BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288O06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 5,209,591 - 5,317,044
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAU021092, Alg1, 5730409G15Rik
Upstream geneCrebbp, EG436332, Adcy9, EG620313, Srl, Tcfap4, Glis2, Magmas, Coro7, Vasn, Dnaja3, Nmral1, Hmox2, 5730403B10Rik, 4930562C15Rik, 1500031H01Rik, Mgrn1, Nudt16l1, Anks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik, Ubn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa
Downstream geneLOC100042436, A2bp1, LOC100042445
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288O06.bB6Ng01-288O06.g
ACCGA086438GA086439
length1,1931,118
definitionB6Ng01-288O06.b B6Ng01-288O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,209,591 - 5,210,778)(5,315,931 - 5,317,044)
sequence
gaattctctaccaggaaggttctggggtcaagttcagatcactaggcaag
tgtctttaccctgtaagtcatcctgtcagatacatctgtttgtttttgag
acaaggtctagctgataggaactcacagagatcagcctgcctctgcctcc
caagtgctgggactaaggcatgagccgtcctgcccctcccacatctggtt
tatatttttaatggttgaaattggattgtcaggtttgcatggctggttct
tctctggcagtttgagacagcatctcatgtagtacggctagtatgtagcc
aaggatgacccaagattcttgatcctcctgcctccacctcccaagtgctg
gaatttcaggtgtgtgtcatcatgtcagatgactccacaaggagaatgct
aattcccaggctgtggtgtggcttgactatcacataagtatatcaacagc
ctttccacttatggcaaagcaccttctggatttggactgatttgggagct
tgttttttactctaaagcttgatacaagcagtgttcacagtgtgccacca
tccctatagaatgttatagaagatcttttctaaaatgctaaagcatttaa
ataatgtcttgagtcagtggaaagaagtgggaggggaagacactccaggg
agggccagctgtgccttctgatgatctgggacactcccctcattttatga
caatcttactcctggtgacatttgcttggcactaggtgtgacaggcacag
catttggcactctaaggacatcagctccacgctgtgattgtcatattgag
ataggtaccatcatcaccctgatgttgccgaatgggaaactgagtcacag
agaagccatgtgttgcagtgactttgtccagtgacacagagcactgtagc
ctgtggtcagagtacagtgctaaccactgagcagtccacactgcctttgt
acagtgctggggctgctcacaccatgccctcagaccttcagagtctgtgc
actctgtagaatgtagaaattagcatgtgtcacctttcattggccacagc
tgatctcagcttaccttcctctttccaagcaatcacacttcagttttact
taccaccctaccactattaaaagcagaaccacctctcaggccaggacggt
ggccacacaccatatattcccagtactgaggggtgaaacgggg
gaattccaactggatctgacctggaagcctccatcctgaggtcaagcttt
cctgggaccagatggtgatacataagctgccaagggagggaagcaatcaa
tagttctacccagatgtgaaacctatgaaccacaacaaagaccagcatag
caagacatctctaaaggttaggagctctaaggggtcaaatggagccaaga
gtccatgatgaagccaaggctggttgggctatggggagtgtgcacagatt
ccccttgacaccctgcaacctaatggagaggagaagttcttcttcctctg
agccacccatgaaggtcctgttgctggccacagatgcttggctgcaggaa
ggactgtgcaaggagctgcaagttattcagagaaaatccaatgaaatggt
accatctggctgctaacaagagctttggaggcagagcatcaggaggcatg
cccagacagtctggaactcagagggaaatgttcatttcaataatcccaga
ccctgcactaaaagatctgtttcctcctccctctgcttctgttgtcataa
aggagtttccccctatgtccctgggagcgcaagcagcagggaggctggcc
ccactgcacatgtggcactctgaaacctgctgggagacccacagtaaaga
ggtctttagagaggacaagtcaccatgccttcctctcctcatgagtgtac
aaaacttgaacagtatgctaacctgaaacctggccacagtggcaggagat
accagggactgtccaataccagagacaggcaaagctgagactacctacta
caagatagcttgtagtctctagggctgtggccattcatgagcacctgttc
tcacacactcaatgaactccagaggcgtgccaagctttctaacctgggac
tctcacggtacatggaccagcaagggctagaagatatttcagccttggaa
gcttctgtagtgggaaagctacaaaaggtagtgcatacatgaatgtatcc
agctgtgtttcagttaaatctttgtttggtccaacacaacgtggttgtct
tgctctggctcacccattggtgctacaagctgtcctgctagaaccacttc
catctggttaagttactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_5209591_5210778
seq2: B6Ng01-288O06.b_49_1241

seq1  GAATTCTCTACCAGGAAGGTTCTGGGGTCAAGTTCAGATCACTAGGCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTACCAGGAAGGTTCTGGGGTCAAGTTCAGATCACTAGGCAAG  50

seq1  TGTCTTTACCCTGTAAGTCATCCTGTCAGATACATCTGTTTGTTTTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTACCCTGTAAGTCATCCTGTCAGATACATCTGTTTGTTTTTGAG  100

seq1  ACAAGGTCTAGCTGATAGGAACTCACAGAGATCAGCCTGCCTCTGCCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTCTAGCTGATAGGAACTCACAGAGATCAGCCTGCCTCTGCCTCC  150

seq1  CAAGTGCTGGGACTAAGGCATGAGCCGTCCTGCCCCTCCCACATCTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCTGGGACTAAGGCATGAGCCGTCCTGCCCCTCCCACATCTGGTT  200

seq1  TATATTTTTAATGGTTGAAATTGGATTGTCAGGTTTGCATGGCTGGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTTAATGGTTGAAATTGGATTGTCAGGTTTGCATGGCTGGTTCT  250

seq1  TCTCTGGCAGTTTGAGACAGCATCTCATGTAGTACGGCTAGTATGTAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCAGTTTGAGACAGCATCTCATGTAGTACGGCTAGTATGTAGCC  300

seq1  AAGGATGACCCAAGATTCTTGATCCTCCTGCCTCCACCTCCCAAGTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGACCCAAGATTCTTGATCCTCCTGCCTCCACCTCCCAAGTGCTG  350

seq1  GAATTTCAGGTGTGTGTCATCATGTCAGATGACTCCACAAGGAGAATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCAGGTGTGTGTCATCATGTCAGATGACTCCACAAGGAGAATGCT  400

seq1  AATTCCCAGGCTGTGGTGTGGCTTGACTATCACATAAGTATATCAACAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAGGCTGTGGTGTGGCTTGACTATCACATAAGTATATCAACAGC  450

seq1  CTTTCCACTTATGGCAAAGCACCTTCTGGATTTGGACTGATTTGGGAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACTTATGGCAAAGCACCTTCTGGATTTGGACTGATTTGGGAGCT  500

seq1  TGTTTTTTACTCTAAAGCTTGATACAAGCAGTGTTCACAGTGTGCCACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTACTCTAAAGCTTGATACAAGCAGTGTTCACAGTGTGCCACCA  550

seq1  TCCCTATAGAATGTTATAGAAGATCTTTTCTAAAATGCTAAAGCATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATAGAATGTTATAGAAGATCTTTTCTAAAATGCTAAAGCATTTAA  600

seq1  ATAATGTCTTGAGTCAGTGGAAAGAAGTGGGAGGGGAAGACACTCCAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTCTTGAGTCAGTGGAAAGAAGTGGGAGGGGAAGACACTCCAGGG  650

seq1  AGGGCCAGCTGTGCCTTCTGATGATCTGGGACACTCCCCTCATTTTATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCAGCTGTGCCTTCTGATGATCTGGGACACTCCCCTCATTTTATGA  700

seq1  CAATCTTACTCCTGGTGACATTTGCTTGGCACTAGGTGTGACAGGCACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTACTCCTGGTGACATTTGCTTGGCACTAGGTGTGACAGGCACAG  750

seq1  CATTTGGCACTCTAAGGACATCAGCTCCACGCTGTGATTGTCATATTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGCACTCTAAGGACATCAGCTCCACGCTGTGATTGTCATATTGAG  800

seq1  ATAGGTACCATCATCACCCTGATGTTGCCGAATGGGAAACTGAGTCACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTACCATCATCACCCTGATGTTGCCGAATGGGAAACTGAGTCACAG  850

seq1  AGAAGCCATGTGTTGCAGTGACTTTGTCCAGTGACACAGAGCACTGTAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCATGTGTTGCAGTGACTTTGTCCAGTGACACAGAGCACTGTAGC  900

seq1  CTGTGGTCAGAGTAACAGTGCTAACCACTGAGCAGTCCACACTGCCTTTG  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCAGAGT-ACAGTGCTAACCACTGAGCAGTCCACACTGCCTTTG  949

seq1  TACAGTGCTGGGGCTGCTCACACCATGCCCTCAGGACCTTCAGAGTTCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TACAGTGCTGGGGCTGCTCACACCATGCCCTCA-GACCTTCAGAG-TCTG  997

seq1  TGCACTCTGTAGAATGTAGAAATTAGCATGTGTCACCTTTCA-TGGCCAC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCACTCTGTAGAATGTAGAAATTAGCATGTGTCACCTTTCATTGGCCAC  1047

seq1  AGGCTGATCTCAGCCTTACTTCCTCTT--CCAGCCATCACACTTCAGTTT  1097
      | |||||||||||| |  |||||||||  | ||| |||||||||||||||
seq2  A-GCTGATCTCAGCTTACCTTCCTCTTTCCAAGCAATCACACTTCAGTTT  1096

seq1  AAC-TACCACCCTACCACTATTAAAAAGCAGAACCAC--CTCAGGCCAGG  1144
       || |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||
seq2  TACTTACCACCCTACCACTATT-AAAAGCAGAACCACCTCTCAGGCCAGG  1145

seq1  CACGGTGG-CACACACTATA-ATCCCCAGTACTGA--GGTGAAAGGGG-  1188
       ||||||| ||||||| ||| || |||||||||||  ||||||| ||| 
seq2  -ACGGTGGCCACACACCATATATTCCCAGTACTGAGGGGTGAAACGGGG  1193

seq1: chr16_5315931_5317044
seq2: B6Ng01-288O06.g_70_1187 (reverse)

seq1  GAGTAACTTTAAACAAGATGG-AGTGG-TCTAGCAGAGACAGGCTGTAGC  48
      |||||||||  ||| |||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||
seq2  GAGTAACTT--AACCAGATGGAAGTGGTTCTAGCAG-GACAGCTTGTAGC  47

seq1  AC--ATGGGTGAGCCAGAGC-AGACAACCACGTTGTG-TGGACC-AACAA  93
      ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  ACCAATGGGTGAGCCAGAGCAAGACAACCACGTTGTGTTGGACCAAACAA  97

seq1  AGATTT-ACTGAAACACAGCTGGATACATTCATGTATGCACTACCTTTTG  142
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAACTGAAACACAGCTGGATACATTCATGTATGCACTACCTTTTG  147

seq1  TAGCTTTCCCACTACAGAAGCTTCCAAGGCTGAAAATATCTTCTAGCCCT  192
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTCCCACTACAGAAGCTTCCAAGGCTG-AAATATCTTCTAGCCCT  196

seq1  TGCTGGTCCATGTACCGTGAGAGTCCCAGGTTAGAAAGCTTGGCACGCCT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTCCATGTACCGTGAGAGTCCCAGGTTAGAAAGCTTGGCACGCCT  246

seq1  CTGGAGTTCATTGAGTGTGTGAGAACAGGTGCTCATGAATGGCCACAGCC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTTCATTGAGTGTGTGAGAACAGGTGCTCATGAATGGCCACAGCC  296

seq1  CTAGAGACTACAAGCTATCTTGTAGTAGGTAGTCTCAGCTTTGCCTGTCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGACTACAAGCTATCTTGTAGTAGGTAGTCTCAGCTTTGCCTGTCT  346

seq1  CTGGTATTGGACAGTCCCTGGTATCTCCTGCCACTGTGGCCAGGTTTCAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATTGGACAGTCCCTGGTATCTCCTGCCACTGTGGCCAGGTTTCAG  396

seq1  GTTAGCATACTGTTCAAGTTTTGTACACTCATGAGGAGAGGAAGGCATGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCATACTGTTCAAGTTTTGTACACTCATGAGGAGAGGAAGGCATGG  446

seq1  TGACTTGTCCTCTCTAAAGACCTCTTTACTGTGGGTCTCCCAGCAGGTTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGTCCTCTCTAAAGACCTCTTTACTGTGGGTCTCCCAGCAGGTTT  496

seq1  CAGAGTGCCACATGTGCAGTGGGGCCAGCCTCCCTGCTGCTTGCGCTCCC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGCCACATGTGCAGTGGGGCCAGCCTCCCTGCTGCTTGCGCTCCC  546

seq1  AGGGACATAGGGGGAAACTCCTTTATGACAACAGAAGCAGAGGGAGGAGG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATAGGGGGAAACTCCTTTATGACAACAGAAGCAGAGGGAGGAGG  596

seq1  AAACAGATCTTTTAGTGCAGGGTCTGGGATTATTGAAATGAACATTTCCC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATCTTTTAGTGCAGGGTCTGGGATTATTGAAATGAACATTTCCC  646

seq1  TCTGAGTTCCAGACTGTCTGGGCATGCCTCCTGATGCTCTGCCTCCAAAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCCAGACTGTCTGGGCATGCCTCCTGATGCTCTGCCTCCAAAG  696

seq1  CTCTTGTTAGCAGCCAGATGGTACCATTTCATTGGATTTTCTCTGAATAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTTAGCAGCCAGATGGTACCATTTCATTGGATTTTCTCTGAATAA  746

seq1  CTTGCAGCTCCTTGCACAGTCCTTCCTGCAGCCAAGCATCTGTGGCCAGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGCTCCTTGCACAGTCCTTCCTGCAGCCAAGCATCTGTGGCCAGC  796

seq1  AACAGGACCTTCATGGGTGGCTCAGAGGAAGAAGAACTTCTCCTCTCCAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGACCTTCATGGGTGGCTCAGAGGAAGAAGAACTTCTCCTCTCCAT  846

seq1  TAGGTTGCAGGGTGTCAAGGGGAATCTGTGCACACTCCCCATAGCCCAAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGCAGGGTGTCAAGGGGAATCTGTGCACACTCCCCATAGCCCAAC  896

seq1  CAGCCTTGGCTTCATCATGGACTCTTGGCTCCATTTGACCCCTTAGAGCT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGGCTTCATCATGGACTCTTGGCTCCATTTGACCCCTTAGAGCT  946

seq1  CCTAACCTTTAGAGATGTCTTGCTATGCTGGTCTTTGTTGTGGTTCATAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACCTTTAGAGATGTCTTGCTATGCTGGTCTTTGTTGTGGTTCATAG  996

seq1  GTTTCACATCTGGGTAGAACTATTGATTGCTTCCCTCCCTTGGCAGCTTA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACATCTGGGTAGAACTATTGATTGCTTCCCTCCCTTGGCAGCTTA  1046

seq1  TGTATCACCATCTGGTCCCAGGAAAGCTTGACCTCAGGATGGAGGCTTCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCACCATCTGGTCCCAGGAAAGCTTGACCTCAGGATGGAGGCTTCC  1096

seq1  AGGTCAGATCCAGTTGGAATTC  1114
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGATCCAGTTGGAATTC  1118