BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288F24
Chromosome16 (Build37)
Map Location 77,513,795 - 77,642,734
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2810055G20Rik
Upstream gene1700063K16Rik, LOC665120, Usp25
Downstream geneLOC435483, LOC100039561, Cxadr, Btg3, D16Ertd472e, LOC100039605
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288F24.bB6Ng01-288F24.g
ACCGA086052GA086053
length1,155855
definitionB6Ng01-288F24.b B6Ng01-288F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,641,584 - 77,642,734)(77,513,795 - 77,514,648)
sequence
gaattctttaggctgcctttgtccccccatatagttacctacaatgctct
tgataaatgagtgtcatgactttgctatggctatcagatctaacaggttg
acgattttaataattgagtgtgtgcttacagctactggccactgatatcc
cgctctgtagaccttgtgcatgaacatctcacttgcagctcttgggacaa
gatacaagatacaaggcaccttcaacttttctccttaatcgatggtattt
ctttctttacattcatacaagcatacatggcttaactccacagaaagcac
aaaatatattaactgagggatttagaaaatcaaagcaataaacattgaaa
ggaaaataattattactgaatgactgtgggttacaatatttatattgaga
catgagttagcctgttccaagtggccaggctctgtcaagacttctcttag
ggccaataggaaagcagatttggttacatcaacattgatttgaaaggaaa
tgttgaaatcaaacaatgtggtcaccactgtcatagatgctagcttgagg
tccttgctacctttcagcttctaatcaacaaacactgaagcaagcttttc
cctacgtcagaatttatgcggtgaccacaggcaaagtatttacaaagaaa
agttttgacttcacttttacatttcatttgaaagatgcagcacatgtaca
atcacgcaacaattattttcaaatactattggacatttattttctaagct
tttaaaaactcactgctctgattcggatggtaaattatttatcaaattaa
aggaagtaatgcttttgaaataatatcctttcttccagggcaagaatgtc
ttttatttattctaaagggtatgtaaaattggtgtaattgtgagtatcat
taatttaatgtatgatgtttgtaataaggaggacagatgatataactgat
gcatagtttatattttgacttaaaattcatgaaagtatagacactgtata
tattcacctgttgaattatttttgtgccatatttaacttgcattctgcaa
tcagctacacagaaatctgtataataaagtaatgtttaaaatatcaaagt
tccattggcctctgttccccttatcctggtatctctctggtgaggcagta
tgaat

gaattcattaaaacttttaaaattattgattgcagaaaagtaatgctggg
ttatgtatatgtccttaaccaattcacctaatgagtttatctattagcct
ctattgactgctttctccaactgctaatttatatatttgcttattacctc
agcatgttgataaacaatatgaggccatcagctaggtgttagacaaaatt
actaaaaagcaaccactttgatgaaataaggaatataaaagtcatatatc
aaagtggagtgaataaatggtacatgataccctcgtgttgagcatgggtt
aatgctggatggaggaccacatcaccatgtcccagccccgaaaagtgagg
taactatcgtctaaagctagtaaaggctgagcaataacacatacaacgtc
ttatcaactctagagctgttttatttcttcttgacaatgagttacacttt
ggtaaatatttgaagcccttacatgaaatcatatgtgaagtagtttggat
tttttgtttgtttggatttatttcttttaagtacattttaaggatggaga
caggtgcagatacttacagccaagaattgtaatgaggtcagggaccccaa
gagaaaagtaggaggaaggaatgaaaggtctgaagaggatgacaaccaca
taagaggaccaacagtgtcaaataacctggaaacctgggagctccctaag
actaatacaccaaccaaagggcatacatggactaatccaaggcccctggt
ggcatgtttgtagcagaagactaccttctctggcctcagtgggcaagaat
gtgcctaatcttgtaaagatttgatgcccctgggaagtgggatgtggggg
ttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_77641584_77642734
seq2: B6Ng01-288F24.b_49_1203 (reverse)

seq1  ATTCATACTGCC-CACCAGAGATACA----GAT-AGGGGAACAGAGG-CA  43
      |||||||||||| ||||||||| | |    ||| ||||||||||||| ||
seq2  ATTCATACTGCCTCACCAGAGAGATACCAGGATAAGGGGAACAGAGGCCA  50

seq1  AT-GAACTTTGATATTTTTAAACATTTACTTTATATTACAGATTTCTGGT  92
      || ||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||  
seq2  ATGGAACTTTGATA-TTTTAAACA-TTACTTTATTATACAGATTTCTG--  96

seq1  TGTAGCTGATTGCAGAATGCAAGTTAAATATGGCACAAAAAT-ATTCAAC  141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTAGCTGATTGCAGAATGCAAGTTAAATATGGCACAAAAATAATTCAAC  146

seq1  AGGTGAATAATATACAGTGTCTATACTTTCATGAATTTTAAGTCAAAATA  191
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAAT-ATATACAGTGTCTATACTTTCATGAATTTTAAGTCAAAATA  195

seq1  TAAACTATGCATCAGTTTATATCATCTGTCCTCCTTATTACAAACATCAT  241
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATGCATCAG-TTATATCATCTGTCCTCCTTATTACAAACATCAT  244

seq1  ACATTAAATTAATGATACTCACAATTACACCAATTTTACATACCCTTTAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAATTAATGATACTCACAATTACACCAATTTTACATACCCTTTAG  294

seq1  AATAAATAAAAGACATTCTTGCCCTGGAAGAAAGGATATTATTTC-AAAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AATAAATAAAAGACATTCTTGCCCTGGAAGAAAGGATATTATTTCAAAAG  344

seq1  CATTACTTCCTTTAATTTGATAAATAATTTACCATCCGAATCAGAGCAGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTTCCTTTAATTTGATAAATAATTTACCATCCGAATCAGAGCAGT  394

seq1  GAGTTTTTAAAAGCTTAGAAAATAAATGTCCAATAGTATTTGAAAATAAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTTTAAAAGCTTAGAAAATAAATGTCCAATAGTATTTGAAAATAAT  444

seq1  TGTTGCGTGATTGTACATGTGCTGCATCTTTCAAATGAAATGTAAAAGTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCGTGATTGTACATGTGCTGCATCTTTCAAATGAAATGTAAAAGTG  494

seq1  AAGTCAAAACTTTTCTTTGTAAATACTTTGCCTGTGGTCACCGCATAAAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAAACTTTTCTTTGTAAATACTTTGCCTGTGGTCACCGCATAAAT  544

seq1  TCTGACGTAGGGAAAAGCTTGCTTCAGTGTTTGTTGATTAGAAGCTGAAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACGTAGGGAAAAGCTTGCTTCAGTGTTTGTTGATTAGAAGCTGAAA  594

seq1  GGTAGCAAGGACCTCAAGCTAGCATCTATGACAGTGGTGACCACATTGTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCAAGGACCTCAAGCTAGCATCTATGACAGTGGTGACCACATTGTT  644

seq1  TGATTTCAACATTTCCTTTCAAATCAATGTTGATGTAACCAAATCTGCTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCAACATTTCCTTTCAAATCAATGTTGATGTAACCAAATCTGCTT  694

seq1  TCCTATTGGCCCTAAGAGAAGTCTTGACAGAGCCTGGCCACTTGGAACAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTGGCCCTAAGAGAAGTCTTGACAGAGCCTGGCCACTTGGAACAG  744

seq1  GCTAACTCATGTCTCAATATAAATATTGTAACCCACAGTCATTCAGTAAT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTCATGTCTCAATATAAATATTGTAACCCACAGTCATTCAGTAAT  794

seq1  AATTATTTTCCTTTCAATGTTTATTGCTTTGATTTTCTAAATCCCTCAGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTTCCTTTCAATGTTTATTGCTTTGATTTTCTAAATCCCTCAGT  844

seq1  TAATATATTTTGTGCTTTCTGTGGAGTTAAGCCATGTATGCTTGTATGAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATATTTTGTGCTTTCTGTGGAGTTAAGCCATGTATGCTTGTATGAA  894

seq1  TGTAAAGAAAGAAATACCATCGATTAAGGAGAAAAGTTGAAGGTGCCTTG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGAAAGAAATACCATCGATTAAGGAGAAAAGTTGAAGGTGCCTTG  944

seq1  TATCTTGTATCTTGTCCCAAGAGCTGCAAGTGAGATGTTCATGCACAAGG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGTATCTTGTCCCAAGAGCTGCAAGTGAGATGTTCATGCACAAGG  994

seq1  TCTACAGAGCGGGATATCAGTGGCCAGTAGCTGTAAGCACACACTCAATT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGAGCGGGATATCAGTGGCCAGTAGCTGTAAGCACACACTCAATT  1044

seq1  ATTAAAATCGTCAACCTGTTAGATCTGATAGCCATAGCAAAGTCATGACA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATCGTCAACCTGTTAGATCTGATAGCCATAGCAAAGTCATGACA  1094

seq1  CTCATTTATCAAGAGCATTGTAGGTAACTATATGGGGGGACAAAGGCAGC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTATCAAGAGCATTGTAGGTAACTATATGGGGGGACAAAGGCAGC  1144

seq1  CTAAAGAATTC  1151
      |||||||||||
seq2  CTAAAGAATTC  1155


seq1: chr16_77513795_77514648
seq2: B6Ng01-288F24.g_67_921

seq1  GAATTCATTAAAACTTTTAAAATTATTGATTGCAGAAAAGTAATGCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAAAACTTTTAAAATTATTGATTGCAGAAAAGTAATGCTGGG  50

seq1  TTATGTATATGTCCTTAACCAATTCACCTAATGAGTTTATCTATTAGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATATGTCCTTAACCAATTCACCTAATGAGTTTATCTATTAGCCT  100

seq1  CTATTGACTGCTTTCTCCAACTGCTAATTTATATATTTGCTTATTACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGACTGCTTTCTCCAACTGCTAATTTATATATTTGCTTATTACCTC  150

seq1  AGCATGTTGATAAACAATATGAGGCCATCAGCTAGGTGTTAGACAAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTTGATAAACAATATGAGGCCATCAGCTAGGTGTTAGACAAAATT  200

seq1  ACTAAAAAGCAACCACTTTGATGAAATAAGGAATATAAAAGTCATATATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAAGCAACCACTTTGATGAAATAAGGAATATAAAAGTCATATATC  250

seq1  AAAGTGGAGTGAATAAATGGTACATGATACCCTCGTGTTGAGCATGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGAGTGAATAAATGGTACATGATACCCTCGTGTTGAGCATGGGTT  300

seq1  AATGCTGGATGGAGGACCACATCACCATGTCCCAGCCCCGAAAAGTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGGATGGAGGACCACATCACCATGTCCCAGCCCCGAAAAGTGAGG  350

seq1  TAACTATCGTCTAAAGCTAGTAAAGGCTGAGCAATAACACATACAACGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATCGTCTAAAGCTAGTAAAGGCTGAGCAATAACACATACAACGTC  400

seq1  TTATCAACTCTAGAGCTGTTTTATTTCTTCTTGACAATGAGTTACACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAACTCTAGAGCTGTTTTATTTCTTCTTGACAATGAGTTACACTTT  450

seq1  GGTAAATATTTGAAGCCCTTACATGAAATCATATGTGAAGTAGTTTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATATTTGAAGCCCTTACATGAAATCATATGTGAAGTAGTTTGGAT  500

seq1  TTTTTGTTTGTTTGGATTTATTTCTTTTAAGTACATTTTAAGGATGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTGTTTGGATTTATTTCTTTTAAGTACATTTTAAGGATGGAGA  550

seq1  CAGGTGCAGATACTTACAGCCAAGAATTGTAATGAGGTCAGGGACCCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCAGATACTTACAGCCAAGAATTGTAATGAGGTCAGGGACCCCAA  600

seq1  GAGAAAAGTAGGAGGAAGGAATGAAAGGTCTGAAGAGGATGACAACCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGTAGGAGGAAGGAATGAAAGGTCTGAAGAGGATGACAACCACA  650

seq1  TAAGAGGACCAACAGTGTCAAATAACCTGGAAACCTGGGAGCTCCCTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGACCAACAGTGTCAAATAACCTGGAAACCTGGGAGCTCCCTAAG  700

seq1  ACTAATACACCAACCAAAGGGCATACATGGACTAATCCAAGGCCCCTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATACACCAACCAAAGGGCATACATGGACTAATCCAAGGCCCCTGGT  750

seq1  GGCATGTTTGTAGCAGAAGACTACCTTCTCTGGCCTCAGTGGGCAAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTTGTAGCAGAAGACTACCTTCTCTGGCCTCAGTGGGCAAGAAT  800

seq1  GTGCCTAATCTTGTAAAGATTTGATGCCCCTGGGAAGTGGGATGT-GGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGCCTAATCTTGTAAAGATTTGATGCCCCTGGGAAGTGGGATGTGGGGG  850

seq1  TTGGG  854
      |||||
seq2  TTGGG  855


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |