BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275C15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 75,559,933 - 75,709,951
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930038D03Rik, Rbm11
Upstream geneLOC665042
Downstream geneStch, LOC546667, Samsn1, 4930578N18Rik, LOC100039457, Nrip1, LOC100039316
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275C15.bB6Ng01-275C15.g
ACCGA076276GA076277
length8441,154
definitionB6Ng01-275C15.b B6Ng01-275C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,709,115 - 75,709,951)(75,559,933 - 75,561,080)
sequence
gaattccagcatgatgaatgctctctctccctgctggaagcacagtttaa
ttctcatgcccaaggtcaggcggtccaagaaaatttgacgcacacctcac
aactctgatcttaaaggcatccctcacgattgacttgcctcatcacaact
cattatcatttctccaattagtacataaacaaatcacctagactgtattt
tgagaccttcatgactgtatgcagcccactgttccactataacttctatt
aagtaaatgggcgtgcgtgtgctcacatgcacacacacatgtatgtggaa
atgcatggttgcacacatgtccatgtttgtctgtctcatatagcacctta
atactcaggactacctgaaaagaagccctagtgggagctatggagaggca
tctctcaggtaaaggatcttatacatgtgtttggttcccagagcacatgt
ggtttctcacagccatctctaacaccagttctagggtcaccaatactctc
ttctggcctccactgtgtatgcagacactcatgtgaaacagacatacact
caagcagaactctcattcgcataaaataaaaacaaacaaatttctaaaag
agagagagaggggtggggagagagagatggattgtaatagtaaaagaaaa
atctgttgcatatacatctaatttttgttatttgcatttacacagtcaga
tattgcaacatttgtatagactactgttttttaaaattttttttttctgt
ttttctacctactcaatttcctgttctcatgcgcaagataatgagtggat
ctacttttttcttcagtaatataatacttttgaggggtctgttt

gaattctctttgggaaatatagaactgcctctggaatacttttaagtctt
ctgcttttaaactatttacttgaccatcttgtaattatttatttattact
tcacaattttatctatatagataatatgaatttggaggtttggatgaaat
gggcccttgtagagctgtagggaaggccaatattaggagctgtggccttg
ttggaaggagtgtgttcctgggagtgaactttgaagtctcaaatgctcac
atcgggcccagtgtcactctctctttctgctgcctgctgtccagatttga
aactctcagctacttctccagcaccatgcctgcctgcatgccactacgcg
tccctccatgataataatgcactacatctctgaatggtaaacaagcccca
ctcaaaggtttgagtgggttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgt
aagagttactgtggtcatggtgtctcctcacagcaacaaaattccaacca
aggcaatataaatagtgcactttgattatacccccattgtactctttatt
tgctcctacttcatcccatcttttaggagttatttatttttctctctatt
ttcactggtaggttttcattttcaaaagctgccaacataacaaccctttt
tatgttttactgatatagaaggcatgaactatacaggattcttgatgact
tgctgagagaaaatccaaagctagctagctacaaggtacacctcttcact
tgtacctaaaacttcctgttaaaagacaggaaaaaaaacagtttccagtg
cacaaagaatgtagacattctgcctctagacataggaagacaggaaggaa
aattccttagacaaaaaaatgatacagaatgtatacagtgaatctgccat
tactctgttgataaattttccccaaactgtaatgtagtagcagattaata
ataaaaccaccactttagcatccaaccctaaaatactacccctgaatggt
cttactcaacttcaaaggaatttgtataaaccacaactctcctcaccaag
tcttgggccagagtctttgttaagattcccaccagtccaccacacaaacc
attcttgtatcttggtaggacgaccagggaatgaccaagttgccagcttg
tttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_75709115_75709951
seq2: B6Ng01-275C15.b_42_885 (reverse)

seq1  AAACAGA-CCCTCAAAAGTATAGTACTACTGAAGAAAAAAGTAGATCCAC  49
      ||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGACCCCTCAAAAGTATTATATTACTGAAGAAAAAAGTAGATCCAC  50

seq1  TCATTATCTTGC-CATGAGAACAGG-AATTGAGAAGGTAGAAAAACAGAA  97
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCATTATCTTGCGCATGAGAACAGGAAATTGAGTAGGTAGAAAAACAGAA  100

seq1  AAAAAAA--TTTTAAAAACAGTAGTCTATACAAATGTTGCAATATCTGAC  145
      |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATTTTAAAAAACAGTAGTCTATACAAATGTTGCAATATCTGAC  150

seq1  TGTGTAAATGC-AATAACAAAAATTAGATGTATATGCAACAGATTTTTC-  193
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTGTAAATGCAAATAACAAAAATTAGATGTATATGCAACAGATTTTTCT  200

seq1  TTTACTATTACAATCCATCTCTCTCTCCCCACCCCTCTCTCTCTCTTTTA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTATTACAATCCATCTCTCTCTCCCCACCCCTCTCTCTCTCTTTTA  250

seq1  GAAATTTGTTTGTTTTTATTTTATGCGAATGAGAGTTCTGCTTGAGTGTA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGTTTGTTTTTATTTTATGCGAATGAGAGTTCTGCTTGAGTGTA  300

seq1  TGTCTGTTTCACATGAGTGTCTGCATACACAGTGGAGGCCAGAAGAGAGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTTCACATGAGTGTCTGCATACACAGTGGAGGCCAGAAGAGAGT  350

seq1  ATTGGTGACCCTAGAACTGGTGTTAGAGATGGCTGTGAGAAACCACATGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGACCCTAGAACTGGTGTTAGAGATGGCTGTGAGAAACCACATGT  400

seq1  GCTCTGGGAACCAAACACATGTATAAGATCCTTTACCTGAGAGATGCCTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGAACCAAACACATGTATAAGATCCTTTACCTGAGAGATGCCTC  450

seq1  TCCATAGCTCCCACTAGGGCTTCTTTTCAGGTAGTCCTGAGTATTAAGGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGCTCCCACTAGGGCTTCTTTTCAGGTAGTCCTGAGTATTAAGGT  500

seq1  GCTATATGAGACAGACAAACATGGACATGTGTGCAACCATGCATTTCCAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATGAGACAGACAAACATGGACATGTGTGCAACCATGCATTTCCAC  550

seq1  ATACATGTGTGTGTGCATGTGAGCACACGCACGCCCATTTACTTAATAGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGTGTGTGCATGTGAGCACACGCACGCCCATTTACTTAATAGA  600

seq1  AGTTATAGTGGAACAGTGGGCTGCATACAGTCATGAAGGTCTCAAAATAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAGTGGAACAGTGGGCTGCATACAGTCATGAAGGTCTCAAAATAC  650

seq1  AGTCTAGGTGATTTGTTTATGTACTAATTGGAGAAATGATAATGAGTTGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGGTGATTTGTTTATGTACTAATTGGAGAAATGATAATGAGTTGT  700

seq1  GATGAGGCAAGTCAATCGTGAGGGATGCCTTTAAGATCAGAGTTGTGAGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGCAAGTCAATCGTGAGGGATGCCTTTAAGATCAGAGTTGTGAGG  750

seq1  TGTGCGTCAAATTTTCTTGGACCGCCTGACCTTGGGCATGAGAATTAAAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCGTCAAATTTTCTTGGACCGCCTGACCTTGGGCATGAGAATTAAAC  800

seq1  TGTGCTTCCAGCAGGGAGAGAGAGCATTCATCATGCTGGAATTC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTCCAGCAGGGAGAGAGAGCATTCATCATGCTGGAATTC  844


seq1: chr16_75559933_75561080
seq2: B6Ng01-275C15.g_63_1216

seq1  GAATTCTCTTTGGGAAATATAGAACTGCCTCTGGAATACTTTTAAGTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTGGGAAATATAGAACTGCCTCTGGAATACTTTTAAGTCTT  50

seq1  CTGCTTTTAAACTATTTACTTGACCATCTTGTAATTATTTATTTATTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTAAACTATTTACTTGACCATCTTGTAATTATTTATTTATTACT  100

seq1  TCACAATTTTATCTATATAGATAATATGAATTTGGAGGTTTGGATGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTTTATCTATATAGATAATATGAATTTGGAGGTTTGGATGAAAT  150

seq1  GGGCCCTTGTAGAGCTGTAGGGAAGGCCAATATTAGGAGCTGTGGCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTTGTAGAGCTGTAGGGAAGGCCAATATTAGGAGCTGTGGCCTTG  200

seq1  TTGGAAGGAGTGTGTTCCTGGGAGTGAACTTTGAAGTCTCAAATGCTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGGAGTGTGTTCCTGGGAGTGAACTTTGAAGTCTCAAATGCTCAC  250

seq1  ATCGGGCCCAGTGTCACTCTCTCTTTCTGCTGCCTGCTGTCCAGATTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGGCCCAGTGTCACTCTCTCTTTCTGCTGCCTGCTGTCCAGATTTGA  300

seq1  AACTCTCAGCTACTTCTCCAGCACCATGCCTGCCTGCATGCCACTACGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCAGCTACTTCTCCAGCACCATGCCTGCCTGCATGCCACTACGCG  350

seq1  TCCCTCCATGATAATAATGCACTACATCTCTGAATGGTAAACAAGCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCATGATAATAATGCACTACATCTCTGAATGGTAAACAAGCCCCA  400

seq1  CTCAAAGGTTTGAGTGGGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGGTTTGAGTGGGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  450

seq1  AAGAGTTACTGTGGTCATGGTGTCTCCTCACAGCAACAAAATTCCAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTACTGTGGTCATGGTGTCTCCTCACAGCAACAAAATTCCAACCA  500

seq1  AGGCAATATAAATAGTGCACTTTGATTATACCCCCATTGTACTCTTTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATATAAATAGTGCACTTTGATTATACCCCCATTGTACTCTTTATT  550

seq1  TGCTCCTACTTCATCCCATCTTTTAGGAGTTATTTATTTTTCTCTCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTACTTCATCCCATCTTTTAGGAGTTATTTATTTTTCTCTCTATT  600

seq1  TTCACTGGTAGGTTTTCATTTTCAAAAGCTGCCAACATAACAACCCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGGTAGGTTTTCATTTTCAAAAGCTGCCAACATAACAACCCTTTT  650

seq1  TATGTTTTACTGATATAGAAGGCATGAACTATACAGGATTCTTGATGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTACTGATATAGAAGGCATGAACTATACAGGATTCTTGATGACT  700

seq1  TGCTGAGAGAAAATCCAAAGCTAGCTAGCTACAAGGTACACCTCTTCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGAGAAAATCCAAAGCTAGCTAGCTACAAGGTACACCTCTTCACT  750

seq1  TGTACCTAAAACTTCCTGTTAAAAGACAGGAAAAAAAACAGTTTCCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTAAAACTTCCTGTTAAAAGACAGGAAAAAAAACAGTTTCCAGTG  800

seq1  CACAAAGAATGTAGACATTCTGCCTCTAGACATAGGAAGACAGGAAGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGAATGTAGACATTCTGCCTCTAGACATAGGAAGACAGGAAGGAA  850

seq1  AATTCCTTAGACAAAAAAATGATACAGAATGTATACAGTGAATCTGCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTAGACAAAAAAATGATACAGAATGTATACAGTGAATCTGCCAT  900

seq1  TACTCTGTTGATAAATTTTCCCCAAACTGTAATGTAGTAGCAGATTAAT-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACTCTGTTGATAAATTTTCCCCAAACTGTAATGTAGTAGCAGATTAATA  950

seq1  ATAAAAC--ACACTTTAGCATCCAA-CCTAAAATACTA-CCCTG-ATGGT  994
      |||||||   ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||
seq2  ATAAAACCACCACTTTAGCATCCAACCCTAAAATACTACCCCTGAATGGT  1000

seq1  CTTACTCAACTTCAAAAGGAATTGTATAAA-CACAACTTCTCTCACCAAG  1043
      |||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||   |||||||||
seq2  CTTACTCAACTTCAAAGGAATTTGTATAAACCACAACTCTCCTCACCAAG  1050

seq1  TCTTGGGCAGGAGTCTTTGTAAAGATTCCCA-CAGTCCA-CACACAAACC  1091
      ||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TCTTGGGCCAGAGTCTTTGTTAAGATTCCCACCAGTCCACCACACAAACC  1100

seq1  ATTCTTGTAATCTTTGTAGGAACGACAAGGAAATGAAACAAAGTTG-CAG  1140
      |||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||  || |||||| |||
seq2  ATTCTTGT-ATCTTGGTAGG-ACGACCAGGGAATG--ACCAAGTTGCCAG  1146

seq1  CTTGTTTC  1148
      ||||||||
seq2  CTTGTTTC  1154


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |