BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291I13
Chromosome16 (Build37)
Map Location 9,350,728 - 9,471,514
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
Downstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291I13.bB6Ng01-291I13.g
ACCGA088393GA088394
length1,159985
definitionB6Ng01-291I13.b B6Ng01-291I13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,470,359 - 9,471,514)(9,350,728 - 9,351,646)
sequence
gaattcttggtgtgatctttgaattaactaaggacttgatcaagactgga
aagatgacacagttggtaaagtgcttacaagaagcaagcatgagaacctg
aatctgatctccataaaagccctgcaatgttcaccataggcctagcactg
ggatgtatgtagggggcagggcactggaagatccggggagtttgatggcc
agtcagtcaatctaattggttagctccagattcactgagagaggctgttt
caaaaaataaagtggagagtgactgaagaagacacctgctattgactact
ggcacacacatacatgtacgagtacacccaagtgtggacacgcacacacg
catacatacacatacaagcacaaataagtatgcataagtgtgcacatgag
catacacacacaagtaggtttaagtgttcacacagacatacacatacaca
cacacactcacatatgtacacacaaaattaactatttgaccaagaagact
cccaggagacatgaatacttaagtgatagatagcatagtggcccggccct
gaattgtgctcactgcacacattcgactggactgcaggctgtgtctgcac
ttctacatttaattgaatcttctaacacttctttgagatgggtgacaaca
gcttttcttttcaccatctggcaggccctgtaaaaaccatcagttaccca
gtctcaaaaaggagtaagacaagacatggagaggttaatgggcactcagg
acctccttaggccatcagtcgttggtgtcaggctgagatgtggttaccta
cttgctttctggctgtgagaatcaactgtgtgccagcatgagtcatacac
agtggtgatctttctagtaaagtaagaaaacttgtatgggtcgagtttcc
tcactttgagtgcctgttgtactagatgcacccaaagctccgccattcct
gctgctttctgttggctctctgtgcacaatggcacagtctgtagctacca
ggacatcttcacatggaggacttcagaagatggcactctccatcagaaac
atcaagttccctgaaggattccatgacatggattgtgtcctagaatagat
taaggaattgccggaaaacaattaatgaaatggctgatgcaagggtgttg
gcagtatca
gaattcctctcattagctcatttctgcaaacaagtctggaagcttctgtt
aattgcacttcaggacagagatgttcttaccaacataggaagatcatgtg
gtatgaaaaccagcataaagaacagttattaccacttgtcaggcactgga
cagttggagaacatcttgtacctcatactctacaagacaggagcttctag
tatattcttccagttcagtgtaggagtgcaaatattaaaggtgcacgcca
ccacatccagacttttttacatggattccagggattagactcaagttata
aggcctgtgtggtaagcacctttgagttgtcttgctgctccatatttttt
aactcttgcaaaaaggagtctttgataagagggaacctcatatttgcact
gtctgatttttctatcttttgaatctatctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatttatctgctacgctctccggtcgagtcaactg
gacaagccgaaaggcttaaaagtcactcatgaggcaaaagagtttcaagg
aagctctcctcctggagtctagcgttccctacccatacagtaatttttca
ttcccgagttccattcccgagttagtctagtgtatggatccacgtgctct
ctttcagtattttcctattataagtgctttttaaaattgaattttgacat
ggcttaagccttccgccagtgttccaacagtccaagggcatccttgacca
agatcaagggtttagaattcagcaagattgtaaaagctaagtcactccct
tacacaggaatttaccatcacttaaaaagaaggaagtttcagaccagaga
aaccagaatagatactatagcagagttacacccatacacacgtatttaca
atggcctaaggggaaggtggactatacaagagactaaaataggaactggt
ggcaaggacgcgaaggcccttgaccctggcttcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_9470359_9471514
seq2: B6Ng01-291I13.b_51_1209 (reverse)

seq1  TGATACTGCC-ACACCC-TGCATCAG-CATTTCATAAATTGTTCTCCGGC  47
      |||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGATACTGCCAACACCCTTGCATCAGCCATTTCATTAATTGTTTTCCGGC  50

seq1  AATTCCTAAATCTA-TCTAGGACACATCCCATGTCATGGAATCCTTCAGG  96
      ||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTAATCTATTCTAGGACACAATCCATGTCATGGAATCCTTCAGG  100

seq1  GAAACCTGATG-TTCTGATGGGAGAGTGCCATCTTCTGAAGTCCTCCATG  145
      | ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AACTTGATGTTTCTGAT-GGAGAGTGCCATCTTCTGAAGTCCTCCATG  148

seq1  TGAAGATGTCCTGGTAGCTACAGACTGTGCCATTGTGCACAGAGAGCCAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTCCTGGTAGCTACAGACTGTGCCATTGTGCACAGAGAGCCAA  198

seq1  CAGAAAGCAGCAGGAATGGCGGAGCTTTGGGTGCATCTAGTACAACAGGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCAGCAGGAATGGCGGAGCTTTGGGTGCATCTAGTACAACAGGC  248

seq1  ACTCAAAGTGAGGAAACTCGACCCATACAAGTTTTCTTACTTTACTAGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAGTGAGGAAACTCGACCCATACAAGTTTTCTTACTTTACTAGAA  298

seq1  AGATCACCACTGTGTATGACTCATGCTGGCACACAGTTGATTCTCACAGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACCACTGTGTATGACTCATGCTGGCACACAGTTGATTCTCACAGC  348

seq1  CAGAAAGCAAGTAGGTAACCACATCTCAGCCTGACACCAACGACTGATGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCAAGTAGGTAACCACATCTCAGCCTGACACCAACGACTGATGG  398

seq1  CCTAAGGAGGTCCTGAGTGCCCATTAACCTCTCCATGTCTTGTCTTACTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGAGGTCCTGAGTGCCCATTAACCTCTCCATGTCTTGTCTTACTC  448

seq1  CTTTTTGAGACTGGGTAACTGATGGTTTTTACAGGGCCTGCCAGATGGTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGAGACTGGGTAACTGATGGTTTTTACAGGGCCTGCCAGATGGTG  498

seq1  AAAAGAAAAGCTGTTGTCACCCATCTCAAAGAAGTGTTAGAAGATTCAAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAAGCTGTTGTCACCCATCTCAAAGAAGTGTTAGAAGATTCAAT  548

seq1  TAAATGTAGAAGTGCAGACACAGCCTGCAGTCCAGTCGAATGTGTGCAGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTAGAAGTGCAGACACAGCCTGCAGTCCAGTCGAATGTGTGCAGT  598

seq1  GAGCACAATTCAGGGCCGGGCCACTATGCTATCTATCACTTAAGTATTCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAATTCAGGGCCGGGCCACTATGCTATCTATCACTTAAGTATTCA  648

seq1  TGTCTCCTGGGAGTCTTCTTGGTCAAATAGTTAATTTTGTGTGTACATAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCTGGGAGTCTTCTTGGTCAAATAGTTAATTTTGTGTGTACATAT  698

seq1  GTGAGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTCTGTGTGAACACTTAAACCTACTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTCTGTGTGAACACTTAAACCTACTT  748

seq1  GTGTGTGTATGCTCATGTGCACACTTATGCATACTTATTTGTGCTTGTAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTATGCTCATGTGCACACTTATGCATACTTATTTGTGCTTGTAT  798

seq1  GTGTATGTATGCGTGTGTGCGTGTCCACACTTGGGTGTACTCGTACATGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTATGCGTGTGTGCGTGTCCACACTTGGGTGTACTCGTACATGT  848

seq1  ATGTGTGTGCCAGTAGTCAATAGCAGGTGTCTTCTTCAGTCACTCTCCAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGCCAGTAGTCAATAGCAGGTGTCTTCTTCAGTCACTCTCCAC  898

seq1  TTTATTTTTTGAAACAGCCTCTCTCAGTGAATCTGGAGCTAACCAATTAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTTGAAACAGCCTCTCTCAGTGAATCTGGAGCTAACCAATTAG  948

seq1  ATTGACTGACTGGCCATCAAACTCCCCGGATCTTCCAGTGCCCTGCCCCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTGACTGGCCATCAAACTCCCCGGATCTTCCAGTGCCCTGCCCCC  998

seq1  TACATACATCCCAGTGCTAGGCCTATGGTGAACATTGCAGGGCTTTTATG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATCCCAGTGCTAGGCCTATGGTGAACATTGCAGGGCTTTTATG  1048

seq1  GAGATCAGATTCAGGTTCTCATGCTTGCTTCTTGTAAGCACTTTACCAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCAGATTCAGGTTCTCATGCTTGCTTCTTGTAAGCACTTTACCAAC  1098

seq1  TGTGTCATCTTTCCAGTCTTGATCAAGTCCTTAGTTAATTCAAAGATCAC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCATCTTTCCAGTCTTGATCAAGTCCTTAGTTAATTCAAAGATCAC  1148

seq1  ACCAAGAATTC  1156
      |||||||||||
seq2  ACCAAGAATTC  1159

seq1: chr16_9350728_9351646
seq2: B6Ng01-291I13.g_65_983

seq1  GAATTCCTCTCATTAGCTCATTTCTGCAAACAAGTCTGGAAGCTTCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTCATTAGCTCATTTCTGCAAACAAGTCTGGAAGCTTCTGTT  50

seq1  AATTGCACTTCAGGACAGAGATGTTCTTACCAACATAGGAAGATCATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCACTTCAGGACAGAGATGTTCTTACCAACATAGGAAGATCATGTG  100

seq1  GTATGAAAACCAGCATAAAGAACAGTTATTACCACTTGTCAGGCACTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAAACCAGCATAAAGAACAGTTATTACCACTTGTCAGGCACTGGA  150

seq1  CAGTTGGAGAACATCTTGTACCTCATACTCTACAAGACAGGAGCTTCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGGAGAACATCTTGTACCTCATACTCTACAAGACAGGAGCTTCTAG  200

seq1  TATATTCTTCCAGTTCAGTGTAGGAGTGCAAATATTAAAGGTGCACGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCTTCCAGTTCAGTGTAGGAGTGCAAATATTAAAGGTGCACGCCA  250

seq1  CCACATCCAGACTTTTTTACATGGATTCCAGGGATTAGACTCAAGTTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCCAGACTTTTTTACATGGATTCCAGGGATTAGACTCAAGTTATA  300

seq1  AGGCCTGTGTGGTAAGCACCTTTGAGTTGTCTTGCTGCTCCATATTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGTGTGGTAAGCACCTTTGAGTTGTCTTGCTGCTCCATATTTTTT  350

seq1  AACTCTTGCAAAAAGGAGTCTTTGATAAGAGGGAACCTCATATTTGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTGCAAAAAGGAGTCTTTGATAAGAGGGAACCTCATATTTGCACT  400

seq1  GTCTGATTTTTCTATCTTTTGAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATTTTTCTATCTTTTGAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT  450

seq1  ATCTATCTATCTATCTATTTATCTGCTACGCTCTCCGGTCGAGTCAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATTTATCTGCTACGCTCTCCGGTCGAGTCAACTG  500

seq1  GACAAGCCGAAAGGCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAGAGTTTCAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCCGAAAGGCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAGAGTTTCAAGG  550

seq1  AAGCTCTCCTCCTGGAGTCTAGCGTTCCCTACCCATACAGTAATTTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTCCTCCTGGAGTCTAGCGTTCCCTACCCATACAGTAATTTTTCA  600

seq1  TTCCCGAGTTCCATTCCCGAGTTAGTCTAGTGTATGGATCCACGTGCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGAGTTCCATTCCCGAGTTAGTCTAGTGTATGGATCCACGTGCTCT  650

seq1  CTTTCAGTATTTTCCTATTATAAGTGCTTTTTAAAATTGAATTTTGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGTATTTTCCTATTATAAGTGCTTTTTAAAATTGAATTTTGACAT  700

seq1  GGCTTAAGCCTTCCGCCAGTGTTCCAACAGTCCAAGGGCATCCTTGACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAAGCCTTCCGCCAGTGTTCCAACAGTCCAAGGGCATCCTTGACCA  750

seq1  AGATCAAGGGTTTAGAATTCAGCAAGATTGTAAAAGCTAAGTCACTCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGGGTTTAGAATTCAGCAAGATTGTAAAAGCTAAGTCACTCCCT  800

seq1  TACACAGGAATTTACCATCACTTAAAAAGAAGGAAGTTTCAGACCAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGGAATTTACCATCACTTAAAAAGAAGGAAGTTTCAGACCAGAGA  850

seq1  AACCAGAATAGATACTATAGCAGAGTTACACCCATACACACGTATTTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAATAGATACTATAGCAGAGTTACACCCATACACACGTATTTACA  900

seq1  ATGGCCTAAGGGGAAGGTG  919
      |||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTAAGGGGAAGGTG  919