BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271L17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 81,331,258 - 81,479,588
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNcam2
Upstream geneLOC621365, LOC100039724
Downstream geneLOC621470, LOC435484, Pgk1-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271L17.bB6Ng01-271L17.g
ACCGA073736GA073737
length1,1611,135
definitionB6Ng01-271L17.b B6Ng01-271L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,331,258 - 81,332,427)(81,478,460 - 81,479,588)
sequence
gaattcttttaacatccccattgcaaaggcattaaggtatgggcagaata
tcttcctgagtagtgcattggtgtggtcccttttcttctggttttgacag
ataataccaaggatggtatattgaccacagtttttattagatgcaatgtt
taaaaagacaaccttaggcctttgatgtagatgtgctcaccgactatttt
ctaaattagataattctaaatcatctgcttatttatcacatcactattta
ttgattgatttcctagtcagatattgattgattccacgatgcctggctct
tagatatggagtagtgaatcaaataaagtctagtgtggcggaaaaaaaat
tcacaactaaattgcctctgtgatgctgaactgggaaggttgcctcacac
ttagcgtttccaggaggttatacacactcaccgtactaaggccaaggtta
cccaaagccacatattaatgccccgtgtcatatttacctattttattcta
acagttgtctaaacgcagtagataagaactaagggttaataacgactgct
taatctatgctactatcagacgtccttacattctcttcagatagccttcc
ctttctgttcttgcctatcacagactctttagcttgaaaattctggatca
ggaatggcaatgaaacagctcagcaggtagaggtacttgctgccaggatg
attagctggatctcatctctgggccagaagaaagtctctttcatagtgaa
aagattgctaaattctggagatagttctctgaccttgacatgtgcacata
aggcacaagcatgcctatgttatatatatataacatatcaagaaaccaca
tccaatttcagttttgataatttcctagagagatacaaaacatggaacag
ctgcccccattcttaggttcccattttatatatattagaggacagccgtg
ctaggttcctatttgctaccatagatgacatcagtatagtgtcaggtttt
tggtgcctgtgcatgggatggatcccaagtgggctgtcactggatggcct
ttttttttttcagtttctcctccatttttttttttcttgattcctttaga
caggaaaattctgggtgagatatttgagatgcttggttggatcatctctc
ccatgggtccc

gaattctcttggataaggtcaatggatgcataccactatccataaaaagg
ggaaatatgttatggatgttatcaaacaacttagcagcacgtaccatatc
ctgttgtactattatattcttttctgtacacttgtttaaaattacatgtc
aaagaggtgtgggataaagttttccactgatgcatatcaattgatagaag
gtgtaattgatttaacaacattactatcaggagaaaatttgatgaaagat
gcctaaaaagtatgaaacataaattgcctgaggtattcgaaatacttggg
tatgagaaaataagacatgtaacaaagaccctgcattcctacctgtgttg
ggaaacagattcgacaagtattcactccagtacaaggaagagtgctgtca
attttgtgaaaatatattaaaaattacattacttagtaataaaaaatgat
gcagtgtactatcttgtggtggtgatcaaaatagcaggagcagttatttc
ctagaatttagtaaggggtggacaaagtcataacagataatctttattac
cttttcaactttagctcctaaaaatagggtgcagatgtactgtttatcaa
taaaatatgcctgaaaattttacataagatacattgtgtaacaaaatgag
actttaaattatacataaaataattatcaatccttagtaatatttaaata
aatgaattcttattaattaataatttatatatctttgaatacactgatac
agttattaaatgtaaacatagacattctacagtaactctaactttttttt
cagacatgactgaaatacttgacaaattcaaattttcacttgtaaaagta
tattaaggggcagggtttggcgttattattttcattagaagccatcacat
tttttttaacagttaagtgaccatggggtagtatctagagaaaggcaaaa
ctttaaaaccaacaataaaaacagtgtagcatgtggtggggtggacatta
caaatatcagcaaacaattagcttgtactattgaaggcataagcatgcta
acactactagtgaccttaacttcactgaacaccatctggactggagtttg
tacaaaacacttacgtactggagaatatgggtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_81331258_81332427
seq2: B6Ng01-271L17.b_47_1207

seq1  GAATTCTTTTAACATCCCCATTGCAAAGGCATTAAGGTATGGGCAGAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAACATCCCCATTGCAAAGGCATTAAGGTATGGGCAGAATA  50

seq1  TCTTCCTGAGTAGTGCATTGGTGTGGTCCCTTTTCTTCTGGTTTTGACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGAGTAGTGCATTGGTGTGGTCCCTTTTCTTCTGGTTTTGACAG  100

seq1  ATAATACCAAGGATGGTATATTGACCACAGTTTTTATTAGATGCAATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACCAAGGATGGTATATTGACCACAGTTTTTATTAGATGCAATGTT  150

seq1  TAAAAAGACAACCTTAGGCCTTTGATGTAGATGTGCTCACCGACTATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGACAACCTTAGGCCTTTGATGTAGATGTGCTCACCGACTATTTT  200

seq1  CTAAATTAGATAATTCTAAATCATCTGCTTATTTATCACATCACTATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTAGATAATTCTAAATCATCTGCTTATTTATCACATCACTATTTA  250

seq1  TTGATTGATTTCCTAGTCAGATATTGATTGATTCCACGATGCCTGGCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGATTTCCTAGTCAGATATTGATTGATTCCACGATGCCTGGCTCT  300

seq1  TAGATATGGAGTAGTGAATCAAATAAAGTCTAGTGTGGCGGAAAAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATGGAGTAGTGAATCAAATAAAGTCTAGTGTGGCGGAAAAAAAAT  350

seq1  TCACAACTAAATTGCCTCTGTGATGCTGAACTGGGAAGGTTGCCTCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACTAAATTGCCTCTGTGATGCTGAACTGGGAAGGTTGCCTCACAC  400

seq1  TTAGCGTTTCCAGGAGGTTATACACACTCACCGTACTAAGGCCAAGGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCGTTTCCAGGAGGTTATACACACTCACCGTACTAAGGCCAAGGTTA  450

seq1  CCCAAAGCCACATATTAATGCCCCGTGTCATATTTACCTATTTTATTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGCCACATATTAATGCCCCGTGTCATATTTACCTATTTTATTCTA  500

seq1  ACAGTTGTCTAAACGCAGTAGATAAGAACTAAGGGTTAATAACGACTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGTCTAAACGCAGTAGATAAGAACTAAGGGTTAATAACGACTGCT  550

seq1  TAATCTATGCTACTATCAGACGTCCTTACATTCTCTTCAGATAGCCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTATGCTACTATCAGACGTCCTTACATTCTCTTCAGATAGCCTTCC  600

seq1  CTTTCTGTTCTTGCCTATCACAGACTCTTTAGCTTGAAAATTCTGGATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTCTTGCCTATCACAGACTCTTTAGCTTGAAAATTCTGGATCA  650

seq1  GGAATGGCAATGAAACAGCTCAGCAGGTAGAGGTACTTGCTGCCAGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGCAATGAAACAGCTCAGCAGGTAGAGGTACTTGCTGCCAGGATG  700

seq1  ATTAGCTGGATCTCATCTCTGGGCCAGAAGAAAGTCTCTTTCATAGTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTGGATCTCATCTCTGGGCCAGAAGAAAGTCTCTTTCATAGTGAA  750

seq1  AAGATTGCTAAATTCTGGAGATAGTTCTCTGACCTTGACATGTGCACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGCTAAATTCTGGAGATAGTTCTCTGACCTTGACATGTGCACATA  800

seq1  AGGCACAAGCATGCCTATGTTATATATATATAACATATCAAGAAACCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAAGCATGCCTATGTTATATATATATAACATATCAAGAAACCACA  850

seq1  TCCAATTTCAGTTTTGATAATTTCCTAGAGAGATACAAAACATGGAACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTCAGTTTTGATAATTTCCTAGAGAGATACAAAACATGGAACAG  900

seq1  CTGCCCCCATTCTTAGGTTCCCATTTTATATATATTAGAGGACAGCCGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCCATTCTTAGGTTCCCATTTTATATATATTAGAGGACAGCCGTG  950

seq1  CTAGGTTCCTATTTGCTACCATAAGATGACATCAGTAATAGTGTCAGGGT  1000
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  CTAGGTTCCTATTTGCTACCAT-AGATGACATCAGT-ATAGTGTCA-GGT  997

seq1  TTTTGGTGCCTGTGCATGGGATGGATCCCAAGTTGGGCTGGTCACTGGAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TTTTGGTGCCTGTGCATGGGATGGATCCCAAG-TGGGCT-GTCACTGGAT  1045

seq1  GGCCTTTTTTTTTTTCAGTTTCTCCTCCA--TTTTTTTTTCTTGAATTTC  1098
      |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||
seq2  GGCCTTTTTTTTTTTCAGTTTCTCCTCCATTTTTTTTTTTCTTGA--TTC  1093

seq1  CTTTAGACAGGAACAATTCTGGGTGAGATATTTTGAAGATGGTTGGTGGC  1148
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||| ||||| | 
seq2  CTTTAGACAGGAA-AATTCTGGGTGAGATATTT--GAGATGCTTGGTTGG  1140

seq1  TCCATCTCTCCACTGGGGTCCC  1170
        ||||||||| |  |||||||
seq2  ATCATCTCTCC-CATGGGTCCC  1161


seq1: chr16_81478460_81479588
seq2: B6Ng01-271L17.g_69_1203 (reverse)

seq1  TTCA-CCATA-TCTCCAGTACGT-AGTGTTTTGTACAAACT-CAGTCCAG  46
      |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTCACCCATATTCTCCAGTACGTAAGTGTTTTGTACAAACTCCAGTCCAG  50

seq1  ATTGTGTGTTCAGTTGAAGTAAAGGGTCACTAGTAGTGTTAGCATGCTTA  96
      ||   |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT--GGTGTTCAG-TGAAGTTAA-GGTCACTAGTAGTGTTAGCATGCTTA  96

seq1  TGCC-TCAATAGTACAAGCTAATTGTTTGCTGATATTTGTAATTGTCACC  145
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TGCCTTCAATAGTACAAGCTAATTGTTTGCTGATATTTGTAATGTCCACC  146

seq1  C--ACACATGCTACACTGTTTTTTATTGTTGGTTTTAAAGTTTTGCCTTT  193
      |   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACATGCTACACTG-TTTTTATTGTTGGTTTTAAAGTTTTGCCTTT  195

seq1  CTCTAGATACTACCCCATGGTCACTTAACTGTT-AAAAAAATGTGATGGC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCTAGATACTACCCCATGGTCACTTAACTGTTAAAAAAAATGTGATGGC  245

seq1  TTCTAATG-AAATAATAACGCCAAACCCTGCCCCTTAATATACTTTTACA  291
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGAAAATAATAACGCCAAACCCTGCCCCTTAATATACTTTTACA  295

seq1  AGTG-AAATTTGAATTTGTCAAGTATTTCAGTCATGTCTG-AAAAAAAGT  339
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTGAAAATTTGAATTTGTCAAGTATTTCAGTCATGTCTGAAAAAAAAGT  345

seq1  TAGAGTTACTGTAGAATGTCTATGTTTACATTTAATAACTGTATCAGTGT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTACTGTAGAATGTCTATGTTTACATTTAATAACTGTATCAGTGT  395

seq1  ATTCAAAGATATATAAATTATTAATTAATAAGAATTCATTTATTTAAATA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGATATATAAATTATTAATTAATAAGAATTCATTTATTTAAATA  445

seq1  TTACTAAGGATTGATAATTATTTTATGTATAATTTAAAGTCTCATTTTGT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAGGATTGATAATTATTTTATGTATAATTTAAAGTCTCATTTTGT  495

seq1  TACACAATGTATCTTATGTAAAATTTTCAGGCATATTTTATTGATAAACA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAATGTATCTTATGTAAAATTTTCAGGCATATTTTATTGATAAACA  545

seq1  GTACATCTGCACCCTATTTTTAGGAGCTAAAGTTGAAAAGGTAATAAAGA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATCTGCACCCTATTTTTAGGAGCTAAAGTTGAAAAGGTAATAAAGA  595

seq1  TTATCTGTTATGACTTTGTCCACCCCTTACTAAATTCTAGGAAATAACTG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGTTATGACTTTGTCCACCCCTTACTAAATTCTAGGAAATAACTG  645

seq1  CTCCTGCTATTTTGATCACCACCACAAGATAGTACACTGCATCATTTTTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTATTTTGATCACCACCACAAGATAGTACACTGCATCATTTTTT  695

seq1  ATTACTAAGTAATGTAATTTTTAATATATTTTCACAAAATTGACAGCACT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAAGTAATGTAATTTTTAATATATTTTCACAAAATTGACAGCACT  745

seq1  CTTCCTTGTACTGGAGTGAATACTTGTCGAATCTGTTTCCCAACACAGGT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTGTACTGGAGTGAATACTTGTCGAATCTGTTTCCCAACACAGGT  795

seq1  AGGAATGCAGGGTCTTTGTTACATGTCTTATTTTCTCATACCCAAGTATT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCAGGGTCTTTGTTACATGTCTTATTTTCTCATACCCAAGTATT  845

seq1  TCGAATACCTCAGGCAATTTATGTTTCATACTTTTTAGGCATCTTTCATC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATACCTCAGGCAATTTATGTTTCATACTTTTTAGGCATCTTTCATC  895

seq1  AAATTTTCTCCTGATAGTAATGTTGTTAAATCAATTACACCTTCTATCAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCTCCTGATAGTAATGTTGTTAAATCAATTACACCTTCTATCAA  945

seq1  TTGATATGCATCAGTGGAAAACTTTATCCCACACCTCTTTGACATGTAAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATGCATCAGTGGAAAACTTTATCCCACACCTCTTTGACATGTAAT  995

seq1  TTTAAACAAGTGTACAGAAAAGAATATAATAGTACAACAGGATATGGTAC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACAAGTGTACAGAAAAGAATATAATAGTACAACAGGATATGGTAC  1045

seq1  GTGCTGCTAAGTTGTTTGATAACATCCATAACATATTTCCCCTTTTTATG  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCTAAGTTGTTTGATAACATCCATAACATATTTCCCCTTTTTATG  1095

seq1  GATAGTGGTATGCATCCATTGACCTTATCCAAGAGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTGGTATGCATCCATTGACCTTATCCAAGAGAATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |