BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276C02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 95,334,663 - 95,498,125
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnj15
Upstream geneSim2, Hlcs, LOC622832, LOC100040857, Dscr6, LOC545178, Pigp, Ttc3, Dscr3, Dyrk1a, Kcnj6, LOC666201
Downstream geneErg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276C02.bB6Ng01-276C02.g
ACCGA076986GA076987
length9661,173
definitionB6Ng01-276C02.b B6Ng01-276C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,334,663 - 95,335,615)(95,496,964 - 95,498,125)
sequence
gaattcattcttcaggtgacagcatcagtggattactttatgaggatgga
gcctttcagcctgatcacctccagggggctccactgagcagtgacactct
ccctgttagttttggagaggacatttgagccagagaagttagcattaaag
acctctgtgacacagatatgtccacaagaagagtgaactacttatttgtc
caaattaatatgaaacttaccctgagctgtctcaaagctggttgccacct
agcagcttggtgttaaaattcccatgttggaaacaaagcaaccatttggg
aagttcctgagggttgtgggggcattgcaacgatgtctcagtggttaaga
acactttctgatacccagcatctgtacatctagccatatgtccctacaca
cagctccaagaaggacagaaatggattgctagggtttactgccttacaga
caaactttatccaaactacataaagaactcaagaaactagacatcaacaa
accaaataatcccatttaaaaatgaggtacaggcctaaacagagaagtct
cattagaggaatgttaaatggctgagaaacacttaagatgtgttcaactt
ccttagccattgggaaaatgcaaatcaaattactttgacattccatctta
cacatgtcagaatgactaagatcaataacacaaatcactgcttattctag
tgagatgtggagctgggggaacaccctccattgctggtgggtgtgcaaac
atgtgcagccactatggaaatcaatatggcagctccttggaaaattagga
attgatctacctcaagacccagctatactactccttgggcatgtacccaa
aagatactccatccaacaaggacacccactcaactatgtttcatagcagc
ttaattcataacagccagaaactgaaaacaatctggatgtccctctattg
aagaatggataaagaa
gaattccacccaccatctgatgtcagagagtgatgttaaaatggacaaag
gccaagagtgatggacgtggtggaagaacagtaaggttaccagttgaatt
gaataagtgcttaaagaaaacctagttgtcagcacccacgttcttaggat
tacttcttagccccattagcagacaagatacccaactttgaaggcagttc
tgggaacgtgactgtggttgaaagaacttggcagtgctgtcaccctttat
atcctcacctcttcctgctggtcttgtctcagccagaccaacagaccttg
agataaaaagaaagtccaagatgccttctttcagcaactaccagtaaggg
agatggggggaaccatggctttaagtagaacaactaaagacgctgcttag
taaattctctgtcctggatccttttgaagggagatgtttcactctctgtc
tgtgccggtcagtcttctgtcctttccagatgtttattcttagtcggttt
cacagaatgaacctggtgatccctgggccgctgccaatgcctcttcatac
ttccgcatacttcagttcgtttctggttgtgtgtggctcttgtgaaaccc
caacaggttcatacttgaggtctctatctcaagtcatcttcctcttagaa
tgttctacaccgagaagcttctgttcacttggtctggaagcccccactgt
ctacactagggtttccccattagtcaaaactttacccctgacctttcaag
catgcatctgtggcaggtaccatctgcctggccatggttctagaaaatag
ttgtactagattattaaagaaggtgtgaccaggagggaaccaagggactt
cagtccttggcacatagtttaagaagtagaggcaaggagagccatgctca
ggctgtttgggccacagacttgggatctatgaactgggggagaactatag
ccttcagcaaggtgtggcttccacggccctttcactccccaacagatctg
agccagtgcttggtggtgtgtggcacgtttcaagcttgctcgtgacctct
ctaccactttacaatttaaggacttcatgtctacacttttaaacactggc
cattaaacggtactttccacacacttacgttcagtcttcctcagtgaacc
cttctagtgcaagagagcccttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_95334663_95335615
seq2: B6Ng01-276C02.b_46_999

seq1  GAATTCATTCTTCAGGTGACAGCATCAGTGGATTACTTTATGAGGATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTTCAGGTGACAGCATCAGTGGATTACTTTATGAGGATGGA  50

seq1  GCCTTTCAGCCTGATCACCTCCAGGGGGCTCCACTGAGCAGTGACACTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCAGCCTGATCACCTCCAGGGGGCTCCACTGAGCAGTGACACTCT  100

seq1  CCCTGTTAGTTTTGGAGAGGACATTTGAGCCAGAGAAGTTAGCATTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTAGTTTTGGAGAGGACATTTGAGCCAGAGAAGTTAGCATTAAAG  150

seq1  ACCTCTGTGACACAGATATGTCCACAAGAAGAGTGAACTACTTATTTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGTGACACAGATATGTCCACAAGAAGAGTGAACTACTTATTTGTC  200

seq1  CAAATTAATATGAAACTTACCCTGAGCTGTCTCAAAGCTGGTTGCCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAATATGAAACTTACCCTGAGCTGTCTCAAAGCTGGTTGCCACCT  250

seq1  AGCAGCTTGGTGTTAAAATTCCCATGTTGGAAACAAAGCAACCATTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTGGTGTTAAAATTCCCATGTTGGAAACAAAGCAACCATTTGGG  300

seq1  AAGTTCCTGAGGGTTGTGGGGGCATTGCAACGATGTCTCAGTGGTTAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCTGAGGGTTGTGGGGGCATTGCAACGATGTCTCAGTGGTTAAGA  350

seq1  ACACTTTCTGATACCCAGCATCTGTACATCTAGCCATATGTCCCTACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTCTGATACCCAGCATCTGTACATCTAGCCATATGTCCCTACACA  400

seq1  CAGCTCCAAGAAGGACAGAAATGGATTGCTAGGGTTTACTGCCTTACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCAAGAAGGACAGAAATGGATTGCTAGGGTTTACTGCCTTACAGA  450

seq1  CAAACTTTATCCAAACTACATAAAGAACTCAAGAAACTAGACATCAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTTATCCAAACTACATAAAGAACTCAAGAAACTAGACATCAACAA  500

seq1  ACCAAATAATCCCATTTAAAAATGAGGTACAGGCCTAAACAGAGAAGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATAATCCCATTTAAAAATGAGGTACAGGCCTAAACAGAGAAGTCT  550

seq1  CATTAGAGGAATGTTAAATGGCTGAGAAACACTTAAGATGTGTTCAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAGGAATGTTAAATGGCTGAGAAACACTTAAGATGTGTTCAACTT  600

seq1  CCTTAGCCATTGGGAAAATGCAAATCAAATTACTTTGACATTCCATCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCCATTGGGAAAATGCAAATCAAATTACTTTGACATTCCATCTTA  650

seq1  CACATGTCAGAATGACTAAGATCAATAACACAAATCACTGCTTATTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTCAGAATGACTAAGATCAATAACACAAATCACTGCTTATTCTAG  700

seq1  TGAGATGTGGAGCTGGGGGAACACCCTCCATTGCTGGTGGGTGTGCAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGTGGAGCTGGGGGAACACCCTCCATTGCTGGTGGGTGTGCAAAC  750

seq1  ATGTGCAGCCACTATGGAAATCAATATGGCAGCTCCTTGGAAAATTAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAGCCACTATGGAAATCAATATGGCAGCTCCTTGGAAAATTAGGA  800

seq1  ATTGATCTACCTCAAGACCCAGCTATACTACTCCTTGGGCATGTACCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCTACCTCAAGACCCAGCTATACTACTCCTTGGGCATGTACCCAA  850

seq1  AAGATACTCCATCCAACAAGGACACCCACTCAACTATG-TTCATAGCAGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGATACTCCATCCAACAAGGACACCCACTCAACTATGTTTCATAGCAGC  900

seq1  TTAATTCATAACAGCCAGAAACTGAAAACAATCTGGATGTCCCTCTATTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCATAACAGCCAGAAACTGAAAACAATCTGGATGTCCCTCTATTG  950

seq1  AAGA  953
      ||||
seq2  AAGA  954

seq1: chr16_95496964_95498125
seq2: B6Ng01-276C02.g_66_1238 (reverse)

seq1  CAAGGG---TCTTGCACTAGAAGGTTCTACTGA-GAAGACATGAAACGTT  46
      ||||||   ||||||||||||||| |  ||||| |||||| || |||| |
seq2  CAAGGGCTCTCTTGCACTAGAAGGGTTCACTGAGGAAGAC-TG-AACG-T  47

seq1  AAGTGTGTG--AAGTAACCGTTAAAATGCAAGTGTT--AAAGTGTAAGAA  92
      |||||||||  |||| |||||| ||  || ||||||  ||||||||   |
seq2  AAGTGTGTGGAAAGT-ACCGTTTAATGGCCAGTGTTTAAAAGTGTA--GA  94

seq1  CATGAAAGTCTTAAAATGTAAAGT-GTAGAGAGTTCCACGAGCAAAGCTT  141
      ||||||   |||||| |||||||| |||||||| | ||||||| ||||||
seq2  CATGAAGTCCTTAAATTGTAAAGTGGTAGAGAGGT-CACGAGC-AAGCTT  142

seq1  G-AACGTGCCACACA-CACCAAGCACT-GCTCAGATCTGT--GGGAGTG-  185
      | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||| 
seq2  GAAACGTGCCACACACCACCAAGCACTGGCTCAGATCTGTTGGGGAGTGA  192

seq1  AAGGGCCGTGG-AGCCACACCCTGCTGAAGGCTATAG-TCTCCCCCAGTT  233
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGGGCCGTGGAAGCCACACCTTGCTGAAGGCTATAGTTCTCCCCCAGTT  242

seq1  CATAGAT-CCAAGTCTGTGGCCCAAACAGCCTGAGCATGGCTCTCCTTGC  282
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATCCCAAGTCTGTGGCCCAAACAGCCTGAGCATGGCTCTCCTTGC  292

seq1  CTCTACTTCTTAAACTATGTGCCAAGGACTGAAGT-CCTTGGTTCCCTCC  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCTACTTCTTAAACTATGTGCCAAGGACTGAAGTCCCTTGGTTCCCTCC  342

seq1  TGGTCACACCTTCTTTAATAATCTAGTACAACTATTTTCTAGAACCATGG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACACCTTCTTTAATAATCTAGTACAACTATTTTCTAGAACCATGG  392

seq1  CCAGGCAGATGGTACCTGCCACAGATGCATGCTTGAAAGGTCAGGGGTAA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGATGGTACCTGCCACAGATGCATGCTTGAAAGGTCAGGGGTAA  442

seq1  AGTTTTGACTAATGGGGAAACCCTAGTGTAGACAGTGGGGGCTTCCAGAC  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGACTAATGGGGAAACCCTAGTGTAGACAGTGGGGGCTTCCAGAC  492

seq1  CAAGTGAACAGAAGCTTCTCGGTGTAGAACATTCTAAGAGGAAGATGACT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGAACAGAAGCTTCTCGGTGTAGAACATTCTAAGAGGAAGATGACT  542

seq1  TGAGATAGAGACCTCAAGTATGAACCTGTTGGGGTTTCACAAGAGCCACA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGAGACCTCAAGTATGAACCTGTTGGGGTTTCACAAGAGCCACA  592

seq1  CACAACCAGAAACGAACTGAAGTATGCGGAAGTATGAAGAGGCATTGGCA  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCAGAAACGAACTGAAGTATGCGGAAGTATGAAGAGGCATTGGCA  642

seq1  GCGGCCCAGGGATCACCAGGTTCATTCTGTGAAACCGACTAAGAATAAAC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCCCAGGGATCACCAGGTTCATTCTGTGAAACCGACTAAGAATAAAC  692

seq1  ATCTGGAAAGGACAGAAGACTGACCGGCACAGACAGAGAGTGAAACATCT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAAAGGACAGAAGACTGACCGGCACAGACAGAGAGTGAAACATCT  742

seq1  CCCTTCAAAAGGATCCAGGACAGAGAATTTACTAAGCAGCGTCTTTAGTT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAAAAGGATCCAGGACAGAGAATTTACTAAGCAGCGTCTTTAGTT  792

seq1  GTTCTACTTAAAGCCATGGTTCCCCCCATCTCCCTTACTGGTAGTTGCTG  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTACTTAAAGCCATGGTTCCCCCCATCTCCCTTACTGGTAGTTGCTG  842

seq1  AAAGAAGGCATCTTGGACTTTCTTTTTATCTCAAGGTCTGTTGGTCTGGC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGGCATCTTGGACTTTCTTTTTATCTCAAGGTCTGTTGGTCTGGC  892

seq1  TGAGACAAGACCAGCAGGAAGAGGTGAGGATATAAAGGGTGACAGCACTG  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAAGACCAGCAGGAAGAGGTGAGGATATAAAGGGTGACAGCACTG  942

seq1  CCAAGTTCTTTCAACCACAGTCACGTTCCCAGAACTGCCTTCAAAGTTGG  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTCTTTCAACCACAGTCACGTTCCCAGAACTGCCTTCAAAGTTGG  992

seq1  GTATCTTGTCTGCTAATGGGGCTAAGAAGTAATCCTAAGAACGTGGGTGC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTGTCTGCTAATGGGGCTAAGAAGTAATCCTAAGAACGTGGGTGC  1042

seq1  TGACAACTAGGTTTTCTTTAAGCACTTATTCAATTCAACTGGTAACCTTA  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACTAGGTTTTCTTTAAGCACTTATTCAATTCAACTGGTAACCTTA  1092

seq1  CTGTTCTTCCACCACGTCCATCACTCTTGGCCTTTGTCCATTTTAACATC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTCCACCACGTCCATCACTCTTGGCCTTTGTCCATTTTAACATC  1142

seq1  ACTCTCTGACATCAGATGGTGGGTGGAATTC  1162
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTGACATCAGATGGTGGGTGGAATTC  1173