BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261E16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,220,587 - 6,352,665
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneAU021092, Alg1, 5730409G15Rik, LOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261E16.bB6Ng01-261E16.g
ACCGA065998GA065999
length9121,178
definitionB6Ng01-261E16.b B6Ng01-261E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,351,755 - 6,352,665)(6,220,587 - 6,221,757)
sequence
gaattcataacctagttctactgaatcaaaagcaagttgttaccgctgac
gttagctgtttgggccttccgggcacacaagcaacagataaccccacaac
ttctcgcatcaacctcagaccaattaaaaaaattagcccctgaaattgtt
ggagacatcagagttattgaataatttaatttgcaagagtttccaacccg
agtgctgactttcagagttctttgctttgctgctgtggaagctgagggat
gagacgtgaatccctgtctccaaggactagcattccagttggttttgtgt
gacttaatttaattgcactctcctttgtcatgttctctactgtttactat
gtttcacaatacacaagaatgtcctgccaagcacaacaatgagaaaaaaa
taggacaaacccagacacccatgaacacatgcaaaacctgagagtcccca
cactcccaagtttctactaagcaacaaaatcaagtctaatacacaaaaca
actaactaaccactttgaagggttcataccttctcttttgtattcacttt
tgtatttattagaaaatcagaacaaggtgggaaattaagttcttaaaggg
gatatttaattccatagtaattatctctttttagaaactgtattttcata
tttcccataagatatactctgatcatagtctttctcctccaccatccact
cacaaatcctccccgcatccatacaaacctaaactcatgttcttttgctt
tcaaagcgtcccctcaaacgccttttgtgataacttcagtattaaacatg
taaaattcaaaatgcaagatctaaaaatgaagtcaatgttaacaatagac
ttttactacattcttattttaccattagtagtagtagtgtgtatgagaga
gaggggggaggg

gaattccacttctaaagtttccaaagatgaaatagccactttggagctaa
aaggctaaagggagaaatgaattccacataaaaaatcaatcgctctatgc
gctgacacccactgacagaactaataattgtgtccatgtaaaatcagacc
ctcttgttactttttaatgaagtctgtctgattctgtgatatttttggcc
taggaaatgaaagagatgttttattaaatgaaactaggtctacataggta
ttttatttgaatataagtatgtaatctcatcacacaatgaaaagaaaata
taaaaaaaaaacagcaacaacaacaaaaaacaaacctcagagacatggtt
gcaggttaaatgaccttcttttcctaggaagtgttgctgttgtccctgtg
gattagtagccctacactttgtggtttacgtgggaaaatcatagaagtga
ttggaaggaaaaggaaggttttgtctaccccttcatggaccttttgccac
agcgtctgtccctgctggtgtgagaagtccaactctgccactagccaaga
aaaatggggatttttttcctatggtgtgtgcctaagtcattggcagaatt
cacaagtgttttctgagtggtagcaagcctttacctgcctacagctatgc
agacagcttgccaagctgcaaggctttcccgtgttctctacattactccc
attttgtcttcttacttcttccctctgcatctctttgtcacctctttcat
tctctccctcactctaatattaaagatgctctgtgaaagttcagcattca
gcactactcctttttcccaaggcataataatgccaagaaagtatattttt
gaaagtgaacacatctatgctctttcagattactgaagtacccttcacct
ggatgagtttttgcccagtgtgtttgtgaatgcatgcatagatgcacttg
aataatgcatgcatgtgcttgtaatacatgtgtgagcatgaatggtggat
ttatcgatacatgccctataggtggggcaatatggtgtgcattgggtgta
cacatgtgtttagaacttagtattttcacacagtttttggtacttagaaa
catgcaatcaggtatatggctttatgtcaatgagtttttggcctctgact
tgatgcattggatctgatgctcaaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6351755_6352665
seq2: B6Ng01-261E16.b_49_960 (reverse)

seq1  CCCT-CCCCCTCTCTCTCATACACACTACTACTACTAATGGTAAAATAAG  49
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCCCTCTCTCTCATACACACTACTACTACTAATGGTAAAATAAG  50

seq1  AATGTAGTAAAAGTCTATTGTTAACATTGACTTCATTTTTAGATCTTGCA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGTAAAAGTCTATTGTTAACATTGACTTCATTTTTAGATCTTGCA  100

seq1  TTTTGAATTTTACATGTTTAATACTGAAGTTATCACAAAAGGCGTTTGAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAATTTTACATGTTTAATACTGAAGTTATCACAAAAGGCGTTTGAG  150

seq1  GGGACGCTTTGAAAGCAAAAGAACATGAGTTTAGGTTTGTATGGATGCGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACGCTTTGAAAGCAAAAGAACATGAGTTTAGGTTTGTATGGATGCGG  200

seq1  GGAGGATTTGTGAGTGGATGGTGGAGGAGAAAGACTATGATCAGAGTATA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATTTGTGAGTGGATGGTGGAGGAGAAAGACTATGATCAGAGTATA  250

seq1  TCTTATGGGAAATATGAAAATACAGTTTCTAAAAAGAGATAATTACTATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGGGAAATATGAAAATACAGTTTCTAAAAAGAGATAATTACTATG  300

seq1  GAATTAAATATCCCCTTTAAGAACTTAATTTCCCACCTTGTTCTGATTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAATATCCCCTTTAAGAACTTAATTTCCCACCTTGTTCTGATTTT  350

seq1  CTAATAAATACAAAAGTGAATACAAAAGAGAAGGTATGAACCCTTCAAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATACAAAAGTGAATACAAAAGAGAAGGTATGAACCCTTCAAAG  400

seq1  TGGTTAGTTAGTTGTTTTGTGTATTAGACTTGATTTTGTTGCTTAGTAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGTTAGTTGTTTTGTGTATTAGACTTGATTTTGTTGCTTAGTAGA  450

seq1  AACTTGGGAGTGTGGGGACTCTCAGGTTTTGCATGTGTTCATGGGTGTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGGAGTGTGGGGACTCTCAGGTTTTGCATGTGTTCATGGGTGTCT  500

seq1  GGGTTTGTCCTATTTTTTTCTCATTGTTGTGCTTGGCAGGACATTCTTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGTCCTATTTTTTTCTCATTGTTGTGCTTGGCAGGACATTCTTGT  550

seq1  GTATTGTGAAACATAGTAAACAGTAGAGAACATGACAAAGGAGAGTGCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTGAAACATAGTAAACAGTAGAGAACATGACAAAGGAGAGTGCAA  600

seq1  TTAAATTAAGTCACACAAAACCAACTGGAATGCTAGTCCTTGGAGACAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAAGTCACACAAAACCAACTGGAATGCTAGTCCTTGGAGACAGG  650

seq1  GATTCACGTCTCATCCCTCAGCTTCCACAGCAGCAAAGCAAAGAACTCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCACGTCTCATCCCTCAGCTTCCACAGCAGCAAAGCAAAGAACTCTG  700

seq1  AAAGTCAGCACTCGGGTTGGAAACTCTTGCAAATTAAATTATTCAATAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGCACTCGGGTTGGAAACTCTTGCAAATTAAATTATTCAATAAC  750

seq1  TCTGATGTCTCCAACAATTTCAGGGGCTAATTTTTTTAATTGGTCTGAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGTCTCCAACAATTTCAGGGGCTAATTTTTTTAATTGGTCTGAGG  800

seq1  TTGATGCGAGAAGTTGTGGGGTTATCTGTTGCTTGTGTGCCCGGAAGGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCGAGAAGTTGTGGGGTTATCTGTTGCTTGTGTGCCCGGAAGGCC  850

seq1  CAAACAGCTAACGTCAGCGGTAACAACTTGCTTTTGATTCAGTAGAACTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCTAACGTCAGCGGTAACAACTTGCTTTTGATTCAGTAGAACTA  900

seq1  GGTTATGAATTC  911
      ||||||||||||
seq2  GGTTATGAATTC  912


seq1: chr16_6220587_6221757
seq2: B6Ng01-261E16.g_68_1245

seq1  GAATTCCACTTCTAAAGTTTCCAAAGATGAAATAGCCACTTTGGAGCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTCTAAAGTTTCCAAAGATGAAATAGCCACTTTGGAGCTAA  50

seq1  AAGGCTAAAGGGAGAAATGAATTCCACATAAAAAATCAATCGCTCTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTAAAGGGAGAAATGAATTCCACATAAAAAATCAATCGCTCTATGC  100

seq1  GCTGACACCCACTGACAGAACTAATAATTGTGTCCATGTAAAATCAGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACACCCACTGACAGAACTAATAATTGTGTCCATGTAAAATCAGACC  150

seq1  CTCTTGTTACTTTTTAATGAAGTCTGTCTGATTCTGTGATATTTTTGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTTACTTTTTAATGAAGTCTGTCTGATTCTGTGATATTTTTGGCC  200

seq1  TAGGAAATGAAAGAGATGTTTTATTAAATGAAACTAGGTCTACATAGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAATGAAAGAGATGTTTTATTAAATGAAACTAGGTCTACATAGGTA  250

seq1  TTTTATTTGAATATAAGTATGTAATCTCATCACACAATGAAAAGAAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTGAATATAAGTATGTAATCTCATCACACAATGAAAAGAAAATA  300

seq1  TAAAAAAAAAACAGCAACAACAACAAAAAACAAACCTCAGAGACATGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAAACAGCAACAACAACAAAAAACAAACCTCAGAGACATGGTT  350

seq1  GCAGGTTAAATGACCTTCTTTTCCTAGGAAGTGTTGCTGTTGTCCCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTAAATGACCTTCTTTTCCTAGGAAGTGTTGCTGTTGTCCCTGTG  400

seq1  GATTAGTAGCCCTACACTTTGTGGTTTACGTGGGAAAATCATAGAAGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGTAGCCCTACACTTTGTGGTTTACGTGGGAAAATCATAGAAGTGA  450

seq1  TTGGAAGGAAAAGGAAGGTTTTGTCTACCCCTTCATGGACCTTTTGCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGGAAAAGGAAGGTTTTGTCTACCCCTTCATGGACCTTTTGCCAC  500

seq1  AGCGTCTGTCCCTGCTGGTGTGAGAAGTCCAACTCTGCCACTAGCCAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTCTGTCCCTGCTGGTGTGAGAAGTCCAACTCTGCCACTAGCCAAGA  550

seq1  AAAATGGGGATTTTTTTCCTATGGTGTGTGCCTAAGTCATTGGCAGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGGATTTTTTTCCTATGGTGTGTGCCTAAGTCATTGGCAGAATT  600

seq1  CACAAGTGTTTTCTGAGTGGTAGCAAGCCTTTACCTGCCTACAGCTATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTGTTTTCTGAGTGGTAGCAAGCCTTTACCTGCCTACAGCTATGC  650

seq1  AGACAGCTTGCCAAGCTGCAAGGCTTTCCCGTGTTCTCTACATTACTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCTTGCCAAGCTGCAAGGCTTTCCCGTGTTCTCTACATTACTCCC  700

seq1  ATTTTGTCTTCTTACTTCTTCCCTCTGCATCTCTTTGTCACCTCTTTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTCTTCTTACTTCTTCCCTCTGCATCTCTTTGTCACCTCTTTCAT  750

seq1  TCTCTCCCTCACTCTAATATTAAAGATGCTCTGTGAAAGTTCAGCATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCTCACTCTAATATTAAAGATGCTCTGTGAAAGTTCAGCATTCA  800

seq1  GCACTACTCCTTTTTCCCAAGGCATAATAATGCCAAGAAAGTATATTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTACTCCTTTTTCCCAAGGCATAATAATGCCAAGAAAGTATATTTTT  850

seq1  GAAAGTGAACACATCTATGCTCTTTCAGATTACTGAAGTACCCTTCACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGAACACATCTATGCTCTTTCAGATTACTGAAGTACCCTTCACCT  900

seq1  GGATGAGTTTTTGCCCAGTGTGTTTGTGAATGCATGCATAGATGCACTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGTTTTTGCCCAGTGTGTTTGTGAATGCATGCATAGATGCACTTG  950

seq1  AAT-ATGCATGCATGTGCTTGTAAATACATGTGTGAGCATGAAT-GTGGA  998
      ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATAATGCATGCATGTGCTTGT-AATACATGTGTGAGCATGAATGGTGGA  999

seq1  TTTATCGATACATG-CCTATAGGTGTG--CATAT-GTGTGCA-TGGGTGT  1043
      |||||||||||||| |||||||||| |   |||| ||||||| |||||||
seq2  TTTATCGATACATGCCCTATAGGTGGGGCAATATGGTGTGCATTGGGTGT  1049

seq1  ACACATGTGTTTAGA--CTAGAATTT---CACAGTTTTTGGTACTTAGAA  1088
      |||||||||||||||   ||| ||||   |||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTGTTTAGAACTTAGTATTTTCACACAGTTTTTGGTACTTAGAA  1099

seq1  ACATGCATCCAAGTATATGGCCTTTTATGTCCATTGAGTTTTTGCTCTTG  1138
      |||||||  || |||||||||  ||||||| || ||||||||||  ||  
seq2  ACATGCAATCAGGTATATGGC--TTTATGT-CAATGAGTTTTTGGCCTCT  1146

seq1  AATTTGATGCACTTGGTCTGATGGCTCAAAAAT  1171
       | |||||||| | | |||||| ||||||||||
seq2  GACTTGATGCATTGGATCTGAT-GCTCAAAAAT  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |