BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315H14
Chromosome16 (Build37)
Map Location 73,126,495 - 73,293,718
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039310, LOC100039318
Upstream geneRobo1
Downstream geneLOC100039326, Robo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315H14.bB6Ng01-315H14.g
ACCGA106116GA106117
length6621,127
definitionB6Ng01-315H14.b B6Ng01-315H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,126,495 - 73,127,156)(73,292,592 - 73,293,718)
sequence
gaattcaggcaacttttctaggtttcactagaatctgaagtctttctgtt
aggcttctggataacccttatggttggcttggcttccttcctttggaatg
gaaggcatttgcatgcctccaggcacggctgctatgcacaagaaaatgga
gttaagaattgaagactaagatacaatttgctaaacacatgaaactcaag
aagaatgaagactgaaatgtggacactatgcccctccttagaattgggaa
caaaacacccatggaaagagttacagagacaaagtttggagctgagatga
aaggatggaccatgtagagactgccatatccagggatccaccccatattc
agcatccaaacgctgacaccattgcatacactagcaagattttatcgaaa
ggacccagatgtagctgtctcttgtgagactatgccggggcctagcaaac
acagaagtggatgctcacagtcagctaatggatggatcacagggctccca
atggaggagctagagaaagtagccaaggagctaaagggatctgcaaccct
ataggtggaacaacattatgaactaaccagtaccccggagctcttgactc
tagctgcatatgtatcaaaagatggcctagtcggccatcactggaaagag
aggcccattgga

gaattcttgatgctataaccatgatgggtggtatgtgatacacattaagt
atgagatgagccctatagcatcctggtccacatatgcaacgcctttagca
tgctgtgggtctccattgtagcttttttgtctttattcaaaagtctagtg
gcttaatgcattctcttgctgtctatttttctctgtgcctctccgtctct
gtctctttctgtctctctccctctcttctgtctttcctattttctctgtt
atttccagtacctttcccttctcatatgaactcagatctaaaggaacaga
gtctgcaagtaaacagaacagacaggacaattttattttatttcaaagag
gaaggaatgcatctctaaaaacaatggaagtttaaataaagcttgaaaat
accttgaaattataatgaacggaatttgcaaaaacactccttgggtaaga
ataaaactgtgttggacattttccaagtagttttactaaatgggtgaatg
agttcatttaggatatgatttaatcctttaatgccctcttcaaaagtcgg
tttaagtttgttcctatttatttcctggcgttgtctcatcacttcactaa
aagctctctaaattctctccataaggtaaacacccatattcctctttcta
ccaggacacacacattactaggctgatctaactcctatgcttatgatcta
actcctatgtcaggttgaggtcacaaagtaaatgtcaagatctgagtgaa
acttcccttaaagctttttaaagactttcctatgccaggtggatttttct
cttcccctgctttcccttagcatgataacattttcaaggaaaggaaccat
tctcccttttatatttctattcccagaaattgacacagtgcataacaggt
ataagtaactcaaaattgtacactgcgttttcacccagacatgtgattgc
aggtgactttgtgtccctgctagatttgaatttccagaacagaagcgtca
gctttgctggtggacatttttttaaactttctacatgggctacttgtgac
cacataatttgtaacttaggaaggtagtgttaaagacaggctgggttaaa
taccctaactcttgtaactgactctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_73126495_73127156
seq2: B6Ng01-315H14.b_46_707

seq1  GAATTCAGGCAACTTTTCTAGGTTTCACTAGAATCTGAAGTCTTTCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCAACTTTTCTAGGTTTCACTAGAATCTGAAGTCTTTCTGTT  50

seq1  AGGCTTCTGGATAACCCTTATGGTTGGCTTGGCTTCCTTCCTTTGGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTGGATAACCCTTATGGTTGGCTTGGCTTCCTTCCTTTGGAATG  100

seq1  GAAGGCATTTGCATGCCTCCAGGCACGGCTGCTATGCACAAGAAAATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATTTGCATGCCTCCAGGCACGGCTGCTATGCACAAGAAAATGGA  150

seq1  GTTAAGAATTGAAGACTAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAATTGAAGACTAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAG  200

seq1  AAGAATGAAGACTGAAATGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGAAGACTGAAATGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAA  250

seq1  CAAAACACCCATGGAAAGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACCCATGGAAAGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGA  300

seq1  AAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATATTC  350

seq1  AGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCGAAA  400

seq1  GGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAAC  450

seq1  ACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCA  500

seq1  ATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAGCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAGCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCT  550

seq1  ATAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTC  600

seq1  TAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAG  650

seq1  AGGCCCATTGGA  662
      ||||||||||||
seq2  AGGCCCATTGGA  662


seq1: chr16_73292592_73293718
seq2: B6Ng01-315H14.g_67_1193 (reverse)

seq1  GGAGAGGCAGTTACAAGAGT--AGGTATTTTACCCAG-CTGTCTTTTTAC  47
      |||||| |||||||||||||   ||||||| |||||| ||||| ||| ||
seq2  GGAGAGTCAGTTACAAGAGTTAGGGTATTTAACCCAGCCTGTC-TTTAAC  49

seq1  ACTACC-TCCTAAGTTACAAAATTATGTGTCCACAAGTAGCCCATGGTTA  96
      |||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||  ||
seq2  ACTACCTTCCTAAGTTAC-AAATTATGTGGTCACAAGTAGCCCATG--TA  96

seq1  GGAAGTTTTAAAAAAATGTCCACCAGCCAAGCTGACGCTTCTG-TCTGG-  144
      | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| 
seq2  GAAAG-TTTAAAAAAATGTCCACCAGCAAAGCTGACGCTTCTGTTCTGGA  145

seq1  AATTCAAATCTAGCAGGGACACAAAGTCACCTGCAATCACATTGTCTGGG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AATTCAAATCTAGCAGGGACACAAAGTCACCTGCAATCACA-TGTCTGGG  194

seq1  TGAAAACGCAGTGTACAATTTTGAGTTACTTATACCTGTTATGCACTGTG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACGCAGTGTACAATTTTGAGTTACTTATACCTGTTATGCACTGTG  244

seq1  TCAATTTCTGGGAATAGAAATATAAAAGGGAGAATGGTTCCCTTCCTTGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAATTTCTGGGAATAGAAATATAAAAGGGAGAATGGTTCCTTTCCTTGA  294

seq1  AAATGTTATCATGCTAAGGGAAAGCAGGGGAAGAGAAAAATCCACCTGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTATCATGCTAAGGGAAAGCAGGGGAAGAGAAAAATCCACCTGGC  344

seq1  ATAGGAAAGTCTTTAAAAAGCTTTAAGGGAAGTTTCACTCAGATCTTGAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAGTCTTTAAAAAGCTTTAAGGGAAGTTTCACTCAGATCTTGAC  394

seq1  ATTTACTTTGTGACCTCAACCTGACATAGGAGTTAGATCATAAGCATAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTTGTGACCTCAACCTGACATAGGAGTTAGATCATAAGCATAGG  444

seq1  AGTTAGATCAGCCTAGTAATGTGTGTGTCCTGGTAGAAAGAGGAATATGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATCAGCCTAGTAATGTGTGTGTCCTGGTAGAAAGAGGAATATGG  494

seq1  GTGTTTACCTTATGGAGAGAATTTAGAGAGCTTTTAGTGAAGTGATGAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTACCTTATGGAGAGAATTTAGAGAGCTTTTAGTGAAGTGATGAGA  544

seq1  CAACGCCAGGAAATAAATAGGAACAAACTTAAACCGACTTTTGAAGAGGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCCAGGAAATAAATAGGAACAAACTTAAACCGACTTTTGAAGAGGG  594

seq1  CATTAAAGGATTAAATCATATCCTAAATGAACTCATTCACCCATTTAGTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAGGATTAAATCATATCCTAAATGAACTCATTCACCCATTTAGTA  644

seq1  AAACTACTTGGAAAATGTCCAACACAGTTTTATTCTTACCCAAGGAGTGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACTTGGAAAATGTCCAACACAGTTTTATTCTTACCCAAGGAGTGT  694

seq1  TTTTGCAAATTCCGTTCATTATAATTTCAAGGTATTTTCAAGCTTTATTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAAATTCCGTTCATTATAATTTCAAGGTATTTTCAAGCTTTATTT  744

seq1  AAACTTCCATTGTTTTTAGAGATGCATTCCTTCCTCTTTGAAATAAAATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCATTGTTTTTAGAGATGCATTCCTTCCTCTTTGAAATAAAATA  794

seq1  AAATTGTCCTGTCTGTTCTGTTTACTTGCAGACTCTGTTCCTTTAGATCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTCCTGTCTGTTCTGTTTACTTGCAGACTCTGTTCCTTTAGATCT  844

seq1  GAGTTCATATGAGAAGGGAAAGGTACTGGAAATAACAGAGAAAATAGGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCATATGAGAAGGGAAAGGTACTGGAAATAACAGAGAAAATAGGAA  894

seq1  AGACAGAAGAGAGGGAGAGAGACAGAAAGAGACAGAGACGGAGAGGCACA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAAGAGAGGGAGAGAGACAGAAAGAGACAGAGACGGAGAGGCACA  944

seq1  GAGAAAAATAGACAGCAAGAGAATGCATTAAGCCACTAGACTTTTGAATA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAATAGACAGCAAGAGAATGCATTAAGCCACTAGACTTTTGAATA  994

seq1  AAGACAAAAAAGCTACAATGGAGACCCACAGCATGCTAAAGGCGTTGCAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAAAAGCTACAATGGAGACCCACAGCATGCTAAAGGCGTTGCAT  1044

seq1  ATGTGGACCAGGATGCTATAGGGCTCATCTCATACTTAATGTGTATCACA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGACCAGGATGCTATAGGGCTCATCTCATACTTAATGTGTATCACA  1094

seq1  TACCACCCATCATGGTTATAGCATCAAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCCATCATGGTTATAGCATCAAGAATTC  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |