BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307J20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 75,835,815 - 75,936,607
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamsn1
Upstream geneLOC665042, D930038D03Rik, Rbm11, Stch, LOC546667
Downstream gene4930578N18Rik, LOC100039457, Nrip1, LOC100039316, 1700063K16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307J20.bB6Ng01-307J20.g
ACCGA100341GA100342
length1,1781,092
definitionB6Ng01-307J20.b B6Ng01-307J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,835,815 - 75,836,981)(75,935,528 - 75,936,607)
sequence
gaattctagccaatgattttacaatcatcctgaatactctatcacactct
ccaaggttcatatatagcccttgtccaccccaagaaaagtttatgagctc
cagctgtttcactgtccacacctccacccccaccaccaccaccagctctg
catttacccattgctgaaccctgagtgagaaaacagaatttggaaccaca
gctggcccccaacatgcataccacaatgattctgtaccagttgtccccag
tgcatgtgcacacatatataaagcaaaacataagccctcagatttagata
tatccgtatgttcatgctgtaggaagccattgttaataactctatgttcc
catgcaggttgtccctactacgtgcacacatatatacagctttagcgtgt
taagaggtagctcacaacaaatctatgataagctcaaatatagtatatga
aagtcaatttaatctaccaaatataacctggcagcacagtacagatgaca
gtgttagcttgatctcatgactggctagagttcatattctgatttccctg
gcctgagtcagaagataaatactcttatcgtcttatctagctggattaga
tgtgggaaaagttcaacactcaaaaccacaagtaaggtttcttctgaata
aatatcacttttacacaattgtatagttgaaaaaaatgttaggtagagcc
atcaatagtcagtgatcctatgtgcaggtatgtatagttgaatatagtca
tgtatacacacacataaaatgaacacaaatacatgaatatacacattcac
acaactgtatattgttctaaatagaaattatgatgacatatagtaatcat
atcataatacagctttatcaaacctgaaaaaaatcaacaaagctgaccat
tcgctgttagacagtttagattattaattatgtattaaatgctggctcct
aactcggtgcagaggttataattcctgccctagagagccatcagtttcaa
ggagtaaccacatagcttttgcaagtggcagattcttgtcatgtcaccac
atgaagaaaaacatggcagaaaatgaatcttgcactgaaagggcatccca
aagtctaaacaagcagagcagttctgaccagcttagagagcttcagccaa
gattgagaagatattcctagagataaaa

gaattctctgtttaactctgtacaccatttttaaattgggttatttggat
tgtcagtgtctaactccttaagttctttatttattttgtaaccacacaca
cttaatgtaatagaacagaaagtagggaatagtcttgaacttgtcagtac
atgagacaacttactgaacagaataccaatggcttaggcactaagatcaa
gaattaataaatggcgccttatgaaattggaaagcttctgtaagtcaaag
gacagcatcttcaggacaaaaattacaacttacagtctaggaaaagatct
acactagccctacatccaacagaggatttaaatttttattggattacttg
gacatgacaaagttgtagaaggtgatgcctgtatgaagtaggccactcgg
tcatgctgtggcttgcctcttttctgcttgctatgatgtaaaatacacag
ctccctcttgccattccagtcatagtggactacctctgaagccttgcata
caacaaacccttcctccttgtgttatttctgtcacctgggtttagcaggg
atagaaaatctaagacaaccattgtctctatctgcttcacacaatctttg
acgtgagtaaaatgtggtttctttctcccaatgttttaatatatgatgat
ttcctcatttttgcctttcatttctatttatttgatgacttctaaagcat
tggaactactgaatgatctagtaagaattcaaggagtgacctacaaatta
aaaatcattgtgaaagggaatcatacataagaggacctcataaaaaaaag
caacatggaaataaggatgataaaaggatgaatctaacttcacagatttt
gtcttcttaaatgatgatgttaggttcttataaaaaatgtctgtggtctc
attgaaaagagtttttttttttttttttttgatcccaatgtgtactaaac
acatgtttaatatgtcatgttcccaactctagttcatttaagaaatcact
tgttgcctggagttgtaaaccttgtctatgctgggtatatgatgtgaata
gatgagccagatttactgaagattttgaaagaaagtgtaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_75835815_75836981
seq2: B6Ng01-307J20.b_45_1222

seq1  GAATTCTAGCCAATGATTTTACAATCATCCTGAATACTCTATCACACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGCCAATGATTTTACAATCATCCTGAATACTCTATCACACTCT  50

seq1  CCAAGGTTCATATATAGCCCTTGTCCACCCCAAGAAAAGTTTATGAGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTTCATATATAGCCCTTGTCCACCCCAAGAAAAGTTTATGAGCTC  100

seq1  CAGCTGTTTCACTGTCCACACCTCCACCCCCACCACCACCACCAGCTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTTTCACTGTCCACACCTCCACCCCCACCACCACCACCAGCTCTG  150

seq1  CATTTACCCATTGCTGAACCCTGAGTGAGAAAACAGAATTTGGAACCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACCCATTGCTGAACCCTGAGTGAGAAAACAGAATTTGGAACCACA  200

seq1  GCTGGCCCCCAACATGCATACCACAATGATTCTGTACCAGTTGTCCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCCCCAACATGCATACCACAATGATTCTGTACCAGTTGTCCCCAG  250

seq1  TGCATGTGCACACATATATAAAGCAAAACATAAGCCCTCAGATTTAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGCACACATATATAAAGCAAAACATAAGCCCTCAGATTTAGATA  300

seq1  TATCCGTATGTTCATGCTGTAGGAAGCCATTGTTAATAACTCTATGTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCGTATGTTCATGCTGTAGGAAGCCATTGTTAATAACTCTATGTTCC  350

seq1  CATGCAGGTTGTCCCTACTACGTGCACACATATATACAGCTTTAGCGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGTTGTCCCTACTACGTGCACACATATATACAGCTTTAGCGTGT  400

seq1  TAAGAGGTAGCTCACAACAAATCTATGATAAGCTCAAATATAGTATATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGTAGCTCACAACAAATCTATGATAAGCTCAAATATAGTATATGA  450

seq1  AAGTCAATTTAATCTACCAAATATAACCTGGCAGCACAGTACAGATGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATTTAATCTACCAAATATAACCTGGCAGCACAGTACAGATGACA  500

seq1  GTGTTAGCTTGATCTCATGACTGGCTAGAGTTCATATTCTGATTTCCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGCTTGATCTCATGACTGGCTAGAGTTCATATTCTGATTTCCCTG  550

seq1  GCCTGAGTCAGAAGATAAATACTCTTATCGTCTTATCTAGCTGGATTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGTCAGAAGATAAATACTCTTATCGTCTTATCTAGCTGGATTAGA  600

seq1  TGTGGGAAAAGTTCAACACTCAAAACCACAAGTAAGGTTTCTTCTGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAAAAGTTCAACACTCAAAACCACAAGTAAGGTTTCTTCTGAATA  650

seq1  AATATCACTTTTACACAATTGTATAGTTGAAAAAAATGTTAGGTAGAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCACTTTTACACAATTGTATAGTTGAAAAAAATGTTAGGTAGAGCC  700

seq1  ATCAATAGTCAGTGATCCTATGTGCAGGTATGTATAGTTGAATATAGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATAGTCAGTGATCCTATGTGCAGGTATGTATAGTTGAATATAGTCA  750

seq1  TGTATACACACACATAAAATGAACACAAATACATGAATATACACATTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACACACACATAAAATGAACACAAATACATGAATATACACATTCAC  800

seq1  ACAACTGTATATTGTTCTAAATAGAAATTATGATGACATATAGTAATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTATATTGTTCTAAATAGAAATTATGATGACATATAGTAATCAT  850

seq1  ATCATAATACAGCTTTATCAAACCTGAAAAAAATCAACAAAGCTGACCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAATACAGCTTTATCAAACCTGAAAAAAATCAACAAAGCTGACCAT  900

seq1  TCGCTGTTAGACAGTTTAGATTATTAATTATGTATTAAATGCTGGCTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTGTTAGACAGTTTAGATTATTAATTATGTATTAAATGCTGGCTCCT  950

seq1  AACTCGGTGCAGAGGTTATAATTCCTGCCCTAGAGAGCCATCAGTTTCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCGGTGCAGAGGTTATAATTCCTGCCCTAGAGAGCCATCAGTTTCAA  1000

seq1  GGAGTAACCACATAGCTTTTGCAAGTGGCAGATTCTTGTCATGTCACCAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAACCACATAGCTTTTGCAAGTGGCAGATTCTTGTCATGTCACCAC  1050

seq1  ATGA--GAAAACATGGCAGAAAATGAATC-TGCACTGAA--GGCAT-CCA  1094
      ||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||
seq2  ATGAAGAAAAACATGGCAGAAAATGAATCTTGCACTGAAAGGGCATCCCA  1100

seq1  AAGTCTAA--CAGCAGAGGCAAGTCTGAACAGCT--AAGAGCTTCAGCGA  1140
      ||||||||   |||||| |||  ||||| |||||   ||||||||||| |
seq2  AAGTCTAAACAAGCAGA-GCAGTTCTGACCAGCTTAGAGAGCTTCAGCCA  1149

seq1  AGATT--GGAGAGTATCCTAGAGATAAAA  1167
      |||||  | |||   ||||||||||||||
seq2  AGATTGAGAAGATATTCCTAGAGATAAAA  1178


seq1: chr16_75935528_75936607
seq2: B6Ng01-307J20.g_67_1158 (reverse)

seq1  TTTTTCACTTTCTT--CAAATCTCTCAGTAAATCT-GCTCATCCTATCAC  47
      |||| |||||||||   |||||| ||||||||||| |||||||   ||||
seq2  TTTTACACTTTCTTTCAAAATCT-TCAGTAAATCTGGCTCATCTATTCAC  49

seq1  ATCATAATACCAGCATAGACAAAGTTTACAACT-CAAGCAACAAGTGA-T  95
      ||||||   ||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |
seq2  ATCATATACCCAGCATAGACAAGGTTTACAACTCCAGGCAACAAGTGATT  99

seq1  TCTT-AATGACTTAGAGTT-GGAACATGACATATTAAACATGTG-TTAGT  142
      |||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTTAAATGAACTAGAGTTGGGAACATGACATATTAAACATGTGTTTAGT  149

seq1  ACACATT-GGATC---AAAAAAAAAAAAAAAACTCTTTTCAATGAGACCA  188
      ||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTGGGATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCTTTTCAATGAGACCA  199

seq1  CAGACATTTTTTATAAGAACCTAACATCATCATTTAAGAAGACAAAATCT  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATTTTTTATAAGAACCTAACATCATCATTTAAGAAGACAAAATCT  249

seq1  GTGAAGTTAGATTCATCCTTTTATCATCCTTATTTCCATGTTGC-TTTTT  287
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGAAGTTAGATTCATCCTTTTATCATCCTTATTTCCATGTTGCTTTTTT  299

seq1  TTATGAGGTCCTCTTATGTATGATTCCCTTTCACAATGATTTTTAATTTG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGGTCCTCTTATGTATGATTCCCTTTCACAATGATTTTTAATTTG  349

seq1  TAGGTCACTCCTTGAATTCTTACTAGATCATTCAGTAGTTCCAATGCTTT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCACTCCTTGAATTCTTACTAGATCATTCAGTAGTTCCAATGCTTT  399

seq1  AGAAGTCATCAAATAAATAGAAATGAAAGGCAAAAATGAGGAAATCATCA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCATCAAATAAATAGAAATGAAAGGCAAAAATGAGGAAATCATCA  449

seq1  TATATTAAAACATTGGGAGAAAGAAACCACATTTTACTCACGTCAAAGAT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAAAACATTGGGAGAAAGAAACCACATTTTACTCACGTCAAAGAT  499

seq1  TGTGTGAAGCAGATAGAGACAATGGTTGTCTTAGATTTTCTATCCCTGCT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAAGCAGATAGAGACAATGGTTGTCTTAGATTTTCTATCCCTGCT  549

seq1  AAACCCAGGTGACAGAAATAACACAAGGAGGAAGGGTTTGTTGTATGCAA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGGTGACAGAAATAACACAAGGAGGAAGGGTTTGTTGTATGCAA  599

seq1  GGCTTCAGAGGTAGTCCACTATGACTGGAATGGCAAGAGGGAGCTGTGTA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAGAGGTAGTCCACTATGACTGGAATGGCAAGAGGGAGCTGTGTA  649

seq1  TTTTACATCATAGCAAGCAGAAAAGAGGCAAGCCACAGCATGACCGAGTG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATCATAGCAAGCAGAAAAGAGGCAAGCCACAGCATGACCGAGTG  699

seq1  GCCTACTTCATACAGGCATCACCTTCTACAACTTTGTCATGTCCAAGTAA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTTCATACAGGCATCACCTTCTACAACTTTGTCATGTCCAAGTAA  749

seq1  TCCAATAAAAATTTAAATCCTCTGTTGGATGTAGGGCTAGTGTAGATCTT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAAAAATTTAAATCCTCTGTTGGATGTAGGGCTAGTGTAGATCTT  799

seq1  TTCCTAGACTGTAAGTTGTAATTTTTGTCCTGAAGATGCTGTCCTTTGAC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGACTGTAAGTTGTAATTTTTGTCCTGAAGATGCTGTCCTTTGAC  849

seq1  TTACAGAAGCTTTCCAATTTCATAAGGCGCCATTTATTAATTCTTGATCT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGAAGCTTTCCAATTTCATAAGGCGCCATTTATTAATTCTTGATCT  899

seq1  TAGTGCCTAAGCCATTGGTATTCTGTTCAGTAAGTTGTCTCATGTACTGA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCTAAGCCATTGGTATTCTGTTCAGTAAGTTGTCTCATGTACTGA  949

seq1  CAAGTTCAAGACTATTCCCTACTTTCTGTTCTATTACATTAAGTGTGTGT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCAAGACTATTCCCTACTTTCTGTTCTATTACATTAAGTGTGTGT  999

seq1  GGTTACAAAATAAATAAAGAACTTAAGGAGTTAGACACTGACAATCCAAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACAAAATAAATAAAGAACTTAAGGAGTTAGACACTGACAATCCAAA  1049

seq1  TAACCCAATTTAAAAATGGTGTACAGAGTTAAACAGAGAATTC  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCAATTTAAAAATGGTGTACAGAGTTAAACAGAGAATTC  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |