BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304D16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 8,349,319 - 8,495,146
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930511J11Rik, BC024814
Upstream geneA2bp1
Downstream geneAbat, LOC665207, Tmem186, Pmm2, Carhsp1, EG436336, Usp7, LOC665231, 1810013L24Rik, LOC100043106
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304D16.bB6Ng01-304D16.g
ACCGA097837GA097838
length1,1581,093
definitionB6Ng01-304D16.b B6Ng01-304D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,349,319 - 8,350,475)(8,494,072 - 8,495,146)
sequence
gaattcttcagctatagcaacaaccaatttacttgaaagaattgctggag
tctgtttacagccaacaggcccagattggcttgtaacactcctggtgtac
ctggtgaccggtaccccagcttttcctcatttgcttcctcatctatgcag
tatgcaggcttatagaagtgcctgctctttgatgaacacccctctcatgg
cttcttttccgggcaggcattggagtattgccagaaaaagcaagaggaga
gactccattctggaaccttccctagctggggtcacagctagctcttcatt
tgttctctggctaactttgggacaaatcaataaaccctctgagccccact
tctggtttcttccatggtagatagacagcctgtctctcaggctggtgtaa
ggatggattgggacattggatgagatgagtccaatacatacaagagacat
gtcctgtgtaaaacagtgtatgtctgtttcactcttcattcaactcagag
gatgaagtctgccaagcatttgtgctcacaaaatgggtaaaagaggatag
gagccttgcatgagttatgggtgaacctccttcctacttctgagatcaga
cttcatagagaaatactagctatgactttgaaatattccttctttctccc
tgcctcctcgatatcaaaaggccttcccagccacacacattttgcaattt
taggactctaaaaccagggcactgcaaagagtccatagcagttaagactc
tttgacaacaaaaccctatcttaagttaccttaaacaccagtcattgatt
gacatggctggtatgcccatgcctgcagtggtgtcacactgaggatcctg
tatccattatcacagcttcttctacaacttttatctgcttcctgaatcag
tctgtttatagccaacaggcccaggttggcttgttacactccctgacaca
gggtttccctcatttgcttcctcgtctagaaccatcatgttagctataca
catgttggcttctcttcagaagctgggttcctacaggtactatatcccaa
ccggttcaacacaaccagactgacagcctggactctggtcactgctgctc
tgtaaataagtttactggaggctcagccattctaactcattggtggcagt
cgatggca

gaattccaaaaaagtaagaaaaaggctgggaccacaccttattcttggca
ggactagcccttctactcatcctaggactggaatagccagatctccactt
ggcccctgacttcctgcttccttccctgcagccagaatgaagaaaacact
ggacttttgctttcaagatgatagactaaggtttaaactgcgtacttgct
atttctgagccccatgaccttggttagcccatgaaagcctatgggccttg
gcttatgagtatcttaaatggatatagaatctggggatgtagcttagagg
tagtgtgttgtttagtctgtataaagccctgggtgccattcccaatactg
ccagaaataaaataggtaaagagttataatactcagataattgagaccaa
cagtcggtaaatgcttaagtcttgagggtgtgatttgagtgctaagatac
atagagctattgtccaacaactgtatggtgtgatcatgtccctgaaggaa
tctcaagagtccttggggactcactttggagtggttgtcaaggtcaaaac
ctccagatgccttacacaggcaccccactggtgattcatgaagttaggat
gccaccttgtggtgagaggtgttacaggcggggatacaggcgaggatact
ggatgttctccagccttggacctcagaggaggaatctcatctctaggagt
ctttccctggtgatctcagaggtgggatcaagaacaaagatgagggctag
gactacagttctgttgcttgaaggcccgcttagaacccaagaagccctca
ctttccatccctagcaccacacaaactagatgtgctggtgggtatgatcc
tggcactcgggaggtggaggcagaggggattataacttttaaggtcatct
tcagctatctaatggagtttgaaggccagcctttaagctacacgaaggct
tttgtcttttaaaaatgaagagattaacaacacctcaaagtcttccctta
tccatgaagggacgagaccagcaaaacgttcaaccaaaggaacatgaaga
cttcagaatttttataggtaaaggggttggggcaaaatgctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_8349319_8350475
seq2: B6Ng01-304D16.b_43_1200

seq1  GAATTCTTCAGCTATAGCAACAACCAATTTACTTGAAAGAATTGCTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGCTATAGCAACAACCAATTTACTTGAAAGAATTGCTGGAG  50

seq1  TCTGTTTACAGCCAACAGGCCCAGATTGGCTTGTAACACTCCTGGTGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTACAGCCAACAGGCCCAGATTGGCTTGTAACACTCCTGGTGTAC  100

seq1  CTGGTGACCGGTACCCCAGCTTTTCCTCATTTGCTTCCTCATCTATGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGACCGGTACCCCAGCTTTTCCTCATTTGCTTCCTCATCTATGCAG  150

seq1  TATGCAGGCTTATAGAAGTGCCTGCTCTTTGATGAACACCCCTCTCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGGCTTATAGAAGTGCCTGCTCTTTGATGAACACCCCTCTCATGG  200

seq1  CTTCTTTTCCGGGCAGGCATTGGAGTATTGCCAGAAAAAGCAAGAGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTCCGGGCAGGCATTGGAGTATTGCCAGAAAAAGCAAGAGGAGA  250

seq1  GACTCCATTCTGGAACCTTCCCTAGCTGGGGTCACAGCTAGCTCTTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCATTCTGGAACCTTCCCTAGCTGGGGTCACAGCTAGCTCTTCATT  300

seq1  TGTTCTCTGGCTAACTTTGGGACAAATCAATAAACCCTCTGAGCCCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGGCTAACTTTGGGACAAATCAATAAACCCTCTGAGCCCCACT  350

seq1  TCTGGTTTCTTCCATGGTAGATAGACAGCCTGTCTCTCAGGCTGGTGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTTCTTCCATGGTAGATAGACAGCCTGTCTCTCAGGCTGGTGTAA  400

seq1  GGATGGATTGGGACATTGGATGAGATGAGTCCAATACATACAAGAGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATTGGGACATTGGATGAGATGAGTCCAATACATACAAGAGACAT  450

seq1  GTCCTGTGTAAAACAGTGTATGTCTGTTTCACTCTTCATTCAACTCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTGTAAAACAGTGTATGTCTGTTTCACTCTTCATTCAACTCAGAG  500

seq1  GATGAAGTCTGCCAAGCATTTGTGCTCACAAAATGGGTAAAAGAGGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGTCTGCCAAGCATTTGTGCTCACAAAATGGGTAAAAGAGGATAG  550

seq1  GAGCCTTGCATGAGTTATGGGTGAACCTCCTTCCTACTTCTGAGATCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTGCATGAGTTATGGGTGAACCTCCTTCCTACTTCTGAGATCAGA  600

seq1  CTTCATAGAGAAATACTAGCTATGACTTTGAAATATTCCTTCTTTCTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGAGAAATACTAGCTATGACTTTGAAATATTCCTTCTTTCTCCC  650

seq1  TGCCTCCTCGATATCAAAAGGCCTTCCCAGCCACACACATTTTGCAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCTCGATATCAAAAGGCCTTCCCAGCCACACACATTTTGCAATTT  700

seq1  TAGGACTCTAAAACCAGGGCACTGCAAAGAGTCCATAGCAGTTAAGACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTCTAAAACCAGGGCACTGCAAAGAGTCCATAGCAGTTAAGACTC  750

seq1  TTTGACAACAAAACCCTATCTTAAGTTACCTTAAACACCAGTCATTGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAACAAAACCCTATCTTAAGTTACCTTAAACACCAGTCATTGATT  800

seq1  GACATGGCTGGTATGCCCATGCCTGCAGTGGTGTCACACTGAGGATCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGCTGGTATGCCCATGCCTGCAGTGGTGTCACACTGAGGATCCTG  850

seq1  TATCCATTATCACAGCTTCTTCTACAACTTTTATCTGCTTCCTGAATCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATTATCACAGCTTCTTCTACAACTTTTATCTGCTTCCTGAATCAG  900

seq1  TCTGTTTATAGCCAACAGGCCCAGGTTGGCTTGTAACACTCCCTGACAAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  TCTGTTTATAGCCAACAGGCCCAGGTTGGCTTGTTACACTCCCTGACACA  950

seq1  AGGTTT-CCTCATTTGCTTCCTCGTCTAGAA-CATCATGTTAGCTATACA  998
       ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCCCTCATTTGCTTCCTCGTCTAGAACCATCATGTTAGCTATACA  1000

seq1  CATGTTGGC-TCTCTTCAGAAGCTGGG-TCCTACA-GTACTATATCCCAA  1045
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  CATGTTGGCTTCTCTTCAGAAGCTGGGTTCCTACAGGTACTATATCCCAA  1050

seq1  CGGTTTCAACACAACCAAGGACTGACAAGCT-GACTCTGGTCCACTGCCT  1094
      | | |||||||||||||  ||||||||  || ||||||||| ||||| ||
seq2  CCGGTTCAACACAACCA--GACTGACAGCCTGGACTCTGGT-CACTG-CT  1096

seq1  GCTCTGTAAATAAAGTTTTACTGGA-GCTCAGCCCATCT-ACTCATTGGT  1142
      |||||||||||||   ||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||
seq2  GCTCTGTAAATAA--GTTTACTGGAGGCTCAGCCATTCTAACTCATTGGT  1144

seq1  GTGTAGTCGATGGCA  1157
      | | |||||||||||
seq2  G-GCAGTCGATGGCA  1158


seq1: chr16_8494072_8495146
seq2: B6Ng01-304D16.g_69_1161 (reverse)

seq1  TCAGCATTTTGCCCCAACCCCTTTACCTATAAAAATCCCTGAGTTCTCAT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||  ||||
seq2  TCAGCATTTTGCCCCAACCCCTTTACCTATAAAAATTCTGAAGTCTTCAT  50

seq1  GTT-CTTTGG-TGAACGTTTTGCT-GTCTCGT-CCTTCATGGATAAGGG-  95
      ||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GTTCCTTTGGTTGAACGTTTTGCTGGTCTCGTCCCTTCATGGATAAGGGA  100

seq1  AGACTTTGAGGTG-TGTT-ATCTC-TCATTTTT-AAAGAC-AAAGCC-TC  139
      ||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||| |||||| ||
seq2  AGACTTTGAGGTGTTGTTAATCTCTTCATTTTTAAAAGACAAAAGCCTTC  150

seq1  GTGTAGCTTAA--GCTGGCC-TCAAACT-CATTAGATAGCTGAAGATGAC  185
      |||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCTTAAAGGCTGGCCTTCAAACTCCATTAGATAGCTGAAGATGAC  200

seq1  CTT-AAAGTTATAAT-CCCTCTGCCTCCACCTCCCGAGTGCCAGGATCAT  233
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAGTTATAATCCCCTCTGCCTCCACCTCCCGAGTGCCAGGATCAT  250

seq1  ACCCACCAGCACATCTAGTTTGTGTGGTGCTAGGGATGG-AAGTGAGGGC  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACCCACCAGCACATCTAGTTTGTGTGGTGCTAGGGATGGAAAGTGAGGGC  300

seq1  TTCTTGGGTTCTAAGCGGGCCTTCAAGCAACAGAACTGTAGTCCTAGCCC  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGGTTCTAAGCGGGCCTTCAAGCAACAGAACTGTAGTCCTAGCCC  350

seq1  TCATCTTTGTTCTTGATCCCACCTCTGAGATCACCAGGGAAAGACTCCTA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTTGTTCTTGATCCCACCTCTGAGATCACCAGGGAAAGACTCCTA  400

seq1  GAGATGAGATTCCTCCTCTGAGGTCCAAGGCTGGAGAACATCCAGTATCC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAGATTCCTCCTCTGAGGTCCAAGGCTGGAGAACATCCAGTATCC  450

seq1  TCGCCTGTATCCCCGCCTGTAACACCTCTCACCACAAGGTGGCATCCTAA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTGTATCCCCGCCTGTAACACCTCTCACCACAAGGTGGCATCCTAA  500

seq1  CTTCATGAATCACCAGTGGGGTGCCTGTGTAAGGCATCTGGAGGTTTTGA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGAATCACCAGTGGGGTGCCTGTGTAAGGCATCTGGAGGTTTTGA  550

seq1  CCTTGACAACCACTCCAAAGTGAGTCCCCAAGGACTCTTGAGATTCCTTC  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGACAACCACTCCAAAGTGAGTCCCCAAGGACTCTTGAGATTCCTTC  600

seq1  AGGGACATGATCACACCATACAGTTGTTGGACAATAGCTCTATGTATCTT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATGATCACACCATACAGTTGTTGGACAATAGCTCTATGTATCTT  650

seq1  AGCACTCAAATCACACCCTCAAGACTTAAGCATTTACCGACTGTTGGTCT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCAAATCACACCCTCAAGACTTAAGCATTTACCGACTGTTGGTCT  700

seq1  CAATTATCTGAGTATTATAACTCTTTACCTATTTTATTTCTGGCAGTATT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATCTGAGTATTATAACTCTTTACCTATTTTATTTCTGGCAGTATT  750

seq1  GGGAATGGCACCCAGGGCTTTATACAGACTAAACAACACACTACCTCTAA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGGCACCCAGGGCTTTATACAGACTAAACAACACACTACCTCTAA  800

seq1  GCTACATCCCCAGATTCTATATCCATTTAAGATACTCATAAGCCAAGGCC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATCCCCAGATTCTATATCCATTTAAGATACTCATAAGCCAAGGCC  850

seq1  CATAGGCTTTCATGGGCTAACCAAGGTCATGGGGCTCAGAAATAGCAAGT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGCTTTCATGGGCTAACCAAGGTCATGGGGCTCAGAAATAGCAAGT  900

seq1  ACGCAGTTTAAACCTTAGTCTATCATCTTGAAAGCAAAAGTCCAGTGTTT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAGTTTAAACCTTAGTCTATCATCTTGAAAGCAAAAGTCCAGTGTTT  950

seq1  TCTTCATTCTGGCTGCAGGGAAGGAAGCAGGAAGTCAGGGGCCAAGTGGA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTCTGGCTGCAGGGAAGGAAGCAGGAAGTCAGGGGCCAAGTGGA  1000

seq1  GATCTGGCTATTCCAGTCCTAGGATGAGTAGAAGGGCTAGTCCTGCCAAG  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGCTATTCCAGTCCTAGGATGAGTAGAAGGGCTAGTCCTGCCAAG  1050

seq1  AATAAGGTGTGGTCCCAGCCTTTTTCTTACTTTTTTGGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGTGTGGTCCCAGCCTTTTTCTTACTTTTTTGGAATTC  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |