BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318D05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 16,891,319 - 17,015,655
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTop3b, Ppm1f, LOC100042783, EG623519, Mapk1
Upstream gene2310008H04Rik, LOC100043266, LOC224010, D16Ertd727e, Pkp2, EG433003, Yars2, Dnm1l, LOC665743, Fgd4, Olfr19, 4933404G15Rik, Spag6, EG665562, EG436405, Vpreb1
Downstream geneYpel1, Ppil2, 2610318N02Rik, Sdf2l1, LOC623568, Ccdc116, 1810015A11Rik, Ube2l3, Gm603, Hic2, D16Bwg1494e, Pik4ca, Serpind1, Snap29, Crkl, Aifm3, Lztr1, Thap7, 4930451C15Rik, P2rxl1, Slc7a4, Smpd4, Pcqap, EG433050, Map1lc3-ps8, EG665892, LOC100042830, Klhl22, Scarf2, Car15, Dgcr2, Tssk1, Tssk2, Es2el, Gscl, Slc25a1, Vpreb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318D05.bB6Ng01-318D05.g
ACCGA108150GA108151
length1,1171,090
definitionB6Ng01-318D05.b B6Ng01-318D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,891,319 - 16,892,447)(17,014,562 - 17,015,655)
sequence
gaattctgtattctgtgtacctgttaggtgtttagcattacctattctgt
gttttgaaggaaaggacagcagtcaagaaagtcagacccaacacccctca
tattccttctaattgcccccatcccataggccaagccaagtcgcctgcac
tgctcccactgtgatgagacctacaccctcccccagaatggtaccatcaa
gctctacaaggagctgcggtgcccattggatgactttgaactggtcctgt
ggtcctcaggctcccggggcaagagctacccactatgtccctactgctat
aaccacccacccttccgagacatgaagaaaggtgagtgtggcatgtgggt
gtcctcaggttcatacttagcatactccagtgaggtcctttacccatcta
tcactacctgtgtacactggtagtgagtcagggaccctaagaaatacttg
tgccattgctcaggctgtagccaacctatctggtctgggtatgcctgggt
cctaattgagcaaacagcttgctcacttaggatctgggcaggaggcaaga
tgtgcccctcgggggctaggctaagtgagaggcaggcaaccccagataag
gacacctgacaaaccaagccccctgggttctcagcactgctttttgtctt
actttacaccctttgctgggaaacagaaagcatgtatccaggctaagcag
tgcatgccaagcctggaaccagagaggctcactgccagcacatgtacccg
ctcccaggtagtaccatccctacctcagacgaggagccggctcctttgtt
acctgaggcattaattaggaatcctcagtgtctcagttcacatacttact
accaagataatgaggctctcttcccgccccccaccccaagtgtcttacag
tgcacaatgcagcaagcaagtaacaggtgagctgagagcaacctggaaga
gccattaataagtttacagaagcaacgaggttttgggagtcagctggagt
ccttggattgagactgcacatttttagatagcagagaccagtcagtgaca
gatatccaaaagcagtttagagtgagtgccacgtggtctagaataggatt
ccagcagtctgcattga
gaattctctgacacagcagaaacaccaaataccaccaaccacatctttat
ccctaaaaaaacaaacaaacaacagttttagaaagctttactgcccttta
tcaacctctttctccgcctctaaattgtattttatgtgtatggatgtttt
gtctgcacactatctgtacacctcatgtgtacagtggctttggcaagcat
cagatcctttggaactagagttccaggcagttgctagctgccatatgggt
gctggaaatagaacctgggacaagagcagccatctctccagcccaattac
caactttcttataagcaaaacacaggtctatttctggttgttactaggat
aattttctaacaaaatctacaaagtaaccttcacagccataggatgggag
ttttttccaagctatacttaagacccaactacataatccgaaaagaagga
agcaaaatcttgcttttaattttaggatggtttaaaagtttaaatataac
tactatctttttttggggggaggaggtcatgggccaacaatttacctaaa
tattttctacaaaagcattttatattaatgtcaacaactgaccagtgact
aaagcactaaaaatactggcaagcaataaaatatttccttgtttccttac
taagtgcttaaaaaaatgaaatggtatttactgacatcactactgatgcc
tctgactgagtgtaaaagtctgttttaggagtagacttgtcagtggctgc
aaccatctcacaatgctattacaggctgtgctgtcccaaagcactttgaa
atgatacacagttcttaaacaggatgaccatttaaacattattttccttg
gtttggtagacgagggcccaaagcagtggttcatgaggaggcaagcaaaa
gcttgtatagtttaggcaagtgtactcaattattgggatctacttttaaa
gataaacacccccttgatatcgtaacaagagcgagttacagtaaaacagg
tttgggattgtgggcttctgtgctagaaagctggctgtagcagccataaa
gcctgaattgattcttcagccatggttaaagttaaaatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_16891319_16892447
seq2: B6Ng01-318D05.b_46_1162

seq1  GAATTCTGTATTCTGTGTACCTGTTAGGTGTTTAGCATTACCTATTCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTATTCTGTGTACCTGTTAGGTGTTTAGCATTACCTATTCTGT  50

seq1  GTTTTGAAGGAAAGGACAGCAGTCAAGAAAGTCAGACCCAACACCCCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAAGGAAAGGACAGCAGTCAAGAAAGTCAGACCCAACACCCCTCA  100

seq1  TATTCCTTCTAATTGCCCCCATCCCATAGGCCAAGCCAAGTCGCCTGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTCTAATTGCCCCCATCCCATAGGCCAAGCCAAGTCGCCTGCAC  150

seq1  TGCTCCCACTGTGATGAGACCTACACCCTCCCCCAGAATGGTACCATCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCACTGTGATGAGACCTACACCCTCCCCCAGAATGGTACCATCAA  200

seq1  GCTCTACAAGGAGCTGCGGTGCCCATTGGATGACTTTGAACTGGTCCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACAAGGAGCTGCGGTGCCCATTGGATGACTTTGAACTGGTCCTGT  250

seq1  GGTCCTCAGGCTCCCGGGGCAAGAGCTACCCACTATGTCCCTACTGCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCAGGCTCCCGGGGCAAGAGCTACCCACTATGTCCCTACTGCTAT  300

seq1  AACCACCCACCCTTCCGAGACATGAAGAAAGGTGAGTGTGGCATGTGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCCACCCTTCCGAGACATGAAGAAAGGTGAGTGTGGCATGTGGGT  350

seq1  GTCCTCAGGTTCATACTTAGCATACTCCAGTGAGGTCCTTTACCCATCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGGTTCATACTTAGCATACTCCAGTGAGGTCCTTTACCCATCTA  400

seq1  TCACTACCTGTGTACACTGGTAGTGAGTCAGGGACCCTAAGAAATACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACCTGTGTACACTGGTAGTGAGTCAGGGACCCTAAGAAATACTTG  450

seq1  TGCCATTGCTCAGGCTGTAGCCAACCTATCTGGTCTGGGTATGCCTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTGCTCAGGCTGTAGCCAACCTATCTGGTCTGGGTATGCCTGGGT  500

seq1  CCTAATTGAGCAAACAGCTTGCTCACTTAGGATCTGGGCAGGAGGCAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTGAGCAAACAGCTTGCTCACTTAGGATCTGGGCAGGAGGCAAGA  550

seq1  TGTGCCCCTCGGGGGCTAGGCTAAGTGAGAGGCAGGCAACCCCAGATAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCCTCGGGGGCTAGGCTAAGTGAGAGGCAGGCAACCCCAGATAAG  600

seq1  GACACCTGACAAACCAAGCCCCCTGGGTTCTCAGCACTGCTTTTTGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTGACAAACCAAGCCCCCTGGGTTCTCAGCACTGCTTTTTGTCTT  650

seq1  ACTTTACACCCTTTGCTGGGAAACAGAAAGCATGTATCCAGGCTAAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACACCCTTTGCTGGGAAACAGAAAGCATGTATCCAGGCTAAGCAG  700

seq1  TGCATGCCAAGCCTGGAACCAGAGAGGCTCACTGCCAGCACATGTACCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCAAGCCTGGAACCAGAGAGGCTCACTGCCAGCACATGTACCCG  750

seq1  CTCCCAGGTAGTACCATCCCTACCTCAGACGAGGAGCCGGCTCCTTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGTAGTACCATCCCTACCTCAGACGAGGAGCCGGCTCCTTTGTT  800

seq1  ACCTGAGGCATTAATTAGGAATCCTCAGTGTCTCAGTTCACATACTTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGGCATTAATTAGGAATCCTCAGTGTCTCAGTTCACATACTTACT  850

seq1  ACCAAGATAATGAGGCTCTCTTCCCGCCCCCCACCCCAAGTGTCTTACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGATAATGAGGCTCTCTTCCCGCCCCCCACCCCAAGTGTCTTACAG  900

seq1  TGCACAATGCAGCAAGCAAGTAACAGGTGAGCTGAGAGCAACCTGGAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAATGCAGCAAGCAAGTAACAGGTGAGCTGAGAGCAACCTGGAAGA  950

seq1  GCCATTAATAAG-TTACAGAAGCAAACGAGGGTTTGGGAGTCAGCTGGAG  999
      |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAATAAGTTTACAGAAGC-AACGAGGTTTTGGGAGTCAGCTGGAG  999

seq1  TCCTTGGATTGAGAACTGCACATTTTTAGATAAGCAGAGGAACCCAGTCC  1049
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    ||||| |
seq2  TCCTTGGATTGAG-ACTGCACATTTTTAGAT-AGCAGAG---ACCAGT-C  1043

seq1  AGTGAACAAGATATCCCAAAAGCAGGTTAAGAGTGAGTGCCACGTTGTTC  1099
      |||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||
seq2  AGTGA--CAGATAT-CCAAAAGCA-GTTTAGAGTGAGTGCCACG-TGGTC  1088

seq1  TAGAATAGGAATTCAGCAGTCTGGCATTGA  1129
      |||||||||| | ||||||||| |||||||
seq2  TAGAATAGGATTCCAGCAGTCT-GCATTGA  1117

seq1: chr16_17014562_17015655
seq2: B6Ng01-318D05.g_66_1155 (reverse)

seq1  TAATTTTAACTTTTACCAT-GCTGAAGGATCAAATTCCAGGGCTTTAT-G  48
      ||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||   |||||||| |
seq2  TAATTTTAACTTTAACCATGGCTGAAGAATC-AATTC--AGGCTTTATGG  47

seq1  CTGCTACCAGGCAGCTTTCTAGCACAG-AGCCAACAATCCCAAACCTGTT  97
      |||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CTGCTA-CAGCCAGCTTTCTAGCACAGAAGCCCACAATCCCAAACCTGTT  96

seq1  TTAACTGTAAACTCGCTCTTGTTACGATTATCAAAGGGGGTGTTTATCTT  147
      || ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  TT-ACTGT-AACTCGCTCTTGTTACGA-TATC-AAGGGGGTGTTTATCTT  142

seq1  TAAAAGTAGATCCCAAT-ATTGAGTACACTTGCCTAAACTATACAAGCTT  196
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTAGATCCCAATAATTGAGTACACTTGCCTAAACTATACAAGCTT  192

seq1  TTGCTTGCCTCCTCATGAACCACTGCTTTGGGCCCTCGTCTACCAAACCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGCCTCCTCATGAACCACTGCTTTGGGCCCTCGTCTACCAAACCA  242

seq1  AGGAAAATAATGTTTAAATGGTCATCCTGTTTAAGAACTGTGTATCATTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAATAATGTTTAAATGGTCATCCTGTTTAAGAACTGTGTATCATTT  292

seq1  CAAAGTGCTTTGGGACAGCACAGCCTGTAATAGCATTGTGAGATGGTTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGCTTTGGGACAGCACAGCCTGTAATAGCATTGTGAGATGGTTGC  342

seq1  AGCCACTGACAAGTCTACTCCTAAAACAGACTTTTACACTCAGTCAGAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTGACAAGTCTACTCCTAAAACAGACTTTTACACTCAGTCAGAGG  392

seq1  CATCAGTAGTGATGTCAGTAAATACCATTTCATTTTTTTAAGCACTTAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTAGTGATGTCAGTAAATACCATTTCATTTTTTTAAGCACTTAGT  442

seq1  AAGGAAACAAGGAAATATTTTATTGCTTGCCAGTATTTTTAGTGCTTTAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACAAGGAAATATTTTATTGCTTGCCAGTATTTTTAGTGCTTTAG  492

seq1  TCACTGGTCAGTTGTTGACATTAATATAAAATGCTTTTGTAGAAAATATT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGTCAGTTGTTGACATTAATATAAAATGCTTTTGTAGAAAATATT  542

seq1  TAGGTAAATTGTTGGCCCATGACCTCCTCCCCCCAAAAAAAGATAGTAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAAATTGTTGGCCCATGACCTCCTCCCCCCAAAAAAAGATAGTAGT  592

seq1  TATATTTAAACTTTTAAACCATCCTAAAATTAAAAGCAAGATTTTGCTTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAAACTTTTAAACCATCCTAAAATTAAAAGCAAGATTTTGCTTC  642

seq1  CTTCTTTTCGGATTATGTAGTTGGGTCTTAAGTATAGCTTGGAAAAAACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTCGGATTATGTAGTTGGGTCTTAAGTATAGCTTGGAAAAAACT  692

seq1  CCCATCCTATGGCTGTGAAGGTTACTTTGTAGATTTTGTTAGAAAATTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCTATGGCTGTGAAGGTTACTTTGTAGATTTTGTTAGAAAATTAT  742

seq1  CCTAGTAACAACCAGAAATAGACCTGTGTTTTGCTTATAAGAAAGTTGGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTAACAACCAGAAATAGACCTGTGTTTTGCTTATAAGAAAGTTGGT  792

seq1  AATTGGGCTGGAGAGATGGCTGCTCTTGTCCCAGGTTCTATTTCCAGCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGCTGGAGAGATGGCTGCTCTTGTCCCAGGTTCTATTTCCAGCAC  842

seq1  CCATATGGCAGCTAGCAACTGCCTGGAACTCTAGTTCCAAAGGATCTGAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGGCAGCTAGCAACTGCCTGGAACTCTAGTTCCAAAGGATCTGAT  892

seq1  GCTTGCCAAAGCCACTGTACACATGAGGTGTACAGATAGTGTGCAGACAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCAAAGCCACTGTACACATGAGGTGTACAGATAGTGTGCAGACAA  942

seq1  AACATCCATACACATAAAATACAATTTAGAGGCGGAGAAAGAGGTTGATA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCATACACATAAAATACAATTTAGAGGCGGAGAAAGAGGTTGATA  992

seq1  AAGGGCAGTAAAGCTTTCTAAAACTGTTGTTTGTTTGTTTTTTTAGGGAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGTAAAGCTTTCTAAAACTGTTGTTTGTTTGTTTTTTTAGGGAT  1042

seq1  AAAGATGTGGTTGGTGGTATTTGGTGTTTCTGCTGTGTCAGAGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTGGTTGGTGGTATTTGGTGTTTCTGCTGTGTCAGAGAATTC  1090