BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293H21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,488,114 - 40,646,565
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream geneEG667450, Lsamp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293H21.bB6Ng01-293H21.g
ACCGA089858GA089859
length1,1571,167
definitionB6Ng01-293H21.b B6Ng01-293H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,645,418 - 40,646,565)(40,488,114 - 40,489,277)
sequence
gaattcctcaaactctgtccttcatagaagccactggcagctgagggttt
tcagtaatgtaacagaagtaggcttatatcttcttatcaaaggggagact
gtatttccatcttatcattcaataaacctgaggccaacttaagggaaaat
aaatccataaaaggagggagatcctggtcacagatggctagcatacagag
tcttcatagtagaaaggaagaaataactggggaacagcccagccattcaa
agcctgataagtaagtctgagagccaacatcatgtaaaactcattagaag
gaagaaaagcctcatcaacaaacagtgataaagatcaggatattctaatt
atagttgtaagatatcacaacagagaccctacctccaccctagcacacag
agtaggggacaagaataacttggtttactccgaagataggcggaacaaaa
ataataagaaggaccaaggaagaaataaaaggattgttagccatgtgctc
attttgtatgagacttcagcactgtctctagtcagcttaatgtacaatcc
gtgtgtgtgagaagctgccgtgttaaccactagcctggtattttagaggg
aatggcaatgctttcgtgtggacagaggagaatgctgccccatttaaatc
attagcaatggctcttcaaaagttgaggaatgcatccccatatgagtaag
ccaggatctgcattgctccatttctgtctttgtttaaggaaagaccttgc
ttggtctgagagcattttgcagtgttccccttccctgctgcaggtaaaga
agcccatcttcactattgtagctcctggttcttgtatagccttggcaatg
ctgtattggatgatacctccactgtgtattacatatgtataactagtgtt
ttctcaacatctacacaaggcttgacttacaatgaacccatggcttgatc
aattcattgccattaaaaatatcataaagcaaacttatattcagtcaact
cgagcctatcatctacctctgcagcacagaccacttattagatagcaggt
ttgcacttcttgaaggcatttgttgtgactgacagacgcttgctgctagc
tgaaggccttaaattcccagtatttatgaatccaactgattgggtgttgt
ctcagac
gaattcagtcctccctgggccataggacttaacatagatttctgtttaaa
atatcgtttattctcctgatgtaagtggtttggaggtttgctgctgaaga
agcttatcgtttgtagttcgttctgaactctggctggctggttcatctca
gttgttctggtccaaactcttctccaagctgactgattcaatctgatttc
tctcagagtctcactaaatttgttctgatggcctcaaacaaattctggca
atatgttctaatcttctggctccttctcattctctggctgatcgtcttca
tctgtgtctaaattgttctctctgcaatttgtctctgtaaaaactgcctc
tgaactccatgaacttaactaccacaaactccactctcctgtactgcctc
tcaactccctgactcagcccaattgactgagattccaactccattgcact
gaactcaactgactcctgagtactgggattaaaggcatgtaccaccacac
ttggacctaacctttttctgtacctgtacctaagcttttctgagctttct
ctgtagatcaggctggccttgaattttgcatctgtgtcctggaattaaag
gcatgtctgtattccagccagagtagccatgttgctggattaaatttcct
ctatgatttctaatttaggactgggtaatcaacagttagttattcccagt
actttgagctttgagtctctttactaacagtctccgtgtggcagcacatt
tttgtggacgacaaatcaggagataagtctttgcttctgagtctcctcca
aacttctttgctcagcatatgtggtgacatattttggggctcagtacatg
atagaactccttaatgcattttgctttatagattgcaatatatatgggaa
attcacaacctaaatctgaaagattctgattcataagaagggttggaaag
gaaagataagctaagcaaactataaaatagagaaaccaagccaacctcaa
tgctaccaagcagtttgaatgaggaactatttgtaatccaaaggagtcat
atagcctttttctggttcctgaaaaaaaacacattcaagacactttaatg
taaggtccataagcctctggtaccttataatatcctgcaactgaagttcg
aaaatattttggtttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40645418_40646565
seq2: B6Ng01-293H21.b_47_1203 (reverse)

seq1  GTCTGAGACAACACACAA-CAGTTG--ATCAT-AATACTGGGAATTTAAG  46
      |||||||||||||| ||| ||||||   |||| |||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGACAACACCCAATCAGTTGGATTCATAAATACTGGGAATTTAAG  50

seq1  --CCTCAGCTAGCAGC-AGCGTCTTGTCAGTCACAAC-AATGCCTTCAGG  92
        | |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| |
seq2  GCCTTCAGCTAGCAGCAAGCGTC-TGTCAGTCACAACAAATGCCTTCAAG  99

seq1  AGGTGCAAACCCTGCTATCTA--TAGTGGTCTGTGCTGCAGAGGTAGATG  140
      | ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCAAA-CCTGCTATCTAATAAGTGGTCTGTGCTGCAGAGGTAGATG  148

seq1  ATAGGCTCG-GTTGACTGAATATAAGTTTGCTTTATGATATTTTTAATGG  189
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTCGAGTTGACTGAATATAAGTTTGCTTTATGATATTTTTAATGG  198

seq1  CAATGAATTGATCAAGCCATGGGTTCATTGTAAGTCAAGCCTTGTGTAGA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAATTGATCAAGCCATGGGTTCATTGTAAGTCAAGCCTTGTGTAGA  248

seq1  TGTTGAGAAAACACTAGTTATACATATGTAATACACAGTGGAGGTATCAT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGAAAACACTAGTTATACATATGTAATACACAGTGGAGGTATCAT  298

seq1  CCAATACAGCATTGCCAAGGCTATACAAGAACCAGGAGCTACAATAGTGA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATACAGCATTGCCAAGGCTATACAAGAACCAGGAGCTACAATAGTGA  348

seq1  AGATGGGCTTCTTTACCTGCAGCAGGGAAGGGGAACACTGCAAAATGCTC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGCTTCTTTACCTGCAGCAGGGAAGGGGAACACTGCAAAATGCTC  398

seq1  TCAGACCAAGCAAGGTCTTTCCTTAAACAAAGACAGAAATGGAGCAATGC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCAAGCAAGGTCTTTCCTTAAACAAAGACAGAAATGGAGCAATGC  448

seq1  AGATCCTGGCTTACTCATATGGGGATGCATTCCTCAACTTTTGAAGAGCC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTGGCTTACTCATATGGGGATGCATTCCTCAACTTTTGAAGAGCC  498

seq1  ATTGCTAATGATTTAAATGGGGCAGCATTCTCCTCTGTCCACACGAAAGC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAATGATTTAAATGGGGCAGCATTCTCCTCTGTCCACACGAAAGC  548

seq1  ATTGCCATTCCCTCTAAAATACCAGGCTAGTGGTTAACACGGCAGCTTCT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCATTCCCTCTAAAATACCAGGCTAGTGGTTAACACGGCAGCTTCT  598

seq1  CACACACACGGATTGTACATTAAGCTGACTAGAGACAGTGCTGAAGTCTC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACGGATTGTACATTAAGCTGACTAGAGACAGTGCTGAAGTCTC  648

seq1  ATACAAAATGAGCACATGGCTAACAATCCTTTTATTTCTTCCTTGGTCCT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAATGAGCACATGGCTAACAATCCTTTTATTTCTTCCTTGGTCCT  698

seq1  TCTTATTATTTTTGTTCCGCCTATCTTCGGAGTAAACCAAGTTATTCTTG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTATTTTTGTTCCGCCTATCTTCGGAGTAAACCAAGTTATTCTTG  748

seq1  TCCCCTACTCTGTGTGCTAGGGTGGAGGTAGGGTCTCTGTTGTGATATCT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTACTCTGTGTGCTAGGGTGGAGGTAGGGTCTCTGTTGTGATATCT  798

seq1  TACAACTATAATTAGAATATCCTGATCTTTATCACTGTTTGTTGATGAGG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTATAATTAGAATATCCTGATCTTTATCACTGTTTGTTGATGAGG  848

seq1  CTTTTCTTCCTTCTAATGAGTTTTACATGATGTTGGCTCTCAGACTTACT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTCCTTCTAATGAGTTTTACATGATGTTGGCTCTCAGACTTACT  898

seq1  TATCAGGCTTTGAATGGCTGGGCTGTTCCCCAGTTATTTCTTCCTTTCTA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGCTTTGAATGGCTGGGCTGTTCCCCAGTTATTTCTTCCTTTCTA  948

seq1  CTATGAAGACTCTGTATGCTAGCCATCTGTGACCAGGATCTCCCTCCTTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAGACTCTGTATGCTAGCCATCTGTGACCAGGATCTCCCTCCTTT  998

seq1  TATGGATTTATTTTCCCTTAAGTTGGCCTCAGGTTTATTGAATGATAAGA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGATTTATTTTCCCTTAAGTTGGCCTCAGGTTTATTGAATGATAAGA  1048

seq1  TGGAAATACAGTCTCCCCTTTGATAAGAAGATATAAGCCTACTTCTGTTA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATACAGTCTCCCCTTTGATAAGAAGATATAAGCCTACTTCTGTTA  1098

seq1  CATTACTGAAAACCCTCAGCTGCCAGTGGCTTCTATGAAGGACAGAGTTT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTGAAAACCCTCAGCTGCCAGTGGCTTCTATGAAGGACAGAGTTT  1148

seq1  GAGGAATTC  1148
      |||||||||
seq2  GAGGAATTC  1157

seq1: chr16_40488114_40489277
seq2: B6Ng01-293H21.g_67_1233

seq1  GAATTCAGTCCTCCCTGGGCCATAGGACTTAACATAGATTTCTGTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTCCCTGGGCCATAGGACTTAACATAGATTTCTGTTTAAA  50

seq1  ATATCGTTTATTCTCCTGATGTAAGTGGTTTGGAGGTTTGCTGCTGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCGTTTATTCTCCTGATGTAAGTGGTTTGGAGGTTTGCTGCTGAAGA  100

seq1  AGCTTATCGTTTGTAGTTCGTTCTGAACTCTGGCTGGCTGGTTCATCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATCGTTTGTAGTTCGTTCTGAACTCTGGCTGGCTGGTTCATCTCA  150

seq1  GTTGTTCTGGTCCAAACTCTTCTCCAAGCTGACTGATTCAATCTGATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCTGGTCCAAACTCTTCTCCAAGCTGACTGATTCAATCTGATTTC  200

seq1  TCTCAGAGTCTCACTAAATTTGTTCTGATGGCCTCAAACAAATTCTGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGTCTCACTAAATTTGTTCTGATGGCCTCAAACAAATTCTGGCA  250

seq1  ATATGTTCTAATCTTCTGGCTCCTTCTCATTCTCTGGCTGATCGTCTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTCTAATCTTCTGGCTCCTTCTCATTCTCTGGCTGATCGTCTTCA  300

seq1  TCTGTGTCTAAATTGTTCTCTCTGCAATTTGTCTCTGTAAAAACTGCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTCTAAATTGTTCTCTCTGCAATTTGTCTCTGTAAAAACTGCCTC  350

seq1  TGAACTCCATGAACTTAACTACCACAAACTCCACTCTCCTGTACTGCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCCATGAACTTAACTACCACAAACTCCACTCTCCTGTACTGCCTC  400

seq1  TCAACTCCCTGACTCAGCCCAATTGACTGAGATTCCAACTCCATTGCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCCCTGACTCAGCCCAATTGACTGAGATTCCAACTCCATTGCACT  450

seq1  GAACTCAACTGACTCCTGAGTACTGGGATTAAAGGCATGTACCACCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAACTGACTCCTGAGTACTGGGATTAAAGGCATGTACCACCACAC  500

seq1  TTGGACCTAACCTTTTTCTGTACCTGTACCTAAGCTTTTCTGAGCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCTAACCTTTTTCTGTACCTGTACCTAAGCTTTTCTGAGCTTTCT  550

seq1  CTGTAGATCAGGCTGGCCTTGAATTTTGCATCTGTGTCCTGGAATTAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGATCAGGCTGGCCTTGAATTTTGCATCTGTGTCCTGGAATTAAAG  600

seq1  GCATGTCTGTATTCCAGCCAGAGTAGCCATGTTGCTGGATTAAATTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCTGTATTCCAGCCAGAGTAGCCATGTTGCTGGATTAAATTTCCT  650

seq1  CTATGATTTCTAATTTAGGACTGGGTAATCAACAGTTAGTTATTCCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATTTCTAATTTAGGACTGGGTAATCAACAGTTAGTTATTCCCAGT  700

seq1  ACTTTGAGCTTTGAGTCTCTTTACTAACAGTCTCCGTGTGGCAGCACATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAGCTTTGAGTCTCTTTACTAACAGTCTCCGTGTGGCAGCACATT  750

seq1  TTTGTGGACGACAAATCAGGAGATAAGTCTTTGCTTCTGAGTCTCCTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGACGACAAATCAGGAGATAAGTCTTTGCTTCTGAGTCTCCTCCA  800

seq1  AACTTCTTTGCTCAGCATATGTGGTGACATATTTTGGGGCTCAGTACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTTTGCTCAGCATATGTGGTGACATATTTTGGGGCTCAGTACATG  850

seq1  ATAGAACTCCTTAATGCATTTTGCTTTATAGATTGCAATATATAT-GGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATAGAACTCCTTAATGCATTTTGCTTTATAGATTGCAATATATATGGGAA  900

seq1  ATTCACAACCTAAATCTGAAAGATTCTGATTCATAAGAAGGGTTGG-AAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTCACAACCTAAATCTGAAAGATTCTGATTCATAAGAAGGGTTGGAAAG  950

seq1  GAAAGATAAGGCTAAGCAAAACTATAAAAATAGAGAAACCAAGCCAAACC  998
      ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAGATAA-GCTAAGC-AAACTAT-AAAATAGAGAAACCAAGCC-AACC  996

seq1  TCAATGCTACCAAGCAGTTTTGAATGAAGAACTATTTTGTAATCCAAAGG  1048
      ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  TCAATGCTACCAAGCAG-TTTGAATGAGGAACTA-TTTGTAATCCAAAGG  1044

seq1  AGTCATATAGCCTTTTTCTTGGTTTCCTGAGAAAACACA-TTTCAGGACA  1097
      |||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |||  |||| ||||
seq2  AGTCATATAGCCTTTTTCT--GGTTCCTGAAAAAAAACACATTCAAGACA  1092

seq1  CTTTAATGTAAG--TCATAAG-CTCTTGTAACTTATAATAT-CTGC-ACT  1142
      ||||||||||||   |||||| |||| ||| |||||||||| |||| |||
seq2  CTTTAATGTAAGGTCCATAAGCCTCTGGTACCTTATAATATCCTGCAACT  1142

seq1  GAATTTCG-AAATATTT--GTTTAT  1164
      ||| |||| ||||||||  ||||||
seq2  GAAGTTCGAAAATATTTTGGTTTAT  1167