BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272N01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,057,013 - 6,229,561
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneUbn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa, AU021092, Alg1, 5730409G15Rik, LOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272N01.bB6Ng01-272N01.g
ACCGA074545GA074546
length1,033671
definitionB6Ng01-272N01.b B6Ng01-272N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,228,535 - 6,229,561)(6,057,013 - 6,057,683)
sequence
gaattcctcgataacacagagcctaccgtttaccattcactattgtttat
tcaaccgggcttcactgacttctttaccaggttagatggtgtcccccagg
ttccctacaggacatcagtcttttgagatgattcatagggtcacagtgcc
aagctgataaaaatgagtcagctccacattttaacttttattttttatta
tattttcaatttattttttgtgtgtatgtggatggtgagtttgtgcatat
gtgtgttcacatacagatctggcatgtatacatatgcgcatgtaggtgag
catcataaagaagtccaagactgatgctgggaatctaccccagtgaacct
atgttccatgtatgtactgaggcaagatctgccaatcaaagccagaacta
actagcatggctagtcttgctagcctacttactctgttttggaaactgga
attagattcaagcacccatgcagtgatggctatctcctccgtcctgttgt
ttctatcttttttaaaaagatgatttgtttttcttaggctgctctccaat
ttactatgtatatagccagggatagtgaccttgaacttccaatccccctg
cctccacattccaagtcctggattaaaaatatatactaccataccaggtt
tataaatatagaactttggagttcatgcatgtcatgcaaacactctatct
ccatagtagaagctttcatttcttctaagaacatgcctgtgtgcacacac
acacctcaccccccccacaaagacaaaattaataaaggggaagtgggaca
tgtaagtgagaggcagctgagaacacagttacaagtttgtgatccacata
gacacatctgctggcccccatcctccagaaagtctcagtagatgatgtcc
tctcaaactgtggccaataaaagggctattgttctcacctgtcttacagg
atggttgggaaggacagacagacgacaggggctgtttgcttttctcatgg
acatcctttgtgtagagagagtctttacacttc

gaattcagtatgtagctgagatagctttgaaaactgtagtccacatggct
cagcctcccaagtgctgggatgtacttggctgcacaccactaagcccagt
tttaactaccgcatggaaatggcatcatgtaatatttgcctttcatacct
gtccatattgattaaaaaggtcatcttccctttttaatgctaagttactt
cctgagttgtgacaggaccacacattcaaaagtattgctgaaaatgtcag
ggatctatgtttgggaggattcatatttggtgtagaatattctagaaggt
tctagaagcttcaaaacagattaggcacttggaataagtacatcaaatcc
cagacataaaatctgtctaactaaccaaagcctacaaaggcactatttgt
gggtataagtgtttcatggagccatttgagctgaccagaggaaagtgtga
tggtagtgacagggttgagaagcatatgacatctgaggctaatttccagg
cacagctaccatgtccctaaaatgaaccattcagagacaaagaaaaggtg
accaagttgagatagtttcaaatgcatgcaatcagaaagggttgatttct
ttatgatgctgttaattaagttggatggcctcactgaaaaaccatggcta
ttgtcagggcagtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6228535_6229561
seq2: B6Ng01-272N01.b_42_1074 (reverse)

seq1  GAGGTGTAAAGA--CTCTCAACACAAAGGATGTCCATGAGAAAAGCAAAC  48
      || |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTAAAGACTCTCTCTACACAAAGGATGTCCATGAGAAAAGCAAAC  50

seq1  AGCCCCTGTCTGTCTGTCTGTCCT--CCCACCATCCTGTTAGACA-GTGA  95
      |||||||||| |||||||||||||  || |||||||||| ||||| ||||
seq2  AGCCCCTGTC-GTCTGTCTGTCCTTCCCAACCATCCTGTAAGACAGGTGA  99

seq1  GAAC-ATAGCCC-TTTACTGGCCACAGTCTGAGAGGACATCATCCTACTG  143
      |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  GAACAATAGCCCTTTTATTGGCCACAGTTTGAGAGGACATCAT-CTACTG  148

seq1  AGACCTTCTGGAGGATGGGGGCCAGCAGATGTGTCTATGTGGATCACAAA  193
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTCTGGAGGATGGGGGCCAGCAGATGTGTCTATGTGGATCACAAA  198

seq1  CTTGT-ACTGTGTTCTCAGCTGCCTCTCACTTACATGTCCCACTTCCCCT  242
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAACTGTGTTCTCAGCTGCCTCTCACTTACATGTCCCACTTCCCCT  248

seq1  TTATTAATTTTGTCTTTGTGGGGGGGGTGAGGTGTGTGTGTGCACACAGG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAATTTTGTCTTTGTGGGGGGGGTGAGGTGTGTGTGTGCACACAGG  298

seq1  CATGTTCTTAGAAGAAATGAAAGCTTCTACTATGGAGATAGAGTGTTTGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCTTAGAAGAAATGAAAGCTTCTACTATGGAGATAGAGTGTTTGC  348

seq1  ATGACATGCATGAACTCCAAAGTTCTATATTTATAAACCTGGTATGGTAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATGCATGAACTCCAAAGTTCTATATTTATAAACCTGGTATGGTAG  398

seq1  TATATATTTTTAATCCAGGACTTGGAATGTGGAGGCAGGGGGATTGGAAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTTTTAATCCAGGACTTGGAATGTGGAGGCAGGGGGATTGGAAG  448

seq1  TTCAAGGTCACTATCCCTGGCTATATACATAGTAAATTGGAGAGCAGCCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGTCACTATCCCTGGCTATATACATAGTAAATTGGAGAGCAGCCT  498

seq1  AAGAAAAACAAATCATCTTTTTAAAAAAGATAGAAACAACAGGACGGAGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAACAAATCATCTTTTTAAAAAAGATAGAAACAACAGGACGGAGG  548

seq1  AGATAGCCATCACTGCATGGGTGCTTGAATCTAATTCCAGTTTCCAAAAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCCATCACTGCATGGGTGCTTGAATCTAATTCCAGTTTCCAAAAC  598

seq1  AGAGTAAGTAGGCTAGCAAGACTAGCCATGCTAGTTAGTTCTGGCTTTGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAGTAGGCTAGCAAGACTAGCCATGCTAGTTAGTTCTGGCTTTGA  648

seq1  TTGGCAGATCTTGCCTCAGTACATACATGGAACATAGGTTCACTGGGGTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGATCTTGCCTCAGTACATACATGGAACATAGGTTCACTGGGGTA  698

seq1  GATTCCCAGCATCAGTCTTGGACTTCTTTATGATGCTCACCTACATGCGC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCAGCATCAGTCTTGGACTTCTTTATGATGCTCACCTACATGCGC  748

seq1  ATATGTATACATGCCAGATCTGTATGTGAACACACATATGCACAAACTCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATACATGCCAGATCTGTATGTGAACACACATATGCACAAACTCA  798

seq1  CCATCCACATACACACAAAAAATAAATTGAAAATATAATAAAAAATAAAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACATACACACAAAAAATAAATTGAAAATATAATAAAAAATAAAA  848

seq1  GTTAAAATGTGGAGCTGACTCATTTTTATCAGCTTGGCACTGTGACCCTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATGTGGAGCTGACTCATTTTTATCAGCTTGGCACTGTGACCCTA  898

seq1  TGAATCATCTCAAAAGACTGATGTCCTGTAGGGAACCTGGGGGACACCAT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCATCTCAAAAGACTGATGTCCTGTAGGGAACCTGGGGGACACCAT  948

seq1  CTAACCTGGTAAAGAAGTCAGTGAAGCCCGGTTGAATAAACAATAGTGAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTGGTAAAGAAGTCAGTGAAGCCCGGTTGAATAAACAATAGTGAA  998

seq1  TGGTAAACGGTAGGCTCTGTGTTATCGAGGAATTC  1027
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAACGGTAGGCTCTGTGTTATCGAGGAATTC  1033


seq1: chr16_6057013_6057683
seq2: B6Ng01-272N01.g_67_737

seq1  GAATTCAGTATGTAGCTGAGATAGCTTTGAAAACTGTAGTCCACATGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATGTAGCTGAGATAGCTTTGAAAACTGTAGTCCACATGGCT  50

seq1  CAGCCTCCCAAGTGCTGGGATGTACTTGGCTGCACACCACTAAGCCCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCCCAAGTGCTGGGATGTACTTGGCTGCACACCACTAAGCCCAGT  100

seq1  TTTAACTACCGCATGGAAATGGCATCATGTAATATTTGCCTTTCATACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTACCGCATGGAAATGGCATCATGTAATATTTGCCTTTCATACCT  150

seq1  GTCCATATTGATTAAAAAGGTCATCTTCCCTTTTTAATGCTAAGTTACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATATTGATTAAAAAGGTCATCTTCCCTTTTTAATGCTAAGTTACTT  200

seq1  CCTGAGTTGTGACAGGACCACACATTCAAAAGTATTGCTGAAAATGTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTGTGACAGGACCACACATTCAAAAGTATTGCTGAAAATGTCAG  250

seq1  GGATCTATGTTTGGGAGGATTCATATTTGGTGTAGAATATTCTAGAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTATGTTTGGGAGGATTCATATTTGGTGTAGAATATTCTAGAAGGT  300

seq1  TCTAGAAGCTTCAAAACAGATTAGGCACTTGGAATAAGTACATCAAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGCTTCAAAACAGATTAGGCACTTGGAATAAGTACATCAAATCC  350

seq1  CAGACATAAAATCTGTCTAACTAACCAAAGCCTACAAAGGCACTATTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATAAAATCTGTCTAACTAACCAAAGCCTACAAAGGCACTATTTGT  400

seq1  GGGTATAAGTGTTTCATGGAGCCATTTGAGCTGACCAGAGGAAAGTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATAAGTGTTTCATGGAGCCATTTGAGCTGACCAGAGGAAAGTGTGA  450

seq1  TGGTAGTGACAGGGTTGAGAAGCATATGACATCTGAGGCTAATTTCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTGACAGGGTTGAGAAGCATATGACATCTGAGGCTAATTTCCAGG  500

seq1  CACAGCTACCATGTCCCTAAAATGAACCATTCAGAGACAAAGAAAAGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTACCATGTCCCTAAAATGAACCATTCAGAGACAAAGAAAAGGTG  550

seq1  ACCAAGTTGAGATAGTTTCAAATGCATGCAATCAGAAAGGGTTGATTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTTGAGATAGTTTCAAATGCATGCAATCAGAAAGGGTTGATTTCT  600

seq1  TTATGATGCTGTTAATTAAGTTGGATGGCCTCACTGAAAAACCATGGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATGCTGTTAATTAAGTTGGATGGCCTCACTGAAAAACCATGGCTA  650

seq1  TTGTCAGGGCAGTGTGTGTGT  671
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGGGCAGTGTGTGTGT  671


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |