BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299K18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 7,376,574 - 7,516,845
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream genenone
Downstream gene4930511J11Rik, BC024814, Abat
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299K18.bB6Ng01-299K18.g
ACCGA094447GA094448
length1,1791,079
definitionB6Ng01-299K18.b B6Ng01-299K18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,376,574 - 7,377,759)(7,515,767 - 7,516,845)
sequence
gaattcaaaataaaggaatgggctttcctaaggtgattcattgaccttgg
cagtacccacacttacaaacgtaagcccaatttcatatgcactgcacacc
tcacctgcagactggcagctggaggtacagaagtgtattggagaaatgca
gaatttcggatggatgtgtgtgaatgccttggtccccaggctttggcgat
atgatggtttctaaaacagttatagctatttctatataggtgccttggtg
ggggcagggcagcaaaccaaccgaaaaacccaaaatatgtgtgtttccat
attgaatgcgattttctggctctattctctgaggacatcaatgtgaatgt
caggtgctctgcatgcaagaatgtcccgagggtgcttattttcgtgatga
ctattttaatttgaggatttgtttcatgaataaaataataatggtaacga
tttgcatgtgtggctgaggcatgctgggtcagacaggtaagcaagcaggc
aaggggtgtggcccgtgaatgggaactgtcagaaggcactgggctcccgc
ctggctttcggcaatgcagtaatgcagtaccctacagattgctgtggtgc
acttttcctgcgccttcatcccatttctcacaagaagacttgctagagcg
cagcagctgcagaattctcctgcagtttaataaagcaaaagaaatccctg
aatttaagatgccgtacttagctgcacacacaaactcatcaaaaatgagc
taagatctgctgtctggctatacacaggaattatcactgttttctcatga
gtactcataacccattttccaaattgtggagaatcttcaaggaaatccaa
gccactggccagacacacttgtaaatacatgaattatccatttaactaat
catcagttggcaagatgcaagctgcttcatgtaaattattctcttcagta
ttttctgacactgcttaggacactgagagggtcacaaaggctaacacaaa
tgatgacaatcttgaaatacttgagtctttcaacaatgaaaagcttaaat
gtattaaactccagtactgtagatccacaccaggtctcattgtatggtgg
ctcagcacaggcctacttattttatgaaatttctctagatgctagttctc
caacgccccactttgtatggtaattataa

gaattcattaaaagatatctaggggagaagggaaaaggaagaaggagaga
gaaaacacgagtacacagtatatgattaccaatgttaaggactgtttcat
ggtggtcccacaatgagctaagatcttgaatgatttatttcctttttata
attccttgtgtttttcttcttgacattaaggaaaaatcagaagaaacttg
aaatcagctatgttgataatcctatggcatagtctaagaacccttgtctc
tcatggcattcttaaaagaataatagattaagatcaagaaaccatggata
ggcatatgcatgtataagtgcatcttgaagtcattagttgaggcaagcat
tgttctctaattccctattaataagatgatttaacttctgaatgtttatt
gtcagtagtcccaatttccctgggccatggcctccaggtcttatgggaag
tgtgtagtcatacttagtgcttgagaaaaattctgccattgcagaataag
gtcacaaacatgcacttgctctgatcctctggagcccttggagaaataga
cctgccaggttttattccaggtcttaggccttctgtattataactttgtg
caatgtctgtacaatactttacagctgctctgtgagtgaaggtcttgtct
ctgaagggagccatttttctacttacaccagaaaaaaatgtcacacgata
cactagattcttaacatatcacatttcctggtcactgtataaatgaccaa
tgcaacagcaatatggtaaaatcttagactactgaataatagaggaaatc
atggtaagtgccaacactgagcactttctgtatgtcagatgctacatgaa
atattttgtagatgttgtttatttaaccctcatgacagcagtataattta
ttacccacaattcattattgaagaaatgtgctcagtcaagagaaccaacc
catgcattccacagttagtatgaggcagggaaagtagagtggctagattc
tgtcttatgccaagttgcactgcgttatttggtatgtagggccataggta
gggacacaggtccaaataaaaaaatgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_7376574_7377759
seq2: B6Ng01-299K18.b_50_1228

seq1  GAATTCAAAATAAAGGAATGGGCTTTCCTAAGGTGATTCATTGACCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATAAAGGAATGGGCTTTCCTAAGGTGATTCATTGACCTTGG  50

seq1  CAGTACCCACACTTACAAACGTAAGCCCAATTTCATATGCACTGCACACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCCACACTTACAAACGTAAGCCCAATTTCATATGCACTGCACACC  100

seq1  TCACCTGCAGACTGGCAGCTGGAGGTACAGAAGTGTATTGGAGAAATGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGCAGACTGGCAGCTGGAGGTACAGAAGTGTATTGGAGAAATGCA  150

seq1  GAATTTCGGATGGATGTGTGTGAATGCCTTGGTCCCCAGGCTTTGGCGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCGGATGGATGTGTGTGAATGCCTTGGTCCCCAGGCTTTGGCGAT  200

seq1  ATGATGGTTTCTAAAACAGTTATAGCTATTTCTATATAGGTGCCTTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGTTTCTAAAACAGTTATAGCTATTTCTATATAGGTGCCTTGGTG  250

seq1  GGGGCAGGGCAGCAAACCAACCGAAAAACCCAAAATATGTGTGTTTCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGGGCAGCAAACCAACCGAAAAACCCAAAATATGTGTGTTTCCAT  300

seq1  ATTGAATGCGATTTTCTGGCTCTATTCTCTGAGGACATCAATGTGAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAATGCGATTTTCTGGCTCTATTCTCTGAGGACATCAATGTGAATGT  350

seq1  CAGGTGCTCTGCATGCAAGAATGTCCCGAGGGTGCTTATTTTCGTGATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCTCTGCATGCAAGAATGTCCCGAGGGTGCTTATTTTCGTGATGA  400

seq1  CTATTTTAATTTGAGGATTTGTTTCATGAATAAAATAATAATGGTAACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTAATTTGAGGATTTGTTTCATGAATAAAATAATAATGGTAACGA  450

seq1  TTTGCATGTGTGGCTGAGGCATGCTGGGTCAGACAGGTAAGCAAGCAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGTGTGGCTGAGGCATGCTGGGTCAGACAGGTAAGCAAGCAGGC  500

seq1  AAGGGGTGTGGCCCGTGAATGGGAACTGTCAGAAGGCACTGGGCTCCCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTGTGGCCCGTGAATGGGAACTGTCAGAAGGCACTGGGCTCCCGC  550

seq1  CTGGCTTTCGGCAATGCAGTAATGCAGTACCCTACAGATTGCTGTGGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTCGGCAATGCAGTAATGCAGTACCCTACAGATTGCTGTGGTGC  600

seq1  ACTTTTCCTGCGCCTTCATCCCATTTCTCACAAGAAGACTTGCTAGAGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCCTGCGCCTTCATCCCATTTCTCACAAGAAGACTTGCTAGAGCG  650

seq1  CAGCAGCTGCAGAATTCTCCTGCAGTTTAATAAAGCAAAAGAAATCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCTGCAGAATTCTCCTGCAGTTTAATAAAGCAAAAGAAATCCCTG  700

seq1  AATTTAAGATGCCGTACTTAGCTGCACACACAAACTCATCAAAAATGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAGATGCCGTACTTAGCTGCACACACAAACTCATCAAAAATGAGC  750

seq1  TAAGATCTGCTGTCTGGCTATACACAGGAATTATCACTGTTTTCTCATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCTGCTGTCTGGCTATACACAGGAATTATCACTGTTTTCTCATGA  800

seq1  GTACTCATAACCCATTTTCCAAATTGTGGAGAATCTTCAAGGAAATCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCATAACCCATTTTCCAAATTGTGGAGAATCTTCAAGGAAATCCAA  850

seq1  GCCACTGGCCAGACACACTTGTAAATACATGAATTATCCATTTAACTAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGGCCAGACACACTTGTAAATACATGAATTATCCATTTAACTAAT  900

seq1  CATCAGTTGGCAAGATGCAAGCTGCTTCATGTAAATTATTCTCTTCAGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTTGGCAAGATGCAAGCTGCTTCATGTAAATTATTCTCTTCAGTA  950

seq1  TTTTCTGACACTGCTTAGGACAACTGAGAGGGTCACAAAGGCTAACACAA  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGACACTGCTTAGGAC-ACTGAGAGGGTCACAAAGGCTAACACAA  999

seq1  ATGATGACAATCTTGAAATACTTGAGGTCTTTCAACAAATGAAAAGGCTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
seq2  ATGATGACAATCTTGAAATACTTGA-GTCTTTCAAC-AATGAAAA-GCTT  1046

seq1  AAATGTTATTAAACTCCAAGTACTGTAGATCCACAC--AGTCTCAATTGT  1098
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||| |||||
seq2  AAATG-TATTAAACTCC-AGTACTGTAGATCCACACCAGGTCTC-ATTGT  1093

seq1  AATGTGGCTCAGCTACAGCCCTTAATTATTTTATGAAAATATCTCTAGAT  1148
      |  |||||||||| |||| || || |||||||||| |||| |||||||||
seq2  ATGGTGGCTCAGC-ACAGGCC-TACTTATTTTATG-AAATTTCTCTAGAT  1140

seq1  GCTAAATTCTCAAACG-CCCACTTTGTAT-GTAATTATAA  1186
      ||| | ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  GCT-AGTTCTCCAACGCCCCACTTTGTATGGTAATTATAA  1179


seq1: chr16_7515767_7516845
seq2: B6Ng01-299K18.g_69_1147 (reverse)

seq1  TCTCATTTTTTTATTTG--ACTGTGTCCCTACCTATGGCCCTACATA-CA  47
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTCATTTTTTTATTTGGACCTGTGTCCCTACCTATGGCCCTACATACCA  50

seq1  AATAACGGCAGTGCCAACTTTGGCATAAGACAG-ATCTAGCCACTCTACT  96
      |||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATAAC-GCAGTG-CAAC-TTGGCATAAGACAGAATCTAGCCACTCTACT  97

seq1  TTCCCCTGCCTCATACTAACTGTGGAATGCATGGGTTGGTTCTCTTGACT  146
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-CCCTGCCTCATACTAACTGTGGAATGCATGGGTTGGTTCTCTTGACT  146

seq1  GAGCACATTTCTTCAATAATGAATTGTGGGTAATAATTTATACTGCTGTC  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAGCACATTTCTTCAATAATGAATTGTGGGTAATAAATTATACTGCTGTC  196

seq1  ATGAGGGTTAAATAAACAACATCTACAAAATATTTCATGTAGCATCTGAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGTTAAATAAACAACATCTACAAAATATTTCATGTAGCATCTGAC  246

seq1  ATACAGAAAGTGCTCAGTGTTGGCACTTACCATGATTTCCTCTATTATTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAAAGTGCTCAGTGTTGGCACTTACCATGATTTCCTCTATTATTC  296

seq1  AGTAGTCTAAGATTTTACCATATTGCTGTTGCATTGGTCATTTATACAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCTAAGATTTTACCATATTGCTGTTGCATTGGTCATTTATACAGT  346

seq1  GACCAGGAAATGTGATATGTTAAGAATCTAGTGTATCGTGTGACATTTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGAAATGTGATATGTTAAGAATCTAGTGTATCGTGTGACATTTTT  396

seq1  TTCTGGTGTAAGTAGAAAAATGGCTCCCTTCAGAGACAAGACCTTCACTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTGTAAGTAGAAAAATGGCTCCCTTCAGAGACAAGACCTTCACTC  446

seq1  ACAGAGCAGCTGTAAAGTATTGTACAGACATTGCACAAAGTTATAATACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCAGCTGTAAAGTATTGTACAGACATTGCACAAAGTTATAATACA  496

seq1  GAAGGCCTAAGACCTGGAATAAAACCTGGCAGGTCTATTTCTCCAAGGGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCCTAAGACCTGGAATAAAACCTGGCAGGTCTATTTCTCCAAGGGC  546

seq1  TCCAGAGGATCAGAGCAAGTGCATGTTTGTGACCTTATTCTGCAATGGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGGATCAGAGCAAGTGCATGTTTGTGACCTTATTCTGCAATGGCA  596

seq1  GAATTTTTCTCAAGCACTAAGTATGACTACACACTTCCCATAAGACCTGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTTCTCAAGCACTAAGTATGACTACACACTTCCCATAAGACCTGG  646

seq1  AGGCCATGGCCCAGGGAAATTGGGACTACTGACAATAAACATTCAGAAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATGGCCCAGGGAAATTGGGACTACTGACAATAAACATTCAGAAGT  696

seq1  TAAATCATCTTATTAATAGGGAATTAGAGAACAATGCTTGCCTCAACTAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCATCTTATTAATAGGGAATTAGAGAACAATGCTTGCCTCAACTAA  746

seq1  TGACTTCAAGATGCACTTATACATGCATATGCCTATCCATGGTTTCTTGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCAAGATGCACTTATACATGCATATGCCTATCCATGGTTTCTTGA  796

seq1  TCTTAATCTATTATTCTTTTAAGAATGCCATGAGAGACAAGGGTTCTTAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATCTATTATTCTTTTAAGAATGCCATGAGAGACAAGGGTTCTTAG  846

seq1  ACTATGCCATAGGATTATCAACATAGCTGATTTCAAGTTTCTTCTGATTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCCATAGGATTATCAACATAGCTGATTTCAAGTTTCTTCTGATTT  896

seq1  TTCCTTAATGTCAAGAAGAAAAACACAAGGAATTATAAAAAGGAAATAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAATGTCAAGAAGAAAAACACAAGGAATTATAAAAAGGAAATAAA  946

seq1  TCATTCAAGATCTTAGCTCATTGTGGGACCACCATGAAACAGTCCTTAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCAAGATCTTAGCTCATTGTGGGACCACCATGAAACAGTCCTTAAC  996

seq1  ATTGGTAATCATATACTGTGTACTCGTGTTTTCTCTCTCCTTCTTCCTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTAATCATATACTGTGTACTCGTGTTTTCTCTCTCCTTCTTCCTTT  1046

seq1  TCCCTTCTCCCCTAGATATCTTTTAATGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTCCCCTAGATATCTTTTAATGAATTC  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |