BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272L24
Chromosome16 (Build37)
Map Location 64,566,411 - 64,656,442
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEpha3, LOC100043540, Ckt2
Downstream gene4930453N24Rik, Zfp654, LOC433036, Cggbp1, LOC668242, LOC100043815, LOC677448, Htr1f, LOC668247, LOC672931, Pou1f1, Chmp2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272L24.bB6Ng01-272L24.g
ACCGA074497GA074498
length7811,111
definitionB6Ng01-272L24.b B6Ng01-272L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,566,411 - 64,567,190)(64,655,336 - 64,656,442)
sequence
gaattcaaaagtttacagaataggatatcaaaggcagggagacagcatga
cttaagtctacaggtgaatggactgtactaaagagagggagtcaagatca
ggcttattaatgtaccagttacttttttaaaaggagccatttttatttta
aatctgtttagatttcagtacatgggtgtttggccagtatctatgtacat
gggccacatgtgtgattggtgtccacagaggtcagaaaaaggtctcagac
ccctggaactggagttatggatggttgtgaaccgccatgtgagtgctggg
aacagaagccaggtcctctgcaataacagtcagtgtgctcttaactactg
agacactctccagccctactaacttacttttgaaaatgagacaacaggca
ataaaagagagctatttattttaccaataaatctacatgactggaaatgt
gcagaatggcatactcagtttcagtcattgtgaagaaaagcgtgtcctaa
aatatggtgtattatatgagtttggtatacaaatatggtggtatacagaa
gtggtatacagatgtggtatacagatatggtggtatacagaagtggtata
cagatatggtggtatacagaagtggtgtacacatgatattatttgagtag
ctgtgtgtgtgtgctttacaggcaggtaaacactgaaaagaacatgtcgc
cagcacaaaaaacctacaatagaacctttatcttgctgaggaaggcaaat
ggcttttgttcatgtggtggagggtggggta

gaattcagagacatccagtttgcatccagagtgctgggattaaaggcctc
tgcaagacttctaaaaacatacagtccctttaaaaataaactcattacat
tcgttctatctgctttaaagcataagcatggtggctctgagaaagggaag
ggcatatataaattaccaccttggtcacatctgactctgagcttctgaaa
tgatgggttcctcaatacagtagggattcacagccttgattatatttgta
gctactgaagtttatattatcattccgtagttatgacatatttgtagttt
acacattacatgatattcgtagtcttaatttaatagcaacacagagtttc
cattcagcaaatgggtactaaaatcacaggaactatggaaattagattta
tttgggcttctgtggttgcctgaattccacaagataaatgccagattatt
ttttattgccagaccccatacttaaagagaccatgaaaaacttggaattt
cctaaataactgtcacaagcatatagttcaatttagactccaaagatgca
ttattatgcagttccctcccctttcctgaagactgagcatcttttactat
cctattgagcctccactatatgtaataggagttgtttgtgaaagtgtaag
atatatgtagatgtgtatgcatgccttgtaaatcatattcattttgtcgt
atctatcatatctaattatatgtctgttactcactgtcctggctaatttt
tggtcaacttgatacaagctagaatcatctgagaagagggaacctcaatt
gagaaattgccttcataaaggtctgggctgaaggcaaacctgtaggcatt
ttctttaacagtgattgatgggagaatgcctagtccattgtagatgtaag
taagaagaccaagtcaactctgggaataagccagtaagcagcagtgcttc
atgcctctgcatcagctcttgcctccaggttctttccttgcttgggtttt
tgccctgaccttctccagtgatgaactgtgatgtatagagagttaaaata
gaataaaccactcctcctccccaatttttgttttggtcatggtgttcatt
cacagccaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_64566411_64567190
seq2: B6Ng01-272L24.b_45_825

seq1  GAATTCAAAAGTTTACAGAATAGGATATCAAAGGCAGGGAGACAGCATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGTTTACAGAATAGGATATCAAAGGCAGGGAGACAGCATGA  50

seq1  CTTAAGTCTACAGGTGAATGGACTGTACTAAAGAGAGGGAGTCAAGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTCTACAGGTGAATGGACTGTACTAAAGAGAGGGAGTCAAGATCA  100

seq1  GGCTTATTAATGTACCAGTTACTTTTTTAAAAGGAGCCATTTTTATTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATTAATGTACCAGTTACTTTTTTAAAAGGAGCCATTTTTATTTTA  150

seq1  AATCTGTTTAGATTTCAGTACATGGGTGTTTGGCCAGTATCTATGTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTTAGATTTCAGTACATGGGTGTTTGGCCAGTATCTATGTACAT  200

seq1  GGGCCACATGTGTGATTGGTGTCCACAGAGGTCAGAAAAAGGTCTCAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACATGTGTGATTGGTGTCCACAGAGGTCAGAAAAAGGTCTCAGAC  250

seq1  CCCTGGAACTGGAGTTATGGATGGTTGTGAACCGCCATGTGAGTGCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAACTGGAGTTATGGATGGTTGTGAACCGCCATGTGAGTGCTGGG  300

seq1  AACAGAAGCCAGGTCCTCTGCAATAACAGTCAGTGTGCTCTTAACTACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGCCAGGTCCTCTGCAATAACAGTCAGTGTGCTCTTAACTACTG  350

seq1  AGACACTCTCCAGCCCTACTAACTTACTTTTGAAAATGAGACAACAGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTCTCCAGCCCTACTAACTTACTTTTGAAAATGAGACAACAGGCA  400

seq1  ATAAAAGAGAGCTATTTATTTTACCAATAAATCTACATGACTGGAAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGAGAGCTATTTATTTTACCAATAAATCTACATGACTGGAAATGT  450

seq1  GCAGAATGGCATACTCAGTTTCAGTCATTGTGAAGAAAAGCGTGTCCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATGGCATACTCAGTTTCAGTCATTGTGAAGAAAAGCGTGTCCTAA  500

seq1  AATATGGTGTATTATATGAGTTTGGTATACAAATATGGTGGTATACAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGTGTATTATATGAGTTTGGTATACAAATATGGTGGTATACAGAA  550

seq1  GTGGTATACAGATGTGGTATACAGATATGGTGGTATACAGAAGTGGTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATACAGATGTGGTATACAGATATGGTGGTATACAGAAGTGGTATA  600

seq1  CAGATATGGTGGTATACAGAAGTGGTGTACACATGATATTATTTGAGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATGGTGGTATACAGAAGTGGTGTACACATGATATTATTTGAGTAG  650

seq1  CTGTGTGTGTGTGCTTTACAGGCAGGTAAACACTGAAAAGAACATGTCGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTGTGCTTTACAGGCAGGTAAACACTGAAAAGAACATGTCGC  700

seq1  CAGCAC-AAAAACCTACAATAGAACCTTTATCTTGCTGAGGAAGGCAAAT  749
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAAAAAACCTACAATAGAACCTTTATCTTGCTGAGGAAGGCAAAT  750

seq1  GGCTTTTGTTCATGTGGTGGAGGGTGGGGTA  780
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTGTTCATGTGGTGGAGGGTGGGGTA  781


seq1: chr16_64655336_64656442
seq2: B6Ng01-272L24.g_66_1176 (reverse)

seq1  CTTTTGCTGTGATGAAACACCATGACCAAAACAAAA--TGGGGAGGA-GA  47
      |||| |||||||   |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||
seq2  CTTTGGCTGTGAATGAACACCATGACCAAAACAAAAATTGGGGAGGAGGA  50

seq1  GT-GTTTATTCTATTTAAACTTCTCTATACATCACAGTTCATCACTGAAG  96
      || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGGTTTATTCTATTTTAAC-TCTCTATACATCACAGTTCATCACTGGAG  99

seq1  AAAGTCAGGGCAAAAACCCAAGCAAGGAAAGAACCTGGAGGCAGGAGCTG  146
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGGTCAGGGCAAAAACCCAAGCAAGGAAAGAACCTGGAGGCAAGAGCTG  149

seq1  ATGCAGAGGCATGAAGCACTGCTGCTTACTGGCTTATTCCCAGAGTTGAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGGCATGAAGCACTGCTGCTTACTGGCTTATTCCCAGAGTTGAC  199

seq1  TTGGTCTTCTTACTTACATCTACAATGGACTAGGCATTCTCCAATCAATC  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGGTCTTCTTACTTACATCTACAATGGACTAGGCATTCTCCCATCAATC  249

seq1  ACTGTTTAAGAAAATGCCTACAGGTTTGCCTTCAGCCCAGACC-TTATGA  295
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTGTTAAAGAAAATGCCTACAGGTTTGCCTTCAGCCCAGACCTTTATGA  299

seq1  AGGCAATTTCTCAATTGAGGTTCCCTCTTCTCAGATGATTCTAGCTTGTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTTCTCAATTGAGGTTCCCTCTTCTCAGATGATTCTAGCTTGTA  349

seq1  TCAAGTTGACCAAAAATTAGCCAGGACAGTGAGTAACAGACATATAATTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTGACCAAAAATTAGCCAGGACAGTGAGTAACAGACATATAATTA  399

seq1  GATATGATAGATACGACAAAATGAATATGATTTACAAGGCATGCATACAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGATAGATACGACAAAATGAATATGATTTACAAGGCATGCATACAC  449

seq1  ATCTACATATATCTTACACTTTCACAAACAACTCCTATTACATATAGTGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACATATATCTTACACTTTCACAAACAACTCCTATTACATATAGTGG  499

seq1  AGGCTCAATAGGATAGTAAAAGATGCTCAGTCTTCAGGAAAGGGGAGGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAATAGGATAGTAAAAGATGCTCAGTCTTCAGGAAAGGGGAGGGA  549

seq1  ACTGCATAATAATGCATCTTTGGAGTCTAAATTGAACTATATGCTTGTGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATAATAATGCATCTTTGGAGTCTAAATTGAACTATATGCTTGTGA  599

seq1  CAGTTATTTAGGAAATTCCAAGTTTTTCATGGTCTCTTTAAGTATGGGGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTTAGGAAATTCCAAGTTTTTCATGGTCTCTTTAAGTATGGGGT  649

seq1  CTGGCAATAAAAAATAATCTGGCATTTATCTTGTGGAATTCAGGCAACCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAATAAAAAATAATCTGGCATTTATCTTGTGGAATTCAGGCAACCA  699

seq1  CAGAAGCCCAAATAAATCTAATTTCCATAGTTCCTGTGATTTTAGTACCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCCAAATAAATCTAATTTCCATAGTTCCTGTGATTTTAGTACCC  749

seq1  ATTTGCTGAATGGAAACTCTGTGTTGCTATTAAATTAAGACTACGAATAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGAATGGAAACTCTGTGTTGCTATTAAATTAAGACTACGAATAT  799

seq1  CATGTAATGTGTAAACTACAAATATGTCATAACTACGGAATGATAATATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAATGTGTAAACTACAAATATGTCATAACTACGGAATGATAATATA  849

seq1  AACTTCAGTAGCTACAAATATAATCAAGGCTGTGAATCCCTACTGTATTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAGTAGCTACAAATATAATCAAGGCTGTGAATCCCTACTGTATTG  899

seq1  AGGAACCCATCATTTCAGAAGCTCAGAGTCAGATGTGACCAAGGTGGTAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCCATCATTTCAGAAGCTCAGAGTCAGATGTGACCAAGGTGGTAA  949

seq1  TTTATATATGCCCTTCCCTTTCTCAGAGCCACCATGCTTATGCTTTAAAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATATGCCCTTCCCTTTCTCAGAGCCACCATGCTTATGCTTTAAAG  999

seq1  CAGATAGAACGAATGTAATGAGTTTATTTTTAAAGGGACTGTATGTTTTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGAACGAATGTAATGAGTTTATTTTTAAAGGGACTGTATGTTTTT  1049

seq1  AGAAGTCTTGCAGAGGCCTTTAATCCCAGCACTCTGGATGCAAACTGGAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTTGCAGAGGCCTTTAATCCCAGCACTCTGGATGCAAACTGGAT  1099

seq1  GTCTCTGAATTC  1107
      ||||||||||||
seq2  GTCTCTGAATTC  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |