BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280B14
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,006,884 - 92,161,214
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrps6, Slc5a3
Upstream geneSynj1, 1810007M14Rik, 4932438H23Rik, H3f3a-ps2, Olig2, Olig1, Ifnar2, Il10rb, Ifnar1, LOC665939, LOC665947, Ifngr2, Tmem50b, ORF28, Gart, Son, Donson, Cryzl1, LOC100040653, Itsn1, Atp5o
Downstream geneKcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1, EG666023
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280B14.bB6Ng01-280B14.g
ACCGA079913GA079914
length1,1081,141
definitionB6Ng01-280B14.b B6Ng01-280B14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,006,884 - 92,008,002)(92,160,070 - 92,161,214)
sequence
gaattccagtcctgactgcctttggtgatgaacagcaatgtggaagagta
agctgaatcaaccctttcctccccaacttgcttcttggtcatgatgtttg
tgcaggaatagaaaccctgactaagacagaggatattcaagatccaaact
agcaggttagctgtggttcccttcctagagggtctagtgggatggaccac
cgccatcttgccagagagactcggtgtacattctaacttgccatatgttg
cttttgagaacttctgtgctgactgtgacctgagattggtcaactcagga
gtttgactagttggcccatacagaagcagacccagcagttgctacccaga
ttctacaagtagggttgccagtgacaatataaaagacaaagaagcctttc
tttctcagagtgtgtccacgcagtgaggtcatatcatccaggagcgacac
aaactggccttttcatttagcaaaataaaatgcctgtccgcttccaccat
gctgggcaagtctaagccagaatcttgtttataaaagtttttgtttgatt
taccacccacaagacttcccccacccctacaatgcctagcaccagggtgg
acaaggagaaaggagagggtgaccaggcagatatagccacgtgacgggtc
ctcgtggagcaagcatctacagaatttatatattaaataacctcaggaaa
ggggtgagattttgatgacagcaggcctctgtacctctgggggatttgtt
cctgtttttatgaatactaatggtacacggtcctctcacttttcagagct
gtgttttctcattaaacactactgcattgcactcggaaggaactagatat
tccggacaggatttggcagacctcaatcacaagtgcttcagtattggctt
ccagaaacccattccacacttggccctcactttcaaaccttgtccaggca
ccaagcaggaagatgcctctgactggggcctggggcaggttgccacactt
tagaaaactcttaaagatcgcttcagagccttgctgggagcaaagtaatc
gcttctcaatgactttcctcctggacaaggccacaagtcaaagtgtagag
ggttcagg
gaattcaaacaggaacccaagaaaaactgtattttgagcttagtcttgtc
aacctaggataaagtctaattgagagcaaagcatagtctatctgctaggg
attgagcccaggaagacagatccgagcagctgtgaggatgcctgtcactc
tacaaagcggacttggagcttgagttgacagtccctggatttgttggact
tgtgaatagagctggaggaagttaaggcttagaaggaattggcacaggta
gcctagtgcacagaaggccagaaggggtccccagtgtcccaaagctcaaa
tggaatcaaaaccaggtatgcttgcagcccagttcaaaagctctgctgca
gacctctctgagaccttactaacaatggctgccgagttcttgttttcctt
tgatcctctcaatgaagagccagcatccatgtagaaatatgtttcttgca
caagataaaacctcatgaggaatgctgaggcttgccccgccccagcatag
ctgttgccattttgttccatgcctgccagctatttcatattgttgctgta
atatgcctacccgtcaccgatgcagaaaaataacttgacacagagcaggg
tcatgctgaccacgtaccctgttacattctgtgtgttctgaggcttgcta
atcttaaggaattctacaactataagcttcacataggacccattgaatta
aaggtcaatatgaactgttatgtctaaaatggcttgtgccagggccgacc
attgaggggcacttccagcacctgtgtgtgagctcactgtggtttttgca
gttttagcctttgtaagctgcccctgagaaatgtccagcacacacctgta
agctgttatcctggtcagtccgtcttgaggggtgcgttcaagaaccatcc
ctgtttaactgagattgatgttcttgtggtttgtggggcgactcctggac
cccaacaagatggacccagaacacagcaaggtcgatcctgactgtccctg
cccacttaggatcgtgtgaaccctcggatcgaggaggggatgatccattc
tcagactgagattatggcagcttttacgaacagacgaagatgtgcaatgt
atttcatacagtcatggctgtccttgggggagggtgtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92006884_92008002
seq2: B6Ng01-280B14.b_49_1156

seq1  GAATTCCAGTCCTGACTGCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCCTGACTGCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGAGTA  50

seq1  AGCTGAATCAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATCAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTG  100

seq1  TGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAGAGGATATTCAAGATCCAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAGAGGATATTCAAGATCCAAACT  150

seq1  AGCAGGTTAGCTGTGGTTCCCTTCCTAGAGGGTCTAGTGGGATGGACCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTTAGCTGTGGTTCCCTTCCTAGAGGGTCTAGTGGGATGGACCAC  200

seq1  CGCCATCTTGCCAGAGAGACTCGGTGTACATTCTAACTTGCCATATGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCATCTTGCCAGAGAGACTCGGTGTACATTCTAACTTGCCATATGTTG  250

seq1  CTTTTGAGAACTTCTGTGCTGACTGTGACCTGAGATTGGTCAACTCAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGAACTTCTGTGCTGACTGTGACCTGAGATTGGTCAACTCAGGA  300

seq1  GTTTGACTAGTTGGCCCATACAGAAGCAGACCCAGCAGTTGCTACCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACTAGTTGGCCCATACAGAAGCAGACCCAGCAGTTGCTACCCAGA  350

seq1  TTCTACAAGTAGGGTTGCCAGTGACAATATAAAAGACAAAGAAGCCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAAGTAGGGTTGCCAGTGACAATATAAAAGACAAAGAAGCCTTTC  400

seq1  TTTCTCAGAGTGTGTCCACGCAGTGAGGTCATATCATCCAGGAGCGACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAGAGTGTGTCCACGCAGTGAGGTCATATCATCCAGGAGCGACAC  450

seq1  AAACTGGCCTTTTCATTTAGCAAAATAAAATGCCTGTCCGCTTCCACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGCCTTTTCATTTAGCAAAATAAAATGCCTGTCCGCTTCCACCAT  500

seq1  GCTGGGCAAGTCTAAGCCAGAATCTTGTTTATAAAAGTTTTTGTTTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCAAGTCTAAGCCAGAATCTTGTTTATAAAAGTTTTTGTTTGATT  550

seq1  TACCACCCACAAGACTTCCCCCACCCCTACAATGCCTAGCACCAGGGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCCACAAGACTTCCCCCACCCCTACAATGCCTAGCACCAGGGTGG  600

seq1  ACAAGGAGAAAGGAGAGGGTGACCAGGCAGATATAGCCACGTGACGGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAGAAAGGAGAGGGTGACCAGGCAGATATAGCCACGTGACGGGTC  650

seq1  CTCGTGGAGCAAGCATCTACAGAATTTATATATTAAATAACCTCAGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGGAGCAAGCATCTACAGAATTTATATATTAAATAACCTCAGGAAA  700

seq1  GGGGTGAGATTTTGATGACAGCAGGCCTCTGTACCTCTGGGGGATTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAGATTTTGATGACAGCAGGCCTCTGTACCTCTGGGGGATTTGTT  750

seq1  CCTGTTTTTATGAATACTAATGGTACACGGTCCTCTCACTTTTCAGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTTATGAATACTAATGGTACACGGTCCTCTCACTTTTCAGAGCT  800

seq1  GTGTTTTCTCATTAAACACTACTGCATTGCACTCGGAAGGAACTAGATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCTCATTAAACACTACTGCATTGCACTCGGAAGGAACTAGATAT  850

seq1  TCCGGACAGGATTTGGCAGACCTCAATCACAAGTGCTTCAGTATTGGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGACAGGATTTGGCAGACCTCAATCACAAGTGCTTCAGTATTGGCTT  900

seq1  CCAGAAACCCATTCCACACTTGGCCCTCACTTTCAAACCTTGTCCAGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACCCATTCCACACTTGGCCCTCACTTTCAAACCTTGTCCAGGCA  950

seq1  CCAAGCAGGAAGATGCCTCTGACTGGGGCCTGGGGCAGGGTGCCACACTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCAAGCAGGAAGATGCCTCTGACTGGGGCCTGGGGCAGGTTGCCACACTT  1000

seq1  AGGAAAACTCTTAAAGGATCGCTTCAGGAGCCTGGTTGGGGAAGCAAAGT  1050
        ||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||  ||||||||
seq2  TAGAAAACTCTTAAA-GATCGCTTCA-GAGCCTTGCTGGG--AGCAAAGT  1046

seq1  AATCGCTTCTCCAATGACCTTCCCTCCTGGGACAAGGGCACAAAGTCAAA  1100
      |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||| ||| ||||||||
seq2  AATCGCTTCT-CAATGA-CTTTCCTCCT-GGACAAGGCCAC-AAGTCAAA  1092

seq1  GTGTAAGAGGGGTTTCAGG  1119
      |||| ||||||  ||||||
seq2  GTGT-AGAGGG--TTCAGG  1108

seq1: chr16_92160070_92161214
seq2: B6Ng01-280B14.g_70_1210 (reverse)

seq1  CCCCAC-----CCCCCAAGG-CAGCCATGACTGTA-GAAATACAAATGCA  43
      ||||||     ||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||
seq2  CCCCACACCCTCCCCCAAGGACAGCCATGACTGTATGAAATAC-ATTGCA  49

seq1  ACCATCTTCCCGTCTGTTCCGGTAAAAGCTGCCATAATTCTCCAGTCTGA  93
        ||||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  --CATCTT--CGTCTGTTC--GTAAAAGCTGCCATAA-TCT-CAGTCTGA  91

seq1  GAATGGATCATCCCCT-CTCGATCCGGAGGGTTCACACGATTCCTAGGTG  142
      |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||
seq2  GAATGGATCATCCCCTCCTCGATCC-GAGGGTTCACACGA-TCCTAAGTG  139

seq1  GGCAGGGACAGTCAGGATCGACCTTGCTGTGTTCTGGGTCCATCTTGTTG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGACAGTCAGGATCGACCTTGCTGTGTTCTGGGTCCATCTTGTTG  189

seq1  GGGTCCAGGAGTCGCCCCACAAACCACAAGAACATCAATCTCAGTTAAAC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCAGGAGTCGCCCCACAAACCACAAGAACATCAATCTCAGTTAAAC  239

seq1  AGGGATGGTTTCTTGAACGCACCCCTCAAGACGGACTGACCAGGATAACA  292
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGG-TTCTTGAACGCACCCCTCAAGACGGACTGACCAGGATAACA  288

seq1  GCTTACAGGTGTGTGCTGGACATTTCTCAGGGGCAGCTTACAAAGGCTAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACAGGTGTGTGCTGGACATTTCTCAGGGGCAGCTTACAAAGGCTAA  338

seq1  AACTGCAAAAACCACAGTGAGCTCACACACAGGTGCTGGAAGTGCCCCTC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAAAAACCACAGTGAGCTCACACACAGGTGCTGGAAGTGCCCCTC  388

seq1  AATGGTCGGCCCTGGCACAAGCCATTTTAGACATAACAGTTCATATTGAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCGGCCCTGGCACAAGCCATTTTAGACATAACAGTTCATATTGAC  438

seq1  CTTTAATTCAATGGGTCCTATGTGAAGCTTATAGTTGTAGAATTCCTTAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTCAATGGGTCCTATGTGAAGCTTATAGTTGTAGAATTCCTTAA  488

seq1  GATTAGCAAGCCTCAGAACACACAGAATGTAACAGGGTACGTGGTCAGCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGCAAGCCTCAGAACACACAGAATGTAACAGGGTACGTGGTCAGCA  538

seq1  TGACCCTGCTCTGTGTCAAGTTATTTTTCTGCATCGGTGACGGGTAGGCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGCTCTGTGTCAAGTTATTTTTCTGCATCGGTGACGGGTAGGCA  588

seq1  TATTACAGCAACAATATGAAATAGCTGGCAGGCATGGAACAAAATGGCAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAGCAACAATATGAAATAGCTGGCAGGCATGGAACAAAATGGCAA  638

seq1  CAGCTATGCTGGGGCGGGGCAAGCCTCAGCATTCCTCATGAGGTTTTATC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATGCTGGGGCGGGGCAAGCCTCAGCATTCCTCATGAGGTTTTATC  688

seq1  TTGTGCAAGAAACATATTTCTACATGGATGCTGGCTCTTCATTGAGAGGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAAGAAACATATTTCTACATGGATGCTGGCTCTTCATTGAGAGGA  738

seq1  TCAAAGGAAAACAAGAACTCGGCAGCCATTGTTAGTAAGGTCTCAGAGAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGAAAACAAGAACTCGGCAGCCATTGTTAGTAAGGTCTCAGAGAG  788

seq1  GTCTGCAGCAGAGCTTTTGAACTGGGCTGCAAGCATACCTGGTTTTGATT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGCAGAGCTTTTGAACTGGGCTGCAAGCATACCTGGTTTTGATT  838

seq1  CCATTTGAGCTTTGGGACACTGGGGACCCCTTCTGGCCTTCTGTGCACTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGAGCTTTGGGACACTGGGGACCCCTTCTGGCCTTCTGTGCACTA  888

seq1  GGCTACCTGTGCCAATTCCTTCTAAGCCTTAACTTCCTCCAGCTCTATTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACCTGTGCCAATTCCTTCTAAGCCTTAACTTCCTCCAGCTCTATTC  938

seq1  ACAAGTCCAACAAATCCAGGGACTGTCAACTCAAGCTCCAAGTCCGCTTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCCAACAAATCCAGGGACTGTCAACTCAAGCTCCAAGTCCGCTTT  988

seq1  GTAGAGTGACAGGCATCCTCACAGCTGCTCGGATCTGTCTTCCTGGGCTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTGACAGGCATCCTCACAGCTGCTCGGATCTGTCTTCCTGGGCTC  1038

seq1  AATCCCTAGCAGATAGACTATGCTTTGCTCTCAATTAGACTTTATCCTAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTAGCAGATAGACTATGCTTTGCTCTCAATTAGACTTTATCCTAG  1088

seq1  GTTGACAAGACTAAGCTCAAAATACAGTTTTTCTTGGGTTCCTGTTTGAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACAAGACTAAGCTCAAAATACAGTTTTTCTTGGGTTCCTGTTTGAA  1138

seq1  TTC  1145
      |||
seq2  TTC  1141