BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256M18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 7,355,990 - 7,516,845
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream genenone
Downstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256M18.bB6Ng01-256M18.g
ACCGA062663GA062664
length1,1541,102
definitionB6Ng01-256M18.b B6Ng01-256M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,355,990 - 7,357,122)(7,515,742 - 7,516,845)
sequence
gaattcatttgcatggaattgaaggggtaaaaccacaatccaagaggaaa
gtttccctttttcctctgggttcattgacttagattacaaggcaggcagc
ccatcttttggagcaaacagagtggtacccggaacatagatttcacagag
gagcgaggtacccgatcctgagttgagtagaagcaataagcaaagatact
gcagatctacctgttacctgggtcttccatgtccattagaagctggtcca
gaaaccatagactcccaaagcttctgtctcaaaagtccatttgaaaaagg
ttgctaagtttatctgacacctttactccagctccgttcggccaagcacg
tcacacttggcagtagccacatcttatgttctgttgtatgctatctgtgc
catattcacaggagcttctatggatgggatttggaccccatatgcaaggt
aatgatccttattgacatgataggtggtaaggtagagggctgtttaccag
aggagcgtccttagccaggcatgggtgttcagacacggcaccccagaaga
gaagacatgtataacaagattatgtctatctctctctagacttccatatt
aagatcttgtcctgcaggtatccatgcagtcagccatctccatgtttcta
agacattttctcacaaaacatatttattgaggaagaatttttttttctta
atgtcaccaaatggacatacatttatctataaactcctattcatgcaata
tccaataagagtttatgttactaatatttctagccccaaagttgttctgt
attctagatccatatgggacttctatatttttttctctctgatagaaaac
acacatctacatgcacacacacatactcacatgtgacatataacagactt
catgggctacctctgtggaccttagggtagtctgttggagatatacaaca
ttgacatgagcatccaaggaaagtcattaaagatacttttatctgtatcc
cttttccccctcctagcagttatactacatagattatgaagcaagtccta
tcttgattttcctctggcataacctaaattaaaaattctttgaaaaatat
caattattatgaatcatccacttcctagaagcaaataactttcctgccca
caga

gaattcattaaaagatatctaggggagaagggaaaaggaagaaggagaga
gaaaacacgagtacacagtatatgattaccaatgttaaggactgtttcat
ggtggtcccacaatgagctaagatcttgaatgatttatttcctttttata
attccttgtgtttttcttcttgacattaaggaaaaatcagaagaaacttg
aaatcagctatgttgataatcctatggcatagtctaagaacccttgtctc
tcatggcattcttaaaagaataatagattaagatcaagaaaccatggata
ggcatatgcatgtataagtgcatcttgaagtcattagttgaggcaagcat
tgttctctaattccctattaataagatgatttaacttctgaatgtttatt
gtcagtagtcccaatttccctgggccatggcctccaggtcttatgggaag
tgtgtagtcatacttagtgcttgagaaaaattctgccattgcagaataag
gtcacaaacatgcacttgctctgatcctctggagcccttggagaaataga
cctgccaggttttattccaggtcttaggccttctgtattataactttgtg
caatgtctgtacaatactttacagctgctctgtgagtgaaggtcttgtct
ctgaagggagccatttttctacttacaccagaaaaaaatgtcacacgata
cactagattcttaacatatcacatttcctggtcactgtataaatgaccaa
tgcaacagcaatatggtaaaatcttagactactgaataatagaggaaatc
atggtaagtgccaacactgagcactttctgtatgtcagatgctacatgaa
atattttgtagatgttgtttatttaaccctcatgacagcagtataaatta
ttacccacaattcattattgaagaaatgtgctcagtcaagagaaccaacc
catgcattccacagttagtatgagcagggaaagtagagtggcctagatct
gtctatgcccaaagttggcactgccgttattttgtatgtagggccatagg
tagggacacagttcaaataaaaaaatgagatcaatcaaagtacttttaaa
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_7355990_7357122
seq2: B6Ng01-256M18.b_47_1200

seq1  GAATTCATTTGCATGGAATTGAAGGGGTAAAACCACAATCCAAGAGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGCATGGAATTGAAGGGGTAAAACCACAATCCAAGAGGAAA  50

seq1  GTTTCCCTTTTTCCTCTGGGTTCATTGACTTAGATTACAAGGCAGGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCTTTTTCCTCTGGGTTCATTGACTTAGATTACAAGGCAGGCAGC  100

seq1  CCATCTTTTGGAGCAAACAGAGTGGTACCCGGAACATAGATTTCACAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTTTGGAGCAAACAGAGTGGTACCCGGAACATAGATTTCACAGAG  150

seq1  GAGCGAGGTACCCGATCCTGAGTTGAGTAGAAGCAATAAGCAAAGATACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAGGTACCCGATCCTGAGTTGAGTAGAAGCAATAAGCAAAGATACT  200

seq1  GCAGATCTACCTGTTACCTGGGTCTTCCATGTCCATTAGAAGCTGGTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTACCTGTTACCTGGGTCTTCCATGTCCATTAGAAGCTGGTCCA  250

seq1  GAAACCATAGACTCCCAAAGCTTCTGTCTCAAAAGTCCATTTGAAAAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCATAGACTCCCAAAGCTTCTGTCTCAAAAGTCCATTTGAAAAAGG  300

seq1  TTGCTAAGTTTATCTGACACCTTTACTCCAGCTCCGTTCGGCCAAGCACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAAGTTTATCTGACACCTTTACTCCAGCTCCGTTCGGCCAAGCACG  350

seq1  TCACACTTGGCAGTAGCCACATCTTATGTTCTGTTGTATGCTATCTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTTGGCAGTAGCCACATCTTATGTTCTGTTGTATGCTATCTGTGC  400

seq1  CATATTCACAGGAGCTTCTATGGATGGGATTTGGACCCCATATGCAAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCACAGGAGCTTCTATGGATGGGATTTGGACCCCATATGCAAGGT  450

seq1  AATGATCCTTATTGACATGATAGGTGGTAAGGTAGAGGGCTGTTTACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCCTTATTGACATGATAGGTGGTAAGGTAGAGGGCTGTTTACCAG  500

seq1  AGGAGCGTCCTTAGCCAGGCATGGGTGTTCAGACACGGCACCCCAGAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCGTCCTTAGCCAGGCATGGGTGTTCAGACACGGCACCCCAGAAGA  550

seq1  GAAGACATGTATAACAAGATTATGTCTATCTCTCTCTAGACTTCCATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATGTATAACAAGATTATGTCTATCTCTCTCTAGACTTCCATATT  600

seq1  AAGATCTTGTCCTGCAGGTATCCATGCAGTCAGCCATCTCCATGTTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTTGTCCTGCAGGTATCCATGCAGTCAGCCATCTCCATGTTTCTA  650

seq1  AGACATTTTCTCACAAAACATATTTATTGAGGAAGAA-TTTTTTTTCTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGACATTTTCTCACAAAACATATTTATTGAGGAAGAATTTTTTTTTCTTA  700

seq1  ATGTCACCAAATGGACATACATTTATCTATAAACTCCTATTCATGCAATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACCAAATGGACATACATTTATCTATAAACTCCTATTCATGCAATA  750

seq1  TCCAATAAGAGTTTATGTTACTAATATTTCTAGCCCCAAAGTTGTTCTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAAGAGTTTATGTTACTAATATTTCTAGCCCCAAAGTTGTTCTGT  800

seq1  ATTCTAGATCCATATGGGACTTCTATA-TTTTTTCTCTCTGATAGAAAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGATCCATATGGGACTTCTATATTTTTTTCTCTCTGATAGAAAAC  850

seq1  ACACATCTACATGCACACACACATACTCACATGTGACATATAACAGACTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCTACATGCACACACACATACTCACATGTGACATATAACAGACTT  900

seq1  CAT-GGCTACCTCTGTGGACCTTAGGGTAGTCTG-TGGAGATATACAACA  946
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CATGGGCTACCTCTGTGGACCTTAGGGTAGTCTGTTGGAGATATACAACA  950

seq1  TTGACATGAGCATCCAAGGAAAGTCATTAAAGATACTTTTATCTGTATCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATGAGCATCCAAGGAAAGTCATTAAAGATACTTTTATCTGTATCC  1000

seq1  CTTTTCCCCCTCCTAGCAGTTATACTACATAGATTATGAAGC-AGTCCTA  1045
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTTTCCCCCTCCTAGCAGTTATACTACATAGATTATGAAGCAAGTCCTA  1050

seq1  TCTTG--TTTTCTCTGGCAT-ACCTAAAT--AAAATTCTTTG-AAAATAT  1089
      |||||  ||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||
seq2  TCTTGATTTTCCTCTGGCATAACCTAAATTAAAAATTCTTTGAAAAATAT  1100

seq1  CAAT--ATATG-ATCAT-CAC-TCCTAG-AGCAA--TACTT--CTGCCCA  1129
      ||||   |||| ||||| ||| |||||| |||||   ||||  |||||||
seq2  CAATTATTATGAATCATCCACTTCCTAGAAGCAAATAACTTTCCTGCCCA  1150

seq1  CAGA  1133
      ||||
seq2  CAGA  1154


seq1: chr16_7515742_7516845
seq2: B6Ng01-256M18.g_65_1166 (reverse)

seq1  TATTTAAAAGTTAATTTTGATTTGATCTCATTTTTTTATTTG-ACTGTGT  49
      |||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATTTAAAAGT--ACTTTGA-TTGATCTCATTTTTTTATTTGAACTGTGT  47

seq1  CCCTACCTATGGCCCTACATAC-AAATAACGGCAGTGCCAACTTT-GGCA  97
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCTACCTATGGCCCTACATACAAAATAACGGCAGTGCCAACTTTGGGCA  97

seq1  TAAGACAGATCTA-GCCACTCTACTTTCCCCTGCCTCATACTAACTGTGG  146
      | ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  T-AGACAGATCTAGGCCACTCTACTTT-CCCTG-CTCATACTAACTGTGG  144

seq1  AATGCATGGGTTGGTTCTCTTGACTGAGCACATTTCTTCAATAATGAATT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATGGGTTGGTTCTCTTGACTGAGCACATTTCTTCAATAATGAATT  194

seq1  GTGGGTAATAATTTATACTGCTGTCATGAGGGTTAAATAAACAACATCTA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAATAATTTATACTGCTGTCATGAGGGTTAAATAAACAACATCTA  244

seq1  CAAAATATTTCATGTAGCATCTGACATACAGAAAGTGCTCAGTGTTGGCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATTTCATGTAGCATCTGACATACAGAAAGTGCTCAGTGTTGGCA  294

seq1  CTTACCATGATTTCCTCTATTATTCAGTAGTCTAAGATTTTACCATATTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCATGATTTCCTCTATTATTCAGTAGTCTAAGATTTTACCATATTG  344

seq1  CTGTTGCATTGGTCATTTATACAGTGACCAGGAAATGTGATATGTTAAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCATTGGTCATTTATACAGTGACCAGGAAATGTGATATGTTAAGA  394

seq1  ATCTAGTGTATCGTGTGACATTTTTTTCTGGTGTAAGTAGAAAAATGGCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGTGTATCGTGTGACATTTTTTTCTGGTGTAAGTAGAAAAATGGCT  444

seq1  CCCTTCAGAGACAAGACCTTCACTCACAGAGCAGCTGTAAAGTATTGTAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAGAGACAAGACCTTCACTCACAGAGCAGCTGTAAAGTATTGTAC  494

seq1  AGACATTGCACAAAGTTATAATACAGAAGGCCTAAGACCTGGAATAAAAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGCACAAAGTTATAATACAGAAGGCCTAAGACCTGGAATAAAAC  544

seq1  CTGGCAGGTCTATTTCTCCAAGGGCTCCAGAGGATCAGAGCAAGTGCATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGGTCTATTTCTCCAAGGGCTCCAGAGGATCAGAGCAAGTGCATG  594

seq1  TTTGTGACCTTATTCTGCAATGGCAGAATTTTTCTCAAGCACTAAGTATG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGACCTTATTCTGCAATGGCAGAATTTTTCTCAAGCACTAAGTATG  644

seq1  ACTACACACTTCCCATAAGACCTGGAGGCCATGGCCCAGGGAAATTGGGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACACTTCCCATAAGACCTGGAGGCCATGGCCCAGGGAAATTGGGA  694

seq1  CTACTGACAATAAACATTCAGAAGTTAAATCATCTTATTAATAGGGAATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGACAATAAACATTCAGAAGTTAAATCATCTTATTAATAGGGAATT  744

seq1  AGAGAACAATGCTTGCCTCAACTAATGACTTCAAGATGCACTTATACATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACAATGCTTGCCTCAACTAATGACTTCAAGATGCACTTATACATG  794

seq1  CATATGCCTATCCATGGTTTCTTGATCTTAATCTATTATTCTTTTAAGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCCTATCCATGGTTTCTTGATCTTAATCTATTATTCTTTTAAGAA  844

seq1  TGCCATGAGAGACAAGGGTTCTTAGACTATGCCATAGGATTATCAACATA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGAGAGACAAGGGTTCTTAGACTATGCCATAGGATTATCAACATA  894

seq1  GCTGATTTCAAGTTTCTTCTGATTTTTCCTTAATGTCAAGAAGAAAAACA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTTCAAGTTTCTTCTGATTTTTCCTTAATGTCAAGAAGAAAAACA  944

seq1  CAAGGAATTATAAAAAGGAAATAAATCATTCAAGATCTTAGCTCATTGTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAATTATAAAAAGGAAATAAATCATTCAAGATCTTAGCTCATTGTG  994

seq1  GGACCACCATGAAACAGTCCTTAACATTGGTAATCATATACTGTGTACTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACCATGAAACAGTCCTTAACATTGGTAATCATATACTGTGTACTC  1044

seq1  GTGTTTTCTCTCTCCTTCTTCCTTTTCCCTTCTCCCCTAGATATCTTTTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCTCTCTCCTTCTTCCTTTTCCCTTCTCCCCTAGATATCTTTTA  1094

seq1  ATGAATTC  1104
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |