BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306L19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 10,435,030 - 10,592,627
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC068110, Ciita, LOC669998, Dexi, 4932416N17Rik
Upstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1
Downstream geneSocs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1, A630055G03Rik, Litaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17, 4933437K13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306L19.bB6Ng01-306L19.g
ACCGA099690GA099691
length1,0921,137
definitionB6Ng01-306L19.b B6Ng01-306L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,435,030 - 10,436,136)(10,591,496 - 10,592,627)
sequence
gaattccctgttcttaacctacaggaaagaactttggaatgatcgagcat
ggtaagatgtctgttagcatttgtgcggttcttttgttgatgtatggact
gatccagttactttgaaatacggtctcgtgtagtccagaccaaccttgaa
ctccctatataggtgaggatgaccttgaccttgacttctgatcctcttgc
ctctattccaacgtgcagggatcacaggagtatacctttatgcctgccct
catagtgctattcttaaagcacactttcaaaatcctttcatggggctaga
gagatggctcatctgcaagagcactggctgctctccaggggtcctgggtt
cacttcccagcacacaccaggcagctcacgacagtctgcaactccaggcc
cagggaatcccatcccctttctgacctccattagcactaggtgcgcacgt
ggtgcacatatgtgtacattcaaagtgttttacaagtaatttttttaatt
tctaaaagaaaatcttttaaaaagatattttaaatccttttatgcatatt
aatctaaagatttatttctcaagttaacatatccagtggccataatttac
agttcttttgtttgaagtttcactgaacattaaaatgttccaccatcctg
aaatagtacattttgtatgcagtgtttaggtgtatttttgtttgcagctt
agtttggcattcaaagtaaccagcaatgagcagtaatagtgcgttcagat
aagcctgatggcctcaggtcagcccctgccacctacatgatggaaggaga
gactcctataagttgtcctcaaacctccaaaaatctccaagacacatgac
acccacctcaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacactttttaaaaatgctcaaggacacagaaattaattttat
ataaattccaattttattacttatacttcaaacacactaatgattgagct
taaacataccattgattgggccgcccacttgttgctgggcttagctaggc
cagagttgcacaaccaggcccatgctggtccttcccactgtg
gaattcagatgggtgtaatgctgcacacctttaatcccagcactcagaag
gtagaggcagagagatctctattagttcaaggctacccctgactacatag
tgagttccaagccagccagaactatatgatcagaccctgtctctacaaag
aaaaaaagaaagaaaaaagaatttaagaactttccaaggaaatttacttt
tctgtctagccaggtactgggtggaggtaaggtacagagaatgggaattt
atgtctctaagactataatcatttagcactagctggaaacatgtagagaa
ggcccatgggtgaggaagggttatgaaactctggtcagccatggctgcag
tgggagtccacatagatgacaaagactgaagtccagacttgtgacatggc
tcaacgggtaatacacttactgagctactaactgacctgcaaaacacccc
cacttcaggccaggatagacaggacctagaactcaaagccagtagggaac
cacatgttcaggtccacctccctggcaagtgccaagccatggctactgct
gaccactatcccccttgtaggcttcaacttccccatcatcccaagggcat
cctatcagcttctccctgagggctgctgagaagtacagagacagccacct
ctgtcggtctttcctgggagtccttttcccctgatactagtgagcacttg
agagcctcacactgctaggaggatcttgcacatttgtgcaggagcttgcc
tctagccccctcacactgtaacggggagctagaatggaatccagtgtcca
gcagaccactgctcctttccatagcacttgctgtgctacccaacaggccc
ggcctctagaagcactgaggggaaaactgagccataatctgtgtgtggtg
gtgcatacttataatcccagcacatgggaggctgaagtaggaggactagt
ttcaaggccggtgtaggctacttggagaagaccttgtcttacaagccatt
aaatagtgtaagtcagtatacatctgaccacagggaaaagcagtactatg
tagaccaaaagcttatggctttattttggttttttaggtctttagtacag
ctgcaattgaattagggctctcattacaccaccacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_10435030_10436136
seq2: B6Ng01-306L19.b_50_1141

seq1  GAATTCCCTGTTCTTAACCTACAGGAAAGAACTTTGGAATGATCGAGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGTTCTTAACCTACAGGAAAGAACTTTGGAATGATCGAGCAT  50

seq1  GGTAAGATGTCTGTTAGCATTTGTGCGGTTCTTTTGTTGATGTATGGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGATGTCTGTTAGCATTTGTGCGGTTCTTTTGTTGATGTATGGACT  100

seq1  GATCCAGTTACTTTGAAATACGGTCTCGTGTAGTCCAGACCAACCTTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGTTACTTTGAAATACGGTCTCGTGTAGTCCAGACCAACCTTGAA  150

seq1  CTCCCTATATAGGTGAGGATGACCTTGACCTTGACTTCTGATCCTCTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTATATAGGTGAGGATGACCTTGACCTTGACTTCTGATCCTCTTGC  200

seq1  CTCTATTCCAACGTGCAGGGATCACAGGAGTATACCTTTATGCCTGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCCAACGTGCAGGGATCACAGGAGTATACCTTTATGCCTGCCCT  250

seq1  CATAGTGCTATTCTTAAAGCACACTTTCAAAATCCTTTCATGGGGCTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGCTATTCTTAAAGCACACTTTCAAAATCCTTTCATGGGGCTAGA  300

seq1  GAGATGGCTCATCTGCAAGAGCACTGGCTGCTCTCCAGGGGTCCTGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCTCATCTGCAAGAGCACTGGCTGCTCTCCAGGGGTCCTGGGTT  350

seq1  CACTTCCCAGCACACACCAGGCAGCTCACGACAGTCTGCAACTCCAGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCCAGCACACACCAGGCAGCTCACGACAGTCTGCAACTCCAGGCC  400

seq1  CAGGGAATCCCATCCCCTTTCTGACCTCCATTAGCACTAGGTGCGCACGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAATCCCATCCCCTTTCTGACCTCCATTAGCACTAGGTGCGCACGT  450

seq1  GGTGCACATATGTGTACATTCAAAGTGTTTTACAAGTAATTTTTTTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACATATGTGTACATTCAAAGTGTTTTACAAGTAATTTTTTTAATT  500

seq1  TCTAAAAGAAAATCTTTTAAAAAGATATTTTAAATCCTTTTATGCATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGAAAATCTTTTAAAAAGATATTTTAAATCCTTTTATGCATATT  550

seq1  AATCTAAAGATTTATTTCTCAAGTTAACATATCCAGTGGCCATAATTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAAGATTTATTTCTCAAGTTAACATATCCAGTGGCCATAATTTAC  600

seq1  AGTTCTTTTGTTTGAAGTTTCACTGAACATTAAAATGTTCCACCATCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTTGTTTGAAGTTTCACTGAACATTAAAATGTTCCACCATCCTG  650

seq1  AAATAGTACATTTTGTATGCAGTGTTTAGGTGTATTTTTGTTTGCAGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTACATTTTGTATGCAGTGTTTAGGTGTATTTTTGTTTGCAGCTT  700

seq1  AGTTTGGCATTCAAAGTAACCAGCAATGAGCAGTAATAGTGCGTTCAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGCATTCAAAGTAACCAGCAATGAGCAGTAATAGTGCGTTCAGAT  750

seq1  AAGCCTGATGGCCTCAGGTCAGCCCCTGCCACCTACATGATGGAAGGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGATGGCCTCAGGTCAGCCCCTGCCACCTACATGATGGAAGGAGA  800

seq1  GACTCCTATAAGTTGTCCTCAAACCTCCAAAAATCTCCAAGACACATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTATAAGTTGTCCTCAAACCTCCAAAAATCTCCAAGACACATGAC  850

seq1  ACCCACCTCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCTCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  900

seq1  ACACACACACACTTTTTAAAAATGCTCAAGGACACAG-AATTAATTTTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACACACACACACTTTTTAAAAATGCTCAAGGACACAGAAATTAATTTTAT  950

seq1  AATAAAATTCCCAATTTTATTACTTTAATACTTTCAAAACAACCACTAAA  999
       |||||  | |||||||||||||||  ||||||   |||||  |||| ||
seq2  -ATAAA--TTCCAATTTTATTACTT--ATACTT--CAAACA--CACT-AA  990

seq1  TGAATTGAGCTTTAAACAATAACCCATTGATTGGG-CGCCCACTGTTTGC  1048
      || ||||||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||||  ||||
seq2  TG-ATTGAGC-TTAAAC-ATA--CCATTGATTGGGCCGCCCACTTGTTGC  1035

seq1  TGGGCTTAGGCTAGGCCAGAG-TGCACCAAACACAGCCCAGTGCTGTTCC  1097
      |||||||| |||||||||||| |||||  ||| ||| ||  ||||| |||
seq2  TGGGCTTA-GCTAGGCCAGAGTTGCAC--AAC-CAGGCCCATGCTGGTCC  1081

seq1  -TCCCACTGTG  1107
       ||||||||||
seq2  TTCCCACTGTG  1092

seq1: chr16_10591496_10592627
seq2: B6Ng01-306L19.g_69_1205 (reverse)

seq1  GTGTGGT-GTGT-ATGAGACCCTAAATTCAATCCCAGCTCTACTAAAAGA  48
      ||||||| |||| |||||| ||  ||||||||  ||||| |||| |||||
seq2  GTGTGGTGGTGTAATGAGAGCCCTAATTCAATTGCAGCTGTACT-AAAGA  49

seq1  CCTAAAAA--CAAATAAAACTCATAAGCTTTTGGTCTACATAGTACTTGC  96
      ||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCTAAAAAACCAAAATAAAGCCATAAGCTTTTGGTCTACATAGTAC-TGC  98

seq1  TTTTCCTGTTGGTCAGATGTATACTTGACTTACACTATTTATTGGCTTGT  146
      ||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTTCCCTGTGGTCAGATGTATAC-TGACTTACACTATTTAATGGCTTGT  147

seq1  -AGACCAGGTC-TCTCCAAGTAGCCTACACCGGCCTTG-AACTAGTCCTC  193
       |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGACAAGGTCTTCTCCAAGTAGCCTACACCGGCCTTGAAACTAGTCCTC  197

seq1  CTACCTCAGCCTCCCATGTGCTGGGATTATAAGTATGCACCACCACACAC  243
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCAGCCTCCCATGTGCTGGGATTATAAGTATGCACCACCACACAC  247

seq1  AGATTATGGCTCAGTTTTCCCCTCAGTGCTTCTAGAGGCC-GGCCTGTTG  292
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGATTATGGCTCAGTTTTCCCCTCAGTGCTTCTAGAGGCCGGGCCTGTTG  297

seq1  GGTAGCACAGCAAGTGCTATGGAAAGGAGCAGTGGTCTGCTGGACACTGG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCACAGCAAGTGCTATGGAAAGGAGCAGTGGTCTGCTGGACACTGG  347

seq1  ATTCCATTCTAGCTCCCCGTTACAGTGTGAGGGGGCTAGAGGCAAGCTCC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATTCTAGCTCCCCGTTACAGTGTGAGGGGGCTAGAGGCAAGCTCC  397

seq1  TGCACAAATGTGCAAGATCCTCCTAGCAGTGTGAGGCTCTCAAGTGCTCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAATGTGCAAGATCCTCCTAGCAGTGTGAGGCTCTCAAGTGCTCA  447

seq1  CTAGTATCAGGGGAAAAGGACTCCCAGGAAAGACCGACAGAGGTGGCTGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATCAGGGGAAAAGGACTCCCAGGAAAGACCGACAGAGGTGGCTGT  497

seq1  CTCTGTACTTCTCAGCAGCCCTCAGGGAGAAGCTGATAGGATGCCCTTGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACTTCTCAGCAGCCCTCAGGGAGAAGCTGATAGGATGCCCTTGG  547

seq1  GATGATGGGGAAGTTGAAGCCTACAAGGGGGATAGTGGTCAGCAGTAGCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGGGGAAGTTGAAGCCTACAAGGGGGATAGTGGTCAGCAGTAGCC  597

seq1  ATGGCTTGGCACTTGCCAGGGAGGTGGACCTGAACATGTGGTTCCCTACT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTGGCACTTGCCAGGGAGGTGGACCTGAACATGTGGTTCCCTACT  647

seq1  GGCTTTGAGTTCTAGGTCCTGTCTATCCTGGCCTGAAGTGGGGGTGTTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGAGTTCTAGGTCCTGTCTATCCTGGCCTGAAGTGGGGGTGTTTT  697

seq1  GCAGGTCAGTTAGTAGCTCAGTAAGTGTATTACCCGTTGAGCCATGTCAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCAGTTAGTAGCTCAGTAAGTGTATTACCCGTTGAGCCATGTCAC  747

seq1  AAGTCTGGACTTCAGTCTTTGTCATCTATGTGGACTCCCACTGCAGCCAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGACTTCAGTCTTTGTCATCTATGTGGACTCCCACTGCAGCCAT  797

seq1  GGCTGACCAGAGTTTCATAACCCTTCCTCACCCATGGGCCTTCTCTACAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACCAGAGTTTCATAACCCTTCCTCACCCATGGGCCTTCTCTACAT  847

seq1  GTTTCCAGCTAGTGCTAAATGATTATAGTCTTAGAGACATAAATTCCCAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAGCTAGTGCTAAATGATTATAGTCTTAGAGACATAAATTCCCAT  897

seq1  TCTCTGTACCTTACCTCCACCCAGTACCTGGCTAGACAGAAAAGTAAATT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTACCTTACCTCCACCCAGTACCTGGCTAGACAGAAAAGTAAATT  947

seq1  TCCTTGGAAAGTTCTTAAATTCTTTTTTCTTTCTTTTTTTCTTTGTAGAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGAAAGTTCTTAAATTCTTTTTTCTTTCTTTTTTTCTTTGTAGAG  997

seq1  ACAGGGTCTGATCATATAGTTCTGGCTGGCTTGGAACTCACTATGTAGTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCTGATCATATAGTTCTGGCTGGCTTGGAACTCACTATGTAGTC  1047

seq1  AGGGGTAGCCTTGAACTAATAGAGATCTCTCTGCCTCTACCTTCTGAGTG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAGCCTTGAACTAATAGAGATCTCTCTGCCTCTACCTTCTGAGTG  1097

seq1  CTGGGATTAAAGGTGTGCAGCATTACACCCATCTGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTAAAGGTGTGCAGCATTACACCCATCTGAATTC  1137