BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315P20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 74,890,873 - 75,038,752
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665042
Upstream geneRobo2
Downstream geneD930038D03Rik, Rbm11, Stch, LOC546667, Samsn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315P20.bB6Ng01-315P20.g
ACCGA106497GA106498
length1,067776
definitionB6Ng01-315P20.b B6Ng01-315P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,890,873 - 74,891,938)(75,038,201 - 75,038,752)
sequence
gaattcttggattgttaatatttaataacatttagtcagctgggtttgca
tcaaaagaggcagctgtaggaaaataacagatttagggcctaccaaaagg
aagtaaagtcatgcctgttactcaaaccttagggaacttagggctagtga
ggacagagtgcttagaacagaatttactgtgctattttactaaaccatca
tagttcctcactgcttcttatgaacttatctctttacctacagataaatg
tggctctgaaaaactgtgcttagcaacagagaccattacaggaaaccaaa
aatggtcaaaatgcaaagatgacttgatcatggagtgttcagatgcaatt
gattgattcctaacacaactcctttatcaaggttcaaggaacattgtgga
agaggggccaggaagacactaggctcaattaagtccatgggagctgctgt
ggcattgtgtctcctagaaaaaagggacatttcacccatgatacctcaat
aatatgactgtctgaacaagaccttaataagtacaagaacaatgggcatg
atagcatggaagactatctcataaggttctatccatagaaaaagaagtat
aggcaactaaaggacacagtaagtggcttaaattgtttgtcccagggatg
ggacccctaactggatatctaatgccaaattgtcagtcctgaaatcacat
gcatgccgaaaacactaaaggaagagagcaggttgcatctatataatact
tatggtttaatatttaatgtttactatataatataatgtagcatataata
tgtaatatgtataatctgtgctatgaaatatgatatacaatgtgttatat
gatgacatatgatgtgataaatgatatgtagtatatatgctatatggtat
atggtattgcgtatatagcttatagtatacagtaaacagtatacagttca
tagtatatatatgtataagttatatataaacataattcacgtatatttat
aaatttgtaaagcttatgattaagagaagatcagtgggagtatgagttat
tattggaagggaaaaaa

gaattcattgaaatatgtagcagtgggacctgggggctgggggaaacctt
tagaaagtcccagacacctggcatgcgagaggctaccagaaatcaaacgt
gatgacatcagctgtaatgttcaactgtgggggaatggaacctgaagata
ccacctccagtaaatagacatggcccccagttgaggcagggagccaccca
tacatcttcaaaaattttaacccagaatcattactgtctaaaggatatgc
agggacaaaatggatcagaaactgaaaaagatgccacacaatgaccagtc
caacttgggatgtacccatgaccatacaccaaacccagaaacttttaata
atgccatcttgtgcttgcagacacgggcacatgtgcaacagtgcacatgt
gcaactgccttatctggcctcactgggagaggatgcagttaattatagag
aaacttgatgctccagggaaaactgatgctgaagggtgtgaggaattggt
gggtgggcaggaggtagagcactccctctgaggcagtggggaagggagat
ggggtgaagaactcatggagaggggacttggaagatgggcagcgtttaga
atataaacaaaataattttaataaaaaataatattattattacttttgtt
agggggatattaaagtatttatttcttactttttgatgaaatttttaggt
atagattagaaactaccatgcttgttttttatgctattatataaaattca
tggagttttgactttgttgtctaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_74890873_74891938
seq2: B6Ng01-315P20.b_48_1113

seq1  GAATTCTTGGATTGTTAATATTTAATAACATTTAGTCAGCTGGGTTTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGATTGTTAATATTTAATAACATTTAGTCAGCTGGGTTTGCA  50

seq1  TCAAAAGAGGCAGCTGTAGGAAAATAACAGATTTAGGGCCTACCAAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGAGGCAGCTGTAGGAAAATAACAGATTTAGGGCCTACCAAAAGG  100

seq1  AAGTAAAGTCATGCCTGTTACTCAAACCTTAGGGAACTTAGGGCTAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGTCATGCCTGTTACTCAAACCTTAGGGAACTTAGGGCTAGTGA  150

seq1  GGACAGAGTGCTTAGAACAGAATTTACTGTGCTATTTTACTAAACCATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAGTGCTTAGAACAGAATTTACTGTGCTATTTTACTAAACCATCA  200

seq1  TAGTTCCTCACTGCTTCTTATGAACTTATCTCTTTACCTACAGATAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCTCACTGCTTCTTATGAACTTATCTCTTTACCTACAGATAAATG  250

seq1  TGGCTCTGAAAAACTGTGCTTAGCAACAGAGACCATTACAGGAAACCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTGAAAAACTGTGCTTAGCAACAGAGACCATTACAGGAAACCAAA  300

seq1  AATGGTCAAAATGCAAAGATGACTTGATCATGGAGTGTTCAGATGCAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCAAAATGCAAAGATGACTTGATCATGGAGTGTTCAGATGCAATT  350

seq1  GATTGATTCCTAACACAACTCCTTTATCAAGGTTCAAGGAACATTGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATTCCTAACACAACTCCTTTATCAAGGTTCAAGGAACATTGTGGA  400

seq1  AGAGGGGCCAGGAAGACACTAGGCTCAATTAAGTCCATGGGAGCTGCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGCCAGGAAGACACTAGGCTCAATTAAGTCCATGGGAGCTGCTGT  450

seq1  GGCATTGTGTCTCCTAGAAAAAAGGGACATTTCACCCATGATACCTCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGTGTCTCCTAGAAAAAAGGGACATTTCACCCATGATACCTCAAT  500

seq1  AATATGACTGTCTGAACAAGACCTTAATAAGTACAAGAACAATGGGCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGACTGTCTGAACAAGACCTTAATAAGTACAAGAACAATGGGCATG  550

seq1  ATAGCATGGAAGACTATCTCATAAGGTTCTATCCATAGAAAAAGAAGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATGGAAGACTATCTCATAAGGTTCTATCCATAGAAAAAGAAGTAT  600

seq1  AGGCAACTAAAGGACACAGTAAGTGGCTTAAATTGTTTGTCCCAGGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACTAAAGGACACAGTAAGTGGCTTAAATTGTTTGTCCCAGGGATG  650

seq1  GGACCCCTAACTGGATATCTAATGCCAAATTGTCAGTCCTGAAATCACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCCTAACTGGATATCTAATGCCAAATTGTCAGTCCTGAAATCACAT  700

seq1  GCATGCCGAAAACACTAAAGGAAGAGAGCAGGTTGCATCTATATAATACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCGAAAACACTAAAGGAAGAGAGCAGGTTGCATCTATATAATACT  750

seq1  TATGGTTTAATATTTAATGTTTACTATATAATATAATGTAGCATATAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTTAATATTTAATGTTTACTATATAATATAATGTAGCATATAATA  800

seq1  TGTAATATGTATAATCTGTGCTATGAAATATGATATACAATGTGTTATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATATGTATAATCTGTGCTATGAAATATGATATACAATGTGTTATAT  850

seq1  GATGACATATGATGTGATAAATGATATGTAGTATATATGCTATATGGTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACATATGATGTGATAAATGATATGTAGTATATATGCTATATGGTAT  900

seq1  ATGGTATTGCGTATATAGCTTATAGTATACAGTAAACAGTATACAGTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATTGCGTATATAGCTTATAGTATACAGTAAACAGTATACAGTTCA  950

seq1  TAGTATATAATATGTAATAAGTTATATATAAAACATAATTCACGTATATT  1000
      |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATAT-ATATGT-ATAAGTTATATAT-AAACATAATTCACGTATATT  997

seq1  ATAAAATTTGTAAAGC-TATGAATTTAAGAG-AGATCAGT-GGAGTATGA  1047
         ||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TATAAATTTGTAAAGCTTATGA--TTAAGAGAAGATCAGTGGGAGTATGA  1045

seq1  G-TATTATTGG-AGGGAAAAA  1066
      | ||||||||| |||||||||
seq2  GTTATTATTGGAAGGGAAAAA  1066


seq1: chr16_75038201_75038752
seq2: B6Ng01-315P20.g_286_844 (reverse)

seq1  CCCTAGACAGC-AAGTCAAAGCTCCATGAA-TTTATATGTTTGCAT-AAA  47
      ||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||  | |||| |||
seq2  CCCTAGACAACAAAGTCAAAACTCCATGAATTTTATATAATAGCATAAAA  50

seq1  AACAAGCATTGTTGTTTCTAATCTATACCTAAAAA-TTCATCAAAAAGTA  96
      ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AACAAGCATGGTAGTTTCTAATCTATACCTAAAAATTTCATCAAAAAGTA  100

seq1  AGAAATAAATACTTTAATAT-CCCCTAAC-AAAGTAATAATAATATTATT  144
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAATACTTTAATATCCCCCTAACAAAAGTAATAATAATATTATT  150

seq1  TTTTATT-AAATTATTTTGTTTATATTCTAAACGCTGCCCATCTTCCAAG  193
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAAAATTATTTTGTTTATATTCTAAACGCTGCCCATCTTCCAAG  200

seq1  TCCCCTCTCCATGAGTTCTTCACCCCATCTCCCTTCCCCACTGCCTCAGA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTCCATGAGTTCTTCACCCCATCTCCCTTCCCCACTGCCTCAGA  250

seq1  GGGAGTGCTCTACCTCCTGCCCACCCACCAATTCCTCACACCCTTCAGCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGCTCTACCTCCTGCCCACCCACCAATTCCTCACACCCTTCAGCA  300

seq1  TCAGTTTTCCCTGGAGCATCAAGTTTCTCTATAATTAACTGCATCCTCTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTCCCTGGAGCATCAAGTTTCTCTATAATTAACTGCATCCTCTC  350

seq1  CCAGTGAGGCCAGATAAGGCAGTTGCACATGTGCACTGTTGCACATGTGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGGCCAGATAAGGCAGTTGCACATGTGCACTGTTGCACATGTGC  400

seq1  CCGTGTCTGCAAGCACAAGATGGCATTATTAAAAGTTTCTGGGTTTGGTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTCTGCAAGCACAAGATGGCATTATTAAAAGTTTCTGGGTTTGGTG  450

seq1  TATGGTCATGGGTACATCCCAAGTTGGACTGGTCATTGTGTGGCATCTTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTCATGGGTACATCCCAAGTTGGACTGGTCATTGTGTGGCATCTTT  500

seq1  TTCAGTTTCTGATCCATTTTGTCCCTGCATATCCTTTAGACAGTAATGAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTCTGATCCATTTTGTCCCTGCATATCCTTTAGACAGTAATGAT  550

seq1  TCTGGGTTA  552
      |||||||||
seq2  TCTGGGTTA  559


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |