BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297G21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 5,498,089 - 5,667,363
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSrl, Tcfap4, Glis2, Magmas, Coro7, Vasn, Dnaja3, Nmral1, Hmox2, 5730403B10Rik, 4930562C15Rik, 1500031H01Rik, Mgrn1, Nudt16l1, Anks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik, Ubn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa, AU021092, Alg1, 5730409G15Rik
Downstream geneLOC100042436, A2bp1, LOC100042445
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297G21.bB6Ng01-297G21.g
ACCGA092788GA092789
length1,1591,154
definitionB6Ng01-297G21.b B6Ng01-297G21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,666,218 - 5,667,363)(5,498,089 - 5,499,227)
sequence
gaattcctagctaccagggcagtttctggggctttccaaacactagcacc
ttcctgctaaggttttggttgttctttacttgttgtgattctttgagcca
gggtctcatgagcccaggctggccttgaactcactatgtatctcagacca
accttgaagtcctacttttcctagctctacctcccaaatgctagatgaat
tacaggtctatgtcaccaccctgactcctgtctaacccttgattttatat
ccttctactctctcctcttcattatgctcttaagctctaaaataaacatg
gatggaagttgataacatagatgctcagtggaaaatgctcttttctggtc
aacaaactctttcaagtcacaggctgtcaggagaagccactaatttaaat
ctacatgatacccacatcagacaagttaatatgagcatcatggctaaact
atttcttgtccctaatgttaaattagtgttggctcttagtatcagagagt
aggtggtgtcttagttgatggtatggtggtcagttttaattgtcaacttg
atacaaccaagactcatcttggaaaagaatctcaatgagggactgtttac
attggtttgatatatgggcatgtctatggtaaactgtcttagttcactga
tatggaaagacatagcacactttgagtggcaccatttcctatgcagaggg
gccctaaactgtagagaagtagagaaattcagctgagcactagcaagtat
gcgctcatttgtctctgcccttgactgtggatgtgatgggactataagtt
tcagatcctgctaccttcactttcccacatgaaggcctgcaacctgggat
ccctaagtttctttgggtcagatattctatcacagcaaaagaaatgaaat
tagaacgggatgacttcagcatctaagtgaggaaaggaaggatttgtcca
accctgagagacgggtcagatcctcttgcaatggtctagcttgacacctc
caaatcattagaaggattgaccagccttaatccagtcctcactttgttct
tgtcgaggcaactcaaccaaagaatgttccacccattcatggccacactt
ctatagttagttaagagccaacaccatacctaatggctgacctagggata
aggcctaaa
gaattccttttggttgctgtggtgttccaaaacactttactgttgcctat
tattttatgactctgcacttttcgttatacaccccatacatggctgggac
ctgaagtttaagaagctagttggaggattgggagggagctgtaggatgtc
aggaatgccagacctactccctgccctttaccttgtaactgttagctaac
taggactcttcaaacccactcgtccctgtttttcctgctgctgttgcttc
aaggatggtgctggacctgtggctcagttttggtggctatgagctgacag
gggctctaaagtctactccataccatcaaccatcaaccatcaaagaaatg
atcagatgaggacataggaaagtatgatggcttccctagaatacagaggc
ttcgtggagacaattcaagatgccatttcaaccctggcaatcaatggagt
cccaggggtcacagtcaaattgtccagtgtcctatttcagacctgtaagg
ttagagcaaacaaagccggggaagatgatgctgattcatccaatggggaa
gatgatgctgattcatccaatggcttgggacttattgttgagcatctact
gtgtatctggtatcgattttgaaatagtagcagatgcagggatcaaaagg
ccctgttcctgtggagtttgtattccatgagagagttagacaaatgattg
gtaggctgttttaacccatggggcatatgcaggaccaaaccagcaacaac
aatactcttgaagagtaaaacctttctttattttcacagagcatccttga
aagaaggtcaaaggccctgagatgacctcttggtaaaatgatgggcctct
taagaaaggggttagtgggttcttgtggccaatagttagagatcagggac
tggtcacgccatggggagggcacagcaacctgtgggtggcctgtgctcag
aaacacaaagttgtctcttgcgcattaaaaggatgtaggagctttgtaga
gccacccatgggttcatccgatcttgaatctgccatgattcttatatctt
tgctataaagctttccttccggtgcctctttgcatcagttttcccctctg
gtctcatgaaatccaatgaaggggaaggttggtcaaggtcacccacttct
ctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_5666218_5667363
seq2: B6Ng01-297G21.b_49_1207 (reverse)

seq1  TTTATGCCTTATCCCTA-GTCAG-CATTATGTAT-GTGTTTGCTCTT-AC  46
      |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||||| ||
seq2  TTTAGGCCTTATCCCTAGGTCAGCCATTAGGTATGGTGTTGGCTCTTAAC  50

seq1  TTACTAT-GAAGTGTG--CATG-ATGGGTGGGACATTCTTTGATTGA--T  90
      | ||||| ||||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||||  |
seq2  TAACTATAGAAGTGTGGCCATGAATGGGTGGAACATTCTTTGGTTGAGTT  100

seq1  GGCTCTGAC-AGA--CAAGTGAGGACTTGATT-AGGCTTGTCAATTCTTC  136
      | ||| ||| |||   ||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||
seq2  GCCTC-GACAAGAACAAAGTGAGGACTGGATTAAGGCTGGTCAATCCTTC  149

seq1  TAATGATCTGGA-GTGTCAGGCTAGACCATTGCAAGGGGATCTGACCCGT  185
      ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAATGATTTGGAGGTGTCAAGCTAGACCATTGCAAGAGGATCTGACCCGT  199

seq1  CTCTCAGTGTTGGACAAATCCTTCCTTTCCTCACTTAGATGCTGAAGTCA  235
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGGGTTGGACAAATCCTTCCTTTCCTCACTTAGATGCTGAAGTCA  249

seq1  T-CCGTTCTAATTTCATTTCTTTTGCTGTGATAGAATATCCTGACCCAAA  284
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCCGTTCTAATTTCATTTCTTTTGCTGTGATAGAATAT-CTGACCCAAA  298

seq1  GAAACTTAGGGATCCCAGGTTGCAGGCCTTCATGTGGGAAAGTGAAGGTA  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTAGGGATCCCAGGTTGCAGGCCTTCATGTGGGAAAGTGAAGGTA  348

seq1  GCAGGATCCTGAAACTTATAGTCCCATCACATCCACAGTCAAGGGCAGAG  384
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAT-CTGAAACTTATAGTCCCATCACATCCACAGTCAAGGGCAGAG  397

seq1  ACAAATGAGCGCATACTTGCTAGTGCTCAGCTGAATTTCTCTACTTCTCT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGAGCGCATACTTGCTAGTGCTCAGCTGAATTTCTCTACTTCTCT  447

seq1  ACAGTTTAGGGCCCCTCTGCATAGGAAATGGTGCCACTCAAAGTGTGCTA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTAGGGCCCCTCTGCATAGGAAATGGTGCCACTCAAAGTGTGCTA  497

seq1  TGTCTTTCCATATCAGTGAACTAAGACAGTTTACCATAGACATGCCCATA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTCCATATCAGTGAACTAAGACAGTTTACCATAGACATGCCCATA  547

seq1  TATCAAACCAATGTAAACAGTCCCTCATTGAGATTCTTTTCCAAGATGAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAACCAATGTAAACAGTCCCTCATTGAGATTCTTTTCCAAGATGAG  597

seq1  TCTTGGTTGTATCAAGTTGACAATTAAAACTGACCACCATACCATCAACT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTTGTATCAAGTTGACAATTAAAACTGACCACCATACCATCAACT  647

seq1  AAGACACCACCTACTCTCTGATACTAAGAGCCAACACTAATTTAACATTA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACCACCTACTCTCTGATACTAAGAGCCAACACTAATTTAACATTA  697

seq1  GGGACAAGAAATAGTTTAGCCATGATGCTCATATTAACTTGTCTGATGTG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAGAAATAGTTTAGCCATGATGCTCATATTAACTTGTCTGATGTG  747

seq1  GGTATCATGTAGATTTAAATTAGTGGCTTCTCCTGACAGCCTGTGACTTG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCATGTAGATTTAAATTAGTGGCTTCTCCTGACAGCCTGTGACTTG  797

seq1  AAAGAGTTTGTTGACCAGAAAAGAGCATTTTCCACTGAGCATCTATGTTA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTTTGTTGACCAGAAAAGAGCATTTTCCACTGAGCATCTATGTTA  847

seq1  TCAACTTCCATCCATGTTTATTTTAGAGCTTAAGAGCATAATGAAGAGGA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTCCATCCATGTTTATTTTAGAGCTTAAGAGCATAATGAAGAGGA  897

seq1  GAGAGTAGAAGGATATAAAATCAAGGGTTAGACAGGAGTCAGGGTGGTGA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTAGAAGGATATAAAATCAAGGGTTAGACAGGAGTCAGGGTGGTGA  947

seq1  CATAGACCTGTAATTCATCTAGCATTTGGGAGGTAGAGCTAGGAAAAGTA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACCTGTAATTCATCTAGCATTTGGGAGGTAGAGCTAGGAAAAGTA  997

seq1  GGACTTCAAGGTTGGTCTGAGATACATAGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCAAGGTTGGTCTGAGATACATAGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGG  1047

seq1  CTCATGAGACCCTGGCTCAAAGAATCACAACAAGTAAAGAACAACCAAAA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAGACCCTGGCTCAAAGAATCACAACAAGTAAAGAACAACCAAAA  1097

seq1  CCTTAGCAGGAAGGTGCTAGTGTTTGGAAAGCCCCAGAAACTGCCCTGGT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCAGGAAGGTGCTAGTGTTTGGAAAGCCCCAGAAACTGCCCTGGT  1147

seq1  AGCTAGGAATTC  1146
      ||||||||||||
seq2  AGCTAGGAATTC  1159

seq1: chr16_5498089_5499227
seq2: B6Ng01-297G21.g_68_1221

seq1  GAATTCCTTTTGGTTGCTGTGGTGTTCCAAAACACTTTACTGTTGCCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTGGTTGCTGTGGTGTTCCAAAACACTTTACTGTTGCCTAT  50

seq1  TATTTTATGACTCTGCACTTTTCGTTATACACCCCATACATGGCTGGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGACTCTGCACTTTTCGTTATACACCCCATACATGGCTGGGAC  100

seq1  CTGAAGTTTAAGAAGCTAGTTGGAGGATTGGGAGGGAGCTGTAGGATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTTTAAGAAGCTAGTTGGAGGATTGGGAGGGAGCTGTAGGATGTC  150

seq1  AGGAATGCCAGACCTACTCCCTGCCCTTTACCTTGTAACTGTTAGCTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCCAGACCTACTCCCTGCCCTTTACCTTGTAACTGTTAGCTAAC  200

seq1  TAGGACTCTTCAAACCCACTCGTCCCTGTTTTTCCTGCTGCTGTTGCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTCTTCAAACCCACTCGTCCCTGTTTTTCCTGCTGCTGTTGCTTC  250

seq1  AAGGATGGTGCTGGACCTGTGGCTCAGTTTTGGTGGCTATGAGCTGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGGTGCTGGACCTGTGGCTCAGTTTTGGTGGCTATGAGCTGACAG  300

seq1  GGGCTCTAAAGTCTACTCCATACCATCAACCATCAACCATCAAAGAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTAAAGTCTACTCCATACCATCAACCATCAACCATCAAAGAAATG  350

seq1  ATCAGATGAGGACATAGGAAAGTATGATGGCTTCCCTAGAATACAGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATGAGGACATAGGAAAGTATGATGGCTTCCCTAGAATACAGAGGC  400

seq1  TTCGTGGAGACAATTCAAGATGCCATTTCAACCCTGGCAATCAATGGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGGAGACAATTCAAGATGCCATTTCAACCCTGGCAATCAATGGAGT  450

seq1  CCCAGGGGTCACAGTCAAATTGTCCAGTGTCCTATTTCAGACCTGTAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGGTCACAGTCAAATTGTCCAGTGTCCTATTTCAGACCTGTAAGG  500

seq1  TTAGAGCAAACAAAGCCGGGGAAGATGATGCTGATTCATCCAATGGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCAAACAAAGCCGGGGAAGATGATGCTGATTCATCCAATGGGGAA  550

seq1  GATGATGCTGATTCATCCAATGGCTTGGGACTTATTGTTGAGCATCTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGCTGATTCATCCAATGGCTTGGGACTTATTGTTGAGCATCTACT  600

seq1  GTGTATCTGGTATCGATTTTGAAATAGTAGCAGATGCAGGGATCAAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCTGGTATCGATTTTGAAATAGTAGCAGATGCAGGGATCAAAAGG  650

seq1  CCCTGTTCCTGTGGAGTTTGTATTCCATGAGAGAGTTAGACAAATGATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTCCTGTGGAGTTTGTATTCCATGAGAGAGTTAGACAAATGATTG  700

seq1  GTAGGCTGTTTTAACCCATGGGGCATATGCAGGACCAAACCAGCAACAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTGTTTTAACCCATGGGGCATATGCAGGACCAAACCAGCAACAAC  750

seq1  AATACTCTTGAAGAGTAAAACC-TTCTTTATTTTCACAGAGCATCCTTGA  799
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTCTTGAAGAGTAAAACCTTTCTTTATTTTCACAGAGCATCCTTGA  800

seq1  AAGAAGGTC-AAGGCCCTGAGATGACCTCTTGGTAAAATGAT-GGCCTCT  847
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGAAGGTCAAAGGCCCTGAGATGACCTCTTGGTAAAATGATGGGCCTCT  850

seq1  TAAGAAAGGGGTTAGTGGGTTCTTGTGGCCAATAGTTAGAGATCAGGGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGGGGTTAGTGGGTTCTTGTGGCCAATAGTTAGAGATCAGGGAC  900

seq1  TGGTCACGCCATGGGGAGGGCACAGCAACCTGTGGGTGGCCTGTGCTCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACGCCATGGGGAGGGCACAGCAACCTGTGGGTGGCCTGTGCTCAG  950

seq1  AAACACAAAG-TGTCTCTTGCGCATT-AAAGGATGTAGGAGCTTTGTAGA  995
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAAGTTGTCTCTTGCGCATTAAAAGGATGTAGGAGCTTTGTAGA  1000

seq1  GCCACCCAT-GGTTCATCCGATTCCTG-ATCTGCCCATGGATCTT-TATC  1042
      ||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||  |||| ||||
seq2  GCCACCCATGGGTTCATCCGA-TCTTGAATCTG-CCATGATTCTTATATC  1048

seq1  -TTGCT-TTAAGCTTTCTTTCC-GTG-CTC-TTGCCTCAG-TTTCCCCTC  1086
       ||||| | |||||||| |||| ||| ||| |||| |||| |||||||||
seq2  TTTGCTATAAAGCTTTCCTTCCGGTGCCTCTTTGCATCAGTTTTCCCCTC  1098

seq1  T-GTCTCCATG-AATCCCATGA--GGGAGGTTTGGGTCAAGTACA-CCAC  1131
      | |||| |||| ||||| ||||  |||| | || |||||||  || ||||
seq2  TGGTCT-CATGAAATCCAATGAAGGGGAAGGTT-GGTCAAGGTCACCCAC  1146

seq1  TTCTCTAC  1139
      ||||||||
seq2  TTCTCTAC  1154