BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319J19
Chromosome16 (Build37)
Map Location 5,188,074 - 5,336,465
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNagpa, AU021092, Alg1, 5730409G15Rik
Upstream geneCrebbp, EG436332, Adcy9, EG620313, Srl, Tcfap4, Glis2, Magmas, Coro7, Vasn, Dnaja3, Nmral1, Hmox2, 5730403B10Rik, 4930562C15Rik, 1500031H01Rik, Mgrn1, Nudt16l1, Anks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik, Ubn1, Ppl, Sec14l5
Downstream geneLOC100042436, A2bp1, LOC100042445
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319J19.bB6Ng01-319J19.g
ACCGA109197GA109198
length2571,198
definitionB6Ng01-319J19.b B6Ng01-319J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,188,074 - 5,188,330)(5,335,265 - 5,336,465)
sequence
caggccagcttgggctgcaattcgagaccctgttatacacacacacacac
acacacacacaccacaaacaataccacaaacaacatcacaaacaaaaccc
aaacttgagaatttcccagctgttttttctgagggccgagccacagctga
tctttctgcctcagaaagagcccaaggctccacgttgtcccctcaggcag
ggctaagcggggagctggttactgtgtggagtttatggtgtgtaaagtgt
gggggtg
gaattccagtgaggtcagacaaagataattccacgtacaagtgagcctca
actcattatcagagatatccaaggatactgtacaagataagcttcctgaa
aatgagtctggatcaattagtaatgtctgcatggggtacagcatgttggg
atggtgtactgtggtaatttccccctaattgaaacattctatcctggagg
gaggcttctgaggctcaggaagtaagccatgtacaagtcttaggaagtct
ccgtatggcctctgaacctcaggtacttcccatttcttcttcacagcctt
tattttcacaagatagttcttgcaagagcaagaaatatagagggctatcg
ttcaataaaacctcgaggatctccacacgagagctctgagcaccgctttg
ttttcccgatcaatagagtgaaacatggtctttaaaaacatcaaagaaac
atcgagagacagatgcagagctgaggagaaaaacggcacccactgtttac
cacaacccccgcctccaccatcagtcatccaccacagaagtaaggcccat
atcttagacactctgagaatctctactaagattttactgacaaccattga
aggccataggggctgcttgactctcttctcatcaagcccagattctcgaa
tgatgtatatcaggctttgtctccaatgtgtgtcccacttggtcccatac
tgatgtgaccagtcagttgcagaggggccagacttctctacatgggacaa
ctactatggtttggatgtgaaatgccctccctctgtctaagcttttcagc
tggaagcatagctatgacccactgagggccttaaggactggagcctggag
ccacttctagcctacgttttctgcttcctgatcagccatgctgtgaacaa
gctgcaagcttccgccatcactgggtgcaatgccatccatgctttaattg
acctgaaaccacgagctaaagcaactccttcctctcttagcttctgtcag
gtatttgggtcaggagtgacataaaagtaaccatggagtctacccctcag
tccacttgcacgcccacaggcacgcccacagcaactactaactactaaca
ctggatacttttctcacccgctggaagagaacacccgagaaaagccatct
tatgggctgacctttcaggtacaatacaccacgcggggagggcatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_5188074_5188330
seq2: B6Ng01-319J19.b_52_308

seq1  CAGGCCAGCTTGGGCTGCAATTCGAGACCCTGTTATACACACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCAGCTTGGGCTGCAATTCGAGACCCTGTTATACACACACACACAC  50

seq1  ACACACACACACCACAAACAATACCACAAACAACATCACAAACAAAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACCACAAACAATACCACAAACAACATCACAAACAAAACCC  100

seq1  AAACTTGAGAATTTCCCAGCTGTTTTTTCTGAGGGCCGAGCCACAGCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGAGAATTTCCCAGCTGTTTTTTCTGAGGGCCGAGCCACAGCTGA  150

seq1  TCTTTCTGCCTCAGAAAGAGCCCAAGGCTCCACGTTGTCCCCTCAGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGCCTCAGAAAGAGCCCAAGGCTCCACGTTGTCCCCTCAGGCAG  200

seq1  GGCTAAGCGGGGTGCTGGTTACTGTGTGGAGTTTATGGTGTGCAGAGTGT  250
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  GGCTAAGCGGGGAGCTGGTTACTGTGTGGAGTTTATGGTGTGTAAAGTGT  250

seq1  GGGGGTG  257
      |||||||
seq2  GGGGGTG  257

seq1: chr16_5335265_5336465
seq2: B6Ng01-319J19.g_67_1264 (reverse)

seq1  TATATG-CCTTCCCGCGTGGTGTATTGTACCCTTGAAGTGTCAGCCCAAA  49
      |||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||  
seq2  TATATGCCCTCCCCGCGTGGTGTATTGTACC--TGAAAGGTCAGCCCA--  46

seq1  TAAAGATG--CTTTCTCTGGTGTTCTCTTCCAGC-GGTGAGAAAAGTAAC  96
        ||||||   |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  -TAAGATGGCTTTTCTCGGGTGTTCTCTTCCAGCGGGTGAGAAAAGTATC  95

seq1  CAGTG-TAGTAGTTAGGTATGTTGCTTGTGGGCGTTGCTTGTGGGCGTTG  145
      ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||| |||||||| ||
seq2  CAGTGTTAGTAGTTA-GTA-GTTGC-TGTGGGCG-TGCCTGTGGGCG-TG  140

seq1  CAAGTGGGCTGAGGGGTAGACTCCATTGGTTACTTTTATGTCACT-CTGA  194
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAAGTGGACTGAGGGGTAGACTCCA-TGGTTACTTTTATGTCACTCCTGA  189

seq1  -CCAAATACCTGACAGAAGCTAAGAGAGGAAGGAGTTGCTTTAGCTCGTG  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATACCTGACAGAAGCTAAGAGAGGAAGGAGTTGCTTTAGCTCGTG  239

seq1  GTTTCAGGTCAATTAAAGCATGGATGGCATTGCA-CCAGTGATGGCGGAA  292
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTTTCAGGTCAATTAAAGCATGGATGGCATTGCACCCAGTGATGGCGGAA  289

seq1  GCTTGCAGCTTGTTCACAGCATGGCTGATCAGGAAGCAGAAAACGTAGGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAGCTTGTTCACAGCATGGCTGATCAGGAAGCAGAAAACGTAGGC  339

seq1  TAGAAGTGGCTCCAGGCTCCAGTCCTTAAGGCCCTCAGTGGGTCATAGCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGGCTCCAGGCTCCAGTCCTTAAGGCCCTCAGTGGGTCATAGCT  389

seq1  ATGCTTCCAGCTGAAAAGCTTAGACAGAGGGAGGGCATTTCACATCCAAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCAGCTGAAAAGCTTAGACAGAGGGAGGGCATTTCACATCCAAA  439

seq1  CCATAGTAGTTGTCCCATGTAGAGAAGTCTGGCCCCTCTGCAACTGACTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGTAGTTGTCCCATGTAGAGAAGTCTGGCCCCTCTGCAACTGACTG  489

seq1  GTCACATCAGTATGGGACCAAGTGGGACACACATTGGAGACAAAGCCTGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATCAGTATGGGACCAAGTGGGACACACATTGGAGACAAAGCCTGA  539

seq1  TATACATCATTCGAGAATCTGGGCTTGATGAGAAGAGAGTCAAGCAGCCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATCATTCGAGAATCTGGGCTTGATGAGAAGAGAGTCAAGCAGCCC  589

seq1  CTATGGCCTTCAATGGTTGTCAGTAAAATCTTAGTAGAGATTCTCAGAGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCCTTCAATGGTTGTCAGTAAAATCTTAGTAGAGATTCTCAGAGT  639

seq1  GTCTAAGATATGGGCCTTACTTCTGTGGTGGATGACTGATGGTGGAGGCG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAGATATGGGCCTTACTTCTGTGGTGGATGACTGATGGTGGAGGCG  689

seq1  GGGGTTGTGGTAAACAGTGGGTGCCGTTTTTCTCCTCAGCTCTGCATCTG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTGTGGTAAACAGTGGGTGCCGTTTTTCTCCTCAGCTCTGCATCTG  739

seq1  TCTCTCGATGTTTCTTTGATGTTTTTAAAGACCATGTTTCACTCTATTGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCGATGTTTCTTTGATGTTTTTAAAGACCATGTTTCACTCTATTGA  789

seq1  TCGGGAAAACAAAGCGGTGCTCAGAGCTCTCGTGTGGAGATCCTCGAGGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGAAAACAAAGCGGTGCTCAGAGCTCTCGTGTGGAGATCCTCGAGGT  839

seq1  TTTATTGAACGATAGCCCTCTATATTTCTTGCTCTTGCAAGAACTATCTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAACGATAGCCCTCTATATTTCTTGCTCTTGCAAGAACTATCTT  889

seq1  GTGAAAATAAAGGCTGTGAAGAAGAAATGGGAAGTACCTGAGGTTCAGAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATAAAGGCTGTGAAGAAGAAATGGGAAGTACCTGAGGTTCAGAG  939

seq1  GCCATACGGAGACTTCCTAAGACTTGTACATGGCTTACTTCCTGAGCCTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACGGAGACTTCCTAAGACTTGTACATGGCTTACTTCCTGAGCCTC  989

seq1  AGAAGCCTCCCTCCAGGATAGAATGTTTCAATTAGGGGGAAATTACCACA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCTCCCTCCAGGATAGAATGTTTCAATTAGGGGGAAATTACCACA  1039

seq1  GTACACCATCCCAACATGCTGTACCCCATGCAGACATTACTAATTGATCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACCATCCCAACATGCTGTACCCCATGCAGACATTACTAATTGATCC  1089

seq1  AGACTCATTTTCAGGAAGCTTATCTTGTACAGTATCCTTGGATATCTCTG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCATTTTCAGGAAGCTTATCTTGTACAGTATCCTTGGATATCTCTG  1139

seq1  ATAATGAGTTGAGGCTCACTTGTACGTGGAATTATCTTTGTCTGACCTCA  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAGTTGAGGCTCACTTGTACGTGGAATTATCTTTGTCTGACCTCA  1189

seq1  CTGGAATTC  1201
      |||||||||
seq2  CTGGAATTC  1198