BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319A12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 44,254,967 - 44,365,869
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSidt1, Ccdc52
Upstream geneLOC667484, Zbtb20, LOC100043314, Drd3, Qtrtd1, 2610015P09Rik, Zdhhc23, Gramd1c, Atp6v1a, Nat13, Gm608
Downstream geneWdr52, Boc, LOC100043731, BC027231, Gtpbp8, Cd200r1, LOC271374, F630003A18Rik, Cd200r4, LOC546665, Cd200r2, Cd200r3, EG433021, Ccdc80, Slc35a5, Atg3, EG547267, Btla
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319A12.bB6Ng01-319A12.g
ACCGA108767GA108768
length1,0801,130
definitionB6Ng01-319A12.b B6Ng01-319A12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,364,784 - 44,365,869)(44,254,967 - 44,256,105)
sequence
gaattcctctaatctctcctgagctgtgtttccgggagatatgcaagctg
tgtgtggactgaacgcttacctgtgcgcttacgaggaacatcagcaaaca
gacctttggctgcagccatcagatgatcggacttttccagcacatcctgt
gtcaggtattgatcagagagaatctacacatgtgtgaagaaaaatactga
ttagagaaaaatacgcttacttatcaaattactaagaaaaaagaataagg
gaaggcaccaaacatgacattttgaaagtttaattttcaatccttattga
ttgtggttgctaaatttcctcttaaccatgggccatgaccatcctaaaac
cctccaatgacaatatacttagataacagtaggtgagactactacagata
ttagtagcttgaaaaaatacatattacattgtgatctggtacacacagat
gtacacacaaaaatacacacacatgatcagatatatacacacatacaaat
acatactttttaaaagtaagactgtaattcatatagccttgcctcatgag
aataactatatttaagttttattccattctagttttaagtgatagttgta
ctccactaacttgattttataacccattaaataaagtatacagttgaaaa
acacataccaaagataagaatctttgagccataaactcaaggtgtttcca
ccactgaagtattctgataatccactaacagacctatgacttagaaaaac
acagtatagcttttaggattaaacaaagccatgcttaggtatttataaac
aagttggttttttattatggagagatcgttaaactaaacaccattacagt
cgtgcctctgactatgtactttctattgaaggactttaatgtacaaaaaa
acaaaaagatatggacaaggcttgattattgttctatttaaatttctaat
atatatattatatatataatatatataaattttctatatatatatacata
tatgtgtgtgtatatatacatatacatatatgtgtatatatatatatact
atatataatatagatatgtatcacatagac
gaattctggaggtttgagtcactgcccgaagcctggccctcccactgttc
ctccattttctgagagatggccaaggaacacagggacatgcacgtaccat
atacagaggtctgctgcattgctggatacagtccgtgtagaacaccatag
cagcccgccggaagattcccagatctgtgttgacacaatcacaccatgag
aacacacagaggaaatacatacactgggaaatgacctgagactggggtcc
aggaggatgccatcggcactctattaaagccattagaatgctttgcacct
gacaggtgtcctatcaggtataagtatatgatgtagaaaattatgttgtt
ttggcgggtgtaccatgcacatgcgttatatggcagaaaggctgccaagg
aacatgaatggcagacagcagacacctttctggttccttcagctacgctt
ccattgtttacgggtcactctggtggggtttcctatcaggagagatgtca
tgggatcctcaaatctaccttcaattacttgttctccatactgggaatgg
agatctatcttgtaagggttccaatctacacttctcaacttagtgatgag
ttactgagttctgaaccaagaggtactgggctgtactaagaatggttaga
aagaactactaggtaatggaagttaagatagggtgagaaaagcaggaaag
ggtttttaaatgtagtcccacgtaagtcatgtttggaatggaaggcattc
ggtgtgagagctctagctgctcccctcagagtcaaggtcagaggaggctg
tcttccagtgagctattcatgtcctgacctcaaaggtaagattgagtgta
cccagagccagcactgctgagagtggaccacagtttcctctggggactga
atttaacaagagcaggaacctggctatacagagacaagaagtgatgcacc
ccagcgtgggttgggatgcagagtggcttccaagcctttctctagaccat
cctcccaatgcagctgctgacttagaaggaaagaagggcagagcttgcag
acagcagctgggtctattgaacagtttagaccccccacaaggaggaagaa
ctttacctggtcgaccatctgaactcagcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_44364784_44365869
seq2: B6Ng01-319A12.b_48_1127 (reverse)

seq1  GTCTATTGTGGATATATATATATATATATATATA-TATATATATATATAC  49
      ||||| ||| |||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  GTCTA-TGT-GATACATATCTATAT-TATATATAGTATATATATATATAC  47

seq1  ACAATATATGTATATGTATATATACACACACAATATATGTATATATATAT  99
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  AC-ATATATGTATATGTATATATACACACAC-ATATATGTATATATATA-  94

seq1  TAGAAAATTTATATATATTATATATATAATATATATATTAGAAATTTTAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGAAAATTTATATATATTATATATATAATATATATATTAGAAA-TTTAA  143

seq1  ATAGAACAATAATCAAGCCTTGTCCATATCTTTTTGTTTTTTTGTACATT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACAATAATCAAGCCTTGTCCATATCTTTTTGTTTTTTTGTACATT  193

seq1  AAAGTCCTTCAATAGAAAGTACATAGTCAGAGGCACGACTGTAATGGTGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTTCAATAGAAAGTACATAGTCAGAGGCACGACTGTAATGGTGT  243

seq1  TTAGTTTAACGATCTCTCCATAATAAAAAACCAACTTGTTTATAAATACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTAACGATCTCTCCATAATAAAAAACCAACTTGTTTATAAATACC  293

seq1  TAAGCATGGCTTTGTTTAATCCTAAAAGCTATACTGTGTTTTTCTAAGTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGGCTTTGTTTAATCCTAAAAGCTATACTGTGTTTTTCTAAGTC  343

seq1  ATAGGTCTGTTAGTGGATTATCAGAATACTTCAGTGGTGGAAACACCTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTCTGTTAGTGGATTATCAGAATACTTCAGTGGTGGAAACACCTTG  393

seq1  AGTTTATGGCTCAAAGATTCTTATCTTTGGTATGTGTTTTTCAACTGTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATGGCTCAAAGATTCTTATCTTTGGTATGTGTTTTTCAACTGTAT  443

seq1  ACTTTATTTAATGGGTTATAAAATCAAGTTAGTGGAGTACAACTATCACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATTTAATGGGTTATAAAATCAAGTTAGTGGAGTACAACTATCACT  493

seq1  TAAAACTAGAATGGAATAAAACTTAAATATAGTTATTCTCATGAGGCAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTAGAATGGAATAAAACTTAAATATAGTTATTCTCATGAGGCAAG  543

seq1  GCTATATGAATTACAGTCTTACTTTTAAAAAGTATGTATTTGTATGTGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATGAATTACAGTCTTACTTTTAAAAAGTATGTATTTGTATGTGTG  593

seq1  TATATATCTGATCATGTGTGTGTATTTTTGTGTGTACATCTGTGTGTACC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATCTGATCATGTGTGTGTATTTTTGTGTGTACATCTGTGTGTACC  643

seq1  AGATCACAATGTAATATGTATTTTTTCAAGCTACTAATATCTGTAGTAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACAATGTAATATGTATTTTTTCAAGCTACTAATATCTGTAGTAGT  693

seq1  CTCACCTACTGTTATCTAAGTATATTGTCATTGGAGGGTTTTAGGATGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTACTGTTATCTAAGTATATTGTCATTGGAGGGTTTTAGGATGGT  743

seq1  CATGGCCCATGGTTAAGAGGAAATTTAGCAACCACAATCAATAAGGATTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCCATGGTTAAGAGGAAATTTAGCAACCACAATCAATAAGGATTG  793

seq1  AAAATTAAACTTTCAAAATGTCATGTTTGGTGCCTTCCCTTATTCTTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAACTTTCAAAATGTCATGTTTGGTGCCTTCCCTTATTCTTTTT  843

seq1  TCTTAGTAATTTGATAAGTAAGCGTATTTTTCTCTAATCAGTATTTTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTAATTTGATAAGTAAGCGTATTTTTCTCTAATCAGTATTTTTCT  893

seq1  TCACACATGTGTAGATTCTCTCTGATCAATACCTGACACAGGATGTGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATGTGTAGATTCTCTCTGATCAATACCTGACACAGGATGTGCTG  943

seq1  GAAAAGTCCGATCATCTGATGGCTGCAGCCAAAGGTCTGTTTGCTGATGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCCGATCATCTGATGGCTGCAGCCAAAGGTCTGTTTGCTGATGT  993

seq1  TCCTCGTAAGCGCACAGGTAAGCGTTCAGTCCACACACAGCTTGCATATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGTAAGCGCACAGGTAAGCGTTCAGTCCACACACAGCTTGCATATC  1043

seq1  TCCCGGAAACACAGCTCAGGAGAGATTAGAGGAATTC  1086
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGGAAACACAGCTCAGGAGAGATTAGAGGAATTC  1080

seq1: chr16_44254967_44256105
seq2: B6Ng01-319A12.g_68_1197

seq1  GAATTCTGGAGGTTTGAGTCACTGCCCGAAGCCTGGCCCTCCCACTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAGGTTTGAGTCACTGCCCGAAGCCTGGCCCTCCCACTGTTC  50

seq1  CTCCATTTTCTGAGAGATGGCCAAGGAACACAGGGACATGCACGTACCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTTTCTGAGAGATGGCCAAGGAACACAGGGACATGCACGTACCAT  100

seq1  ATACAGAGGTCTGCTGCATTGCTGGATACAGTCCGTGTAGAACACCATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGGTCTGCTGCATTGCTGGATACAGTCCGTGTAGAACACCATAG  150

seq1  CAGCCCGCCGGAAGATTCCCAGATCTGTGTTGACACAATCACACCATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCGCCGGAAGATTCCCAGATCTGTGTTGACACAATCACACCATGAG  200

seq1  AACACACAGAGGAAATACATACACTGGGAAATGACCTGAGACTGGGGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACAGAGGAAATACATACACTGGGAAATGACCTGAGACTGGGGTCC  250

seq1  AGGAGGATGCCATCGGCACTCTATTAAAGCCATTAGAATGCTTTGCACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGATGCCATCGGCACTCTATTAAAGCCATTAGAATGCTTTGCACCT  300

seq1  GACAGGTGTCCTATCAGGTATAAGTATATGATGTAGAAAATTATGTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTGTCCTATCAGGTATAAGTATATGATGTAGAAAATTATGTTGTT  350

seq1  TTGGCGGGTGTACCATGCACATGCGTTATATGGCAGAAAGGCTGCCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCGGGTGTACCATGCACATGCGTTATATGGCAGAAAGGCTGCCAAGG  400

seq1  AACATGAATGGCAGACAGCAGACACCTTTCTGGTTCCTTCAGCTACGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAATGGCAGACAGCAGACACCTTTCTGGTTCCTTCAGCTACGCTT  450

seq1  CCATTGTTTACGGGTCACTCTGGTGGGGTTTCCTATCAGGAGAGATGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTTTACGGGTCACTCTGGTGGGGTTTCCTATCAGGAGAGATGTCA  500

seq1  TGGGATCCTCAAATCTACCTTCAATTACTTGTTCTCCATACTGGGAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCCTCAAATCTACCTTCAATTACTTGTTCTCCATACTGGGAATGG  550

seq1  AGATCTATCTTGTAAGGGTTCCAATCTACACTTCTCAACTTAGTGATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTATCTTGTAAGGGTTCCAATCTACACTTCTCAACTTAGTGATGAG  600

seq1  TTACTGAGTTCTGAACCAAGAGGTACTGGGCTGTACTAAGAATGGTTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAGTTCTGAACCAAGAGGTACTGGGCTGTACTAAGAATGGTTAGA  650

seq1  AAGAACTACTAGGTAATGGAAGTTAAGATAGGGTGAGAAAAGCAGGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTACTAGGTAATGGAAGTTAAGATAGGGTGAGAAAAGCAGGAAAG  700

seq1  GGTTTTTAAATGTAGTCCCACGTAAGTCATGTTTGGAATGGAAGGCATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTAAATGTAGTCCCACGTAAGTCATGTTTGGAATGGAAGGCATTC  750

seq1  GGTGTGAGAGCTCTAGCTGCTCCCCTCAGAGTCAAGGTCAGAGGAGGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAGAGCTCTAGCTGCTCCCCTCAGAGTCAAGGTCAGAGGAGGCTG  800

seq1  TCTTCCAGTGAGCTATTCATGTCCTGACCTCAAAGGTAAGATTGAGTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGTGAGCTATTCATGTCCTGACCTCAAAGGTAAGATTGAGTGTA  850

seq1  CCCAGAGCCAGCACTGCTGAGAGTGGACCACAG-TTCCTCTGGGGACTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCCAGCACTGCTGAGAGTGGACCACAGTTTCCTCTGGGGACTGA  900

seq1  ATTTAACAAAGAGCAAGGAACCTGGCTATACAAGAGACAAGAAGTGATGC  949
      ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAC-AAGAGC-AGGAACCTGGCTATAC-AGAGACAAGAAGTGATGC  947

seq1  ACCCCAGCGTGGGTTGGGATGCAGAGTGGCTTCCAAGCCTTTCTCTAGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGCGTGGGTTGGGATGCAGAGTGGCTTCCAAGCCTTTCTCTAGAC  997

seq1  CATCCTCCC-ATGCAGGCTGCCTGACTTAGAAAGGAAAGAGGGGGCAGAG  1048
      ||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||  ||||||||
seq2  CATCCTCCCAATGCA-GCTG-CTGACTTAG-AAGGAAAGA-AGGGCAGAG  1043

seq1  CTGGCAGACAGCAAGCTGGGTCTA-TGAACAGTTTAGACCCCCTACAAAG  1097
      || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  
seq2  CTTGCAGACAGC-AGCTGGGTCTATTGAACAGTTTAGACCCCCCACAA--  1090

seq1  GGAGGAAGAACATTACCTGTGTCAGACACATCTGAA-TCAGCG  1139
      ||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||| ||||||
seq2  GGAGGAAGAACTTTACCTG-GTC-GAC-CATCTGAACTCAGCG  1130