BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320J11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 7,193,558 - 7,307,372
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320J11.bB6Ng01-320J11.g
ACCGA109921GA109922
length1,0661,138
definitionB6Ng01-320J11.b B6Ng01-320J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,193,558 - 7,194,614)(7,306,222 - 7,307,372)
sequence
gaattcattttgagagatacttagggaagatgatggctggctacaaatgt
gtttttccagcaaaggaagaaagaaaaaatgtgagggctaggctcctgct
gagggagatgttccacagaggtgagaacccatagcaaggaaggaaatttc
cttcctctgtgtttgctgatgcgcctagatgtgctggtgagcccctgtct
gcccacctctatgcaaatgagtcctcccacaaactgaggatgtgctgtcc
tcaaaatccaaacgccatgtgcaggagatgggctcggctgctgctgcaca
aacaggagctgaggaaggagagcatttgcctgcagtgagtgatctccgtg
attgattgcagtttgacaaaagacctccacctgggtatgagatctgacaa
cgtgatcaccactgtaagttgcctttctcaggtcatgaacctggagcttc
agcctggaacagtgtgggaggagagggaagccgcccctgaactaacaggt
gttaccgttatgagcacctttcctgttttgggaaaattcagtcctcccaa
tttgacagggctctggtcatctcaggagcaaggcacagcatttgcttatc
atcttaggtgtccgtcagaatggacttgtcagactatttggggacccgtt
tgtaagtggtgagagatgccgtgaaatgaggtgatgctcaggttgccaac
taagatccatgcctttgagacccggcagatttcacattgtatcccagcac
agcatttgctaaagatgagagagaaccccgacagttatttatcttccatt
atcttcctttctctcatctgtgaaaggaaggcaatagtgtgtgtcttacg
aaaataaaagtctattagataaatgcttagcatgggtgtcttacacctaa
taaacccttactacatggtaggctggcttctgtgtcattaacatccagac
cctccacaatgacagggttgtcatatatctatgtagtttcctgggaatat
tgggtgtgatgagatacctgtacagtgatggtctcactgaaagcagtagg
tattcaaaggtagttt

gaattcagatttaccatcaacagtaagcaagtgactcagatcaactgttc
actaactacaaatgcttcaaaaaaagcattgccataggaaggttccttcc
tcacacccatgaggtactaggctttcaagacaacattgatggtaaggcct
cagtatcagttgtaggctatcaaagcaagggctcttagctgtggatgctt
tttgctccctcccctgatttgctcactgagttgtctgaatcagtgttatt
tctctaataaggggtagttgatactcaggcagagaagaggggaggagaga
gacatatgcataaagcaaagtagagaagaatagacttgcgaagccaaatc
gattcatggagaaagacctaagtcatttttttccctcctagcttttacat
aagctttatcttggaaactcacagtttatacattgctgaaatgatagact
caagcctctgctttattaggaaagaaaagcagctacaatggaaaggtgta
gttaacggatgcatgggtgggcactgcattaatatgggtatgagccatca
ctcatctgtccaatgtgcatatcctcaatgctttcctagggcaaatccat
gtgaaatgtcaccaggagcagagccccatgcttacttcacaaggtcatta
gtgactctccttcagctgctcttggttttgtccaaagaaatcattgggaa
tgtgttagtgtgcaattcctgctttgggctgagctgcaaagttcatgact
gggggacaggcaaagcaaatttagaaaagaccaagcaacactttggcgtg
caaagcaaagttccttacctgcatagaagtcggggctgtagaccgcgccc
acaactggatttaatttccagccttaaaataagcacagaaaggattacat
cacatttgagtcaggaactttctgtcctttaggtaaccacagtaaaaaca
gactgggaggttgtgctagtttgtgtttgggaaatttcagtctatggagt
tgaacatgcacacatgaactgcagacttggggctcgatgggttttggttt
tctgctagtgcagagaaatggatgagaccactgaacggctaaggtcaccg
tgtgaggtacggattgattcacctattcagtaaaccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_7193558_7194614
seq2: B6Ng01-320J11.b_47_1105

seq1  GAATTCATTTTGAGAGATACTTAGGGAAGATGATGGCTGGCTACAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTGAGAGATACTTAGGGAAGATGATGGCTGGCTACAAATGT  50

seq1  GTTTTTCCAGCAAAGGAAGAAAGAAAAAATGTGAGGGCTAGGCTCCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCCAGCAAAGGAAGAAAGAAAAAATGTGAGGGCTAGGCTCCTGCT  100

seq1  GAGGGAGATGTTCCACAGAGGTGAGAACCCATAGCAAGGAAGGAAATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGATGTTCCACAGAGGTGAGAACCCATAGCAAGGAAGGAAATTTC  150

seq1  CTTCCTCTGTGTTTGCTGATGCGCCTAGATGTGCTGGTGAGCCCCTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTGTGTTTGCTGATGCGCCTAGATGTGCTGGTGAGCCCCTGTCT  200

seq1  GCCCACCTCTATGCAAATGAGTCCTCCCACAAACTGAGGATGTGCTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCTCTATGCAAATGAGTCCTCCCACAAACTGAGGATGTGCTGTCC  250

seq1  TCAAAATCCAAACGCCATGTGCAGGAGATGGGCTCGGCTGCTGCTGCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATCCAAACGCCATGTGCAGGAGATGGGCTCGGCTGCTGCTGCACA  300

seq1  AACAGGAGCTGAGGAAGGAGAGCATTTGCCTGCAGTGAGTGATCTCCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGCTGAGGAAGGAGAGCATTTGCCTGCAGTGAGTGATCTCCGTG  350

seq1  ATTGATTGCAGTTTGACAAAAGACCTCCACCTGGGTATGAGATCTGACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTGCAGTTTGACAAAAGACCTCCACCTGGGTATGAGATCTGACAA  400

seq1  CGTGATCACCACTGTAAGTTGCCTTTCTCAGGTCATGAACCTGGAGCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATCACCACTGTAAGTTGCCTTTCTCAGGTCATGAACCTGGAGCTTC  450

seq1  AGCCTGGAACAGTGTGGGAGGAGAGGGAAGCCGCCCCTGAACTAACAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGAACAGTGTGGGAGGAGAGGGAAGCCGCCCCTGAACTAACAGGT  500

seq1  GTTACCGTTATGAGCACCTTTCCTGTTTTGGGAAAATTCAGTCCTCCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCGTTATGAGCACCTTTCCTGTTTTGGGAAAATTCAGTCCTCCCAA  550

seq1  TTTGACAGGGCTCTGGTCATCTCAGGAGCAAGGCACAGCATTTGCTTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAGGGCTCTGGTCATCTCAGGAGCAAGGCACAGCATTTGCTTATC  600

seq1  ATCTTAGGTGTCCGTCAGAATGGACTTGTCAGACTATTTGGGGACCCGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGGTGTCCGTCAGAATGGACTTGTCAGACTATTTGGGGACCCGTT  650

seq1  TGTAAGTGGTGAGAGATGCCGTGAAATGAGGTGATGCTCAGGTTGCCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGGTGAGAGATGCCGTGAAATGAGGTGATGCTCAGGTTGCCAAC  700

seq1  TAAGATCCATGCCTTTGAGACCCGGCAGATTTCACATTGTATCCCAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCCATGCCTTTGAGACCCGGCAGATTTCACATTGTATCCCAGCAC  750

seq1  AGCATTTGCTAAAGATGAGAGAGAACCCCGACAGTTATTTATCTTCCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTGCTAAAGATGAGAGAGAACCCCGACAGTTATTTATCTTCCATT  800

seq1  ATCTTCCTTTCTCTCATCTGTGAAAGGAAGGCAATAGTGTGTGTCTTACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTTTCTCTCATCTGTGAAAGGAAGGCAATAGTGTGTGTCTTACG  850

seq1  AAAATAAAAGTCTATTAGATAAATGCTTAGCAT-GGTGTCTTACACCTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAAGTCTATTAGATAAATGCTTAGCATGGGTGTCTTACACCTAA  900

seq1  TAAACCCTTACTACATGGTAGGCTGGCTTCTGTGTCATTAACATCCAGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCTTACTACATGGTAGGCTGGCTTCTGTGTCATTAACATCCAGAC  950

seq1  CCTCCCACAATGACAGGGTTGTCATATATCTATGTAG-TTCCTGGGAATA  998
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCT-CCACAATGACAGGGTTGTCATATATCTATGTAGTTTCCTGGGAATA  999

seq1  -TGGGTGTGATGAGAATACCTGTACAGTGATGGTCTCACTG-AAGCAGTA  1046
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTGGGTGTGATGAG-ATACCTGTACAGTGATGGTCTCACTGAAAGCAGTA  1048

seq1  GGTATTCAAAG  1057
      |||||||||||
seq2  GGTATTCAAAG  1059


seq1: chr16_7306222_7307372
seq2: B6Ng01-320J11.g_66_1203 (reverse)

seq1  TGGGTTTACTGATATGGTTGAAAATCAATCCTGTCCTTTTCACACGGTTC  50
      |||||||||||| || | ||  |||||||||   ||   |||||||| | 
seq2  TGGGTTTACTGA-ATAGGTG--AATCAATCCGTACC---TCACACGG-TG  43

seq1  ACCTGTAGCCGGTCAGTGGTTCTTCATTCCATTTCCTCTGCACTAGCAGA  100
      |||| |||||| ||||||||   ||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  ACCT-TAGCCGTTCAGTGGT--CTCA-TCCATTT-CTCTGCACTAGCAGA  88

seq1  AAACCAAAA-CCATCGAGCCCCAAGTCTGCAAGTTCATGTTGTGCATGTT  149
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AAACCAAAACCCATCGAGCCCCAAGTCTGC-AGTTCATG-TGTGCATGTT  136

seq1  CAACTTCCATAGACTTGAAATTT-CCAAACACAAACTAGCACAACCTCCC  198
      |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAC-TCCATAGAC-TGAAATTTCCCAAACACAAACTAGCACAACCTCCC  184

seq1  AGTCTGTTTTTACTGTGGTTACCTAAAGGGACAG-AAGTTCCTGACTCAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  AGTCTGTTTTTACTGTGGTTACCTAAA-GGACAGAAAGTTCCTGACTCAA  233

seq1  ATGTGATGTAATCC-TTCTGTGCTTATTTTAAGGCTGGAAATTAAATCCA  296
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATGTAATCCTTTCTGTGCTTATTTTAAGGCTGGAAATTAAATCCA  283

seq1  GTTGTGGGCGCGGTCTACAGCCCCGACTTCTATGCAGGTAAGGAACTTTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGGCGCGGTCTACAGCCCCGACTTCTATGCAGGTAAGGAACTTTG  333

seq1  CTTTGCACGCCAAAGTGTTGCTTGGTCTTTTCTAAATTTGCTTTGCCTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCACGCCAAAGTGTTGCTTGGTCTTTTCTAAATTTGCTTTGCCTGT  383

seq1  CCCCCAGTCATGAACTTTGCAGCTCAGCCCAAAGCAGGAATTGCACACTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGTCATGAACTTTGCAGCTCAGCCCAAAGCAGGAATTGCACACTA  433

seq1  ACACATTCCCAATGATTTCTTTGGACAAAACCAAGAGCAGCTGAAGGAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTCCCAATGATTTCTTTGGACAAAACCAAGAGCAGCTGAAGGAGA  483

seq1  GTCACTAATGACCTTGTGAAGTAAGCATGGGGCTCTGCTCCTGGTGACAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAATGACCTTGTGAAGTAAGCATGGGGCTCTGCTCCTGGTGACAT  533

seq1  TTCACATGGATTTGCCCTAGGAAAGCATTGAGGATATGCACATTGGACAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGGATTTGCCCTAGGAAAGCATTGAGGATATGCACATTGGACAG  583

seq1  ATGAGTGATGGCTCATACCCATATTAATGCAGTGCCCACCCATGCATCCG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGATGGCTCATACCCATATTAATGCAGTGCCCACCCATGCATCCG  633

seq1  TTAACTACACCTTTCCATTGTAGCTGCTTTTCTTTCCTAATAAAGCAGAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTACACCTTTCCATTGTAGCTGCTTTTCTTTCCTAATAAAGCAGAG  683

seq1  GCTTGAGTCTATCATTTCAGCAATGTATAAACTGTGAGTTTCCAAGATAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGTCTATCATTTCAGCAATGTATAAACTGTGAGTTTCCAAGATAA  733

seq1  AGCTTATGTAAAAGCTAGGAGGGAAAAAAATGACTTAGGTCTTTCTCCAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATGTAAAAGCTAGGAGGGAAAAAAATGACTTAGGTCTTTCTCCAT  783

seq1  GAATCGATTTGGCTTCGCAAGTCTATTCTTCTCTACTTTGCTTTATGCAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGATTTGGCTTCGCAAGTCTATTCTTCTCTACTTTGCTTTATGCAT  833

seq1  ATGTCTCTCTCCTCCCCTCTTCTCTGCCTGAGTATCAACTACCCCTTATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCTCTCCTCCCCTCTTCTCTGCCTGAGTATCAACTACCCCTTATT  883

seq1  AGAGAAATAACACTGATTCAGACAACTCAGTGAGCAAATCAGGGGAGGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATAACACTGATTCAGACAACTCAGTGAGCAAATCAGGGGAGGGA  933

seq1  GCAAAAAGCATCCACAGCTAAGAGCCCTTGCTTTGATAGCCTACAACTGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAGCATCCACAGCTAAGAGCCCTTGCTTTGATAGCCTACAACTGA  983

seq1  TACTGAGGCCTTACCATCAATGTTGTCTTGAAAGCCTAGTACCTCATGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGCCTTACCATCAATGTTGTCTTGAAAGCCTAGTACCTCATGGG  1033

seq1  TGTGAGGAAGGAACCTTCCTATGGCAATGCTTTTTTTGAAGCATTTGTAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGAAGGAACCTTCCTATGGCAATGCTTTTTTTGAAGCATTTGTAG  1083

seq1  TTAGTGAACAGTTGATCTGAGTCACTTGCTTACTGTTGATGGTAAATCTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGAACAGTTGATCTGAGTCACTTGCTTACTGTTGATGGTAAATCTG  1133

seq1  AATTC  1151
      |||||
seq2  AATTC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |