BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326L01
Chromosome16 (Build37)
Map Location 83,685,895 - 83,811,168
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG545172, LOC100039572
Downstream geneEG621729, LOC640489, LOC665664, LOC547311, LOC100039893, LOC100039634, Mrpl39, Jam2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326L01.bB6Ng01-326L01.g
ACCGA114437GA114438
length1,011860
definitionB6Ng01-326L01.b B6Ng01-326L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,685,895 - 83,686,566)(83,810,319 - 83,811,168)
sequence
gaattcttctatggcctctgcttgtatagaatctgtaccttcatgccatt
caattttgtcttgatttcctcaatgatggattgtgtcctaatagatatgt
aagccaaataaaccctcttctctccaagttcatgaaatatgctccttaat
gacaacaaagctaagttgttttttttaattgctaccaaaaagtgaattat
tgctataacttgtgatgttttgagcaagattgtggaaagaattagaatgt
tgggccataaaagccattatgtatttatagtttgataggatgtttggagg
ttggctatgctataaaaattacaaggactgttcagacaatgcataaacat
cattcatataatattttgaattaagtatctgtgtttcttgtgtgcttggg
atgaaggatcagatgtgatgagaaaaaagaaatgaaaattttgtttccct
aggataattgaagctgttaaatgtcagagagacattagtggtgataaaga
gaacactgtcgttattgtggtcaaaatctactgggagtatttcctctgaa
tcaggtcagagaatatgtggtccagtgggaggaaaggctgcattttgtgc
tgccagctcaattgggtaatgtgtaagagtctaccacttgctatcacaaa
cagagaatggattagagagagtagatggagcttcttaatttgagattcca
gaaaagtttttggtgaaggggcagcttcagttgcaacagaaaccccaggg
ctaaaagtgttatggagtgaaaaaatttgcgaccctgagaagttgagaaa
ggccattgttgaaggtacagcagcagttgctctgaaaagcaccatggctg
aaggggtcatgaaagggaggctttagcttggcaccatgtgtggcagtcag
agttccttaagagagcttccgaagaggctattggagaagatgcatcctgt
gagatcccatattagagatgccagcatgatagcatgcccaccacaagagc
acaactttgga

gaattcagcacttatggtgtcttcagcgaaaaatcctgctgtctaattga
tatggatagctaggagcaaagaaccattacttctttaaaatttattatta
tggatatatgtatgtgtgtttgtgtgtatgtataaaagtgtagtttgatc
atattgacacatagttctttccacaaatacctctgatctccttatcactt
actctcctgactttttctagtgtgtcttcttttaatggcccagtgagtcc
aatcatatctgctcatattgctttggggtcatccactggtgtatgggcaa
tttaacaggggctacttccatgaaataaacttattcttcctgccctaata
tcctgattgtagttcatgaggtcatagaccctattatattcttaaatggg
catagagacatgtcaacttcaaatatatatctctacagccatagattttt
aaatgaaaatcccagtgccagatgagggatacctctatatgagatatagg
accaggagattcttgagtttccatgaactgtatgcagtgttgacatcact
ttggggaatcctttaaccatcatttaagactgtaatctgatgaagcagct
gttatgattgcccttcacttgtcatgcttttagtgataggtattgggaga
attttcggcaattattggattattaacattttgttctgctctatatatat
tgaatgtgtgggtaatttatgaataaggcatactaagtttagtgttcttg
ctatttgtgaaaatgtcaaatggcccagttgggtatggcagtccttagtt
ttactttattatctctgggcaggcctctacactggccatgtcttgcaatc
atttcctaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_83685895_83686566
seq2: B6Ng01-326L01.b_51_722

seq1  GAATTCTTCTATGGCCTCTGCTTGTATAGAATCTGTACCTTCATGCCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTATGGCCTCTGCTTGTATAGAATCTGTACCTTCATGCCATT  50

seq1  CAATTTTGTCTTGATTTCCTCAATGATGGATTGTGTCCTAATAGATATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTGTCTTGATTTCCTCAATGATGGATTGTGTCCTAATAGATATGT  100

seq1  AAGCCAAATAAACCCTCTTCTCTCCAAGTTCATGAAATATGCTCCTTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAATAAACCCTCTTCTCTCCAAGTTCATGAAATATGCTCCTTAAT  150

seq1  GACAACAAAGCTAAGTTGTTTTTTTTAATTGCTACCAAAAAGTGAATTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACAAAGCTAAGTTGTTTTTTTTAATTGCTACCAAAAAGTGAATTAT  200

seq1  TGCTATAACTTGTGATGTTTTGAGCAAGATTGTGGAAAGAATTAGAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAACTTGTGATGTTTTGAGCAAGATTGTGGAAAGAATTAGAATGT  250

seq1  TGGGCCATAAAAGCCATTATGTATTTATAGTTTGATAGGATGTTTGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCATAAAAGCCATTATGTATTTATAGTTTGATAGGATGTTTGGAGG  300

seq1  TTGGCTATGCTATAAAAATTACAAGGACTGTTCAGACAATGCATAAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTATGCTATAAAAATTACAAGGACTGTTCAGACAATGCATAAACAT  350

seq1  CATTCATATAATATTTTGAATTAAGTATCTGTGTTTCTTGTGTGCTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATATAATATTTTGAATTAAGTATCTGTGTTTCTTGTGTGCTTGGG  400

seq1  ATGAAGGATCAGATGTGATGAGAAAAAAGAAATGAAAATTTTGTTTCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGATCAGATGTGATGAGAAAAAAGAAATGAAAATTTTGTTTCCCT  450

seq1  AGGATAATTGAAGCTGTTAAATGTCAGAGAGACATTAGTGGTGATAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAATTGAAGCTGTTAAATGTCAGAGAGACATTAGTGGTGATAAAGA  500

seq1  GAACACTGTCGTTATTGTGGTCAAAATCTACTGGGAGTATTTCCTCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTGTCGTTATTGTGGTCAAAATCTACTGGGAGTATTTCCTCTGAA  550

seq1  TCAGGTCAGAGAATATGTGGTCCAGTGGGAGGAAAGGCTGCATTTTGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCAGAGAATATGTGGTCCAGTGGGAGGAAAGGCTGCATTTTGTGC  600

seq1  TGCCAGCTCAATTGGGTAATGTGTAAGAGTCTACCACTTGCTATCACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCTCAATTGGGTAATGTGTAAGAGTCTACCACTTGCTATCACAAA  650

seq1  CAGAGAATGGATTAGAGAGAGT  672
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATGGATTAGAGAGAGT  672


seq1: chr16_83810319_83811168
seq2: B6Ng01-326L01.g_66_925 (reverse)

seq1  ATTAG--AATGATTGC-AGACAT-GCCAGTGTAGAGGCCTGCCCAGAGAT  46
      |||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAAATGATTGCAAGACATGGCCAGTGTAGAGGCCTGCCCAGAGAT  50

seq1  AAT-AAGT-AAACTAAGGACTGCCATA-CCAACTGGGCCATTTGACATTT  93
      ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTAAAACTAAGGACTGCCATACCCAACTGGGCCATTTGACATTT  100

seq1  TCAC-AATAGC-AGAACACTAAACTTAGTATGCCTTATTCAT-AATTACC  140
      |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCACAAATAGCAAGAACACTAAACTTAGTATGCCTTATTCATAAATTACC  150

seq1  CACACATTCAATATATATAGAGCAGAACAAAATGTTAATAATCCAATAAT  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTCAATATATATAGAGCAGAACAAAATGTTAATAATCCAATAAT  200

seq1  TGCCGAAAATTCTCCCAATACCTATCACTAAAAGCATGACAAGTGAAGGG  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGAAAATTCTCCCAATACCTATCACTAAAAGCATGACAAGTGAAGGG  250

seq1  CAATCATAACAGCTGCTTCATCAGATTACAGTCTTAAATGATGGTTAAAG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATAACAGCTGCTTCATCAGATTACAGTCTTAAATGATGGTTAAAG  300

seq1  GATTCCCCAAAGTGATGTCAACACTGCATACAGTTCATGGAAACTCAAGA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCCAAAGTGATGTCAACACTGCATACAGTTCATGGAAACTCAAGA  350

seq1  ATCTCCTGGTCCTATATCTCATATAGAGGTATCCCTCATCTGGCACTGGG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTGGTCCTATATCTCATATAGAGGTATCCCTCATCTGGCACTGGG  400

seq1  ATTTTCATTTAAAAATCTATGGCTGTAGAGATATATATTTGAAGTTGACA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATTTAAAAATCTATGGCTGTAGAGATATATATTTGAAGTTGACA  450

seq1  TGTCTCTATGCCCATTTAAGAATATAATAGGGTCTATGACCTCATGAACT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTATGCCCATTTAAGAATATAATAGGGTCTATGACCTCATGAACT  500

seq1  ACAATCAGGATATTAGGGCAGGAAGAATAAGTTTATTTCATGGAAGTAGC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCAGGATATTAGGGCAGGAAGAATAAGTTTATTTCATGGAAGTAGC  550

seq1  CCCTGTTAAATTGCCCATACACCAGTGGATGACCCCAAAGCAATATGAGC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTAAATTGCCCATACACCAGTGGATGACCCCAAAGCAATATGAGC  600

seq1  AGATATGATTGGACTCACTGGGCCATTAAAAGAAGACACACTAGAAAAAG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGATTGGACTCACTGGGCCATTAAAAGAAGACACACTAGAAAAAG  650

seq1  TCAGGAGAGTAAGTGATAAGGAGATCAGAGGTATTTGTGGAAAGAACTAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGAGTAAGTGATAAGGAGATCAGAGGTATTTGTGGAAAGAACTAT  700

seq1  GTGTCAATATGATCAAACTACACTTTTATACATACACACAAACACACATA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAATATGATCAAACTACACTTTTATACATACACACAAACACACATA  750

seq1  CATATATCCATAATAATAAATTTTAAAGAAGTAATGGTTCTTTGCTCCTA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATCCATAATAATAAATTTTAAAGAAGTAATGGTTCTTTGCTCCTA  800

seq1  GCTATCCATATCAATTAGACAGCAGGATTTTTCGCTGAAGACACCATAAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCATATCAATTAGACAGCAGGATTTTTCGCTGAAGACACCATAAG  850

seq1  TGCTGAATTC  850
      ||||||||||
seq2  TGCTGAATTC  860


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |