BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259A17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 17,465,989 - 17,619,077
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrkl, Aifm3, Lztr1, Thap7, 4930451C15Rik, P2rxl1, Slc7a4
Upstream geneFgd4, Olfr19, 4933404G15Rik, Spag6, EG665562, EG436405, Vpreb1, Top3b, Ppm1f, LOC100042783, EG623519, Mapk1, Ypel1, Ppil2, 2610318N02Rik, Sdf2l1, LOC623568, Ccdc116, 1810015A11Rik, Ube2l3, Gm603, Hic2, D16Bwg1494e, Pik4ca, Serpind1, Snap29
Downstream geneSmpd4, Pcqap, EG433050, Map1lc3-ps8, EG665892, LOC100042830, Klhl22, Scarf2, Car15, Dgcr2, Tssk1, Tssk2, Es2el, Gscl, Slc25a1, Vpreb2, Dgcr6, Prodh, Rtn4r, EG665975, Zdhhc8, Ranbp1, Htf9c, Dgcr8, D16H22S680E, LOC100042884, Arvcf, Comt, Txnrd2, Gnb1l, Tbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259A17.bB6Ng01-259A17.g
ACCGA064330GA064331
length6861,158
definitionB6Ng01-259A17.b B6Ng01-259A17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,618,393 - 17,619,077)(17,465,989 - 17,467,148)
sequence
gaattcttcctggttaagaaccaacaaatatacaagtacacaaataacac
ccccacccccaataaaccaggtgttggtggcagcacacgcctttaatccc
atcactagggaggcagaggcaggcaggcagatctctgtgattctgaggcc
agcttggtcttcagggtgagttctaggacaatcagggctacataaaccct
gtctcgaaaacaaaacaaaaatcctcatacttcttaagctaataaaaatt
ttaaaagttgtttttttagagcccttaaagagtgcttcaaggaagaaacc
tgcacaaaatagataagtacatgcaatcctaaatacccatcatccaacag
gatttaccaagtacccagcatatgccaggcacggttctgggtgctgctac
ctaaatccgtctatcagggatctgatcgtcaggcagcggacagctttcca
ccacaccattcccatggctaacatactgccctattcacattaagcactca
gaacaagtcaagcaagtatgtaaaaacctctcgggatgcttgccctgggt
tgttggagccgctacagactgggagctgcagggcctggcaaggaaagagg
tggccagtagctggcgctgtggaggctcctcacctgctagactgcagcga
attctgcagggtggaagggaattgggggtcgggagt
gaattcaattcctagcaaccacatggtggcttacagccatctgtaatagg
atccggtgccctcctatgatgtgtccaaggagaaccatgatgtactcaca
tagataaaataaatacaatctttaaaataaaaaaggaagaaagaatagta
ggtagatctaagactttaagacagccataaactggcaggtatgtctcttg
agtttgaagccagcctggtttacagagtgagttcaggccagccaggctgt
tttgagactgtctcaaacaaaacaaaagcaaatgctttaaaggccagtga
aattgctcagcaggtaaaggtccttgccatcaaacctgagagcataagtt
taatctctggaatctatctacatggttgaaggagagaatggactcctgca
agttaccctttgacctctgtgtacacttcagacatgtgcatacacaaaaa
tacacactaaataaacaaacataaaacacttcaaggtagctatagggact
attattacttaggtcactaatcagaagaaagaaaattaccaatagctacg
tgcagataaaacatattagacgcttaattaaaaaataaattaaaaaaaca
tattagagtgatctatgaatatgaatgattaaacctatacatcctgtatc
cttagtacagtgctagaatgggaatgacgatggtcttgctgctgaagcca
tcccctaaggagactgttcaagattgtgattcttttcaatctggtatagt
cttcttcagaaaacattgagaaaggtagtggtgaatacttttcccctcga
attaggcacagttgcatgttttcagaatatttcttggttaagagagactt
ctgggggctggtgagatggctcagtgggtaagagcacctgactgctcttc
cgaaggtccagagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcaacaacca
tctgtaacaagatctgacgccctcttctggaatgtctgaagacagctaca
gtgtacttacatatagaaagaaataaatctttcatatacaacaaggagac
ttctgttgctagtttcacatgggcctgtagtgaagagcaggttttttaaa
atccatttattccttaactgtctgtctggcgaaggctgagcctttgtata
tgtctagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_17618393_17619077
seq2: B6Ng01-259A17.b_47_732 (reverse)

seq1  ACTCCCCA-CCCCAATTCCCTTCCACCCTGCAGAATTCGCTGCAGTCTAG  49
      |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCGACCCCCAATTCCCTTCCACCCTGCAGAATTCGCTGCAGTCTAG  50

seq1  CAGGTGAGGAGCCTCCACAGCGCCAGCTACTGGCCACCTCTTTCCTTGCC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAGGAGCCTCCACAGCGCCAGCTACTGGCCACCTCTTTCCTTGCC  100

seq1  AGGCCCTGCAGCTCCCAGTCTGTAGCGGCTCCAACAACCCAGGGCAAGCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTGCAGCTCCCAGTCTGTAGCGGCTCCAACAACCCAGGGCAAGCA  150

seq1  TCCCGAGAGGTTTTTACATACTTGCTTGACTTGTTCTGAGTGCTTAATGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGAGAGGTTTTTACATACTTGCTTGACTTGTTCTGAGTGCTTAATGT  200

seq1  GAATAGGGCAGTATGTTAGCCATGGGAATGGTGTGGTGGAAAGCTGTCCG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGGGCAGTATGTTAGCCATGGGAATGGTGTGGTGGAAAGCTGTCCG  250

seq1  CTGCCTGACGATCAGATCCCTGATAGACGGATTTAGGTAGCAGCACCCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGACGATCAGATCCCTGATAGACGGATTTAGGTAGCAGCACCCAG  300

seq1  AACCGTGCCTGGCATATGCTGGGTACTTGGTAAATCCTGTTGGATGATGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTGCCTGGCATATGCTGGGTACTTGGTAAATCCTGTTGGATGATGG  350

seq1  GTATTTAGGATTGCATGTACTTATCTATTTTGTGCAGGTTTCTTCCTTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAGGATTGCATGTACTTATCTATTTTGTGCAGGTTTCTTCCTTGA  400

seq1  AGCACTCTTTAAGGGCTCTAAAAAAACAACTTTTAAAATTTTTATTAGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCTTTAAGGGCTCTAAAAAAACAACTTTTAAAATTTTTATTAGCT  450

seq1  TAAGAAGTATGAGGATTTTTGTTTTGTTTTCGAGACAGGGTTTATGTAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTATGAGGATTTTTGTTTTGTTTTCGAGACAGGGTTTATGTAGC  500

seq1  CCTGATTGTCCTAGAACTCACCCTGAAGACCAAGCTGGCCTCAGAATCAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTGTCCTAGAACTCACCCTGAAGACCAAGCTGGCCTCAGAATCAC  550

seq1  AGAGATCTGCCTGCCTGCCTCTGCCTCCCTAGTGATGGGATTAAAGGCGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCTGCCTGCCTGCCTCTGCCTCCCTAGTGATGGGATTAAAGGCGT  600

seq1  GTGCTGCCACCAACACCTGGTTTATTGGGGGTGGGGGTGTTATTTGTGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCACCAACACCTGGTTTATTGGGGGTGGGGGTGTTATTTGTGTA  650

seq1  CTTGTATATTTGTTGGTTCTTAACCAGGAAGAATTC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATATTTGTTGGTTCTTAACCAGGAAGAATTC  686

seq1: chr16_17465989_17467148
seq2: B6Ng01-259A17.g_67_1224

seq1  GAATTCAATTCCTAGCAACCACATGGTGGCTTACAGCCATCTGTAATAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCTAGCAACCACATGGTGGCTTACAGCCATCTGTAATAGG  50

seq1  ATCCGGTGCCCTCCTATGATGTGTCCAAGGAGAACCATGATGTACTCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGGTGCCCTCCTATGATGTGTCCAAGGAGAACCATGATGTACTCACA  100

seq1  TAGATAAAATAAATACAATCTTTAAAATAAAAAAGGAAGAAAGAATAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAAATAAATACAATCTTTAAAATAAAAAAGGAAGAAAGAATAGTA  150

seq1  GGTAGATCTAAGACTTTAAGACAGCCATAAACTGGCAGGTATGTCTCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATCTAAGACTTTAAGACAGCCATAAACTGGCAGGTATGTCTCTTG  200

seq1  AGTTTGAAGCCAGCCTGGTTTACAGAGTGAGTTCAGGCCAGCCAGGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAAGCCAGCCTGGTTTACAGAGTGAGTTCAGGCCAGCCAGGCTGT  250

seq1  TTTGAGACTGTCTCAAACAAAACAAAAGCAAATGCTTTAAAGGCCAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACTGTCTCAAACAAAACAAAAGCAAATGCTTTAAAGGCCAGTGA  300

seq1  AATTGCTCAGCAGGTAAAGGTCCTTGCCATCAAACCTGAGAGCATAAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTCAGCAGGTAAAGGTCCTTGCCATCAAACCTGAGAGCATAAGTT  350

seq1  TAATCTCTGGAATCTATCTACATGGTTGAAGGAGAGAATGGACTCCTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCTGGAATCTATCTACATGGTTGAAGGAGAGAATGGACTCCTGCA  400

seq1  AGTTACCCTTTGACCTCTGTGTACACTTCAGACATGTGCATACACAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACCCTTTGACCTCTGTGTACACTTCAGACATGTGCATACACAAAAA  450

seq1  TACACACTAAATAAACAAACATAAAACACTTCAAGGTAGCTATAGGGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACTAAATAAACAAACATAAAACACTTCAAGGTAGCTATAGGGACT  500

seq1  ATTATTACTTAGGTCACTAATCAGAAGAAAGAAAATTACCAATAGCTACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTACTTAGGTCACTAATCAGAAGAAAGAAAATTACCAATAGCTACG  550

seq1  TGCAGATAAAACATATTAGACGCTTAATTAAAAAATAAATTAAAAAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATAAAACATATTAGACGCTTAATTAAAAAATAAATTAAAAAAACA  600

seq1  TATTAGAGTGATCTATGAATATGAATGATTAAACCTATACATCCTGTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAGTGATCTATGAATATGAATGATTAAACCTATACATCCTGTATC  650

seq1  CTTAGTACAGTGCTAGAATGGGAATGACGATGGTCTTGCTGCTGAAGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTACAGTGCTAGAATGGGAATGACGATGGTCTTGCTGCTGAAGCCA  700

seq1  TCCCCTAAGGAGACTGTTCAAGATTGTGATTCTTTTCAATCTGGTATAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTAAGGAGACTGTTCAAGATTGTGATTCTTTTCAATCTGGTATAGT  750

seq1  CTTCTTCAGAAAACATTGAGAAAGGTAGTGGTGAATACTTTTCCCCTCGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCAGAAAACATTGAGAAAGGTAGTGGTGAATACTTTTCCCCTCGA  800

seq1  ATTAGGCACAGTTGCATGTTTTCAGAATATTTCTTGGTTAAGAGAGACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCACAGTTGCATGTTTTCAGAATATTTCTTGGTTAAGAGAGACTT  850

seq1  CTGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCTGACTGCTCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCTGACTGCTCTTC  900

seq1  CGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTC-ACAACCA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAACAACCA  950

seq1  TCTGTAACAAGATCTGACGCCCTCTTCTGGAATGTCTGAAGACAGCTACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAACAAGATCTGACGCCCTCTTCTGGAATGTCTGAAGACAGCTACA  1000

seq1  GTGTACTTACATATAAGAAAGAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAG  1049
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||    | | | || || |
seq2  GTGTACTTACATAT-AGAAAGAAATAAATCTTT---CATATACAACAAGG  1046

seq1  AGACTTCTG-TGCTAGTTTCACATGGGCTGTTAGTGAAGAGCAGG-TTTT  1097
      ||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||
seq2  AGACTTCTGTTGCTAGTTTCACATGGGCCTGTAGTGAAGAGCAGGTTTTT  1096

seq1  TAAAATCCTTTTATTTTCCTTAACTG-CTG-CTGGGGCAGAAGCCAGAG-  1144
      |||||||| ||||  ||||||||||| ||| ||||    |||| | ||| 
seq2  TAAAATCCATTTA--TTCCTTAACTGTCTGTCTGG---CGAAGGCTGAGC  1141

seq1  CTTTGTATATG-CTAGC  1160
      ||||||||||| |||||
seq2  CTTTGTATATGTCTAGC  1158