BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284O12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 9,245,270 - 9,384,771
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
Downstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284O12.bB6Ng01-284O12.g
ACCGA083493GA083494
length1,1651,166
definitionB6Ng01-284O12.b B6Ng01-284O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,245,270 - 9,246,441)(9,383,598 - 9,384,771)
sequence
gaattctcccaggattctttgttgctggaggagttgttctcattaacttg
gacagagaaccctgcctattctctttcactgcattccttctgcacatagc
tatcagtgttcagtggaggtttgttaaagcaagttaaaaatgtccttagg
attctgattacttagtatcttcaatattgtcttctgctgagaacaaggga
aaactttcgtccctctgatgcagtctcttcaaagtgtatgagggaaagct
agcctgcccctgagtcacctggagctttgctctgtagacagccgagaagg
cctgggaaaattatcccagctttaactcaatgacttggtctgggattcac
cttcggaagctcatttatttctccaaaagctgtctctgttctgggtcaag
tcagcagggaaagcatttgcttagctctcacaggggatggcattatcccc
ttcctccgtttcttcctgccacacccccagccccatattatttagtatgg
caagaagaggaaatgtttatggtgcttattctgagaattgcaacatgatt
atcactgtgacaagaccctactgaagagctcttccctttaacagtagaaa
taggctctgtttcttcttggttttacaaaaggtccaggcttaggcaatag
tattccgttccacatttaaaaggtctgtctacatcactgttctgaatatt
ctagctcctttgcattccctggtgttgtggattgaatgtgaaatgtcttc
cagaggctcacatttaaactctgggctctagcatatggtggtgtttgggt
tcccataggaggtggagcctcagcataagaagtggggccctaagggcagg
cccttgaggttttacagaagagctcttcttcctgattcaggatatgttgc
agtcagcagcctcttgtccaccacgatgccttcttaaaccaagagccaga
ataaaccttctttttataaagttgtttctgtcaattgctgtgtcacagca
tgagacagggaagttatagagatggcctcatggatccaacctgtcagctc
tgacagcatgtaaaacgtaaaacccttccctacttcagctcttgttcagg
cagtaacacttttcccccacaatttccgttcttgatgctcctgagggatc
tgtcatgacgaaaga
gaattccaagatgcctctgcaatgcatttttctccaaagacacaaaagaa
agttttgtggtccttttggaatgagaagctacttttaaaaaatgtttaag
aggaacttatatgcataatcctgacaagtttaatttagacgtggctatac
aaatatattggtgcgtagagaaaagagctatctaggtaactttatgttct
gaattttttttcctatcctcccatcccaaacttagtgtcttagaataatg
gtttctaaacattcattaccttataactgaatagcttttgttttttcttt
gattgtttttttactaattacatttgttctttgatatttttatgcatgtc
aaccttccctttgtaagactctgatgaaccttagctaccagagacaccca
cccacacccacacccactcccaacccacccccagtggaccacacagagcc
agagactgatgcaaaagcaagaggagtttattgctgctggggaggagttt
attagtgcactggggctgtcatacaaccaaagaaaaggcaaccccaggca
gcatatttggtgagtttttatacagttttcaggggcagaatagagtaaaa
tagtctggctggttgatggggacttgttttagcatccagcctctggaata
aagccagagccagaatcccactaaagtcaagatgtttcccattctctgtt
acttgccaggtgagcttaagctttaaggggttgttagtccttgccttgct
ccaggagggaggatctgtagcgggtggggcagtagctggttttacatgag
atgcagtctgggccatcagcaacaccaggtagaggcccttccagtggggc
tccagggactgggttcaatgccagggaacataaacagcatcactgacctg
aaattggtgaggcacctcgatagtccctggggcataaagagcagatagtt
gggaccatgtttcctctctggactgtctggaaggccatcatctcttgata
atgtcttgatacccttgatgagagatctcctaagtctgacctgcagcact
agtgcatccagaccctccatagagacttcaaaggtcagattaattgttac
agggttcaaggctcagaacaggcccatggtgaagcaccacacaggtcccc
acccaggctccaaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_9245270_9246441
seq2: B6Ng01-284O12.b_48_1212

seq1  GAATTCTCCCAGGATTCTTTGTTGCTGGAGGAGTTGTTCTCATTAACTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCAGGATTCTTTGTTGCTGGAGGAGTTGTTCTCATTAACTTG  50

seq1  GACAGAGAACCCTGCCTATTCTCTTTCACTGCATTCCTTCTGCACATAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGAACCCTGCCTATTCTCTTTCACTGCATTCCTTCTGCACATAGC  100

seq1  TATCAGTGTTCAGTGGAGGTTTGTTAAAGCAAGTTAAAAATGTCCTTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTGTTCAGTGGAGGTTTGTTAAAGCAAGTTAAAAATGTCCTTAGG  150

seq1  ATTCTGATTACTTAGTATCTTCAATATTGTCTTCTGCTGAGAACAAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATTACTTAGTATCTTCAATATTGTCTTCTGCTGAGAACAAGGGA  200

seq1  AAACTTTCGTCCCTCTGATGCAGTCTCTTCAAAGTGTATGAGGGAAAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTCGTCCCTCTGATGCAGTCTCTTCAAAGTGTATGAGGGAAAGCT  250

seq1  AGCCTGCCCCTGAGTCACCTGGAGCTTTGCTCTGTAGACAGCCGAGAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCCCCTGAGTCACCTGGAGCTTTGCTCTGTAGACAGCCGAGAAGG  300

seq1  CCTGGGAAAATTATCCCAGCTTTAACTCAATGACTTGGTCTGGGATTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAAATTATCCCAGCTTTAACTCAATGACTTGGTCTGGGATTCAC  350

seq1  CTTCGGAAGCTCATTTATTTCTCCAAAAGCTGTCTCTGTTCTGGGTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGAAGCTCATTTATTTCTCCAAAAGCTGTCTCTGTTCTGGGTCAAG  400

seq1  TCAGCAGGGAAAGCATTTGCTTAGCTCTCACAGGGGATGGCATTATCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGGGAAAGCATTTGCTTAGCTCTCACAGGGGATGGCATTATCCCC  450

seq1  TTCCTCCGTTTCTTCCTGCCACACCCCCAGCCCCATATTATTTAGTATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCGTTTCTTCCTGCCACACCCCCAGCCCCATATTATTTAGTATGG  500

seq1  CAAGAAGAGGAAATGTTTATGGTGCTTATTCTGAGAATTGCAACATGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGAGGAAATGTTTATGGTGCTTATTCTGAGAATTGCAACATGATT  550

seq1  ATCACTGTGACAAGACCCTACTGAAGAGCTCTTCCCTTTAACAGTAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTGACAAGACCCTACTGAAGAGCTCTTCCCTTTAACAGTAGAAA  600

seq1  TAGGCTCTGTTTCTTCTTGGTTTTACAAAAGGTCCAGGCTTAGGCAATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCTGTTTCTTCTTGGTTTTACAAAAGGTCCAGGCTTAGGCAATAG  650

seq1  TATTCCGTTCCACATTTAAAAGGTCTGTCTACATCACTGTTCTGAATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCGTTCCACATTTAAAAGGTCTGTCTACATCACTGTTCTGAATATT  700

seq1  CTAGCTCCTTTGCATTCCCTGGTGTTGTGGATTGAATGTGAAATGTCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCCTTTGCATTCCCTGGTGTTGTGGATTGAATGTGAAATGTCTTC  750

seq1  CAGAGGCTCACATTTAAACTCTGGGCTCTAGCATATGGTGGTGTTTGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTCACATTTAAACTCTGGGCTCTAGCATATGGTGGTGTTTGGGT  800

seq1  TCCCATAGGAGGTGGAGCCTCAGCATAAGAAGTGGGGCCCTAAGGGCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATAGGAGGTGGAGCCTCAGCATAAGAAGTGGGGCCCTAAGGGCAGG  850

seq1  CCCTTGAGGTTTTACAGAAGAGCTCTTCTTCCTGATTCAGGATATGTTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGAGGTTTTACAGAAGAGCTCTTCTTCCTGATTCAGGATATGTTGC  900

seq1  AGTCAGCAGCCTCTTGTCCACCACGATGCCTTCTTAAACCAAGAGCCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCAGCCTCTTGTCCACCACGATGCCTTCTTAAACCAAGAGCCAGA  950

seq1  ATAAACCTTCTTTTTATAAAGTTGTTTCTGTCAATTGCTGTGTCACAGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATAAACCTTCTTTTTATAAAGTTGTTTCTGTCAATTGCTGTGTCACAGC-  999

seq1  ATGAGACAAGGAAGTTATAGAGATGGCCTCATGGATCCAACCTGTCAGCT  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACAGGGAAGTTATAGAGATGGCCTCATGGATCCAACCTGTCAGCT  1049

seq1  CTGACAGCATGTAAAACCGTAAAACCCTTCCCTACCTTTCAGCTCT--GT  1098
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||   |
seq2  CTGACAGCATGTAAAA-CGTAAAACCCTTCCCTAC--TTCAGCTCTTGTT  1096

seq1  CAGGCAGTAACACTTTCCCCCCACCACTTTCCCTTCTTTGGTGGCTTCCT  1148
      |||||||||||||||| |||||| || ||||| ||| ||| ||   ||||
seq2  CAGGCAGTAACACTTTTCCCCCA-CAATTTCCGTTC-TTGATG--CTCCT  1142

seq1  GAGGGATCTGTCATGACAGAAAGA  1172
      ||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGGGATCTGTCATGAC-GAAAGA  1165

seq1: chr16_9383598_9384771
seq2: B6Ng01-284O12.g_69_1234 (reverse)

seq1  GCCTTGGAGACT-GGTGGGGA-CTGTGTGGTGCTTCTCCCCTTGGCCCTG  48
      ||||||||| || |||||||| ||||||||||||  || || ||| ||||
seq2  GCCTTGGAGCCTGGGTGGGGACCTGTGTGGTGCT--TCACCATGGGCCTG  48

seq1  TTCTGAGCCTGGAACACCCTGTACCATTTTAATCTGAACCCCTTTGAAGT  98
      |||||||||| ||  |||||||| ||  |||||||||   ||||||||||
seq2  TTCTGAGCCTTGA--ACCCTGTAACA-ATTAATCTGA---CCTTTGAAGT  92

seq1  CCTCTAT-GAGGGTCTGGATGCACCTAGTGGCTGCCAGGTCAGACTTA-G  146
       |||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |
seq2  -CTCTATGGAGGGTCTGGATGCA-CTAGT-GCTG-CAGGTCAGACTTAGG  138

seq1  AGATCTCTCATCAAGGGTATCAAGACATTATCAAGAGATTGATGGCCCTC  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  AGATCTCTCATCAAGGGTATCAAGACATTATCAAGAGA-TGATGGCCTTC  187

seq1  CAGACAGTCCAGAGA-GAAACATGGTCCAAACTATCTGCTCTTTATGCCC  245
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGTCCAGAGAGGAAACATGGTCCCAACTATCTGCTCTTTATGCCC  237

seq1  CAGGGACTATCGAGGTGCCTCACCAATTTCAGGTCAGTGATGCTGTTTAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACTATCGAGGTGCCTCACCAATTTCAGGTCAGTGATGCTGTTTAT  287

seq1  GTTCCCTGGCATTGAACCCAGTCCCTGGAGCCCCACTGGAAGGGCCTCTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTGGCATTGAACCCAGTCCCTGGAGCCCCACTGGAAGGGCCTCTA  337

seq1  CCTGGTGTTGCTGATGGCCCAGACTGCATCTCATGTAAAACCAGCTACTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGTTGCTGATGGCCCAGACTGCATCTCATGTAAAACCAGCTACTG  387

seq1  CCCCACCCGCTACAGATCCTCCCTCCTGGAGCAAGGCAAGGACTAACAAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCGCTACAGATCCTCCCTCCTGGAGCAAGGCAAGGACTAACAAC  437

seq1  CCCTTAAAGCTTAAGCTCACCTGGCAAGTAACAGAGAATGGGAAACATCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAAAGCTTAAGCTCACCTGGCAAGTAACAGAGAATGGGAAACATCT  487

seq1  TGACTTTAGTGGGATTCTGGCTCTGGCTTTATTCCAGAGGCTGGATGCTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTAGTGGGATTCTGGCTCTGGCTTTATTCCAGAGGCTGGATGCTA  537

seq1  AAACAAGTCCCCATCAACCAGCCAGACTATTTTACTCTATTCTGCCCCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGTCCCCATCAACCAGCCAGACTATTTTACTCTATTCTGCCCCTG  587

seq1  AAAACTGTATAAAAACTCACCAAATATGCTGCCTGGGGTTGCCTTTTCTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGTATAAAAACTCACCAAATATGCTGCCTGGGGTTGCCTTTTCTT  637

seq1  TGGTTGTATGACAGCCCCAGTGCACTAATAAACTCCTCCCCAGCAGCAAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTATGACAGCCCCAGTGCACTAATAAACTCCTCCCCAGCAGCAAT  687

seq1  AAACTCCTCTTGCTTTTGCATCAGTCTCTGGCTCTGTGTGGTCCACTGGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCTCTTGCTTTTGCATCAGTCTCTGGCTCTGTGTGGTCCACTGGG  737

seq1  GGTGGGTTGGGAGTGGGTGTGGGTGTGGGTGGGTGTCTCTGGTAGCTAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTTGGGAGTGGGTGTGGGTGTGGGTGGGTGTCTCTGGTAGCTAAG  787

seq1  GTTCATCAGAGTCTTACAAAGGGAAGGTTGACATGCATAAAAATATCAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCAGAGTCTTACAAAGGGAAGGTTGACATGCATAAAAATATCAAA  837

seq1  GAACAAATGTAATTAGTAAAAAAACAATCAAAGAAAAAACAAAAGCTATT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATGTAATTAGTAAAAAAACAATCAAAGAAAAAACAAAAGCTATT  887

seq1  CAGTTATAAGGTAATGAATGTTTAGAAACCATTATTCTAAGACACTAAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATAAGGTAATGAATGTTTAGAAACCATTATTCTAAGACACTAAGT  937

seq1  TTGGGATGGGAGGATAGGAAAAAAAATTCAGAACATAAAGTTACCTAGAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATGGGAGGATAGGAAAAAAAATTCAGAACATAAAGTTACCTAGAT  987

seq1  AGCTCTTTTCTCTACGCACCAATATATTTGTATAGCCACGTCTAAATTAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTTTCTCTACGCACCAATATATTTGTATAGCCACGTCTAAATTAA  1037

seq1  ACTTGTCAGGATTATGCATATAAGTTCCTCTTAAACATTTTTTAAAAGTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCAGGATTATGCATATAAGTTCCTCTTAAACATTTTTTAAAAGTA  1087

seq1  GCTTCTCATTCCAAAAGGACCACAAAACTTTCTTTTGTGTCTTTGGAGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCATTCCAAAAGGACCACAAAACTTTCTTTTGTGTCTTTGGAGAA  1137

seq1  AAATGCATTGCAGAGGCATCTTGGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATTGCAGAGGCATCTTGGAATTC  1166