAGATGTCGCAGCT  600

seq1  TTTTAGAGTACTTTGTTGCTTGTCACCTTTTGGGTTTTTCTATGTATGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAGTACTTTGTTGCTTGTCACCTTTTGGGTTTTTCTATGTATGCC  650

seq1  CTAGTTCCTGAATAATGACACAAAGGCTTTTATATTTTATTAATAAAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTCCTGAATAATGACACAAAGGCTTTTATATTTTATTAATAAAGGC  700

seq1  CTAGGTCTTAAGCTAAGCTTGTTCTTCAACTAGCTCTTAACTTATATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCTTAAGCTAAGCTTGTTCTTCAACTAGCTCTTAACTTATATTAA  750

seq1  CCCATTTATACTATTCTGTGTCTGCCACATGGCTGTTGCCGCTCCTCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTATACTATTCTGTGTCTGCCACATGGCTGTTGCCGCTCCTCAGT  800

seq1  TTC-ATGCACCTACTTCTTCTGTGTGACAAAGCTCCAACACCTGACTCTT  849
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGCACCTACTTCTTCTGTGTGACAAAGCTCCAACACCTGACTCTT  850

seq1  TCCCAGACCATCCAC-TTTCTGGCTTTGCTGTAGGCCA-TTAGCTCTTCA  897
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCCCAGACCATCCACTTTTCTGGCTTTGCTGTAGGCCATTTAGCTCTTCA  900

seq1  ATAAACCAATCAGAAGGCACC--TTAAGC-AGGCAAGGAAGGACAG-ATA  943
      || ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||
seq2  ATTAACCAATCAGAAGGCACCCTTTAAGCAAGGCAAGGAAGGACAGAATA  950

seq1  CAC-ATCTTCAT-ACAGTGTACAAAA-CATT--CCTCCAGCAG-TTGCTC  987
      ||| |||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||
seq2  CACAATCTTCATAACAGTGTACAAAATCATTTCCCTCCAGCAGTTTGCTC  1000

seq1  TTGCAG-AGGATCTGTCCAGTTC-TCAGCACCTAC--ACAGCGG-CTCAC  1032
      |||||| ||||||||| ||| || |||||||||||   |||||| |||||
seq2  TTGCAGAAGGATCTGTTCAGGTCTTCAGCACCTACCACCAGCGGCCTCAC  1050

seq1  AGTC-ATCCACAACTCAAATGCTT-AGGGATCCG-ACGTT  1069
      |||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  AGTCAATCCAC-ACTCAAATGCTTAAGGGATCCGTACGTT  1089