BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326A09
Chromosome16 (Build37)
Map Location 25,328,159 - 25,461,367
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5430420C16Rik
Upstream geneLOC666580, LOC100043564, 1110054M08Rik, Lpp, A730098P11Rik
Downstream geneTrp63, LOC100043571, Leprel1, Cldn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326A09.bB6Ng01-326A09.g
ACCGA113935GA113936
length1,1611,078
definitionB6Ng01-326A09.b B6Ng01-326A09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,460,214 - 25,461,367)(25,328,159 - 25,329,241)
sequence
gaattctccatggcaaactatcccttacttatataagcaacgtttaagtc
tatgtctttaaaataaaaccaaatcttctggtcaagacaggcagtagaag
tctacactagaccatatggtatttactatttgacaattcaggttagcaga
aaattactttttgtttttttgttttgatttttcttccttcccattccctg
atgatcctttgtagacatcactgtctccatttccttgcctctactggcca
gtacaagttcaggttcagaaggggcctgatgctggatcgttctttaggtc
cctgccaaatggccatggcttgcttctcaatagagctctctgccacttag
aggaggattatgcacattgttgaacaacactggctattttaccttgccaa
aatggttccatgtaacttctacgttagtctgaactcatcatttagagcca
aagaatacaagtacaatctgtttgttagactttctgttcagatagatcag
tggttctcaaccttcctaatgcttcattcgacctttaatatagttcctca
tatagtggtgacccaaccataaaattatttttactgctatttcataacta
taactttgctactgttatgaatagtaataccaatacttttagagatagat
gtttcccaaaggggtcatgacccacagttgagtgtttctgagatagagga
agctgatgatgacaacattgaatcttcagcaagttattcctctggggaat
gttgacttatgtttctctaaacaaacttctgcctgtcaatgccactcaaa
aattgagcccttgcactcaatttttaggtggccattcagaacacaaaacc
gacctcattctatacctccacctcagctggcatgggttcacctctctctc
tctctctctctctctctctctctctcgttttattctgtcttcaaatatgc
ctttcagcttaccatttcactattcttgaatgttcatcatgttatcctcc
catttaaacagtcttgttcgggattgggtttgatgaatgaagatgtggga
ttattcaccattgggatattaagtcttgctgccaaaagaaaatccataaa
atttgcagttaagaaacacgacttggtgatattctttattcaatgaggcc
agcctagactc

gaattcttttggccaggacaaaagagttaacagtaaaacacagagttcaa
gaccaagcggaatatgcaaatacaagaaccacacttaggctcctggagga
tttggaggaggaggtgtggccatttttaactaatcctaaatacagagtgt
ttggtcttctctaagtgaaatgatgtcttcttcccctcagccaggggcca
ttgagactgctgtggaagacttgaaaggccacatagcacagacttctggg
gagactgttcaaggcttctggctcctgacagagtgagtatgtggctgtgt
gaagggaagtggaaataggtgacatcactggaaaaggagaaggacatgtc
acaggcgctcccctgggtttgtatatggtgatttcctgatgtttccaact
ggacatcgatgtttacttagctggctgagtggatgggtttgactctgcct
ttctggactgctccttccactcagacactgcagccatggctcaggtctgt
gtcactgctttcaaggataatggcggcagcttcctaggtacccagctctg
atctctctccatcgcaagcatgctctctgtaactacacttgacatccttc
taggggcagaagacaggaataaaaaagatagggatgcaatctcctatcta
gtctgtattctctgtagagtatggactgtgataatagggaaatcaggtag
aatagggaagggggccactgctgaaagttaggataagaaccaagcaaacc
tataaaaagcatacggcctttattgctcatgtaacaccatccattaccct
taatgcttctgtagcagaaagagcttcccttgtgaatactaccatagcaa
caattacctttctacccctcctagaaattgcactgcctgtgacctttcat
gtaacactcagtgatacattaaaaggcaaaagaggatgcttgcctactat
agaacccataatgtgtgtgcagtgtgttaaaactcctcaccttgcttctg
ggatgggttggtgaggactggtttgagctggcagcagatctgagttccag
gatctagtatttcttcctggagggtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_25460214_25461367
seq2: B6Ng01-326A09.b_44_1204 (reverse)

seq1  GAGTCTA-GCTGGCCTCATTGAATAA--GATATTTCCCAGTTCTGTTTCT  47
      ||||||| ||||||||||||||||||   ||||  || |||  |||||||
seq2  GAGTCTAGGCTGGCCTCATTGAATAAAGAATATCACCAAGTCGTGTTTCT  50

seq1  TACCTGCAAATTTTATGATTTTCCTTTTTGCAGC-AGAC-TAATATCCC-  94
      || ||||||||||||||  ||| ||||| ||||| |||| ||||||||| 
seq2  TAACTGCAAATTTTATGGATTTTCTTTTGGCAGCAAGACTTAATATCCCA  100

seq1  ATTGTGTATAATCCCACATCTTCATTCATCAAACCCAATCCCGAAC-AGA  143
      || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGGTGAATAATCCCACATCTTCATTCATCAAACCCAATCCCGAACAAGA  150

seq1  CTGTTTAAATGGGAGGATAACATGATGAACATTCAAGAATAGTGAAATGG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAAATGGGAGGATAACATGATGAACATTCAAGAATAGTGAAATGG  200

seq1  TAAGCTGAAAGGCATATTTGAAGACAGAATAAAACGAGAGAGAGAGAGAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGAAAGGCATATTTGAAGACAGAATAAAACGAGAGAGAGAGAGAG  250

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTGAACCCATGCCAGCTGAGGTGGAGGTAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTGAACCCATGCCAGCTGAGGTGGAGGTAT  300

seq1  AGAATGAGGTCGGTTTTGTGTTCTGAATGGCCACCTAAAAATTGAGTGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAGGTCGGTTTTGTGTTCTGAATGGCCACCTAAAAATTGAGTGCA  350

seq1  AGGGCTCAATTTTTGAGTGGCATTGACAGGCAGAAGTTTGTTTAGAGAAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCAATTTTTGAGTGGCATTGACAGGCAGAAGTTTGTTTAGAGAAA  400

seq1  CATAAGTCAACATTCCCCAGAGGAATAACTTGCTGAAGATTCAATGTTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTCAACATTCCCCAGAGGAATAACTTGCTGAAGATTCAATGTTGT  450

seq1  CATCATCAGCTTCCTCTATCTCAGAAACACTCAACTGTGGGTCATGACCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCAGCTTCCTCTATCTCAGAAACACTCAACTGTGGGTCATGACCC  500

seq1  CTTTGGGAAACATCTATCTCTAAAAGTATTGGTATTACTATTCATAACAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGAAACATCTATCTCTAAAAGTATTGGTATTACTATTCATAACAG  550

seq1  TAGCAAAGTTATAGTTATGAAATAGCAGTAAAAATAATTTTATGGTTGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAGTTATAGTTATGAAATAGCAGTAAAAATAATTTTATGGTTGGG  600

seq1  TCACCACTATATGAGGAACTATATTAAAGGTCGAATGAAGCATTAGGAAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACTATATGAGGAACTATATTAAAGGTCGAATGAAGCATTAGGAAG  650

seq1  GTTGAGAACCACTGATCTATCTGAACAGAAAGTCTAACAAACAGATTGTA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAACCACTGATCTATCTGAACAGAAAGTCTAACAAACAGATTGTA  700

seq1  CTTGTATTCTTTGGCTCTAAATGATGAGTTCAGACTAACGTAGAAGTTAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATTCTTTGGCTCTAAATGATGAGTTCAGACTAACGTAGAAGTTAC  750

seq1  ATGGAACCATTTTGGCAAGGTAAAATAGCCAGTGTTGTTCAACAATGTGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACCATTTTGGCAAGGTAAAATAGCCAGTGTTGTTCAACAATGTGC  800

seq1  ATAATCCTCCTCTAAGTGGCAGAGAGCTCTATTGAGAAGCAAGCCATGGC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCTCCTCTAAGTGGCAGAGAGCTCTATTGAGAAGCAAGCCATGGC  850

seq1  CATTTGGCAGGGACCTAAAGAACGATCCAGCATCAGGCCCCTTCTGAACC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGCAGGGACCTAAAGAACGATCCAGCATCAGGCCCCTTCTGAACC  900

seq1  TGAACTTGTACTGGCCAGTAGAGGCAAGGAAATGGAGACAGTGATGTCTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGTACTGGCCAGTAGAGGCAAGGAAATGGAGACAGTGATGTCTA  950

seq1  CAAAGGATCATCAGGGAATGGGAAGGAAGAAAAATCAAAACAAAAAAACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGATCATCAGGGAATGGGAAGGAAGAAAAATCAAAACAAAAAAACA  1000

seq1  AAAAGTAATTTTCTGCTAACCTGAATTGTCAAATAGTAAATACCATATGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAATTTTCTGCTAACCTGAATTGTCAAATAGTAAATACCATATGG  1050

seq1  TCTAGTGTAGACTTCTACTGCCTGTCTTGACCAGAAGATTTGGTTTTATT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGTAGACTTCTACTGCCTGTCTTGACCAGAAGATTTGGTTTTATT  1100

seq1  TTAAAGACATAGACTTAAACGTTGCTTATATAAGTAAGGGATAGTTTGCC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGACATAGACTTAAACGTTGCTTATATAAGTAAGGGATAGTTTGCC  1150

seq1  ATGGAGAATTC  1154
      |||||||||||
seq2  ATGGAGAATTC  1161


seq1: chr16_25328159_25329241
seq2: B6Ng01-326A09.g_67_1144

seq1  GAATTCTTTTGGCCAGGACAAAAGAGTTAACAGTAAAACACAGAGTTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGGCCAGGACAAAAGAGTTAACAGTAAAACACAGAGTTCAA  50

seq1  GACCAAGCGGAATATGCAAATACAAGAACCACACTTAGGCTCCTGGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGCGGAATATGCAAATACAAGAACCACACTTAGGCTCCTGGAGGA  100

seq1  TTTGGAGGAGGAGGTGTGGCCATTTTTAACTAATCCTAAATACAGAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGGAGGAGGTGTGGCCATTTTTAACTAATCCTAAATACAGAGTGT  150

seq1  TTGGTCTTCTCTAAGTGAAATGATGTCTTCTTCCCCTCAGCCAGGGGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTTCTCTAAGTGAAATGATGTCTTCTTCCCCTCAGCCAGGGGCCA  200

seq1  TTGAGACTGCTGTGGAAGACTTGAAAGGCCACATAGCACAGACTTCTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACTGCTGTGGAAGACTTGAAAGGCCACATAGCACAGACTTCTGGG  250

seq1  GAGACTGTTCAAGGCTTCTGGCTCCTGACAGAGTGAGTATGTGGCTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGTTCAAGGCTTCTGGCTCCTGACAGAGTGAGTATGTGGCTGTGT  300

seq1  GAAGGGAAGTGGAAATAGGTGACATCACTGGAAAAGGAGAAGGACATGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAAGTGGAAATAGGTGACATCACTGGAAAAGGAGAAGGACATGTC  350

seq1  ACAGGCGCTCCCCTGGGTTTGTATATGGTGATTTCCTGATGTTTCCAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCGCTCCCCTGGGTTTGTATATGGTGATTTCCTGATGTTTCCAACT  400

seq1  GGACATCGATGTTTACTTAGCTGGCTGAGTGGATGGGTTTGACTCTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCGATGTTTACTTAGCTGGCTGAGTGGATGGGTTTGACTCTGCCT  450

seq1  TTCTGGACTGCTCCTTCCACTCAGACACTGCAGCCATGGCTCAGGTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACTGCTCCTTCCACTCAGACACTGCAGCCATGGCTCAGGTCTGT  500

seq1  GTCACTGCTTTCAAGGATAATGGCGGCAGCTTCCTAGGTACCCAGCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGCTTTCAAGGATAATGGCGGCAGCTTCCTAGGTACCCAGCTCTG  550

seq1  ATCTCTCTCCATCGCAAGCATGCTCTCTGTAACTACACTTGACATCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTCCATCGCAAGCATGCTCTCTGTAACTACACTTGACATCCTTC  600

seq1  TAGGGGCAGAAGACAGGAATAAAAAAGATAGGGATGCAATCTCCTATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCAGAAGACAGGAATAAAAAAGATAGGGATGCAATCTCCTATCTA  650

seq1  GTCTGTATTCTCTGTAGAGTATGGACTGTGATAATAGGGAAATCAGGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTATTCTCTGTAGAGTATGGACTGTGATAATAGGGAAATCAGGTAG  700

seq1  AATAGGGAAGGGGGCCACTGCTGAAAGTTAGGATAAGAACCAAGCAAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGGAAGGGGGCCACTGCTGAAAGTTAGGATAAGAACCAAGCAAACC  750

seq1  TATAAAAAGCATACGGCCTTTATTGCTCATGTAACACCATCCATTACCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAGCATACGGCCTTTATTGCTCATGTAACACCATCCATTACCCT  800

seq1  TAATGCTTCTGTAGCAGAAAGAGCTTCCCTTGTGAATACTACCATAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTCTGTAGCAGAAAGAGCTTCCCTTGTGAATACTACCATAGCAA  850

seq1  CAATTACCTTTCTACCCCTCCTAGAAATTGCACTGCCTGTGACCTTTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTACCTTTCTACCCCTCCTAGAAATTGCACTGCCTGTGACCTTTCAT  900

seq1  GTAACACTCAGTGATACATTAAAAGGCAAAAGAGGATGCTTGCCTACTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACACTCAGTGATACATTAAAAGGCAAAAGAGGATGCTTGCCTACTAT  950

seq1  AGAACCCATAATGTTGTGTGGAAGTGTGTTTAAAACT-CTCACCTTGCTT  999
      ||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  AGAACCCATAATG-TGTGT-GCAGTGTG-TTAAAACTCCTCACCTTGCTT  997

seq1  CT-GGATGGGTTTGGTGAAGACTGGTTTTGAGCTGGGAAGCAGATCTGAG  1048
      || ||||||| ||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||
seq2  CTGGGATGGG-TTGGTGAGGACTGG-TTTGAGCT-GGCAGCAGATCTGAG  1044

seq1  TTCCAGGATCCTAGTAATTCTTTCTGGAGGGTGAA  1083
      ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TTCCAGGAT-CTAGTATTTCTTCCTGGAGGGTGAA  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |